張 健, 王 瑩, 馬祥建, 談 峰, 李 敏, 李玉娟
(江蘇沿江地區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所,江蘇南通 226541)
柳樹(shù)是楊柳科(Salicaceae)柳屬(Salix)樹(shù)種,為落葉喬木或灌木,主要分布在北半球溫帶及寒帶地區(qū),在北半球熱帶、亞熱帶地區(qū)及南半球也有少量分布。全球有500多個(gè)柳樹(shù)品種,其中亞洲是柳樹(shù)的起源中心,僅我國(guó)就有275種[1]。柳樹(shù)樹(shù)種間存在豐富的染色體倍性差異,包括二倍體(2n=2x=38)、四倍體(2n=4x=76)、六倍體(2n=6x=114)甚至十二倍體(2n=12x=228)[2],其中灌木柳主要為二倍體,喬木柳多為異源多倍體[1,3]。
旱柳(Salixmatsudana)是柳屬最重要的樹(shù)種之一,主要為喬木柳[4],原產(chǎn)我國(guó)東北部,又被稱為中國(guó)柳,以其高適應(yīng)性特別是抗逆性已被引種推廣到澳大利亞、歐洲與北美洲等地區(qū)[5],是重要的能源、造林和綠化樹(shù)種[6]。旱柳在土壤重金屬修復(fù)、鹽堿地綠化、生物燃料等方面發(fā)揮著重要作用[7-8],其中海柳1號(hào)、9901柳等品種已逐漸成為我國(guó)沿海林業(yè)開(kāi)發(fā)中潛力巨大的戰(zhàn)略樹(shù)種[9-10]。目前,科研人員已開(kāi)展了旱柳生理指標(biāo)如超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,簡(jiǎn)稱SOD)活性、過(guò)氧化氫酶(peroxidase,簡(jiǎn)稱POD)活性、丙二醛(malondialdehyde,簡(jiǎn)稱MDA)含量在鹽脅迫下的表現(xiàn)[9]以及轉(zhuǎn)錄組[11]、比較蛋白組[5]及miRNA[12]等方面的研究,但旱柳的染色體倍性與基因組大小尚未見(jiàn)報(bào)道,這限制了旱柳分子育種的發(fā)展。
流式細(xì)胞術(shù)(flow cytometry,簡(jiǎn)稱FCM)是一種在液流系統(tǒng)中快速測(cè)定單個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞器的生物學(xué)性質(zhì),并把特定的細(xì)胞或細(xì)胞器從群體中加以分類收集的技術(shù),其特點(diǎn)是通過(guò)快速測(cè)定庫(kù)爾特電阻、熒光、光散射和光吸收來(lái)定量測(cè)定細(xì)胞染色體倍性、DNA含量、細(xì)胞體積、蛋白質(zhì)含量等許多重要參數(shù)[13]。流式細(xì)胞術(shù)已在山藥、芭蕉等植物的染色體倍性檢測(cè)與基因組大小測(cè)定中發(fā)揮了重要的作用[14-15]。
本研究運(yùn)用流式細(xì)胞術(shù)對(duì)旱柳不同品種的染色體倍性與基因組大小進(jìn)行測(cè)定,以期為旱柳全基因組測(cè)序提供參考。
旱柳品種選用江蘇省地方旱柳品種沿江柳、江蘇沿江地區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所育成的旱柳品種海柳1號(hào)、山東省林業(yè)科學(xué)研究院育成的旱柳品種9901柳。旱柳染色體倍性測(cè)定以東北地方灌木柳品種杞柳(已知為二倍體)為對(duì)照,基因組大小測(cè)定以基因組大小已知的水稻淮稻5號(hào)(江蘇徐淮地區(qū)淮陰農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所育成)和大豆品種通豆7號(hào)(江蘇沿江地區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所育成)為對(duì)照。
