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        葡萄砧木品種‘3309M’中microRNA的鑒定

        2018-05-26 02:14:23朱旭東安顏穎王晨賈海鋒房經(jīng)貴
        中外葡萄與葡萄酒 2018年3期
        關(guān)鍵詞:差異功能

        朱旭東,安顏穎,王晨,賈海鋒,房經(jīng)貴*

        (1. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院/江蘇省果樹(shù)品種改良與種苗繁育工程中心,江蘇南京 210095;2. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院,江蘇南京 210095)

        內(nèi)源小分子RNA(small RNA,sRNA)是一類長(zhǎng)度為19~25 nt的非編碼的重要調(diào)節(jié)分子[1],其通過(guò)介導(dǎo)靶基因的裂解或抑制靶翻譯在轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因的表達(dá)[2]。microRNA(miRNA)是非編碼的sRNA主要類型之一,廣泛地分布在生物有機(jī)體內(nèi),該類sRNA分子在植物的生長(zhǎng)發(fā)育及對(duì)環(huán)境脅迫的應(yīng)答反應(yīng)中起著重要作用。通常,它們的表達(dá)展示出不同種之間的發(fā)育時(shí)期或組織的特異性。越來(lái)越多的研究表明,miRNAs可能參與器官的發(fā)育、細(xì)胞的增殖與分化、細(xì)胞凋亡等重要過(guò)程[3]。有關(guān)miRNA的鑒定與其功能分析成為生物研究領(lǐng)域的重點(diǎn)。隨著具有通量大、時(shí)間短、精確度高和信息量豐富等優(yōu)勢(shì)的下一代測(cè)序技術(shù)的高速發(fā)展并成為miRNA識(shí)別與鑒定的高效技術(shù)[4-5],葡萄屬植物目前已在歐亞與歐美兩個(gè)種群上開(kāi)展了高通量測(cè)序,大批量的挖掘了葡萄種的miRNA[6-7]。但是,迄今為止,在葡萄砧木上尚無(wú)miRNA的相關(guān)研究報(bào)道。

        砧木在葡萄種植中的應(yīng)用起源于19世紀(jì)60年代,而隨著葡萄優(yōu)質(zhì)砧木的推廣與應(yīng)用,葡萄嫁接栽培已成為世界各主要葡萄栽培生產(chǎn)國(guó)發(fā)展葡萄和葡萄酒產(chǎn)業(yè)的重要舉措[8-9],并促進(jìn)了葡萄產(chǎn)業(yè)更好地發(fā)展。因此,有關(guān)葡萄砧木生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)理的研究得到了重視。

        葡萄砧木miRNA的研究對(duì)砧木抗性機(jī)理的認(rèn)識(shí)具有重要意義。為此,本研究首次構(gòu)建了葡萄砧木‘3309M’的miRNA文庫(kù),并通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)該miRNA文庫(kù)進(jìn)行深度測(cè)序,分析了葡萄砧木miRNA文庫(kù)的特點(diǎn),以便于發(fā)現(xiàn)葡萄砧木中參與抗寒、抗病及果實(shí)品質(zhì)發(fā)育的葡萄砧木特異的miRNA,為以后進(jìn)一步分析其功能以及葡萄砧穗互作機(jī)制的研究奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        葡萄砧木‘3309M’(Vitis labrusca)的葉片和根于2016年采自中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院鄭州果樹(shù)研究所,所有的樣品采集后立即投入液氮帶回實(shí)驗(yàn)室-80 ℃保存,用于總RNA的提取。

        1.2 總RNA、sRNA的提取

        RNA提取前所有的槍頭、Eppendorf管均用0.1%DEPC水于37 ℃浸泡過(guò)夜,高壓滅菌,烘干待用。其他玻璃器皿、研缽等按照分子克隆介紹的方法處理。分別按照如下的方法提取葡萄的葉、莖、卷須、花序、花和果實(shí)等器官的總RNA即按照SDS-酚法提取總RNA,并用4 mol/L的LiCl富集LMW RNA。

        sRNA 3'末端加ploy(A)的反應(yīng)總體系為25 μL:1.5μg sRNA模板;5 μL 5×buffer;2.5 μL 25 mmol MgCl2;0.25 μL ATP(100 nM/μL);1 μL PAP(2 U/μL);DEPC水補(bǔ)足。置于37 ℃,保溫1 h,得到加ploy(A)尾巴的sRNA。加尾后的小分子RNA用酚/氯仿抽提,乙醇沉淀,后用適量的DEPC水溶解。

