蔚曉敏 ,武曉麗 ,楊 棟 ,裘 梁 ,,吳姚平,王登遠(yuǎn),魏 華,徐 鋒*
(1.南昌大學(xué) 中德聯(lián)合研究院,江西 南昌330047;2.江西中醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部,江西 南昌330004)
近3年,SCIENCE和NATURE等高水平雜志發(fā)表了一系列文章,科學(xué)家們提出,腸道菌群可作為一個(gè)虛擬器官[1],影響著人體的發(fā)育生長、營養(yǎng)與健康,甚至其與代謝性疾病(腸易激綜合癥[2]、炎癥性腸病[3]、心血管疾病[4-5]、糖尿病[6]、肥胖[7]等)密切相關(guān),闡述并證明了腸道菌群與人體健康乃至長壽的關(guān)聯(lián)性。
湖南省瀏陽市高田村地理位置相對(duì)封閉,其村民不僅長壽,而且普遍沒有慢性疾病。與此形成鮮明對(duì)比的是,周邊地區(qū)既無長壽現(xiàn)象,而且心血管疾病、慢性腸胃炎和癌癥等疾病時(shí)有發(fā)生。但是有關(guān)該地區(qū)老人長壽原因,還未見任何報(bào)道,缺乏系統(tǒng)的研究。因?yàn)樵摯宓木用衽c周邊地區(qū)一直保持著婚配,故推測(cè)這里的長壽現(xiàn)象可能與遺傳因素聯(lián)系不緊密。Gierman等[8]通過完成了17例高加索地區(qū)百歲老人的全基因組測(cè)序,證明基因影響較小,而環(huán)境因素可能對(duì)長壽影響較大。腸道菌群受飲食、作息習(xí)慣,以及氣候等[9-11]外界因素影響,導(dǎo)致不同人群之間差異很大,進(jìn)而影響了人體的健康與長壽。
乳酸菌可調(diào)節(jié)機(jī)體胃腸道菌群平衡,提高機(jī)體免疫力,降低血清膽固醇,降血壓,抗氧化抑制腫瘤發(fā)生等方面的特殊生理活性。長雙歧桿菌BBMN68[12]分離自廣西巴馬長壽老人糞便,其活菌液對(duì)便秘模型小鼠有潤腸通便作用,提高免疫力。唾液乳桿菌FDB86[13]可以緩解二甲肼對(duì)腸道菌群的不良影響,使腸道菌群趨近于正常狀態(tài),對(duì)結(jié)腸癌大鼠腸道菌群變化的調(diào)節(jié)作用。另外生物氧化是機(jī)體新陳代謝的重要生理過程,但此過程中會(huì)產(chǎn)生多種自由基,自由基的累積,會(huì)造成體內(nèi)氧化損傷逐漸增多,導(dǎo)致老年慢性病發(fā)生,而清除過多的自由基可以延緩衰老[14]。
故此本文作者希望通過解析并分離高田村老人腸道菌群的特有菌株,從中篩選出抗氧化能力強(qiáng)的菌株,以期為今后探究長壽機(jī)制,預(yù)防老年慢性病,開發(fā)新型微生物制劑奠定基礎(chǔ)。
MRS培養(yǎng)基,DPPH,鄰二氮菲,硫酸亞鐵,PBS緩沖液,蛋白胨,牛膽鹽,北京索萊寶科技有限公司產(chǎn)品;30%H2O2,西隴科學(xué)產(chǎn)品;無水乙醇,天津市大茂化學(xué)試劑廠產(chǎn)品;胃蛋白酶,胰蛋白酶,上海源葉生物科技有限公司產(chǎn)品。
顯微鏡,日本奧林巴斯公司產(chǎn)品;恒溫培養(yǎng)箱,美國Queue公司產(chǎn)品;離心機(jī),長沙維爾康湘鷹公司產(chǎn)品;厭氧培養(yǎng)箱,PLAS-LABS公司產(chǎn)品;全自動(dòng)高壓滅菌鍋,中國上海博訊公司產(chǎn)品;超凈工作臺(tái),蘇州凈化有限公司產(chǎn)品;紫外可見光分光光度計(jì),Genesys 10s公司產(chǎn)品。
1.3.1 糞便樣品來源及采集,保藏 取采樣前3個(gè)月未服用藥物的21名高田村健康長壽老人的糞便。將晨起第一次新鮮的糞便5~10 g于無菌的離心管中,并立刻置于干冰中,一部分用于提取細(xì)菌DNA后,由北京諾禾致源生物信息科技有限公司進(jìn)行16S rDNA高通量測(cè)序,另一部分進(jìn)行菌株分離篩選。
對(duì)該地區(qū)居民糞便進(jìn)行分組,其中LLG1是該地區(qū)90歲以上的老人,平均年齡為93歲,樣本量N=3;LLG2為80~89歲老人,平均年齡為84.4歲,樣本量N=5;LLG3組為一長壽家族中的父母及其兒女組成,其中年齡最大的為父親91歲,最小的兒子50歲,平均年齡69歲;LLG4年齡范圍是70~79,平均年齡為 72歲,N=4;LLG5年齡區(qū)間為 60~69歲,平均年齡63.5歲,N=4。每組樣本為相應(yīng)該組成員糞便樣等量混合均勻后提取DNA進(jìn)行測(cè)序比較分析。
