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        利用4種方法對(duì)豬肉、牛肉、羊肉DNA進(jìn)行提取比較*

        2018-09-20 02:48:48郭露露沈曉芳
        食品工程 2018年3期
        關(guān)鍵詞:清液離心管氯化鈉

        楊 成 李 晶 徐 悅 郭露露 沈曉芳*

        (江南大學(xué)食品學(xué)院,江蘇無(wú)錫 214122)

        肉類真實(shí)性鑒別是經(jīng)濟(jì)利益驅(qū)動(dòng)型慘假(Economically Motivated Adulteration,EMA) 研究的主要內(nèi)容之一。例如,自2013年歐洲“馬肉丑聞”事件、中國(guó)“假羊肉”事件后,經(jīng)濟(jì)日?qǐng)?bào)等媒體相繼曝光了河間多個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)黑作坊將騾子肉、馬肉、豬肉加工后冒充驢肉出售。然而,僅依靠視覺、嗅覺、觸覺等感官手段鑒別肉的真?zhèn)?,具有主觀差異性、可靠性和科學(xué)性不高。

        隨著分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展,研究者開始從分子水平對(duì)動(dòng)物性成分進(jìn)行鑒定。目前,對(duì)肉類成分的生物性鑒別方法主要包括基于蛋白的檢測(cè)方法,如免疫學(xué)方法、酶聯(lián)免疫法和生物質(zhì)譜技術(shù)等;以及基于核酸的方法,主要包括利用PCR等技術(shù)對(duì)肉源性成分鑒別的方法。DNA檢測(cè)法可為利用分子生物學(xué)技術(shù)對(duì)肉制品的種源、摻假性檢測(cè)提供幫助。DNA檢測(cè)的關(guān)鍵在于快速、簡(jiǎn)潔提取DNA。目前,動(dòng)物源DNA的提取方法較少,主要有SDS法、CTAB法、異硫氰酸胍法、試劑盒法等。本文利用SDS法、CTAB法、改良氯化鈉法和試劑盒法對(duì)豬肉、牛肉、羊肉中DNA進(jìn)行提取,并對(duì)提取結(jié)果進(jìn)行比較,為后續(xù)利用分子生物學(xué)技術(shù)開展深加工肉制品中動(dòng)物源成分鑒別工作提供技術(shù)依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        1.1.1 樣品材料

        新鮮豬肉、牛肉、羊肉,采購(gòu)于某大型超市。

        1.1.2 試劑

        SDS裂解液;醋酸鉀溶液;NaCl;氯仿-異戊醇,體積比24∶1;無(wú)水乙醇;TE緩沖液;CTAB裂解液,源葉生物技術(shù)有限公司;Tris-飽和酚,源葉生物技術(shù)有限公司;β-巰基乙醇;EDTA;異丙醇,阿拉?。坏鞍酌窴,質(zhì)量濃度20mg/mL,阿拉丁;DNA提取試劑盒,Tiangen。

        1.2 儀器與設(shè)備

        渦旋混勻器,IKA VORTEX2;Centrifuge5810R型臺(tái)式離心機(jī),eppendorf;UV-3600 Plus型紫外可見分光光度計(jì),SHIMADZU;T18 digital均質(zhì)機(jī),IKA。

        1.3 DNA提取方法

        1.3.1 樣品前處理

        稱取10 g樣品,加入4mLTE緩沖液混合后,在均質(zhì)機(jī)中粉碎勻漿,-20℃保存,備用。

        1.3.2 SDS法

        參考高丹丹,陳燕等的研究,并進(jìn)行適當(dāng)修改。取0.5 g樣品于15mL離心管中,加入7mL裂解液,并加入40μL 20mg/mL蛋白酶K;65℃下消化3 h~5 h至無(wú)明顯組織塊;加入700μL醋酸鉀溶液,混勻,冰浴15min后,12 000 r/min、4℃、離心10min;取上清至新離心管中,加入等體積Tris-飽和酚,充分混勻,靜置10min后,12 000 r/min、4℃、離心10min;取上清液至新離心管中,加0.5倍體積氯仿-異戊醇(體積比24∶1),充分混合后,12 000 r/min、4℃、離心10 min;重復(fù)上述步驟至兩相中間無(wú)明顯的變性蛋白質(zhì)為止。將上清液轉(zhuǎn)移至新的離心管中,加入兩倍體積-20℃預(yù)冷的無(wú)水乙醇,輕輕搖晃至有絮狀沉淀析出,12 000 r/min離心10min,棄去上清液;加入600μL體積濃度70%乙醇洗滌沉淀,12 000 r/min離心3 min,棄去上清液,重復(fù)上述步驟1~2次后,室溫下靜置使乙醇完全揮發(fā);將DNA沉淀溶解于500μLTE緩沖溶液中,-20℃保存。

        1.3.3 改良氯化鈉法

        參考 Burhanettin Yal?1nkaya.etal,并進(jìn)行適當(dāng)修改。取0.5 g樣品于15mL離心管中,加入1mL TE緩沖液,8mL lysis緩沖液和0.8mL質(zhì)量分?jǐn)?shù)20%的SDS,置于渦旋混勻器上混合均勻;加入40μL 20mg/mL的蛋白酶K,混勻后65℃水浴1 h,加入6mL 5mol/L的NaCl溶液,于渦旋混勻器上混勻30 s,10 000 r/min離心30min,然后將其上清液轉(zhuǎn)移至新的離心管中,加入等體積的異丙醇,上下顛倒混勻后,16 000 r/min離心20min,棄去上清液,將DNA沉淀溶解于1 mL TE緩沖溶液中,-20℃保存。