        1.3 sRNA cDNA文庫(kù)的構(gòu)建和測(cè)序

        1.3.1 5'端與3'端接頭的連接

        將“1.2 總RNA、sRNA的提取”獲得的sRNA與1.3 μL 5'端接頭(5'UCAGAGUUCUACAGUCCGACGA UC)、1 μL 10×T4 RNA連接酶緩沖液、1 μL T4 RNA連接酶、1 μL RNA酶抑制劑混合,于20 ℃反應(yīng)6 h。隨后以15% TBE-Urea PAGE膠進(jìn)行分離純化,將長(zhǎng)度為40~60個(gè)核苷酸的條帶切下,粉碎、洗脫、過(guò)濾和沉淀。得到的沉淀用無(wú)RNA酶的6.4 μL純水溶解后,與0.6 μL 3'端接頭(5'UCGUAUGCCGUCUUCUGCUUGU idT)、1 μL 10×T4 RNA連接酶緩沖液、1 μL T4 RNA連接酶、1 μL RNA酶抑制劑混合,于37 ℃反應(yīng)6 h。連接產(chǎn)物用10% TBE-Urea PAGE膠分離純化:將長(zhǎng)度為70個(gè)核苷酸的條帶切下并按前述步驟回收膠內(nèi)的核酸。得到的核酸沉淀用5 μL無(wú)RNA酶的DEPC水溶解。

        1.3.2 逆轉(zhuǎn)錄

        將獲得的連有3'端和5'端接頭的sRNA產(chǎn)物用SuperScriptⅡ逆轉(zhuǎn)錄酶試劑盒進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。將4.5 μL產(chǎn)物與1.5 μL反轉(zhuǎn)錄引物(5'CAAGCAGAAGACGGC ATACGA)混合,于65 ℃加熱10 min去除RNA二級(jí)結(jié)構(gòu),置于冰上。隨后加入2 μL 10×第一鏈緩沖液、1 μL 10mmol/L dNTP、2 μL 100 mmol/L二硫蘇糖醇(DTT)、1 μL RNA酶抑制劑,用DEPC水補(bǔ)至9 μL置于65 ℃溫浴5 min,再加入1 μL SuperScriptⅡ反轉(zhuǎn)錄酶,在50 ℃下反應(yīng)1 h。

        1.3.3 cDNA文庫(kù)的純化和測(cè)序

        獲得的cDNA用15%的TBE-PAGE膠進(jìn)行分離純化,得到的cDNA用Agilent 2100測(cè)定其濃度,最終濃度稀釋到10 nmol/L,用Illumina新一代測(cè)序儀1 G Genome Analyzer系統(tǒng)測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。

        1.4 miRNA的鑒定

        通過(guò)Base Callin將原始圖像數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為序列數(shù)據(jù),即為原始數(shù)據(jù),并保存在“Fastq”文件中。為獲得高質(zhì)量的序列,從原始序列(raw reads)數(shù)據(jù)中去除接頭序列和質(zhì)量值Q≤5的堿基數(shù)占整個(gè)reads的50%以上的低質(zhì)量序列,將獲得的干凈序列(clean reads)用于數(shù)據(jù)分析。通過(guò)比對(duì)miRBase 21.0庫(kù)中葡萄物種的miRNA序列,得到保守的miRNA。針對(duì)miRNA的生物特征,利用Mireap軟件進(jìn)行非保守的miRNA鑒定。

        miRNA表達(dá)量采用TPM(transcripts per million)校準(zhǔn),計(jì)算公式為:miRNA在文庫(kù)中的歸一化表達(dá)量=(Read count×106)/Total read count。若2個(gè)文庫(kù)中任何1個(gè)miRNA基因的表達(dá)量在歸一化后為0,則被修改為0.01;若2個(gè)文庫(kù)中任何1個(gè)miRNA基因的表達(dá)量在歸一化后小于1,則表示其表達(dá)量較低,不宜進(jìn)行差異表達(dá)分析。根據(jù)公式“差異倍數(shù)(foldchange)=log2(根文庫(kù)中miRNA的歸一化表達(dá)量/葉片文庫(kù)中miRNA的歸一化表達(dá)量)”計(jì)算根與葉片文庫(kù)miRNA表達(dá)的差異倍數(shù)。

