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        小麥抗逆相關(guān)基因 TaGB1的克隆及其表達(dá)特性分析

        2018-10-09 02:33:52王小婷王文靜楊雯晶胡衛(wèi)國(guó)
        麥類作物學(xué)報(bào) 2018年9期
        關(guān)鍵詞:植物信號(hào)研究

        王小婷,王文靜,李 波,楊雯晶,胡衛(wèi)國(guó)

        (1.河南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院小麥研究所/河南省小麥生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/農(nóng)業(yè)部黃淮中部小麥生物學(xué)與遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/國(guó)家小麥工程實(shí)驗(yàn)室,河南鄭州 450002;2.西北農(nóng)林科技大學(xué)農(nóng)學(xué)院/旱區(qū)作物逆境生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,陜西楊凌 712100;3.陜西省農(nóng)業(yè)機(jī)械鑒定推廣總站,陜西西安 710003)

        異源三聚體GTP結(jié)合蛋白(G蛋白)是由α、β、γ亞基(Gα、Gβ、Gγ)組成的膜蛋白復(fù)合物,參與介導(dǎo)真核生物中保守的信號(hào)傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)[1]。在傳統(tǒng)模式中,異源三聚體GTP結(jié)合蛋白通過細(xì)胞膜限定結(jié)合外界的多種信號(hào),然后通過G蛋白偶聯(lián)的受體蛋白(GPCR)將外界信號(hào)傳遞至下游的效應(yīng)蛋白,最終引起轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,進(jìn)而響應(yīng)外界環(huán)境的刺激。

        通常認(rèn)為植物G蛋白信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制與動(dòng)物G蛋白相似,但是植物中GPCR信號(hào)元件的種類和數(shù)量與動(dòng)物中不同[2]。在哺乳動(dòng)物中,由20個(gè)Gα、5個(gè)Gβ和12個(gè)Gγ亞基組成的異源組合為超過800個(gè)基因編碼的巨大的GCPRs家族提供了信號(hào)特異性[3]。哺乳動(dòng)物G蛋白偶聯(lián)的信號(hào)通路參與體內(nèi)大量的生理過程,并且跟許多疾病狀態(tài)相關(guān),這使得G蛋白成為藥物治療的重要靶標(biāo)[4]。除參與疾病治療之外,G蛋白在發(fā)育階段的信號(hào)傳遞過程中也履行重要的功能[3],如有絲分裂過程中的保守功能[5]。然而與哺乳動(dòng)物及其他真核生物相反,植物中僅有幾種常見的G蛋白亞基種類,如模式植物擬南芥基因組僅含有1個(gè)Gα、1個(gè)Gβ和2個(gè)Gγ亞基[6]。除此之外,擬南芥基因組不具備編碼動(dòng)物中已知效應(yīng)蛋白同系物的能力[7]。在水稻基因組中,含有1個(gè)Gα( RGA1)[8]、1個(gè)Gβ(RGB1)[9]和目前已報(bào)道的Gγ1(RGG1)[10]。與哺乳動(dòng)物相比,植物的G蛋白相關(guān)組件較少[7],但諸多研究表明,植物G蛋白同樣參與眾多的生理過程,包括細(xì)胞分裂[11-12]、離子通道調(diào)節(jié)[13-14]、種子萌發(fā)[15]、生物和非生物脅迫響應(yīng)[16-17]、藍(lán)光介導(dǎo)的響應(yīng)[18]等。

