2012年5月18日，北京市召開公立醫(yī)院改革試點啟動暨醫(yī)改工作會議，發(fā)布《北京市公立醫(yī)院改革試點方案》。北京市公立醫(yī)院改革試點探索實施“兩個分開”（管辦分開、醫(yī)藥分開），建立“三個機制”（法人治理運行機制、財政價格補償調(diào)控機制、醫(yī)保付費機制），先期選擇北京友誼醫(yī)院、北京朝陽醫(yī)院、北京同仁醫(yī)院、北京積水潭醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院5家市屬公立醫(yī)院，分別在醫(yī)藥分開、法人治理運行機制、醫(yī)保付費機制等不同方面進行試點。其中，北京友誼醫(yī)院試點取消15%的藥品加成和掛號費、診療費，設(shè)立醫(yī)事服務(wù)費。

2012年7月1日，北京友誼醫(yī)院試點醫(yī)藥分開。按照設(shè)計，試點的內(nèi)容是取消15%的藥品加成、掛號費和診療費，并按照出診醫(yī)生的職級，增設(shè)42元、60元、80元和100元4檔醫(yī)事服務(wù)費，其中醫(yī)保定額報銷40元。醫(yī)藥分開7周后，北京友誼醫(yī)院門診患者次均費用下降12.69元、次均藥費下降59.12元，醫(yī)保患者自付費用下降70.27元。

2012年9月，體量更為巨大、外地病人更多的北京朝陽醫(yī)院緊接登場。試點5個月后，北京友誼醫(yī)院和北京朝陽醫(yī)院的門診醫(yī)?；颊叽尉幤焚M用下降了25%以上；患者自己負擔的醫(yī)療費用，從改革前的180元左右，下降至目前的100元左右，降幅超過四成。住院醫(yī)保患者例均醫(yī)療費用，降幅也在13%左右。

2012年12月1日，北京天壇醫(yī)院、同仁醫(yī)院、積水潭醫(yī)院3家三級公立醫(yī)院正式啟動醫(yī)藥分開改革試點。至此，北京市醫(yī)藥分開改革試點三甲公立醫(yī)院已擴容至5家，約占全市三甲醫(yī)院總數(shù)的10%。

2014年～2015年，北京市延慶、密云兩區(qū)6家區(qū)屬二級醫(yī)院相繼加入醫(yī)藥分開改革試點。

2016年2月6日，北京市人民政府印發(fā)《北京市城市公立醫(yī)院綜合改革實施方案》，明確要求大力推進醫(yī)藥分開改革，“總結(jié)北京友誼醫(yī)院等5家醫(yī)院的試點經(jīng)驗，在全市公立醫(yī)院加快推進醫(yī)藥分開。統(tǒng)籌考慮各級醫(yī)院特點，制定有利于實現(xiàn)分級診療的醫(yī)事服務(wù)費價格政策，醫(yī)事服務(wù)費納入醫(yī)保報銷范圍；實施醫(yī)藥產(chǎn)品陽光采購，改革支付方式，加強醫(yī)院內(nèi)部管理，完善政府投入方式，切實降低醫(yī)藥價格；同步調(diào)整醫(yī)療服務(wù)價格，逐步理順公立醫(yī)院補償渠道，建立科學(xué)合理的補償機制。探索患者可自主選擇在醫(yī)院門診藥房或憑處方到零售藥店購藥的途徑，破除以藥補醫(yī)機制。”

2017年3月22日，北京市人民政府新聞辦公室聯(lián)合北京市衛(wèi)生計生委、北京市醫(yī)藥分開綜合改革工作小組其他成員單位，召開北京市醫(yī)藥分開綜合改革新聞發(fā)布會。會上《北京市醫(yī)藥分開綜合改革實施方案》正式發(fā)布，方案將于4月8日正式實施。改革的主要內(nèi)容為：取消藥品加成和掛號費、診療費，設(shè)立醫(yī)事服務(wù)費；實施藥品陽光采購，降低藥品采購價格；規(guī)范基本醫(yī)療服務(wù)項目，實施有升有降的調(diào)整。

《方案》優(yōu)先安排了矛盾比較突出、各方面改革呼聲較高、有改革共識的5類435個醫(yī)療服務(wù)項目進行調(diào)整。綜合醫(yī)療服務(wù)類（床位、護理等）125項，占28.7%；影像學(xué)診斷類（CT、核磁等）185項，占42.5%；中醫(yī)醫(yī)療服務(wù)類（針灸、推拿等）96項，占22.1%；臨床手術(shù)治療類（闌尾切除術(shù)等）26項和臨床物理治療類（放療等）3項，占6.7%。其中，護理、手術(shù)等體現(xiàn)醫(yī)務(wù)人員價值項目價格上調(diào)、CT和核磁等大型設(shè)備檢查形目價格下調(diào)、藥品平均價格下降，總體實現(xiàn)“一升兩降”趨勢。

《方案》明確此次綜合改革的主要目標是到2017年年底，以行政區(qū)為單位，公立醫(yī)院藥占比（不含中藥飲片）力爭降到30%左右，百元醫(yī)療收入（不含藥品收入）中消耗的衛(wèi)生材料降到20元以下；到2020年上述指標得到進一步優(yōu)化，公立醫(yī)院醫(yī)療費用增長穩(wěn)定在合理水平。

此次綜合改革的范圍涉及北京市行政區(qū)域內(nèi)政府、事業(yè)單位及國有企業(yè)舉辦的公立醫(yī)療機構(gòu)和解放軍、武警部隊在京醫(yī)療機構(gòu)。此外，政府購買服務(wù)的社會辦醫(yī)療機構(gòu)、城鄉(xiāng)基本醫(yī)療保險定點的社會辦醫(yī)療機構(gòu)，可自愿申請參與本次醫(yī)藥分開綜合改革，并執(zhí)行各項改革政策。

2017年4月8日零時 ，北京市3600多家醫(yī)療機構(gòu)同時啟動醫(yī)藥分開綜合改革。

綜合改革兩個月后，全市三級醫(yī)院的門急診和出院總藥占比為33.84%，與去年同期相比下降7.31%；二級醫(yī)院總藥占比為40.07%，同比下降7.14%；一級及社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)機構(gòu)總藥占比為72.53%，同比下降4.06%。副主任醫(yī)師就診人次下降9.3%，主任醫(yī)師就診人次下降20.8%，知名專家就診人次下降14.8%。與此同時，監(jiān)測單位中，三級醫(yī)院門急診量與去年同期相比減少12.58%，二級醫(yī)院門急診量與去年同期相比減少4.54%；一級醫(yī)院及社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)機構(gòu)門急診量與去年同期相比增加7.6%。綜合改革初見成效。

2017年7月22日，綜合改革百天。全市節(jié)省衛(wèi)生費用35億元；副主任醫(yī)師就診人次下降10%，主任醫(yī)師就診人次下降22.7%，知名專家就診人次下降15.2%；三級醫(yī)院門急診量下降12.7%，二級醫(yī)院診療量下降4.9%，一級醫(yī)院及社區(qū)機構(gòu)的門急診量上升10%。

2018年4月，綜合改革一周年，全市二級、三級醫(yī)院藥占比從43%降至34%以下，降幅達9%。副主任醫(yī)師就診人次減少9.7%，主任醫(yī)師就診人次減少25.5%，三級醫(yī)院門急診量減少11.9%，一級醫(yī)院及基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)增長16.1%。全市各級醫(yī)療機構(gòu)逐步“各歸其位”。