        1.5 miRNA靶基因的預(yù)測(cè)

        將測(cè)得序列與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)和Rfam10.0數(shù)據(jù)庫(kù)中水稻和擬南芥的非編碼RNA進(jìn)行比對(duì),并將sRNA的特異序列(unique reads)與miRBase 21.0數(shù)據(jù)庫(kù)中所有植物的序列進(jìn)行BLASTn比對(duì),只有完全匹配的序列才是保守的miRNA。根據(jù)上述分析結(jié)果確定根和葉片文庫(kù)中已知的miRNA數(shù)量,對(duì)已知的差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行分析,以foldchange≥1且FDR≤0.05作為miRNA顯著差異表達(dá)的篩選條件。

        對(duì)差異表達(dá)的miRNA利用psRNATarget進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè),并使用BLAST軟件將靶基因序列與NR(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、Swiss-Prot(http://www.uniprot.org/)、GO(http://www.geneontology.org/)、COG(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/)、KEGG(http://www.kegg.jp/)、KOG(Clusters of orthologous groups for eukaryotic complete genomes)、Pfam(http://pfam.xfam.org/)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),獲得靶基因的注釋信息。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 葡萄砧木sRNA的測(cè)序分析

        高通量測(cè)序結(jié)果表明:葡萄砧木根和葉片文庫(kù)中sRNA的原始序列分別有12 633 906和12 686 708條;去除接頭序列、poly-A序列、≤18 nt序列和低質(zhì)量序列后,干凈序列分別有12 174 719和12 397 993條。在根和葉片文庫(kù)中,sRNA的特異序列分別有2 772 037和1 676 324條(表1),其中,能與基因組比對(duì)成功的sRNA特異序列分別有949 559和633 100條,分別占各自sRNA特異序列總數(shù)的34.2%和37.8%。

        由表1可見(jiàn),葡萄砧木‘3309M’根和葉片文庫(kù)中sRNA類型較多,包括miRNA、rRNA、snRNA、snoRNA、tRNA和重復(fù)序列。其中,根和葉片文庫(kù)中未注釋的sRNA序列分別有1 597 233和1 070 626條,分別占各自sRNA特異序列總數(shù)的57.62%和63.87%,在已注釋的sRNA中,rRNA最多,分別占根和葉片文庫(kù)中sRNA特異序列總數(shù)的31.61%和22.67%;其次為tRNA,分別占各自sRNA特異序列總數(shù)的3.53%和2.53%;miRNA較少,分別僅占各自sRNA特異序列總數(shù)的0.47%和0.81%。

        2.2 葡萄砧木中保守miRNA的鑒定

        為了鑒定葡萄中保守的miRNA,深度測(cè)序的小分子RNA序列與目前miRBase 21.0已知的植物保守miRNA的進(jìn)行比對(duì)。結(jié)果表明,通過(guò)高通量測(cè)序鑒定了葡萄砧木根和葉片中文庫(kù)分別包含104個(gè)和90個(gè)miRNA家族,共181條miRNA,并且這些鑒定的保守miRNA不同家族成員的數(shù)量存在重要的差異,其中大多數(shù)的家族僅包含幾個(gè)成員,而有4個(gè)家族(miR169、miR395、miR171和miR156)卻分別包含25、13、10和9個(gè)等多個(gè)成員,還有一些家族只有一個(gè)成員如miR162、miR168(圖1)。不同miRNA家族的讀數(shù)(read count)也存在劇烈變化,其變化范圍從1到413 112次(圖2)。在葡萄砧木保守miRNA中,miR159、miR166、miR396和miR482具有最多的讀數(shù),而另外10條miRNA家族的讀數(shù)很低。這些miRNA表達(dá)豐度的劇烈變化,能夠進(jìn)一步反映出這些miRNA可能在葡萄砧木生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中的調(diào)控功能存在重要差異。