        小麥?zhǔn)鞘澜鐑纱蠊阮愖魑镏唬瑫r(shí)也是能最大限度適應(yīng)惡劣環(huán)境條件的主要糧食作物[19]。目前,關(guān)于異源三聚體G蛋白在普通小麥中的研究報(bào)道多是關(guān)于抗銹病、白粉病或蚜蟲等[20],且研究多是關(guān)于異三聚體G蛋白中的小G蛋白[21-24]。從普通小麥品種S615中,研究人員克隆得到編碼G蛋白α亞基的兩個(gè)基因TaGA1和TaGA2[25]。編碼G蛋白β亞基基因的全長(zhǎng)cDNA序列也從S615中被克隆得到,被命名為 TaGB1,其編碼380個(gè)氨基酸,并且與其他植物和動(dòng)物的G蛋白β亞基結(jié)構(gòu)相似, TaGB1同樣也具有7個(gè)WD40保守域[26]。但以上研究并未就 TaGB1的基因特性及表達(dá)情況進(jìn)行分析,其與雙子葉植物同源基因的進(jìn)化關(guān)系等方面研究也存在空白。

        本研究選取典型的雙子葉模式植物擬南芥為比較對(duì)象,分析小麥G蛋白β亞基基因 TaGB1與其他植物中的G蛋白β亞基之間的親疏關(guān)系,通過系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹研究 TaGB1進(jìn)化上的親緣關(guān)系,并分析 TaGB1在不同脅迫處理?xiàng)l件下的表達(dá)情況、蛋白定位以及組織特異性等,以期為解析小麥中G蛋白β亞基的功能奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        小麥品種濟(jì)麥22種子由本實(shí)驗(yàn)室保存,大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞TOP10購(gòu)于江蘇康為生物科技有限公司,亞細(xì)胞定位表達(dá)載體16318h-GFP由本實(shí)驗(yàn)室保存。

        1.2 方 法

        1.2.1 小麥材料處理

        取適量小麥種子于培養(yǎng)皿內(nèi),7‰過氧化氫浸泡12 h破除休眠,清水沖洗3遍,室溫萌發(fā)后移至96孔透明板進(jìn)行水培,在溫度22 ℃、相對(duì)濕度65%、光照周期16 h/8 h下生長(zhǎng)10 d左右。整株及根、莖、葉分別取樣后,液氮速凍,-80 ℃保存。

        取水培10 d左右的生長(zhǎng)狀態(tài)一致的小麥幼苗進(jìn)行干旱、ABA、鹽及熱脅迫處理。干旱脅迫處理:用吸水紙擦干幼苗表面水分,置于干燥濾紙上對(duì)幼苗進(jìn)行自然脫水處理,分別于0 h、2 h、3 h、12 h、24 h取樣。 ABA脅迫處理:小麥幼苗置于含有100 μmol·L-1ABA的水培液中進(jìn)行脅迫處理,分別于0 h、2.5 h、7 h、25 h、48 h、72 h不同時(shí)間點(diǎn)整株取樣。100 mmol·L-1NaCl脅迫處理:取幼菌于含有100 mmol·L-1NaCl的水培液中培養(yǎng),分別在0 h、1 h、4 h、12 h、24 h、48 h整株取樣;熱脅迫處理:除幼苗置于37 ℃溫度下培養(yǎng),分別在0 h、3 h、6 h、12 h、24 h、36 h整株取樣,液氮速凍后-80 ℃保存。

        1.2.2 總RNA提取及cDNA第一鏈的合成

        植物樣品總RNA提取按照全式金TransZol Up說明書操作步驟,1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA質(zhì)量,反轉(zhuǎn)錄cDNA第一鏈的合成參照全式金反轉(zhuǎn)錄試劑盒操作(貨號(hào):AT-311)。

