王偉麗, 何立平, 余敏芬, 袁虎威, 閆道良, 趙 亮, 余有祥,劉 軍, 趙 鸝, 鄭炳松
北美冬青Ilex verticillata又名輪生冬青、美洲冬青,是冬青科Aquifoliaceae冬青屬Ilex多年生灌木,原產(chǎn)美國東北部,雌雄異株,多生長在低洼地區(qū),也可生長在較為干燥的過渡區(qū)和山地。與冬青科其他常綠樹種相比,北美冬青具有秋冬落葉、果期長等特點。秋冬季節(jié),北美冬青紅果掛枝、顏色鮮亮,觀賞價值極高[1],可用于切枝觀賞、居室盆栽和景觀美化等。北美冬青品種選育工作在歐美國家已開展了多年,優(yōu)良品種也較多[2-3];在中國,北美冬青也得到了越來越多的關(guān)注,但品種引種工作尚處于起步階段,僅見于浙江、山東、河南和吉林等地,育種工作更是幾近空白。親緣分析是育種中的重要工作,是保障育種質(zhì)量的重要前提。分子標記是進行親緣分析的有效工具[4]。簡單重復序列間擴增多態(tài)性(inter-simple sequence repeat,ISSR)是一種以簡單重復序列(simple sequence repeat,SSR)作為引物,基于聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction,PCR)技術(shù),在多個位點上擴增SSR之間DNA片段的分子標記技術(shù)[4],由加拿大蒙特利爾大學于1994年創(chuàng)建,具有多態(tài)性高、操作簡便、成本低等特點[5],在遺傳多樣性評價、親緣分析、系統(tǒng)發(fā)育、圖譜構(gòu)建、分子輔助育種等方面具有重要應用,已成為植物種質(zhì)資源遺傳基礎(chǔ)研究的重要技術(shù)[6-11], 成功應用于核桃Juglans regia[12], 檉柳Tamarix chinensis[13], 藺草Juncus effusus[14], 紅花檵木Loropetalum chinensevar.rubrum[15], 馬鈴薯Solanum tuberosum[16], 櫻花Cerasus yedoensis[17]等物種的品種鑒定、種質(zhì)資源收集、遺傳多樣性和系統(tǒng)進化分析中。本研究擬在前期對國內(nèi)外北美冬青品種搜集、調(diào)查的基礎(chǔ)上,以12個北美冬青品種為材料,利用多態(tài)性ISSR引物在品種間進行PCR擴增,構(gòu)建北美冬青品種間的分子指紋圖譜,鑒定品種間親緣關(guān)系,為北美冬青新品種選育提供保障。
以杭州潤土園藝科技有限公司北美冬青基地中的12個北美冬青品種為鑒定材料,以落葉冬青Ilex decidua為遠緣對照(ck),12個北美冬青品種及對照的基本信息見表1。采集各北美冬青品種及落葉冬青的幼嫩葉片,迅速放入液氮中帶回,-80℃超低溫冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>
表1 北美冬青品種信息Table 1 Ilex verticillata cultivar information
采用植物基因組DNA提取試劑盒(天根生化科技有限公司,北京)提取北美冬青基因組DNA[5]。用NanoDrop-1000型分光光度計檢測DNA的濃度和純度;用質(zhì)量分數(shù)為1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA提取質(zhì)量。
以12條已報道的冬青屬ISSR引物為候選引物[表2,由生工生物工程(上海)有限公司合成],以提取的各北美冬青品種基因組DNA為模板進行PCR擴增。ISSR-PCR擴增反應體系共20.0 μL,包含三磷酸堿基脫氧核苷酸(dNTPs) 3.2 μL, 10×緩沖液 2.0 μL,模板 DNA 1.0 μL, 引物 1.0 μL, 超純水 12.6 μL,rTaq酶 0.2 μL (Takara, 日本)。ISSR-PCR擴增程序:94.0℃預變性 4 min;94.0℃變性 70 s,51.3~61.0℃退火50 s,72.0℃延伸70 s,共35個循環(huán);72.0℃延伸7 min,4℃保存。PCR產(chǎn)物用質(zhì)量分數(shù)為1.5%的瓊脂糖凝膠電泳分離,電泳時間為40 min,電泳條帶在紫外凝膠成像系統(tǒng)中觀察并拍照。
表2 冬青屬ISSR引物Table 2 ISSR primers for Ilex
以0和1分別代表條帶的有和無,統(tǒng)計各ISSR引物對12個北美冬青品種的擴增情況。用NTSYSpc 2.10e軟件計算各品種間的遺傳相似系數(shù),得到相似系數(shù)矩陣;基于相似系數(shù)矩陣用非加權(quán)組平均法(UPGMA)進行品種間聚類分析。