        表1 葡萄砧木sRNA的組成Table 1 Composition of small RNA in grapevine rootstock

        分析葡萄砧木保守miRNA長(zhǎng)度的結(jié)果(圖3)可知,長(zhǎng)度為21 nt的miRNA所占比例最高,為69.45%;長(zhǎng)度為20 nt和22 nt的miRNA所占比例相當(dāng),為11.63%和12.65%??傮w上看,在葡萄砧木miRNA中,長(zhǎng)度為20~22 nt的miRNA所占比例較高,為93.23%。

        圖1 葡萄砧木保守miRNA不同家族的成員數(shù)量Figure 1 Numbers of members of each conserved miRNA families in grapevine rootstock

        圖2 葡萄保守miRNA不同家族成員的讀數(shù)Figure 2 Numbers of identified miRNAs in each conserved miRNAs family in grapevine rootstock

        對(duì)葡萄砧木保守miRNA堿基偏好性進(jìn)行分析(圖4),結(jié)果表明,保守miRNA的第一個(gè)堿基偏好U,比例達(dá)到71%,說(shuō)明該測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量良好。

        2.3 葡萄砧木中miRNA靶基因功能的預(yù)測(cè)

        充分認(rèn)識(shí)miRNA的靶基因?qū)⒂兄谖覀兩钊肜斫鈓iRNA調(diào)控基因的范圍以及更廣泛地描述這些miRNA功能的重要性。本研究根據(jù)miRNA與其靶基因之間近乎完全或完全的互補(bǔ)性以及一些靶基因預(yù)測(cè)的標(biāo)準(zhǔn),預(yù)測(cè)了25個(gè)miRNA家族總共412個(gè)靶基因。將預(yù)測(cè)到的412個(gè)葡萄砧木根和葉片中miRNA的靶基因分別在Swiss-Prot、GO、KEGG、COG、KOG、Pfam和NR數(shù)據(jù)中進(jìn)行功能注釋,發(fā)現(xiàn)分別有354、147、95、190、248、373和412個(gè)靶基因得到注釋。

        圖3 保守miRNA的長(zhǎng)度分布圖Figure 3 Size distributions of conserved miRNA sequences from grapevine rootstock

        圖4 miRNA各位點(diǎn)堿基分布圖Figure 4 The bias distribution of nucleotide base in each position of miRNA sequences

        圖5 葡萄砧木中鑒定的保守miRNA靶基因的GO功能分類結(jié)果Figure 5 GO classification of conserved miRNA target genes identified in grapevine rootstock

        利用GO功能分類對(duì)葡萄砧木根和葉片鑒定的保守miRNA靶基因進(jìn)行功能預(yù)測(cè)(圖5),結(jié)果表明:大部分差異表達(dá)miRNA靶基因的功能主要集中在生物學(xué)過(guò)程、細(xì)胞組分和分子功能3方面。細(xì)胞組分中,細(xì)胞、細(xì)胞部分和細(xì)胞器中的差異表達(dá)miRNA靶基因較多;在分子功能中,多數(shù)差異表達(dá)miRNA靶基因與結(jié)合功能及催化活性有關(guān),與核苷酸結(jié)合有關(guān)的miRNA靶基因最多;在生物過(guò)程中,差異表達(dá)miRNA靶基因的功能主要集中在代謝過(guò)程(Metabolic process)、細(xì)胞過(guò)程(Cellular process)、單一生物過(guò)程(Single-organism process)、生物調(diào)節(jié)( Biological regulation)、響應(yīng)刺激(Response to stimulus)等。