        1.2.3 小麥 TaGB1基因克隆

        根據(jù)小麥G蛋白β亞基 TaGB1(ACCESSION:AB090160)序列,設(shè)計(jì)正向引物(5′-ATGGCGTCCGTGGCGGAGCTCAA-3′)和反向引物(5′-TCAGACTATCTTGCGGTGTCCAC-3′),以反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA為模板,利用高保真DNA聚合酶PrimeSTAR進(jìn)行PCR擴(kuò)增。反應(yīng)體系:2×PrimeSTAR GC Buffer 25 μL,dNTP Mixture(2.5 mmol·L-1)4 μL, 正向引物(10 μmol·L-1)1 μL,反向引物(10 μmol·L-1)1 μL,cDNATemplate 2 μL,PrimeSTAR HS DNA Polymerase(2.5 U·μL-1)0.4 μL,ddH2O 16.6 μL。PCR程序設(shè)定為95 ℃ 10 min;95 ℃ 45 s,69 ℃ 30 s,72 ℃ 1 min 30 s,35 cycles;72 ℃ 10 min;16 ℃保存。1.5%瓊脂糖凝膠檢測(cè)PCR產(chǎn)物大小,將目的片段利用TaKaRa MiniBESTAgarose Gel DNA Extraction Kit進(jìn)行膠回收,構(gòu)建至零背景克隆載體pZero Back/Blunt Vector,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至感受態(tài)TOP10,挑取陽(yáng)性單克隆菌液送北京奧科鼎盛生物技術(shù)有限公司測(cè)序。

        1.2.4 生物信息學(xué)分析

        利用分子生物學(xué)軟件Clustal X 2.0和DNAMAN進(jìn)行多重序列比對(duì);運(yùn)用在線網(wǎng)站ProtParam(http://web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam)預(yù)測(cè)蛋白分子量和等電點(diǎn);利用MEGA 6.0軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹;采用在線工具SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)進(jìn)行蛋白質(zhì)保守域預(yù)測(cè)。

        1.2.5 TaGB1亞細(xì)胞定位

        對(duì)亞細(xì)胞定位載體16318h-GFP進(jìn)行BamHI單酶切,酶切產(chǎn)物回收,按照In-Fusion快速克隆試劑盒說明書將 TaGB1目的片段與酶切產(chǎn)物連接,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至感受態(tài)TOP10,選取陽(yáng)性菌液送測(cè)序。

        選取生長(zhǎng)1周的濟(jì)麥22小麥幼苗葉片制備原生質(zhì)體,采用PEG介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化方法將已測(cè)序正確的重組質(zhì)粒16318h-GFP:: TaGB1和空載體同時(shí)轉(zhuǎn)化至小麥原生質(zhì)體細(xì)胞,避光培養(yǎng)16 h后觀察蛋白的表達(dá)。

        1.2.6 TaGB1基因的表達(dá)模式分析

        分別以小麥幼葉、根、莖,以及不同脅迫處理?xiàng)l件下的小麥植株樣品為材料,進(jìn)行總RNA提取及cDNA第一鏈的合成,具體方法參照1.2.2中所述步驟。實(shí)時(shí)熒光定量PCR具體操作步驟依據(jù)天根Real Master Mix(SYBR Green)說明書,以反轉(zhuǎn)錄的cDNA為模板,內(nèi)參基因FP(5′-CACTGGAATGGTCAAGGCTG-3′)和RP(5′-CTCCATGTCATCCCAGTTG-3′),依據(jù) TaGB1序列設(shè)計(jì)引物分別為F1(5′-ACCCGCTTGATT ACAGGCTC-3′)、R1(5′-TGATATGTCCGAA CTGCCCG-3′)和F2(5′-CCCTGATGGTCAG AGGTTCG-3′)R2(5′-AGCGTGTCCCACACAT AACA-3′)。反應(yīng)體系:2×SuperReal PreMix Plus 10 μL,50×ROX Reference Dye 0.4 μL,正向引物(10 μmol·L-1)0.3 μL,反向引物(10 μmol·L-1)0.3 μL,cDNA模板 2 μL,RNase-free Water 7 μL。

        采用熒光定量PCR儀(ABI 7500)3步法反應(yīng)程序進(jìn)行PCR擴(kuò)增:95 ℃ 15 min;95 ℃ 10 s,60 ℃ 20 s,72 ℃ 30 s,40 cycles,在72 ℃ 30 s時(shí)進(jìn)行熒光信號(hào)采集。根據(jù)各樣品特定熒光閾值下的Ct值,依據(jù)計(jì)算公式2-△△Ct比較基因的相對(duì)表達(dá)量。每個(gè)樣本設(shè)置至少3個(gè)生物學(xué)重復(fù)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 小麥 TaGB1的基因序列特性分析

