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        基于可見(jiàn)光光譜的檀香圖像分割與植株全鐵含量預(yù)測(cè)*

        2018-10-17 03:48:32陳珠琳王雪峰
        土壤學(xué)報(bào) 2018年5期

        陳珠琳 王雪峰

        (中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院資源信息研究所,北京 100091)

        鐵是土壤中含量較高的微量元素,也是植物生長(zhǎng)必需的營(yíng)養(yǎng)元素之一[1-2]。雖然鐵在土壤中的含量豐富,但可供植物直接利用的鐵離子(Fe2+)含量并不高,植物易出現(xiàn)缺鐵脅迫;但在天然的酸性土壤或者礦區(qū)附近,土壤中過(guò)多的Fe2+會(huì)產(chǎn)生鐵毒,迫使植物產(chǎn)生生理病變。

        自植物營(yíng)養(yǎng)無(wú)損檢測(cè)技術(shù)成為農(nóng)林業(yè)研究的熱點(diǎn)后,植物在大量元素(氮(N)、磷(P)、鉀(K))脅迫下的光譜特征研究[3]已較為成熟,并成功應(yīng)用于田間管理。近年來(lái),國(guó)內(nèi)學(xué)者致力于研究植物對(duì)微量元素[4]脅迫的光譜特征變化[5-6]。與其他重金屬不同[7],鐵在微量礦物元素中需求量最大[8]。當(dāng)植物受到鐵脅迫時(shí),其生理特征會(huì)發(fā)生變化,從而影響色譜信息。川梨受到缺鐵脅迫時(shí),其葉綠素含量明顯降低,葉色變黃[9]。水稻在進(jìn)行鐵過(guò)量脅迫試驗(yàn)時(shí),葉片中鐵含量增加,光譜反射率在可見(jiàn)光波段升高,同時(shí)明顯抑制水稻地上部和根系的生長(zhǎng),降低下位葉片的葉綠素含量[10-12]。玉米發(fā)生鐵毒脅迫時(shí),綠峰反射率升高、綠峰位置紅移、紅邊藍(lán)移,且綠峰反射率與紅邊藍(lán)移變幅隨濃度增加而增大[13]。

        植物營(yíng)養(yǎng)無(wú)損診斷方法多樣,但數(shù)字圖像處理技術(shù)因其快捷方便、價(jià)格低廉的特點(diǎn)得到了廣泛應(yīng)用[14]。由于田間和林內(nèi)環(huán)境復(fù)雜,對(duì)圖像分割造成影響,所以研究者們針對(duì)不同的試驗(yàn)環(huán)境提出了多種圖像分割方法[15-18]。由于自然圖像的復(fù)雜性較強(qiáng),傳統(tǒng)的紅綠藍(lán)(RGB)顏色系統(tǒng)無(wú)法滿足分割的精度,而亮度色彩模型(CIE Lab)具有對(duì)光照變化不敏感的特性[19],增強(qiáng)了適應(yīng)性[20-21],所以該顏色模型常用于分析野外自動(dòng)獲取的圖像。

        在回歸預(yù)測(cè)方面,人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(Artificial neural network, ANN)應(yīng)用較為普遍。其中,反向傳播神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)[22-24](Back propagation neural network, BPNN)在網(wǎng)絡(luò)理論和性能方面均較成熟,但BPNN學(xué)習(xí)速度慢,易陷入局部極小值,需結(jié)合各類優(yōu)化或迭代算法,以提高預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率。

        目前,珍貴樹(shù)種營(yíng)養(yǎng)診斷研究陸續(xù)展開(kāi)[25],但均圍繞大量元素進(jìn)行。微量元素脅迫尚處于初步研究階段[26],且均為實(shí)驗(yàn)室獲取光譜信息,人為消除了田間或林內(nèi)影響因素,應(yīng)用性較差。本文基于數(shù)字圖像技術(shù)預(yù)測(cè)檀香(Santalum album L.)葉片全鐵含量,對(duì)野外獲取圖像進(jìn)行分割,并根據(jù)鐵脅迫下檀香出現(xiàn)的顏色變化提取顏色因子,使用優(yōu)化后的BPNN進(jìn)行反演,旨在為珍貴樹(shù)種的微量元素營(yíng)養(yǎng)診斷與監(jiān)測(cè)提供更準(zhǔn)確、應(yīng)用性強(qiáng)的技術(shù)方法。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)地概況