以12條待測ISSR引物為候選引物,R1~R4品種基因組DNA為模板進行PCR擴增。經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測,在12條待測引物中篩選出4條在各品種間具有多態(tài)性、擴增條帶清晰的ISSR引物(ZBSI-002, ZBSI-004, ZBSI-007, ZBSI-009),并以篩選出的多態(tài)性引物對各品種的基因組DNA進行PCR擴增,構(gòu)建DNA指紋圖譜。以ZBSI-002引物為例(圖1),12個北美冬青品種間在該引物的擴增位點上多態(tài)性較高,初步顯示了品種間存在一定的遺傳差異。檢測引物擴增位點上的基因型分型情況可知,12個北美冬青品種在4條ISSR引物擴增位點上共擴增出63個條帶,其中多態(tài)性條帶的比例占90.48%,說明所選引物的多態(tài)性較高,可以用于鑒定12個北美冬青品種間的親緣關(guān)系(表3)。
圖1 12個北美冬青品種的ZBSI-002引物指紋圖譜Figure 1 Fingerprints of ISSR primer ZBSI-002 between the 12 cultivars of Ilex verticillata
12個北美冬青品種的遺傳相似系數(shù)為0.54~0.87,僅個別低于0.60(表4),說明各品種的親緣關(guān)系較近。作為對照的落葉冬青(ck)與各北美冬青品種的遺傳相似性系數(shù)為0.44~0.68,明顯低于北美冬青品種之間的遺傳相似系數(shù)(表4),說明北美冬青和落葉冬青種間的親緣關(guān)系低于北美冬青種內(nèi)親緣關(guān)系,與客觀實際相符。
12個北美冬青品種間的遺傳相似系數(shù)聚類結(jié)果表明:北美冬青品種間存在不同程度的親緣關(guān)系。由圖2可知:R6與其他品種的親緣關(guān)系較遠,R9與R10間親緣關(guān)系較近,對比品種的信息(表1)可知,R9與R10為同一品種的雌雄株,其親緣關(guān)系近是合理的。此外,R7和R11的親緣關(guān)系最近,甚至比R9和R10之間的親緣關(guān)系還近,說明根據(jù)特定表型性狀篩選出來的不同北美冬青品種,其在遺傳水平上的差異可能并不明顯。
表3 北美冬青品種在4條ISSR引物位點上的擴增條帶Table 3 Statistics of bands amplified by 4 ISSR primers in the 12 cultivars of Ilex verticillata
表4 北美冬青品種間在4條ISSR引物位點上的遺傳相似系數(shù)Table 4 Genetic similarity coefficients of 4 ISSR primers in Ilex verticillata cultivars
ISSR作為一種重要的分子標記技術(shù),已廣泛應用于種質(zhì)鑒定、分子標記輔助選擇、遺傳多樣性評價、親緣關(guān)系分析、遺傳圖譜構(gòu)建及基因定位等多個領(lǐng)域,并取得了許多重要的成果。目前,分子標記技術(shù)雖尚未應用于北美冬青,但在冬青屬其他植物已有應用。付銓盛[18]采用ISSR分子標記技術(shù)對華南地區(qū)5個省份28個毛冬青Ilex pubescens樣品進行了分析,平均相似系數(shù)為0.769 3;UPGMA聚類分析結(jié)果表明:在0.34水平上禿毛冬青Ilex pubescensvar.glabra與毛冬青存在明顯分支。錢永生等[19]利用隨機擴增多態(tài)性 DNA(RAPD)和擴增片段長度多態(tài)性(AFLPs)標記技術(shù)對10種冬青進行了親緣關(guān)系鑒定,發(fā)現(xiàn)不同種間多態(tài)率分別為91.30%和98.60%。冷欣等[20]運用ISSR分子標記技術(shù)對浙江省舟山群島全緣冬青Ilex integra的6個種群共57個個體進行了遺傳多樣性分析,利用9條隨機引物共擴增出45條多態(tài)性條帶,多態(tài)率為57.70%;UPGMA聚類分析結(jié)果表明:親緣關(guān)系較近的為普陀島和朱家尖島的種群,舟山島栽培種群由桃花島自然種群移植而來。
圖2 12個北美冬青品種遺傳相似系數(shù)聚類Figure 2 Clustering of genetic similarity coefficients among 12 cultivars of Ilex verticillata
本研究利用4條ISSR引物對12個北美冬青品種間的親緣關(guān)系進行了分析,共獲得57條多態(tài)性片段,多態(tài)率達90.48%。品種間遺傳相似系數(shù)為0.54~0.87,表明各品種間的親緣關(guān)系相對較近。品種間遺傳相似系數(shù)聚類結(jié)果表明:北美冬青品種間存在不同程度的親緣關(guān)系;盡管在形態(tài)學上非常相近,但利用ISSR分子標記也能明顯的鑒別出各個品種間細微的DNA差異,說明ISSR分子標記在北美冬青親緣關(guān)系的鑒定上具有可行性。