        對(duì)濟(jì)麥22的 TaGB1進(jìn)行克隆(圖1)、測(cè)序和BLAST分析表明,該基因分別位于小麥基因組4A、4B和4D染色體上,分別命名為 TaGB1A、TaGB1B和 TaGB1D。 TaGB1基因編碼區(qū)全長(zhǎng)1 143 bp,包含6個(gè)外顯子和5個(gè)內(nèi)含子,編碼380個(gè)氨基酸,預(yù)測(cè)分子量為41 kD。 TaGB1在A、B和D染色體組間十分保守,對(duì) TaGB1A、 TaGB1B和 TaGB1D多肽序列進(jìn)行比對(duì)發(fā)現(xiàn),其氨基酸序列同源性高達(dá)99.91%,僅在第330位氨基酸存在差異(圖2),A染色體組中對(duì)應(yīng)的氨基酸是纈氨酸(Val),而B和D染色體組中均是甲硫氨酸(Met)。由此推測(cè) TaGB1在A、B和D染色體組中具有相似的功能。

        M:DL2000;1~3: TaGB1 PCR 產(chǎn)物。M:DL2000; 1-3: TaGB1 PCR product.

        紅色標(biāo)注為甲硫氨酸,綠色標(biāo)注為纈氨酸。The red mark represents methionine,the green mark represents valine.

        對(duì) TaGB1的氨基酸序列進(jìn)行結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)其含有7個(gè)WD40保守域(圖3)。為進(jìn)一步分析 TaGB1與雙子葉模式植物擬南芥的G蛋白β亞基 AGB1氨基酸序列差異,將 TaGB1各拷貝的多肽序列與 AGB1的多肽序列進(jìn)行多重比對(duì),結(jié)果(圖4)顯示, TaGB1與 AGB1同源性高達(dá)93.46%,且 TaGB1與 AGB1的第Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅵ和Ⅶ個(gè)WD40保守域相同,第Ⅱ個(gè)和第Ⅴ個(gè)WD40保守域存在差異。據(jù)此推斷,小麥基因 TaGB1與 AGB1在功能上可能有部分相似性。

        2.2 TaGB1系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化分析

        系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化分析(圖5)表明,不同植物的G蛋白β亞基蛋白序列高度相似, TaGB1在親緣關(guān)系上與節(jié)節(jié)麥(Aegilopstauschii)、大麥(HordeumvulgareL.)、二穗短柄草(Brachypodiumdistachyon)、燕麥(AvenafatuaL.)等禾本科植物較近;從大的進(jìn)化關(guān)系來看,G蛋白β亞基在物種進(jìn)化上趨向于劃分為單、雙子葉兩條途徑,小麥G蛋白β亞基 TaGB1進(jìn)化上屬于單子葉植物大類,與擬南芥等雙子葉植物的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

        圖3 TaGB1蛋白序列保守域(conserved domains)分析

        圖中紅色橫線標(biāo)注為Ⅰ-Ⅶ7個(gè)WD40保守域,紅色矩形標(biāo)注為 TaGB1不同拷貝間氨基酸序列差異。Seven WD40 conserved domains in AGB1 are underlined in red,and sequence differences are indicated with red rectangle.

