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        分子量陣列基因分析儀操作心得

        2018-05-14 12:08:44楊峰平
        科技風(fēng) 2018年12期
        關(guān)鍵詞:點(diǎn)樣質(zhì)譜儀軟件

        摘要:分子量陣列基因分析儀已在科研實(shí)驗上使用多年,操作員積累了很多使用分子量陣列基因分析儀的經(jīng)驗和技巧,這些實(shí)踐經(jīng)驗和操作技巧的應(yīng)用能夠有效的提高分子量陣列基因分析儀的使用效率。本文主要探討了分子量陣列基因分析儀的幾個應(yīng)用,這些操作技巧的應(yīng)用能使分子量陣列基因分析儀操作更加簡單,有效。

        關(guān)鍵詞:質(zhì)譜儀;點(diǎn)樣;軟件

        Sequenom公司研發(fā)的分子量陣列基因分析儀已在市場上使用多年,在使用儀器的過程中,儀器操作員積累了大量操作經(jīng)驗和技巧,這些操作經(jīng)驗和技巧的應(yīng)用可以提高操作員的工作效率,使得操作員的工作更加輕松,文章中將就Sequenom公司研發(fā)的分子量陣列基因分析儀的幾個操作技巧進(jìn)行探討。在文章中儀器型號為MassARRY Analyzer 4,所使用的軟件版本為typer4.0。

        1 點(diǎn)樣

        MassARRY Analyzer 4分為兩部分組成,分別是點(diǎn)樣儀和質(zhì)譜儀,點(diǎn)樣儀的作用就是把前期處理好的樣品轉(zhuǎn)移到芯片上,然后在把芯片放入質(zhì)譜儀里面通過掃描而得到實(shí)驗數(shù)據(jù)。

        1.1 清洗點(diǎn)樣儀

        由于點(diǎn)樣儀所使用的點(diǎn)樣針是固定的,所以為了保持它的清潔,我們要對它進(jìn)行清洗工作,清洗工作分周洗和日洗,周洗就是每周一次把點(diǎn)樣針浸泡在NaOH中,日洗就是在每日使用前需要用100%乙醇浸泡點(diǎn)樣針。

        具體操作如下:打開點(diǎn)樣儀,輸入用戶名和密碼,進(jìn)入主頁—TOOLS—SOLUTION(Drain排空機(jī)器剩余乙醇)—SOLUTION(Fill移動點(diǎn)樣針),把儀器上的乙醇瓶取出倒入100%乙醇并放入儀器,取出新的384孔板,在板子的A1到A6,B1到B6,C1到C6,D1到D6,24個孔中加入NaOH,并把板子固定在MTP1位置。

        再次進(jìn)入主頁—TOOLS—WEEKLY,這時儀器就會把點(diǎn)樣針浸泡入剛放NaOH的384孔板中進(jìn)行周洗,此過程需要10分鐘,周洗結(jié)束后顯示屏界面依舊停留在TOOLS界面,選擇DAILY,這時儀器就會把點(diǎn)樣針浸泡入乙醇中進(jìn)行日洗,此過程需要30分鐘。清洗結(jié)束后我們依然在TOOLS界面點(diǎn)擊SOLUTION(Drain排空機(jī)器剩余乙醇) —SOLUTION(Fill移動點(diǎn)樣針),取出乙醇瓶倒入50%乙醇并放入儀器。注意:點(diǎn)樣過程中清洗點(diǎn)樣針的乙醇濃度和日洗的乙醇濃度是不一樣的。

        1.2 點(diǎn)樣位置的設(shè)置

        取出新的芯片放到Scout Plate位置,把處理好的樣品板放到MTP1位置,取30ul標(biāo)準(zhǔn)品加入儀器的標(biāo)樣收集孔里。回到顯示屏主頁 →MAPPING →選384 MTP →next →選24 PIMS →next →選384 SPECTROCHIPS →netx →選1 →next →MTPs1 →next,此時就根據(jù)實(shí)際情況選擇芯片與樣品板之間的位置,選完之后點(diǎn)save,在彈的對話框Type Mapping Filename中輸入要取的名字,如“1”。

        1.3 儀器點(diǎn)樣參數(shù)的設(shè)置

        再次回到顯示屏主頁 →METHODS,在Mapping File這里點(diǎn)OPEN,彈出的對話框選擇“1”即剛剛建立的Type Mapping Filename,Analysis這欄選volume check,SpectroCHIPs選1。在頁面最下方點(diǎn)擊cleaning,進(jìn)入cleaning界面,Cleaning Sequence欄里rinse,dry(rinse),wash,dry(wash),4個選項都選上。頁面下方點(diǎn)擊aspirate/dispense,operation欄里選擇analyte&calibrant,Saveback。

        1.4 點(diǎn)樣操作

        顯示屏主頁 →TRANSFER,點(diǎn)擊屏幕右上方的open,選擇“1” →ok,點(diǎn)擊右下方的step,此時點(diǎn)樣針會把樣品點(diǎn)到芯片上一次,然后我們可以根據(jù)點(diǎn)樣針上方自帶的攝像頭看到點(diǎn)樣量的大小,點(diǎn)樣量的大小可以根據(jù)在METHODS →aspirate/dispense頁面里的dispense settings攔下dispense speed數(shù)值大小調(diào)節(jié)。數(shù)值越大,點(diǎn)樣量越大,反之越小。點(diǎn)樣量沒問題后就在TRANSFER界面上直接點(diǎn)右下方的run就可以完成全部點(diǎn)樣操作了。

        2 質(zhì)譜儀的使用

        (1)打開連接質(zhì)譜儀的電腦,點(diǎn)擊star →All Programs → Sequenom → Typer 4.0.20 → Typer 4.0.20,此時彈出MassARRAY Typer對話框,點(diǎn)擊Assay Editor輸入服務(wù)器名稱,用戶名和密碼,單擊Connect。在出現(xiàn)的對話框里導(dǎo)入所做實(shí)驗的位點(diǎn)信息。

        (2)在MassARRAY Typer對話框上,點(diǎn)擊Plate Editor,在出現(xiàn)的對話框里建立樣品板的名字,位點(diǎn)信息,樣品信息→save。

        (3)打開ChpLinker軟件,選中此次實(shí)驗的樣品板名,在Chip Barcode欄輸入芯片名→Add→Create。

        (4)打開MassARRAY Anlyzer 4軟件,Mass Spectrometer Controls→Automatic Run Setup→Chip 1(Chip 2)選擇此次實(shí)驗的芯片名→Stat Autorun,此時儀器就自動運(yùn)行,我們就只要等結(jié)果出來就好了。

        總結(jié)起來,分子量陣列基因分析儀利用飛行時間質(zhì)譜對核酸樣本進(jìn)行高精度定性、定量分析,無需借助熒光染料等替代標(biāo)記物,實(shí)驗結(jié)果精確、靈敏、特異性強(qiáng)。高分辨率排除非特異性背景信號干擾 相比于其他方法,在絕對定量方面具有更高的精確度技術(shù)是全球唯一利用高精度質(zhì)譜技術(shù)對核酸進(jìn)行分析的系統(tǒng) MassARRAY技術(shù)通量大且靈活,單張芯片完成個生物樣本的高通量篩查,適合數(shù)百個位點(diǎn),數(shù)千數(shù)萬生物樣本的分析實(shí)驗,在通量方面更加靈活,成本更低。

        作者簡介:楊峰平(1982),男,漢族,上海金山人,實(shí)驗師,主要從事實(shí)驗技術(shù)與實(shí)驗儀器操作方面工作。

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