染色體倍性測(cè)定時(shí),分別取杞柳與旱柳各品種的莖段扦插條(粗2~3 cm,長(zhǎng)8~10 cm),放入含1/3清水透明杯中并置于光照培養(yǎng)箱中培養(yǎng),培養(yǎng)條件:光暗周期為12 h—12 h,光照度為3 300 lx,培養(yǎng)溫度為25 ℃。
基因組大小測(cè)定時(shí),取水稻品種淮稻5號(hào)、大豆品種通豆7號(hào)的籽粒,用培養(yǎng)皿加水后放入光照培箱內(nèi)培養(yǎng);同時(shí)取旱柳3個(gè)品種莖段,培養(yǎng)方式與上述一致。
上述材料培養(yǎng)時(shí)間均為20 d,培養(yǎng)后取新鮮嫩葉,采用FACSCalibur流式細(xì)胞儀(美國(guó)BD公司)進(jìn)行染色體倍性和基因組大小測(cè)定,并用CellQuest軟件(美國(guó)BD公司)獲取數(shù)據(jù),用ModFit軟件(Yerity Software House公司)分析結(jié)果。
單細(xì)胞懸液:取1 g植株新鮮葉片,在2 mL細(xì)胞裂解液中用鋒利的刀片切碎,用200目尼龍網(wǎng)過(guò)濾,用試管收集濾液,經(jīng)1 000 r/min離心5 min后,棄去上清液,收集沉淀細(xì)胞核。
混合液:先用碘化丙啶(propidium iodide,簡(jiǎn)稱PI)染液對(duì)細(xì)胞核重懸,將細(xì)胞核懸液DNA進(jìn)行熒光標(biāo)記,置于暗處染色 20 min。再將幾個(gè)品種的染液進(jìn)行混合形成混合液。
用已知染色體倍性或基因組大小的材料作為對(duì)照,將對(duì)照材料橫坐標(biāo)固定,保持各個(gè)參數(shù)一致后對(duì)待測(cè)樣品逐一檢測(cè),根據(jù)峰的位置并參考對(duì)照樣品的大小計(jì)算待測(cè)樣的倍性與基因組大小。
用流式細(xì)胞儀測(cè)定杞柳(二倍體)的DNA含量時(shí)將其設(shè)定為50附近,以二倍體杞柳的DNA含量為對(duì)照,將其他待測(cè)旱柳品種的DNA含量與其進(jìn)行比較,得到所測(cè)樣品的相對(duì)DNA含量。從圖1可以看出,杞柳在50左右有1個(gè)主峰(圖1-a),海柳1號(hào)、9901柳和沿江柳3個(gè)旱柳品種均在100左右出現(xiàn)了主峰,代表其倍性約為杞柳的2倍,即3個(gè)旱柳品種均為四倍體。
2.2.1 水稻、大豆、沿江柳基因組比較 用流式細(xì)胞儀測(cè)試水稻細(xì)胞的單細(xì)胞懸液,已知水稻基因組大小約為 440 Mb[16],所得的DNA含量定為44左右,并以此為對(duì)照,測(cè)定大豆(已知其基因組大小約為1 150 Mb[17])和沿江柳的DNA含量,并將沿江柳的DNA含量分別與水稻和大豆的DNA含量進(jìn)行比較,得到沿江柳的相對(duì)DNA含量,結(jié)果見(jiàn)圖2-a、圖2-b、圖2-c。用流式細(xì)胞儀對(duì)沿江柳與水稻、大豆進(jìn)行了混合樣測(cè)定,將最小基因組的水稻DNA定量為50左右,得出圖2-d的混合樣圖。
從圖2-a、圖2-b、圖-2c可以看出,水稻的G1期(細(xì)胞分裂間期1)在圖2-a中橫坐標(biāo)46.49處,大豆的G1期位置在143.56處,沿江柳的G1期位置在75.60處,從水稻推算沿江柳的基因組大小為440/46.49×75.60=715.5 Mb;從大豆推算沿江柳的基因組大小為1 150/143.56×75.60=605.6 Mb。
從圖2-d可以看出,水稻G1期的位置在52.27處;大豆G1期位置在138.74處,沿江柳的基因組介于兩者之間,峰值在80.44處。從水稻推算沿江柳的基因組大小為440/52.27×80.44=677.1 Mb,從大豆推算沿江柳的基因組大小為1 150/138.74×80.44=666.8 Mb。