        圖5 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹分析

        2.3 TaGB1表達(dá)模式分析

        檢測(cè)結(jié)果(圖6)表明,在ABA和NaCl脅迫下, TaGB1的表達(dá)趨勢(shì)相似,在一定時(shí)間范圍內(nèi),其相對(duì)表達(dá)量趨于上升,分別在處理后7 h和24 h左右達(dá)到最大值,之后趨于下降;在干旱脅迫下,在處理后0~12 h之間, TaGB1的表達(dá)基本上維持較穩(wěn)定的水平,處理24 h左右后表達(dá)量迅速上升,約是處理前的3倍;熱脅迫下, TaGB1的相對(duì)表達(dá)量在處理6 h左右時(shí)達(dá)到最大值,約是處理前的20倍。這說明 TaGB1基因表達(dá)受外界脅迫如ABA、NaCl、熱和干旱誘導(dǎo),推測(cè)該基因參與植物抗逆信號(hào)傳導(dǎo)途徑。

        2.4 TaGB1亞細(xì)胞定位及組織特異性分析

        以正常生長(zhǎng)1周的小麥幼苗葉片為材料制備小麥原生質(zhì)體,將重組質(zhì)粒16318h-GFP:: TaGB1和空載體16318h-GFP同時(shí)轉(zhuǎn)化原生質(zhì)體細(xì)胞。觀察結(jié)果(圖7A)表明,陽(yáng)性對(duì)照16318h-GFP在細(xì)胞膜、細(xì)胞質(zhì)和核均能觀察到熒光信號(hào),證明PEG介導(dǎo)轉(zhuǎn)化過程正常, TaGB1蛋白定位于胞質(zhì)內(nèi)成斑點(diǎn)狀,且斑點(diǎn)狀信號(hào)很強(qiáng),除此之外,質(zhì)膜上也存在微弱的熒光信號(hào)。組織特異性表達(dá)水平(圖7B)顯示,在正常生長(zhǎng)條件下, TaGB1在幼苗的葉、根及莖中都有轉(zhuǎn)錄活性,但不同部位中相對(duì)表達(dá)水平存在差別,葉片中較高,而在根和莖中較低,說明該基因在感知外界信號(hào)和信號(hào)傳遞方面發(fā)揮作用。

        圖6 TaGB1表達(dá)模式

        圖7 TaGB1蛋白亞細(xì)胞定位及組織特異性分析

        3 討 論

        研究表明,G蛋白β亞基C端含有一組7個(gè)重復(fù)串聯(lián)的WD40結(jié)構(gòu)[9],7個(gè)重復(fù)串聯(lián)的WD40結(jié)構(gòu)含有與Gα亞基以及下游效應(yīng)因子相互作用位點(diǎn),影響蛋白與蛋白之間的相互作用[35]。前人研究發(fā)現(xiàn),編碼小麥G蛋白β亞基的 TaGB1包含7個(gè)WD40保守域,與其他植物和動(dòng)物的G蛋白β亞基類似[26],本研究結(jié)果與此一致。擬南芥有很多蛋白都包含WD40重復(fù)結(jié)構(gòu)(WD40保守域),G蛋白β亞基 AGB1就是其中之一。本研究將 TaGB1的氨基酸序列與 AGB1的氨基酸序列進(jìn)行多重比對(duì),結(jié)果表明,除第Ⅱ個(gè)和第Ⅴ個(gè)WD40結(jié)構(gòu)存在差異外,其余5個(gè)WD40保守域完全相同,說明G蛋白β亞基在不同物種的進(jìn)化中具有高度保守性,WD40蛋白在多種細(xì)胞發(fā)育過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用,因此,推測(cè)小麥抗逆基因 TaGB1可能與 AGB1具有部分相似功能。

        TaGB1在親緣關(guān)系上與禾本科等單子葉植物較近,而與擬南芥、煙草等雙子葉植物較遠(yuǎn),即分化形成兩大分支(圖5),這在植物G蛋白β亞基的相關(guān)研究中鮮有報(bào)道。根據(jù)上述 TaGB1和 AGB1的WD40保守域差異結(jié)果,推測(cè)這種進(jìn)化上的分化與WD40保守域的差異存在一定的聯(lián)系,但具體的機(jī)制仍需進(jìn)一步探究。