        研究區(qū)設(shè)在海南省文昌市島東林場(chǎng)(1 9°4 3′5 8″~1 9°4 4′5 8″N,110°57′34″~110°57′50″E)。該林場(chǎng)位于沿海平原地帶,海拔5~10 m,屬熱帶海洋季風(fēng)氣候,年平均溫度23.9℃,年平均降水量1 808.8 mm,臺(tái)風(fēng)較多,常風(fēng)2~3級(jí),年平均濕度為86%。主要土壤類型為初育土土綱的濱海沙土,試驗(yàn)地土壤pH 5.0~6.6,有效氮98.3~114.8 mg·kg-1,有效磷3.38~4.56 mg·kg-1,速效鉀69.9~78.2 mg·kg-1,有效鐵2.33~4.89 mg·kg-1。該區(qū)域植被類型為熱帶季雨林,人工經(jīng)營(yíng)樹(shù)種主要有木麻黃(Casuarina equisetifolia Forst)、椰子(Cocos nucifera L)、瓊崖海棠(Calophyllum inophyllum L)和桉樹(shù)(Eucalyptus robusta Smith)等。

        1.2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)及數(shù)據(jù)采集方法

        研究所用的檀香采用種子育苗,待生長(zhǎng)4.5 a后,選取生長(zhǎng)良好的幼齡檀香進(jìn)行試驗(yàn)。本研究所用鐵源為乙二胺二鄰羥苯基大乙酸鐵鈉(EDDHAFeNa),采用根部埋施法。單因素試驗(yàn)設(shè)計(jì),包括4個(gè)Fe濃度水平,分別為每棵苗0、10、15、20 g-1,記為CK(不施Fe)、Fe1(低濃度)、Fe2(中濃度)、Fe3(高濃度),每個(gè)濃度水平下種植8棵檀香。使用加拿大植物營(yíng)養(yǎng)公司的普羅丹高濃度水溶性復(fù)合肥施入其他元素,采用葉面噴施,施加量為每棵樹(shù)200 mg。

        于2017年2月(鐵脅迫之前)測(cè)量東西冠幅(w01)和南北冠幅(w02),之后每個(gè)月進(jìn)行一次鐵脅迫,施肥量與初始施入量一致,其他營(yíng)養(yǎng)元素不再施加。數(shù)據(jù)采集時(shí)間為2017年4—12月,每隔兩個(gè)月進(jìn)行圖像、冠幅、養(yǎng)分?jǐn)?shù)據(jù)獲取,測(cè)量5次,數(shù)據(jù)總量為160個(gè)。圖像獲取選擇天氣晴朗少云少風(fēng)時(shí)進(jìn)行,拍攝時(shí)間為10:00—14:00,拍攝距離為1.5 m,使用Canon ESO700D相機(jī)拍攝,圖像大小為5 184×3 456像素。獲取圖像時(shí),分為東、西、南、北四個(gè)方向進(jìn)行拍攝。之后進(jìn)行葉片采樣,分為上內(nèi)、上外、中內(nèi)、中外、下內(nèi)、下外共6個(gè)層次,每棵檀香共采集約15 g葉片。使用便捷式養(yǎng)分測(cè)定儀(Reflectoquant RQflex,德國(guó))進(jìn)行全鐵含量測(cè)定,該儀器使用10點(diǎn)校正和雙光束測(cè)量,校正數(shù)據(jù)精度高。試驗(yàn)對(duì)每個(gè)樣品進(jìn)行3次測(cè)定,所有數(shù)據(jù)的變異系數(shù)均在3%之內(nèi)。

        1.3 顏色系統(tǒng)的計(jì)算

        紅綠藍(lán)(RGB)、色度飽和度亮度(HSI)、亮度色彩(Lab)是常用的三種顏色模型,其中,RGB最為常用,它是一種與人的視覺(jué)系統(tǒng)密切相連的模型[17,27]。由于不同模型、不同分量對(duì)顏色的表述不同,本文通過(guò)計(jì)算上述顏色系統(tǒng)各分量的顏色值,描述全鐵含量對(duì)葉片顏色的影響。

        1.4 圖像法確定新葉區(qū)域

        所有的圖像數(shù)據(jù)處理均在Matlab R2012a中實(shí)現(xiàn)。由于Fe2+脅迫對(duì)新葉和老葉的影響不同,可根據(jù)新老葉表現(xiàn)出的色譜差異來(lái)判定全鐵含量。但考慮到檀香長(zhǎng)勢(shì)并不相同,本研究通過(guò)定義4個(gè)方向(東、西、南、北各拍攝一張圖像)上同心圓的方式來(lái)確定新葉區(qū)域,如圖1所示,具體步驟如下:

        首先完成檀香圖像分割,然后尋找最小外接圓,半徑記為Ri(i=1~4,分別代表東、西南、北拍攝的圖像);確定同心圓ri的值(若該圖像為在南、北方向拍攝,則;若該圖像在東、西方向拍攝,則分別代表本次試驗(yàn)測(cè)得的東西、南北冠幅,代表上一次試驗(yàn)測(cè)得的東西、南北冠幅);圓環(huán)部分葉片ARi-ri既為從圖像中獲取的新葉(如圖1所示),最終新葉部分為。

        圖1 圖像確定新葉區(qū)域方法Fig. 1 Method using images to determine new leaf area

        通過(guò)上述方法確定了兩個(gè)同心圓的大小,可獲得3個(gè)區(qū)域,即ARi(半徑為R的圓中葉片區(qū)域)、Ari(半徑為r的圓中葉片區(qū)域)和ARi-ri(圓環(huán)中的葉片區(qū)域)。因此,本研究進(jìn)行4組對(duì)比試驗(yàn),所提取的顏色因子分別為:ARi的單通道顏色值(紅(R)、綠(G)、藍(lán)(B)、色調(diào)(H)、飽和度(S)、強(qiáng)度(I)、亮度(L)、橫軸顏色(a)、縱軸顏色(b))、ARi-ri的單通道顏色值(同上)、ARi-ri與ARi的單通道顏色比值(同上)、ARi-ri與Ari的單通道顏色比值(同上)。

        1.5 不同神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)模型構(gòu)建及檢驗(yàn)

        BPNN的隱含層神經(jīng)元個(gè)數(shù)對(duì)預(yù)測(cè)精度影響較大,過(guò)多過(guò)少均會(huì)導(dǎo)致訓(xùn)練效果不佳,本文使用經(jīng)驗(yàn)公式,即

        式中,n為隱含層神經(jīng)元個(gè)數(shù);ni為輸入層神經(jīng)元個(gè)數(shù);n0為輸出層神經(jīng)元個(gè)數(shù);a為1~10之間的常數(shù)。

        BPNN易出現(xiàn)過(guò)擬合等現(xiàn)象,所以常與其他尋優(yōu)或增強(qiáng)算法結(jié)合使用。常見(jiàn)的有遺傳算法[28-29](Genetic algorithm, GA)、粒子群優(yōu)化算法[28](Particle swarm optimization, PSO)和Adaboost迭代算法[29-31]。本文對(duì)三種優(yōu)化算法(下文分別縮寫(xiě)為GA-BPNN、PSO-BPNN、BPNN-Adaboost)不做詳細(xì)介紹,具體參考文獻(xiàn)[28]~[33]。

        試驗(yàn)共獲取160個(gè)數(shù)據(jù),隨機(jī)抽取110個(gè)為擬合樣本,剩余50個(gè)為檢驗(yàn)樣本。同時(shí)選擇擬合和檢驗(yàn)樣本的決定系數(shù)R2、平均殘差、均方根誤差RMSE對(duì)模型進(jìn)行評(píng)價(jià)。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 基于Lab顏色模型的檀香圖像分割

        本研究基于地面獲取檀香圖像進(jìn)行全鐵含量的反演,如圖2A所示,檀香圖像背景復(fù)雜,除土壤、雜草外,還有其他樹(shù)種,對(duì)圖像分割造成了很大難度。所以,為保證后期工作的質(zhì)量,有必要提出準(zhǔn)確的圖像分割算法。

        大津(Otsu)法是1979年日本學(xué)者大津提出的一種自適應(yīng)性閾值確定方法,其基本原理是確定一個(gè)最佳閾值,使最佳分類狀態(tài)的類間分離性最好[16-17]。本研究將圖像分別轉(zhuǎn)換至Lab通道、L通道、a通道和b通道(圖2)并做Otsu法分割。通過(guò)大量試驗(yàn)發(fā)現(xiàn),Lab通道使用Otsu法分割失敗,僅能將極小部分的土壤與綠色植物區(qū)分開(kāi)。a通道和b通道均可將檀香葉片與背景土壤區(qū)分開(kāi),但b通道保留的葉片更完整。L通道則彌補(bǔ)了a、b通道的弱點(diǎn),將檀香葉片與寄主等綠色植物區(qū)分開(kāi),所以本文選擇結(jié)合b通道和L通道對(duì)自然圖像中的檀香進(jìn)行分割。

        分割算法流程如下:(1)對(duì)b通道進(jìn)行Otsu法分割,并進(jìn)行7×7的中值濾波處理。(2)與原圖進(jìn)行掩膜并提取L通道,并使用原圖L通道得到的最佳閾值進(jìn)行分割。(3)使用7×7模板的中值濾波進(jìn)行平滑處理,然后使用半徑為5的圓形結(jié)構(gòu)元素腐蝕膨脹各2次。分割結(jié)果如圖3所示。