        1.3.4 CTAB法

        參考GB/T 21101-2005,并進(jìn)行適當(dāng)修改。取0.5 g樣品于15 mL離心管中,12 000 r/min離心1min,棄去上清液,加入7mLCTAB裂解液和50μL β-巰基乙醇,60℃水浴30min;10 000 r/min離心15min,吸取上清液至新離心管中,加等體積的氯仿-異戊醇(體積比24∶1),12 000 r/min離心5min;重復(fù)上述步驟至兩相中間無(wú)明顯變性蛋白質(zhì)出現(xiàn)。取上清液至新離心管中,加2.5倍體積的無(wú)水乙醇,混勻后冰浴20 min;12 000 r/min離心15 min,棄去上清液;體積濃度70%乙醇洗滌沉淀,12 000 r/min離心5min,棄上清,室溫晾干;將DNA沉淀溶解于500μLTE緩沖溶液中,-20℃保存。

        1.3.5 試劑盒提取法

        按照試劑盒說明書操作進(jìn)行。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 4種方法提取樣品DNA的濃度與純度

        用紫外分光光度法鑒定DNA的濃度與純度:取10μL的DNA提取液稀釋300倍,依次測(cè)定試驗(yàn)樣品在230 nm、260 nm、280 nm波長(zhǎng)下的吸光值,通過OD260/280計(jì)算各樣品中的DNA純度并計(jì)算DNA的濃度。DNA濃度計(jì)算公式如下:

        DNA質(zhì)量濃度(μg/mL)=50μg/mL×OD260×稀釋數(shù)倍

        OD260/280值在1.8以下表示有蛋白質(zhì)污染,在2.0以上表示有RNA污染,在1.8左右表示DNA純度較高。OD260/230在2.0以下表示可能有碳水化合物如糖類、鹽類或有機(jī)溶劑等小分子污染物,若OD260/230高于2.0則說明無(wú)明顯小分子污染。

        2.1.1 4種方法提取樣品DNA的純度比較

        4種方法提取樣品DNA的純度比較如下頁(yè)圖1。

        由圖1可知,對(duì)于牛肉、羊肉和豬肉,采用SDS法提取得到的DNA純度相對(duì)于其他3種方法均相對(duì)較高,改良氯化鈉法次之,CTAB法最差。使用SDS法時(shí)3種樣品的OD260/280均在1.8-2.0范圍內(nèi),且OD260/230均大于2.0;使用改良氯化鈉法時(shí)3種樣品的OD260/280均在1.8-2.0范圍內(nèi),但從OD260/230來(lái)看,除羊肉外,另外兩種樣品受小分子物質(zhì)污染略微嚴(yán)重;采用試劑盒法和CTAB法時(shí)所提DNA受蛋白質(zhì)和RNA的影響均不大,但小分子物質(zhì)的污染較嚴(yán)重。綜上所述,用SDS法和改良氯化鈉法提取的基因組DNA純度均較高。

        2.1.2 4種方法提取樣品DNA的濃度比較

        4種方法提取樣品DNA的濃度比較如圖2。

        圖1 改良氯化鈉法、試劑盒法、SDS法和CTAB法提取牛肉、羊肉和豬肉DNA純度的比較

        圖2 改良氯化鈉法、試劑盒法、SDS法和CTAB法提取牛肉、羊肉和豬肉DNA濃度的比較

        由圖2可知,改良氯化鈉法提取得到的DNA濃度明顯高于其他方法,SDS法次之,CTAB法效果最差。這主要是由于SDS(十二烷基硫酸鈉)是一種陰離子去污劑,其可溶解膜蛋白而破壞細(xì)胞膜,使蛋白質(zhì)變性而沉淀下來(lái),且SDS可與小分子物質(zhì)結(jié)合成復(fù)合物,EDTA可抑制DNA酶的活性,再加入氯化鈉后,高濃度的鹽可使蛋白質(zhì)變性沉淀而析出,因此DNA得率較高。

        2.1.3 4種提取方法所用時(shí)間

        4種提取方法所用時(shí)間見表1。

        表1 4種方法所用時(shí)間 min

        2.2 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)

        圖3為采用4種方法對(duì)牛肉的基因組DNA完整性瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果。其中,1~3為CTAB法;4~6為試劑盒法;7~9為 SDS法;10~12為改良氯化鈉法。

        圖3 4種方法和CTAB法提取牛肉DNA的瓊脂凝膠檢測(cè)結(jié)果圖

        由圖3可以得出,4種方法提取到的DNA都呈明亮均一的條帶,泳道較為干凈,沒有拖尾現(xiàn)象,即均未發(fā)生降解,表明提取得到的基因組DNA完整性良好,且改良氯化鈉法、SDS法提取的牛肉制品的基因組DNA條帶更為清晰明亮,更完整。

        3 結(jié)論

        通過對(duì)4種方法提取得到DNA的純度、濃度以及所用時(shí)間進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)對(duì)于豬肉、牛肉、羊肉這3種樣品,不同提取方法得到的DNA濃度、純度均存在比較明顯的差異。采用改良氯化鈉法和SDS法提取得到的DNA純度均相對(duì)較高,但相比于改良氯化鈉法,SDS法用時(shí)長(zhǎng);試劑盒法操作簡(jiǎn)單,但提取得到的濃度相對(duì)較低,且易受小分子物質(zhì)的污染;CTAB法用時(shí)最短,但提取得到的DNA濃度和純度均低于其他3種方法。

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