        AGB1的表達(dá)幾乎貫穿植物生長(zhǎng)的全部階段,并且存在于各種組織器官中,包括根、花、莖、蓮座葉、種子等[27-28]。本試驗(yàn)對(duì) TaGB1進(jìn)行表達(dá)分析表明, TaGB1在小麥根、莖、葉均有不同程度的表達(dá),這與已有報(bào)道一致,但 TaGB1在葉中的表達(dá)量較高,原因可能是植物主要利用葉片感知外界刺激并傳導(dǎo)至細(xì)胞內(nèi)部引起一系列級(jí)聯(lián)反應(yīng),或者可能是在植物不同的生長(zhǎng)發(fā)育階段中,不同組織部位依據(jù)各自發(fā)揮功能的主、次而引起表達(dá)量的變化,如水稻中 RGA1和 RGB1的mRNA在根部的積累低于在d線區(qū)域的積累,但是擬南芥中正好相反,即 GPA1和 AGB1的mRNA在根部的積累較高[29]。

        研究表明,高溫、氧化脅迫、高鹽處理下,豌豆G蛋白成員PsGα和PsGβ在轉(zhuǎn)錄水平大量表達(dá)[31];水稻G蛋白各亞基受非生物脅迫和激素ABA誘導(dǎo)表達(dá)[32]。Colaneri等[33]和Ma[30]研究發(fā)現(xiàn),G蛋白調(diào)節(jié)鹽處理下植物的生長(zhǎng)發(fā)育,并且擬南芥G蛋白β亞基突變體agb1-2對(duì)缺水的適應(yīng)性增強(qiáng)[34]。 AGB1通過調(diào)節(jié)滲透脅迫、離子穩(wěn)態(tài)和氧脅迫來正向調(diào)控植物的耐鹽性[30]。本研究中, TaGB1在鹽脅迫下上調(diào)表達(dá),脅迫處理約24 h后表達(dá)量最高,隨著時(shí)間的延長(zhǎng),表達(dá)呈現(xiàn)下降趨勢(shì), TaGB1在熱脅迫下表達(dá)上調(diào),處理后6 h左右表達(dá)量最高,這與已有的一些研究結(jié)果相符。環(huán)境脅迫會(huì)刺激植物產(chǎn)生內(nèi)源ABA,這些ABA的產(chǎn)生調(diào)節(jié)植物的生長(zhǎng)發(fā)育[35]。本研究中 TaGB1受外源激素ABA及干旱脅迫條件誘導(dǎo)上調(diào)表達(dá),在處理后24 h達(dá)到最大值,說明 TaGB1 可能通過依賴ABA的信號(hào)通路調(diào)控植物的耐旱性。

        有文獻(xiàn)報(bào)道,其他植物中G蛋白β亞基的定位多是在質(zhì)膜和核[41],以及細(xì)胞內(nèi)其他的組分上[37-39]。本研究中,小麥 TaGB1蛋白主要定位于胞質(zhì),呈斑點(diǎn)狀,質(zhì)膜上亦存在微弱的GFP信號(hào)。關(guān)于小麥G蛋白β亞基胞質(zhì)內(nèi)斑點(diǎn)狀定位,推測(cè)可能是高爾基體,準(zhǔn)確定位有待進(jìn)一步研究。

        WD40重復(fù)保守域在植物體內(nèi)扮演重要角色,包括介導(dǎo)不同蛋白質(zhì)間的相互作用[2,40],以及參與蛋白質(zhì)的降解過程等[41-42]。本研究中對(duì) TaGB1的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹分析以及 TaGB1和AGB1的WD40保守域差異分析,推測(cè)不同物種間G蛋白β亞基表達(dá)部位的差異可能與其進(jìn)化分類相關(guān),小麥G蛋白β亞基胞質(zhì)內(nèi)斑點(diǎn)狀定位也可能與WD40功能域存在某種關(guān)聯(lián),因此關(guān)于 TaGB1斑點(diǎn)狀定位具體的原因以及與WD40功能域之間的關(guān)系,仍需更進(jìn)一步的研究。

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