本研究對12個北美冬青品種間的親緣分析結(jié)果發(fā)現(xiàn):Ilex verticillata‘Jim Dandy’(R7)和I.verticillata‘Cacapon’(R11)間親緣關(guān)系最近, 相較I.verticillata×serrata‘Sparkleberry’這一品種雌雄株(R9和R10)的親緣關(guān)系更近,這說明基于表型篩選出來的不同品種,其遺傳水平上的差異可能并不大。此外,從品種表型特征與遺傳學間親緣關(guān)系上來看,I.verticillata‘Afterglow’(R8)與I.verticillata‘Red Sprite’(R3)的株型、葉片及花期等較為相近,在遺傳水平上的親緣關(guān)系也較近;從各品種來源與遺傳學親緣關(guān)系上來看,來自荷蘭的I.verticillata‘Oosterwijk’(R1)與來自美國的其他11個北美冬青品種并非分成獨立的2個類別,而是與來自美國的5個品種(I.verticillata‘Winter Red’,I.verticillata×serrata‘Sparkleberry’,I.verticillata‘Jim Dandy’等)聚在同1個大類中,因此,不能僅根據(jù)植株的表型特征和來源確定各個品種間的親緣關(guān)系。基于本研究的結(jié)果,我們建議在今后北美冬青育種過程中可參照親緣分析結(jié)果,通過親緣關(guān)系較遠的品種間的雜交等創(chuàng)建新的優(yōu)良種質(zhì),以保證育種群體的遺傳多樣性水平;同時,也可以將新的品種融入到現(xiàn)有育種群體中來,以擴展現(xiàn)有育種群體的遺傳多樣性基礎(chǔ),保證北美冬青改良的長期、可持續(xù)發(fā)展。
[1] DIRR M A.Manual of Woody Landscape Plants[M].6th Ed.Ellinois:Stipes Publishing LLC,2009:537-541.
[2] 錢萍, 季春峰.美國州樹研究[J].江西林業(yè)科技,2011(6):26-27.QIAN Ping,JI Chunfeng.Research on state trees of United States.[J].J Jiangxi For Sci Technol,2011(6):26-27.
[3] BAILES C.Hollies for Gardeners[M].Portland:Timber Press,2006:170-173.
[4] 趙謙,杜虹,莊東紅.ISSR分子標記及其在植物研究中的應用[J].分子植物育種,2007,5(6S):123-129.ZHAO Qian,DU Hong,ZHUANG Donghong.ISSR molecular marker and its application in plant research [J].Mol Plant Breed,2007,5(6S):123-129.
[5] 周喜軍.冬青屬植物ISSR分子標記及枸骨組織培養(yǎng)體系的建立[D].鄭州:河南農(nóng)業(yè)大學,2009.ZHOU Xijun.Inter-Simple Sequence Repeat Molecular Markers in Ilex and the Tissue Cculture System of Ilex cornuta Lindl ex Paxt[D].Zhengzhou:Henan Agricultural University,2009.
[6] REDDY M P,SARLA N,SIDDIQ E A.Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding [J].Euphytica,2002,128(1):9-17.
[7] 陳良華,胡庭興,張帆,等.用AFLP技術(shù)分析四川核桃資源的遺傳多樣性[J].植物生態(tài)學報,2008,32(6): 1362-1372.CHEN Lianghua,HU Tingxing,ZHANG Fan,et al.Genetic diversity of fourJuglanspopulations revealed by AFLP in Sichuan Province,China [J].J Plant Ecol,2008,32(6):1362-1372.
[8] POTTER D,GAO Fangyou,AIELLO G.Inter-simple sequence repeat markers for fingerprinting and determining genetic relationships of walnut(Juglans regia) cultivars [J].J Amer Soc Hort Sci,2002,127(1):75-81.
