1949年，新中國(guó)衛(wèi)生部成立，當(dāng)時(shí)沒有醫(yī)療保險(xiǎn)，公費(fèi)醫(yī)療包含在醫(yī)療服務(wù)提供之中，由衛(wèi)生部直接管理。勞保醫(yī)療則由勞動(dòng)部門管理。

上世紀(jì)90年代，在江蘇鎮(zhèn)江和江西九江兩個(gè)城市的試點(diǎn)基礎(chǔ)上，國(guó)務(wù)院決定建立城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度。在1998年推行的政府機(jī)構(gòu)改革中，原來(lái)由衛(wèi)生部負(fù)責(zé)的公費(fèi)醫(yī)療管理職能和正在建立的城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度一并劃轉(zhuǎn)到勞動(dòng)和社會(huì)保障部管理。

2002年10月《中共中央 國(guó)務(wù)院關(guān)于進(jìn)一步加強(qiáng)農(nóng)村衛(wèi)生工作的決定》提出，在全國(guó)建立和完善農(nóng)村合作醫(yī)療制度和醫(yī)療救助制度，新農(nóng)合由衛(wèi)生部負(fù)責(zé)，醫(yī)療救助由民政部負(fù)責(zé)。

2007年，國(guó)務(wù)院決定在全國(guó)建立城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)制度，并確定由勞動(dòng)和社會(huì)保障部負(fù)責(zé)管理。至此，“3+1”基本醫(yī)療保障制度框架初現(xiàn)，4項(xiàng)制度分屬3個(gè)不同的國(guó)務(wù)院組成部門管理。

2016年，國(guó)務(wù)院決定整合城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)和新農(nóng)合為城鄉(xiāng)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)，基本醫(yī)療保障制度構(gòu)架變?yōu)椤?+1”。但國(guó)務(wù)院并未明確城鄉(xiāng)居民基本醫(yī)保管理的歸口問題。

2018年3月，國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案確定，將人力資源和社會(huì)保障部的城鎮(zhèn)職工和城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險(xiǎn)、生育保險(xiǎn)職責(zé)，國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)的新農(nóng)合職責(zé)，國(guó)家發(fā)展和改革委員會(huì)的藥品和醫(yī)療服務(wù)價(jià)格管理職責(zé)，民政部的醫(yī)療救助職責(zé)整合，組建國(guó)家醫(yī)療保障局，作為國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)。