2.2.2 水稻、大豆、9901柳、海柳1號(hào)單細(xì)胞懸液比較 為了更準(zhǔn)確地測(cè)定出旱柳基因組大小,筆者重復(fù)測(cè)定了水稻、大豆的單細(xì)胞懸液,并將9901柳、海柳1號(hào)這2個(gè)旱柳品種與其進(jìn)行比較。
從圖3可以看出,水稻G1期的位置在圖中橫坐標(biāo)45.10處,大豆的G1期位置在135.00處,9901柳的G1期位置在74.32處,海柳1號(hào)的G1期位置在74.11處。從水稻推算9901柳的基因組大小為440/45.10×74.32=725.1 Mb;推算海柳1號(hào)的基因組大小為440/45.10×74.11=723.0 Mb。從大豆推算9901柳的基因組大小為1 150/135×74.32=633.1 Mb;推算海柳1號(hào)的基因組大小為1 150/135×74.11=631.3 Mb。
2.2.3 水稻、大豆、9901柳、海柳1號(hào)混合樣比較 試驗(yàn)同時(shí)用流式細(xì)胞術(shù)對(duì)水稻、大豆與9901柳或海柳1號(hào)三者的混合樣進(jìn)行測(cè)定,并根據(jù)測(cè)定圖計(jì)算其基因組大小值。
從圖4-a可以看出,水稻G1期位置在圖中橫坐標(biāo) 50.56處,大豆G1期位置在139.83處,9901柳的基因組介于兩者之間,峰值在81.02處。從水稻推算9901柳的基因組大小為440/50.56×81.02=705.1 Mb,從大豆推算沿江柳的基因組大小為1 150/139.83×81.02=666.3 Mb。
從圖4-b可以看出,水稻G1期位置在圖中橫坐標(biāo) 51.28處,大豆G1期位置在144.61處,海柳1號(hào)的峰值在81.87處。從水稻推算海柳1號(hào)的基因組大小為440/51.28×81.87=702.5 Mb, 從大豆推算海柳1號(hào)的基因組大小為1 150/144.61×81.87=651.1 Mb。
柳樹(shù)是我國(guó)主要的鄉(xiāng)土樹(shù)種之一,在我國(guó)有著悠久的栽培歷史。多倍體現(xiàn)象在柳樹(shù)的物種形成中非常普遍,在已知染色體數(shù)目的65種柳樹(shù)中,2倍體有16種、3倍體有10種、4倍體有43種、5倍體有3種、6倍體有10種、8倍體有7種、10倍體有3種、12倍體有1種[2]。了解柳樹(shù)的倍性對(duì)其重要性狀的數(shù)量性狀座位分析以及全基因組測(cè)序有著重要意義,本研究利用流式細(xì)胞術(shù)以已知二倍體杞柳為對(duì)照,測(cè)定出旱柳3個(gè)品種海柳1號(hào)、9901柳和沿江柳均為四倍體。
由于倍性的關(guān)系,使得柳樹(shù)基因組大小差距較大,已知柳樹(shù)基因組的大小在342~841 Mb之間,如三蕊柳(Salixtriandra,二倍體)的基因組大小為386 Mb[18],簸箕柳(Salixsuchowensis,二倍體)的基因組大小為425 Mb[19],垂柳(Salixbabylonica)的基因組大小為748 Mb[20],白柳(Salixalba,四倍體)的基因組大小為807 Mb[18]。本研究中,筆者運(yùn)用流式細(xì)胞術(shù)將旱柳3個(gè)品種(沿江柳、9901柳、海柳1號(hào))與基因組大小已知的水稻(基因組大小為440 Mb)和大豆(基因組大小為1 150 Mb)分別進(jìn)行了對(duì)比測(cè)定,單液測(cè)定結(jié)果顯示旱柳的基因組大小為605.6~725.1 Mb,混合液測(cè)定結(jié)果顯示的旱柳的基因組大小為651.1~705.1 Mb。綜合以上數(shù)據(jù),推測(cè)旱柳的基因組大小應(yīng)該在670 Mb左右。