        算法所使用的模板以及結(jié)構(gòu)元素均為在大量的對(duì)比分析后得到的最佳方案。為驗(yàn)證該分割算法的效果,使用Photoshop CS5軟件中的磁性套索工具(相當(dāng)于目視解譯法)手動(dòng)分割檀香,并將此結(jié)果作為評(píng)價(jià)基準(zhǔn)。將使用本文提出算法(編號(hào)為①)、ENVI 5.1軟件中的支持向量機(jī)分類法(編號(hào)為②)和Photoshop CS5處理(編號(hào)為③)得到的結(jié)果進(jìn)行比較,結(jié)果如表1所示。從表中可以看出,本文提出算法在像素?cái)?shù)和顏色誤差方面均要優(yōu)于支持向量機(jī)處理結(jié)果,這是因?yàn)橹С窒蛄繖C(jī)算法對(duì)土壤和葉片的分割效果較差,易出現(xiàn)誤分割,導(dǎo)致像素誤差較大,G均值降低,R均值和B均值升高。而本文提出算法像素?cái)?shù)誤差在5%之內(nèi),各通道誤差控制在3%之內(nèi),說(shuō)明該算法可行。

        圖2 大津(Otsu)法分割檀香不同通道圖(A. 原圖, B. Lab, C. L通道, D. a通道, E. b通道)Fig. 2 Graphs of channels in Sandalwood images segmentation using Otsu’s method (A. Original image, B. Lab, C. Channel L, D.Channel a, and E. Channel b)

        圖3 檀香圖像分割過(guò)程及結(jié)果(A. b通道Otsu法分割結(jié)果,B. 7×7中值濾波后腌膜圖像, C. L通道大津法分割及7×7中值濾波處理結(jié)果,D. 形態(tài)學(xué)處理, E. 最終圖像)Fig. 3 Process and results of sandalwood image segmentation (A. Segmentation using Otsu’s method via Channel b; B. Masked image after 7×7 median filtering; C. Segmentation using Otsu’s method via Channel L and masked image after 7×7 median filtering;D. Morphological processing; and E. Finalized image)

        表1 分割方法評(píng)價(jià)Table 1 Segmentation method evaluation proposed in this paper

        續(xù)表

        2.2 數(shù)據(jù)樣本劃分及光譜反射率變化

        表2所示為樣本的全鐵含量以及檀香圖像的RGB單通道值統(tǒng)計(jì)信息。試驗(yàn)采集的原始圖像數(shù)據(jù)包含RGB三個(gè)通道,通過(guò)顏色系統(tǒng)的轉(zhuǎn)換,最終得到R、G、B、H、S、I、L、a、b共9個(gè)通道的顏色值。

        表2 檀香葉片全鐵含量及RGB單通道值統(tǒng)計(jì)信息Table 2 Statistical information of total iron content and RGB single channel color value

        本研究將獲取的擬合數(shù)據(jù)按100為梯度劃分為6組,并求得平均值,分析不同全鐵含量對(duì)光譜反射率的影響,如圖4所示??梢钥闯觯琑和B通道值先下降后上升,而G通道值先上升后下降。這說(shuō)明,全鐵含量的上升促進(jìn)了葉綠素濃度增加,葉片向純綠色變化;而隨著全鐵含量持續(xù)增高,葉片開(kāi)始失綠,說(shuō)明檀香受到了鐵毒脅迫作用,葉綠素遭到了破壞,生長(zhǎng)也會(huì)隨之受到影響。

        2.3 主成分分析及預(yù)測(cè)結(jié)果

        由于9種顏色因子之間存在較大的相關(guān)性,為了縮短建模時(shí)間、提高模型的精度,對(duì)其進(jìn)行了主成分分析,結(jié)果得到四種試驗(yàn)的前四個(gè)主成分的累計(jì)貢獻(xiàn)率均達(dá)到99%,所以本文選擇前四個(gè)主成分作為輸入因子。試驗(yàn)構(gòu)建4種神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,參數(shù)設(shè)置分別為:BPNN使用4-10-1的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),其輸入、輸出層傳遞函數(shù)分別為T(mén)ansig和Purelin,訓(xùn)練函數(shù)使用L-M優(yōu)化算法,迭代次數(shù)為100;PSOBPNN中種群粒子數(shù)為20,每個(gè)粒子的維數(shù)為4,算法迭代進(jìn)化次數(shù)為100;GA-BPNN種群大小為20,遺傳代數(shù)為100,交叉概率為0.6,變異概率為0.005。BPNN-Adaboost中預(yù)測(cè)器個(gè)數(shù)選擇10,預(yù)測(cè)時(shí)迭代次數(shù)為20。