1.3.2 菌株分離方法 根據(jù)測(cè)序的結(jié)果,選擇乳酸菌作為分離的目標(biāo)菌。分別取1 g糞便溶于10 mL 10%蛋白胨溶液中,充分溶解,濾紙濾去殘?jiān)?,濾液
用5 000 r/min離心10 min,棄去上清液,收集沉淀,用1 mL 10%蛋白胨水重懸。按1%接種體積分?jǐn)?shù)到MRS液體培養(yǎng)基中,過夜培養(yǎng)。培養(yǎng)液采用10倍梯度稀釋, 梯度稀釋為 10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6、10-7、10-8和 10-9,每個(gè)梯度取 1 mL 分別均勻涂布于MRS固體培養(yǎng)基,37℃,厭氧培養(yǎng)48 h。從每份糞便樣品中,挑取10株菌落形態(tài)不同的菌株,進(jìn)行純培養(yǎng)。將培養(yǎng)過夜的新鮮菌液用15%的脫脂乳保菌,于-70℃冰箱保藏菌株。
1.3.3 菌株氧脅迫篩選 將新鮮培養(yǎng)的菌株以1%的體積比接種到含0.4 mmol/L H2O2的MRS液體培養(yǎng)基中,37℃厭氧培養(yǎng)8 h,分別測(cè)定0 h與8 h的OD630,檢測(cè)菌株對(duì)H2O2的耐受性。選擇在此條件下生長狀況良好的菌株進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。用OD值差來表示菌株對(duì)H2O2的耐受性,即 ΔOD=OD6308h-OD6300h[15]。
1.3.4 菌株的鑒定 綜合評(píng)價(jià)性能良好的菌株進(jìn)行液體擴(kuò)大培養(yǎng),以27F/1492R為引物進(jìn)行16S rDNA序列擴(kuò)增,鑒定菌株的種屬。將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。以待測(cè)菌基因組為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,體系配置:Taq mix 10 μL,引物 1 μL,ddH2O 9 μL,總體積20 μL。擴(kuò)增條件:預(yù)變性,95℃ 5 min,95℃ 30 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 45 s,30個(gè)循環(huán), 終延伸 72 ℃,10 min。用1%的瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè)擴(kuò)增的目的條帶。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)上海生物工程有限公司進(jìn)行測(cè)序,得到的數(shù)據(jù)在NCBI數(shù)據(jù)庫中已知菌株的16S序列BLAST比較相似性,初步判斷菌株的種屬。
1.3.5 菌株對(duì)模擬胃液的耐受性評(píng)價(jià) 模擬胃液:將磷酸氫二鈉-檸檬酸緩沖液(pH 2.2)中添加胃蛋白酶使終質(zhì)量濃度為3 mg/mL,現(xiàn)用現(xiàn)配。將對(duì)H2O2耐受性高的菌株的新鮮培養(yǎng)菌液,5 000 r/min離心10 min,菌體洗滌2次后重懸于模擬胃液中,保持菌濃度相同,37℃厭氧孵育30 min。在0 min和30 min分別用MRS固體培養(yǎng)基活菌計(jì)數(shù)[16]。
1.3.6 菌株對(duì)模擬腸液的耐受性的評(píng)價(jià) 模擬腸液:將PBS緩沖液pH調(diào)節(jié)為8.0,并添加體積分?jǐn)?shù)0.45%膽鹽,終質(zhì)量濃度為1 mg/mL的胰蛋白酶,現(xiàn)用現(xiàn)配。將對(duì)H2O2耐受性高的菌株的新鮮培養(yǎng)液,5 000 rmp離心10 min,菌體洗滌兩次后重懸于模擬腸液中,保持菌濃度相同,37℃共孵育2 h。0 h和2 h分別用MRS固體培養(yǎng)基活菌計(jì)數(shù)[17]。