        對(duì)葡萄砧木根和葉片中鑒定的保守miRNA靶基因進(jìn)行KEGG通路富集分析(圖6)。結(jié)果顯示:富集差異表達(dá)miRNA靶基因數(shù)量最多的通路依次為核糖體(Ribosome)、植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(Plant hormone signal transduction)、氧化磷酸化(Oxidative phosphorylation)、RNA運(yùn)輸(RNA transport)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白質(zhì)(Protein processing in endoplasmic reticulum)、糖酵解/糖異生(Glycolysis/Gluconeogenesis)等,富集的差異表達(dá)miRNA靶基因數(shù)分別為206、199、181、161、153和145個(gè)。

        圖6 葡萄砧木中鑒定的保守miRNA靶基因的KEGG通路富集分析的結(jié)果Figure 6 KEGG enrichment analysis of conserved miRNA target genes identified in grapevine rootstocks

        依據(jù)同源基因的功能注釋,我們把這些靶基因分為三大類:最大的一類是轉(zhuǎn)錄因子,其參與植物的生長(zhǎng)、發(fā)育以及由營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)到生殖生長(zhǎng)的轉(zhuǎn)型;第二大類是編碼不同的酶蛋白基因,其主要涉及在不同的代謝過(guò)程如ATP、sulfurylase/APS kinase、ATP synthase等;第三類與免疫反應(yīng)(NLA)、脅迫反應(yīng)(CWP3)、抗病反應(yīng)(NBSLRR)以及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(ARF、AFB)等過(guò)程相關(guān)。大多數(shù)潛在的靶基因預(yù)測(cè)的功能與蘿卜[10]、枳[11]、番茄[12]和擬南芥[13]等植物上鑒定的功能基本一致,表明不同植物中的靶基因的功能具有較高的保守性。

        2.4 葡萄砧木根和葉片中顯著差異表達(dá)miRNA的篩選

        進(jìn)一步的分析結(jié)果(表2)表明:以foldchange≥1且FDR≤0.05作為篩選條件,確定顯著差異表達(dá)的miRNA家族有32個(gè),共87條miRNA家族成員,其中54條miRNA在葉片文庫(kù)上調(diào)表達(dá)(分別屬于vvimiR167a、vvi-miR156f、vvimiR156i、vvi-miR156g、vvimiR172d等成員),33條miRNA下調(diào)表達(dá)。

        2.5 葡萄砧木中新的miRNA的鑒定

        表2 葡萄砧木根和葉片中顯著差異表達(dá)miRNA的表達(dá)特性分析Table 2 Analysis on the expression of miRNA in grape rootstocks roots and leaves

        續(xù)表2 Continued table 2

        針對(duì)miRNA的生物特征,對(duì)于比對(duì)到參考基因組的序列,利用Mireap軟件進(jìn)行非保守的miRNA鑒定。測(cè)序序列比對(duì)到參考序列,通過(guò)堿基數(shù)目延伸,獲得潛在前體序列,對(duì)前體序列進(jìn)行miRNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),獲得新的非保守的miRNA。本研究發(fā)現(xiàn)了104條新的miRNA,其前體均能夠被折疊成穩(wěn)定的二級(jí)結(jié)構(gòu)。在這些新的miRNA中,有32條新的miRNA的5'末端以U開(kāi)頭,而另外53條miRNA的5'末端以A開(kāi)頭(在雙鏈RNA中A互補(bǔ)于U),這些是miRNA序列結(jié)構(gòu)的重要特征。所有這些分析結(jié)果有力地證明了葡萄砧木中新的miRNAs的真實(shí)性。

        研究發(fā)現(xiàn),新的非保守的miRNAs被測(cè)序到的讀數(shù)(rea count)通常比保守的miRNA的數(shù)量要少,只有25條miRNA的序列的讀數(shù)達(dá)到10次(表3)。這些結(jié)果與山葡萄和鮮食葡萄中的研究報(bào)道相一致[14-16],大多數(shù)新的特異的miRNA通常比保守miRNA的表達(dá)水平低,且具有時(shí)空的特異性?;蚪M定位分析表明,這些新的miRNA均定位在葡萄第10、11、12和13條染色體,分別有24、22、26和32條miRNA,可以看出其在染色體上的分布是不均勻的。