        對(duì)4組試驗(yàn)得到的結(jié)果進(jìn)行分析,結(jié)果如表3所示??梢钥闯?,單個(gè)評(píng)價(jià)指標(biāo)對(duì)不同試驗(yàn)的結(jié)果說(shuō)明不同,例如,BPNN模型中,試驗(yàn)2的決定系數(shù) R2高于試驗(yàn)1,但平均殘差高于試驗(yàn)1,為綜合考慮各評(píng)價(jià)指標(biāo),本研究分別對(duì)建模和驗(yàn)證數(shù)據(jù)得到的決定系數(shù) R2、平均殘差、均方根誤差RMSE進(jìn)行打分,指標(biāo)最優(yōu)的記為1,最差的記為4,得分最低的為最佳試驗(yàn)方案。排名結(jié)果如表3最后一列所示。

        圖4 紅綠藍(lán)(RGB)顏色值隨檀香葉片全鐵含量濃度變換趨勢(shì)Fig. 4 Variation of RGB color value with content of total iron in sandalwood leaves

        表3 不同神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型和不同試驗(yàn)的預(yù)測(cè)結(jié)果Table 3 Prediction results of different neural network models and different tests

        由表3可知,試驗(yàn)1和試驗(yàn)2無(wú)論在擬合優(yōu)度和預(yù)測(cè)精度方面均相差不顯著,且在使用BPNN和GA-BPNN時(shí),試驗(yàn)1的結(jié)果優(yōu)于試驗(yàn)2,而在使用PSO-BPNN和BPNN-Adaboost模型時(shí),結(jié)果相反。但試驗(yàn)3和試驗(yàn)4的結(jié)果在各項(xiàng)指標(biāo)均有明顯提高,同時(shí),所有模型均顯示試驗(yàn)4結(jié)果最佳,即使用新葉與老葉的顏色比值結(jié)果優(yōu)于新葉與整體的顏色比值,這是因?yàn)樵谌辫F狀態(tài)時(shí),新葉失綠,老葉保持綠色,若計(jì)算整體比值,則新老葉的光譜特征差異減弱;而在鐵毒情況下,葉綠素受到破壞,新葉最先受到影響,葉片由綠變黃,所以新葉與整體的顏色比值同樣削弱了光譜特征差異,導(dǎo)致精度降低。

        從表3中還可以看出,相同試驗(yàn)下,綜合分析擬合優(yōu)度以及預(yù)測(cè)精度,4種神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型優(yōu)劣排名為GA-BPNN>PSO-BPNN>BPNNAdaboost>BPNN。這說(shuō)明優(yōu)化后的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)確實(shí)減小了出現(xiàn)過(guò)擬合的概率,同時(shí),尋優(yōu)算法(G A、P S O)的效果要優(yōu)于迭代增強(qiáng)(Adaboost),也說(shuō)明合適的初始值與閾值對(duì)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)能力的提高更明顯。

        3 結(jié) 論

        以海南省文昌市島東林場(chǎng)栽植的檀香為試驗(yàn)對(duì)象,通過(guò)施加不同梯度的螯合鐵對(duì)檀香進(jìn)行鐵脅迫,從而研究植株葉片光譜參數(shù)與植株體內(nèi)全鐵含量之間的關(guān)系。結(jié)果表明,葉片從缺鐵向正常含量變化過(guò)程中,葉綠素含量增加,顏色變得濃綠;當(dāng)超過(guò)最佳值(250~300 mg·kg-1)時(shí),葉綠素含量開(kāi)始減少,產(chǎn)生鐵毒效應(yīng)。研究通過(guò)將Lab系統(tǒng)中的b通道、L通道與大津法、中值濾波以及形態(tài)學(xué)運(yùn)算相結(jié)合完成檀香分割,計(jì)算冠幅生長(zhǎng)量占總冠幅的比例確定新葉區(qū)域,將新葉與老葉光譜參數(shù)比值作為GA-BPNN的輸入因子,得到較好的預(yù)測(cè)結(jié)果。與前人的研究相比,本文在模型輸入因子方面進(jìn)行了改進(jìn),提出了圖像法確定新葉,并驗(yàn)證得出,通過(guò)該方法獲得的新老葉顏色比值作為輸入因子得到的結(jié)果最優(yōu)。同時(shí),由于海南地區(qū)土壤類型多樣,不同土壤類型對(duì)試驗(yàn)結(jié)果是否產(chǎn)生較大的影響,也需要后期的討論分析。

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