1.3.7 清除自由基能力的評(píng)價(jià) 按照接種量為1%接入MRS培養(yǎng)基中,厭氧37℃培養(yǎng)18 h,6 000 r/min離心10 min,分別收集發(fā)酵上清液和菌體。菌體用PBS(pH 7.2)溶液洗滌2次,再用PBS溶液重懸至乳酸菌數(shù)為109cfu/mL。發(fā)酵上清和重懸的菌體作為清除自由基試驗(yàn)的樣品。
DPPH自由基的清除試驗(yàn),參考的方法[18]:2 mL樣品中加入2 mL DPPH無水乙醇溶液(0.2 mmol/L)混合均勻,室溫避光反應(yīng)30 min,6 000 r/min離心10 min,取上清液于517 nm處測(cè)定吸光度值A(chǔ)i;空白組以等體積無水乙醇代替DPPH無水乙醇溶液Ao,對(duì)照組以等體積空白溶劑代替樣品溶液Aj,并以等體積蒸餾水和乙醇混合液空白調(diào)零。
羥自由基清除試驗(yàn),參照的方法[19]:0.5 mL的鄰二氮菲(6 mmol/L),0.5 mL 的 FeSO4溶液(6 mmol/L)與1.0 mL的PBS溶液(pH7.2)混勻。再向此體系中加入0.5 mL樣品和0.5 mL 0.1%過氧化氫,用雙蒸水將總體積定容至4.0 mL?;靹蚝笤?7℃下孵育1 h,于536 nm下讀取吸光度。羥自由基的清除率按下式(2)計(jì)算:
式 (2)中,As為樣品的吸光度值;Ao為H2O替代樣品;A為H2O替代H2O2和樣品
采用Illumina MiSeq測(cè)序平臺(tái),對(duì)糞便微生物群落的16S rRNA的V4高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序,根據(jù)物種注釋,統(tǒng)計(jì)每個(gè)樣品在各分類水平(Kingdom,Phylum,Class,Order,F(xiàn)amily,Genus,Species) ( 界 、門、綱、目、科、屬和種)上的序列數(shù)目,物種序列構(gòu)成柱狀圖見圖1。LLG4在各個(gè)水平上均高于其他組。從圖1可以看出,不同年齡段的物種的序列數(shù)不同,在種的水平上,LLG1高于其他組。在OTUs構(gòu)建過程中,對(duì)不同樣品的Effective Tags數(shù)據(jù),低頻數(shù)的Tags數(shù)據(jù)和Tags注釋數(shù)據(jù)等信息進(jìn)行初步統(tǒng)計(jì),統(tǒng)計(jì)結(jié)果如圖2,樣品tag平均有25 759,平均OTU為955.6。不同樣品之間OTU對(duì)比的維恩圖,如圖3 所示,LLG1,LLG2,LLG3,LLG4,LLG5 共有345個(gè)OTU,其中一部分為乳酸菌。鑒于乳酸菌是比較認(rèn)可的安全菌株,故使用MRS選擇性培養(yǎng)基從該地區(qū)健康長壽老人糞便中篩選特有的乳酸菌,為開發(fā)新型微生物制劑奠定工作基礎(chǔ)。
圖1 每個(gè)樣品在各分類水平上的序列構(gòu)成柱形圖Fig.1 Each sample in the sequence of each classification level a bar chart
圖2 不同樣品的Tags和OTUs數(shù)目統(tǒng)計(jì)Fig.2 Statistics number of Tags and OTUs of samples
圖3 各組樣品之間比較的維恩圖Fig.3 VEEN graph of compared with different samples
各菌株對(duì)H2O2的耐受性表示不同,表1中菌株對(duì)0.4 mmol/L H2O2有較好的耐受性,受試菌株中L0105,L0302,L0608,L0902,L1001,L1014,LP1,LP2,LP3,LP4,LP5,LP6 對(duì) 0.4 mmol/L 有較高的耐受性,ΔOD>0.9。其他的菌株基本不能生長,故不列于表中。
表1 分離菌株對(duì)H2O2的耐受性Table 1 Test of H2O2resistant