        3 討論和結(jié)論

        3.1 葡萄砧木保守miRNA的鑒定

        大多數(shù)成熟的miRNA在不同植物中具有較高的保守性[1,3]。這能為預(yù)測(cè)不同植物中的同源miRNA提供有力證據(jù)。研究發(fā)現(xiàn)山葡萄與野生葡萄等不同品種中保守的和新的miRNA的數(shù)量與種類具有顯著差異[14-16],表明葡萄的不同品種、不同組織中miRNA文庫(kù)存在自身特點(diǎn),有必要在不同葡萄種質(zhì)的不同組織中開(kāi)展高通量測(cè)序,以便能夠發(fā)現(xiàn)更多種類和數(shù)量的miRNA。

        表3 葡萄砧木中鑒定的新的miRNATable 3 Novel miRNA identified in grapevine rootstock

        本研究構(gòu)建了葡萄砧木品種‘3309M’根和葉組織的小RNA文庫(kù),鑒定了181條保守的和104條非保守的miRNA。葡萄砧木根和葉片中共有32個(gè)miRNA家族共87條顯著差異表達(dá),其中vvi-miR167a、vvi-miR166b、vvimiR162和vvi-miR156等54條miRNA上調(diào)表達(dá),其余33條miRNA下調(diào)表達(dá)。不同植物中的miRNA存在一定差異。本研究中,葡萄砧木根和葉片中miRNA長(zhǎng)度均以21 nt為主。相關(guān)研究結(jié)果顯示,蘿卜中的miRNA長(zhǎng)度以21 nt和24 nt為主[10];枳和番茄的miRNA長(zhǎng)度以21 nt為最多[11-12],而擬南芥中的miRNA長(zhǎng)度則以24 nt為最多[13],但與鮮食和野生葡萄中miRNA的長(zhǎng)度分布一樣[14-16],表明不同植物的miRNA長(zhǎng)度存在差異,可能與植物種類及參與miRNA生物合成的酶不同有關(guān)。

        3.2 葡萄砧木保守miRNA的靶基因

        為了鑒定植物miRNA的功能,進(jìn)一步確定其靶基因非常必要。目前,植物上靶基因預(yù)測(cè)最有效的工具是基于miRNA與靶基因高度同源性的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)方法。本研究利用生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)了葡萄砧木中保守miRNA的靶基因,發(fā)現(xiàn)預(yù)測(cè)的大多數(shù)靶基因是植物特異的轉(zhuǎn)錄因子,如AP2、NAC、SBP、NF-YA、GRAS、Zincnger(C2H2)和ARF等,與鮮食葡萄和野生葡萄中miRNA靶基因類似,表明miRNA功能的保守性。本研究中,葡萄砧木根和葉片中miRNA靶基因的功能主要集中在植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、氧化磷酸化、RNA運(yùn)輸、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白質(zhì)運(yùn)輸、糖酵解/糖異生等方面,這可能與葡萄砧木的抗性較強(qiáng)有關(guān)。葡萄砧木miRNA的靶基因功能注釋表明它們?cè)谄咸训纳L(zhǎng)、發(fā)育及對(duì)環(huán)境脅迫反應(yīng)的應(yīng)答過(guò)程中起著重要作用,開(kāi)展進(jìn)一步的研究有助于更廣泛地理解miRNA在葡萄砧木生長(zhǎng)發(fā)育中的功能。

        3.3 葡萄砧木中新的miRNA的預(yù)測(cè)

        本研究根據(jù)miRNA的特征如前體典型的發(fā)夾結(jié)構(gòu)等特點(diǎn),共預(yù)測(cè)了104條非保守的新的miRNA。所有這104條新的miRNA的前體都能夠折疊成典型的發(fā)夾結(jié)構(gòu)并滿足miRNA的預(yù)測(cè)標(biāo)準(zhǔn)。只有25條新的miRNA的讀數(shù)達(dá)到10次以上。所有這些結(jié)果證明,這104條新的miRNA在葡萄砧木中確實(shí)存在。新的miRNA在葡萄砧木特定組織的特異表達(dá)能夠?yàn)檠芯克鼈兊纳砉δ芴峁┲匾畔?。葡萄砧木特異的miRNA在其生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中的詳細(xì)功能仍有待我們?nèi)嫔钊氲仃U述。

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