[9] 王滑,郝俊民,王寶慶,等.中國核桃8個天然居群遺傳多樣性分析[J].林業(yè)科學,2007,43(7):120-124.WANG Hua,HAO Junmin,WANG Baoqing,et al.SSR analysis of genetic diversity of eight natural walnut populations in China [J].Sci Silv Sin,2007,43(7):120-124.
[10] 陳良華,胡庭興,張帆.核桃與鐵核桃種間關(guān)系的RAPD鑒定[J].四川農(nóng)業(yè)大學學報,2007,25(4):513-516.CHEN Lianghua,HU Tingxing,ZHANG Fan.Identification of relationship betweenJuglans regiaL.andJ.sigillataDode by RAPD markers [J].J Sichuan Agric Univ,2007,25(4):513-516.
[11] 陳少瑜,楊恩,張雨,等.云南核桃品種遺傳多樣性的RAPD和ISSR標記研究[J].河北林果研究,2007,22(1): 56-61.CHEN Shaoyu,YANG En,ZHANG Yu,et al.Genetic diversity ofJuglans silillataDode varieties by RAPD and ISSR markers [J].Hebei J For Orchard Res,2007,22(1):56-61.
[12] POLLEGIONI P,BARTOLI S,CANNATA F,et al.Genetic differentiation of four Italian walnut (Juglans regiaL.)varieties by inter simple sequence repeat(ISSR) [J].J Genet Breed,2003,57:231 - 240.
[13] JIANG Zhimin,CHEN Yuxia,BAO Ying.Population genetic structure ofTamarix chinensisin the Yellow River Delta,China [J].Plant Syst Evol,2012,298(1):147 - 153.
[14] 柴曉娟,郭瑋龍,陳慧,等.藺草種質(zhì)資源遺傳多樣性的ISSR分析[J].浙江農(nóng)林大學學報,2017,34(3):552-558.CHAI Xiaojuan,GUO Weilong,CHEN Hui,et al.Genetic diversity ofJuncus effusesgermplasm by ISSR markers[J].J Zhejiang A&F Univ,2017,34(3):552 - 558.
[15] 董海燕,季孔庶,侯伯鑫,等.基于ISSR標記的紅花檵木品種親緣關(guān)系分析[J].園藝學報,2014,41(2):365-374.DONG Haiyan,JI Kongshu,HOU Boxin,et al.Genetic relatives analysis of 41Loropetalum chinensevar.rubrumcultivars by ISSR markers [J].Acta Hortic Sin,2014,41(2):365 - 374.
[16] 田大翠,朱宏波,郭建夫,等.馬鈴薯遺傳多樣性的ISSR分析[J].中國馬鈴薯,2010,24(1):1-5.TIAN Dacui,ZHU Hongbo,GUO Jianfu,et al.Genetic diversity analysis based on potato ISSR [J].Chin Potato J,2010,24(1):1 - 5.
[17] 林立,王志龍,付濤,等.39個櫻花品種親緣關(guān)系的ISSR分析[J].植物研究,2016,36(2):297-304.LIN Li,WANG Zhilong,FU Tao,et al.Genetic relationships of 39Cerasuscultivars by ISSR analysis [J].Bull Bot Res, 2016,36(2):297 - 304.
[18] 付銓盛.毛冬青ISSR指紋圖譜的建立及成分動態(tài)規(guī)律初探[D].廣州:廣州中醫(yī)藥大學,2016.FU Quansheng.Establish Fingerprint for Ilex pubescens based on ISSR PCR and Preliminary of Ingredients Cumulative[D].Guangzhou:Guangzhou University of Chinese Medicine,2016.
[19] 錢永生,王慧中,施農(nóng)農(nóng),等.10種冬青屬植物遺傳多樣性的RAPD和AFLPs分析[J].分子細胞生物學報,2008, 41(1): 35 - 43.QIAN Yongsheng,WANG Huizhong,SHI Nongnong,et al.Studies of genetic diversity among 10 species ofIlexbased on RAPD and AFLPs [J].J Mol Cell Biol,2008,41(1):35 - 43.
[20] 冷欣,王中生,安樹青,等.島嶼特有種全緣冬青遺傳多樣性的ISSR分析[J].生物多樣性,2005,13(6):546-554.LENG Xin,WANG Zhongsheng,AN Shuqing,et al.ISSR analysis of genetic diversity ofIlex integra,an insular endemic plant[J].Biodivers Sci,2005,13(6):546 - 554.