為確定耐H2O2菌株的種屬,進(jìn)行16S rDNA序列測(cè)定,提取各菌株的總DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到約1 500 kb的DNA片段測(cè)序后,將測(cè)定序列在NCBI數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行序列同源性比對(duì),根據(jù)比對(duì)結(jié)果確定菌株種屬,具體結(jié)果見表2。其中,有5株發(fā)酵乳桿菌,2株植物乳桿菌,2株唾液乳桿菌,2株腸球菌,1株粘膜乳桿菌。
表2 菌株比對(duì)結(jié)果Table 2 Results of strains blast
菌株在模擬胃液中孵育30 min后,菌株對(duì)胃液的耐受能力各不相同,如圖4所示。其中0105、0302、1014和P3的菌液濃度可以保持在108cfu/mL,降低一個(gè)數(shù)量級(jí),而0608、P2和P6在模擬胃液中孵育后,菌液濃度降低最多,存活率約為1%。說明胃蛋白酶和低pH對(duì)菌株有較大的影響。益生菌在使用過程中,先暴露在胃環(huán)境中,而胃蛋白酶和低pH對(duì)菌株有較大影響,可對(duì)其進(jìn)行保護(hù),如微囊化、與牛乳等共同服用,緩解胃液對(duì)菌株的損傷,擴(kuò)大菌株的使用范圍。
圖4 耐H2O2菌株對(duì)模擬胃液的耐受性Fig.4 H2O2-resistant strains of resistance to simulated gastric juice
除P1,P2和P3,在模擬腸液中降低一個(gè)數(shù)量級(jí)外,其他菌株對(duì)模擬腸液均表現(xiàn)出較好的耐受性,2 h后,活菌濃度仍大于108cfu/mL,其中1014的耐受性最高,如圖5所示。與模擬胃液相比,模擬腸液對(duì)部分菌株的存活影響較小,說明胰蛋白酶和膽鹽對(duì)分離到菌株的存活影響較小,菌株能夠在模擬腸液中存活??赡苁蔷攴蛛x自腸道,對(duì)腸液的適應(yīng)能力較強(qiáng),而菌株沒有經(jīng)過胃液的作用,模擬胃液對(duì)其存活率影響較大??梢娋甑膩碓粗苯佑绊懼陮?duì)模擬胃液,模擬腸液的耐受性。
圖5 耐H2O2菌株對(duì)模擬腸液的耐受性Fig.5 H2O2-resistant strains of simulated intestinal resistance
1014對(duì)模擬胃液和模擬腸液的均表現(xiàn)出較好的耐受性,因此進(jìn)一步評(píng)價(jià)其清除自由基的能力。由圖6可知,發(fā)酵乳桿菌1014的發(fā)酵上清液對(duì)DPPH、OH-自由基的清除率分別為 63.28%、71.59%,均高于菌株的清除率。Li[19]報(bào)道,植物乳桿菌C88對(duì)DPPH的清除率為53.05%,Das[15]報(bào)道,植物乳桿菌DM5清除羥基自由基為48%,發(fā)酵乳桿菌1014對(duì)自由基的清除能力較好。DPPH是很穩(wěn)定的自由基,菌體有較高的清除率表明受試菌株具有降低過氧化氫、過氧化自由基或脂質(zhì)自由基連鎖反應(yīng)的能力,而羥自由基是活潑型最強(qiáng),氧化能力最大的自由基,是引起機(jī)體氧化作用的重要因素,清除羥自由基可有助于維持細(xì)胞膜的完整性,延緩細(xì)胞衰老。
圖6 發(fā)酵乳桿菌1014清除自由基的能力Fig.6 Ability scavenging of free radical on L.fermentum 1014
本研究以16S rDNA高通量測(cè)序?yàn)橐罁?jù),分離篩選高田村居民腸道中共有的具有益生功能的乳酸桿菌。共分離到12株對(duì)H2O2耐受性較高的菌株,分別為5株發(fā)酵乳桿菌,2株植物乳桿菌,2株唾液乳桿菌,2株腸球菌,1株粘膜乳桿菌。對(duì)12株菌進(jìn)行模擬胃液和腸液的耐受性進(jìn)行測(cè)定,發(fā)現(xiàn)發(fā)酵乳桿菌1014具有較高的耐受性。進(jìn)一步評(píng)價(jià)1014的不同組分對(duì)自由基的清除能力,結(jié)果表明1014的發(fā)酵上清液發(fā)揮了主要清除自由基的能力,對(duì)DPPH,OH-自由基的清除率分別為 63.28%,71.59%,而菌體的清除自由基能力相對(duì)較弱。因此后期將在本研究的基礎(chǔ)上進(jìn)一步針對(duì)發(fā)酵乳桿菌1014體內(nèi)抗氧化研究同時(shí)研究其抗氧化物質(zhì)及抗氧化的分子調(diào)控機(jī)制。