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        不同寬葉藍(lán)靛果種群遺傳多樣性的ISSR分析

        2018-03-20 09:22:31張巍孟慶彬郭興李金禹
        森林工程 2018年2期

        張巍,孟慶彬,郭興,李金禹

        0 引言

        寬葉藍(lán)靛果忍冬(Lonicera edulis var.turczaninowii(Pojark.))為忍冬科忍冬屬植物[1]。筆者于2010年開始對(duì)小興安嶺伊春林區(qū)的寬葉藍(lán)靛果種源進(jìn)行調(diào)查[2-3],共確定三處野生分布。三個(gè)種源地均為伊春林區(qū)海拔較高地區(qū),平均海拔分布高度約為550~1 400m左右[3-5]。為揭示寬葉藍(lán)靛果不同種源間的遺傳差異,運(yùn)用ISSR-PCR分子標(biāo)記分析方法對(duì)高海拔地區(qū)寬葉藍(lán)靛果各野生分布種群的遺傳多樣性水平和遺傳距離進(jìn)行標(biāo)記分析,希望可以為寬葉藍(lán)靛果不同種源的綜合評(píng)價(jià)及利用提供參考和理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 供試樣本

        所用供試藍(lán)靛果分別來(lái)自帶嶺大菁山、南岔黃花山、桃山平頂山三個(gè)種源地。其中,帶嶺大菁山選取2個(gè)種源地,每個(gè)種源各采集10個(gè)樣本,南岔黃花山選取1個(gè)種源地共采集10個(gè)樣本,桃山平頂山選擇2個(gè)種源地各采集6個(gè)樣本。樣本收集后馬上置于-20℃低溫保存。各樣本的名稱和采集地參見表1。

        表1 供試樣本及采集地Tab.1 Sample and collection site

        1.2 引物篩選

        試驗(yàn)用引物編號(hào)及其核酸序列(上海生工生物工程公司,Sangon)見表2。

        表2 供試引物Tab.2 Test primers

        1.3 藍(lán)靛果總DNA提取

        試驗(yàn)參考霍俊偉等的試驗(yàn)方法[6-10]。采用CTAB提取寬葉藍(lán)靛果葉片總DNA,從上清液中獲取的DNA得率高,DNA電泳條帶清晰[11-12]。

        1.4 ISSR-PCR

        反應(yīng)體系為20 μL,包括1×Buffer,2.0 mmol/L MgCl2,引物1.5 ng/μL,dNTP的濃度為0.2 mmol/L,TaqDNA聚合酶的用量為1U,模板DNA的用量為20~40 ng,TaqDNA聚合酶、引物、dNTP由上海生工生物工程(Sangon)公司提供。

        PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?4℃變性4 min,94℃變性1 min ,36℃退火 40s,72℃延伸1 min,40個(gè)循環(huán);72℃延伸8 min;4℃保存。

        1.5 電泳檢測(cè)及數(shù)據(jù)處理

        PCR產(chǎn)物用2.0%瓊脂糖凝膠于不超過(guò)5 V/cm的電壓下電泳,電極緩沖液為1×TAE,在含有0.5 ug/mlEB中染色30 min,凝膠成像系統(tǒng)拍照記錄。將瓊脂糖凝膠上出現(xiàn)DNA片段的計(jì)為1,不出現(xiàn)的為0,各數(shù)據(jù)計(jì)算公式如下:

        (1)遺傳相似系數(shù)(genetic similarity,GS)公式[6]:

        式中:Nij為基因型間共有帶數(shù)目;Ni和Nj為兩基因型各自的條帶數(shù)目。

        (2)遺傳距離(genetic distance,GD)公式:

        (3)有效等位基因數(shù)公式:

        式中:fi2為第i個(gè)等位基因的頻率。

        (4)Nei’s基因多樣性指數(shù)He(Nei,1978)[11-13]

        式中:Pi為單個(gè)位點(diǎn)上的等位基因的頻率。

        (5)Nei’s標(biāo)準(zhǔn)遺傳指數(shù)公式[8]:

        式中:Nxy為材料X、Y公共帶數(shù);Nx為材料X的帶數(shù);Ny為材料Y的帶數(shù)。

        以上數(shù)據(jù)經(jīng)統(tǒng)計(jì)后輸入電腦,用NTSYS聚類分析軟件進(jìn)行UPGMA法聚類分析并構(gòu)建聚類圖譜。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 種源間的ISSR多態(tài)性分析

        某個(gè)位點(diǎn)有兩個(gè)以上等位基因,該位點(diǎn)就稱為多態(tài)性位點(diǎn)。多態(tài)性位點(diǎn)占同工酶分析的總位點(diǎn)數(shù)的百分比即為多態(tài)性位點(diǎn)百分率[8-10]。對(duì)采自不同海拔區(qū)域野生群落的42個(gè)寬葉藍(lán)靛果單株進(jìn)行分子標(biāo)記分析。結(jié)果表明,試驗(yàn)所選用的10個(gè)引物所擴(kuò)增出的條帶穩(wěn)定性及可重復(fù)性均表現(xiàn)顯著。試驗(yàn)共擴(kuò)增出68個(gè)條帶,特異性位點(diǎn)百分率54.41%,其中特異性條帶數(shù)37個(gè),平均每個(gè)引物共產(chǎn)生3.7個(gè)特異性條帶(表3)。

        表3 ISSR分析的10條引物及其擴(kuò)增產(chǎn)物Tab.3 ISSR analysis of 10 primers and their amplification products

        圖1 ISSR電泳圖譜(引物OPA-02)Fig.1 ISSR electrophoresis pattern (primer OPA-02)

        圖2 ISSR電泳圖譜(引物OPF-08)Fig.2 ISSR electrophoresis pattern (primer OPF-08)

        由表3可知,10個(gè)引物中,OPA-02引物擴(kuò)增的條帶數(shù)最多(圖1),但多態(tài)位點(diǎn)比率相對(duì)較少。而OPB-08和OPF-08兩個(gè)引物多態(tài)位點(diǎn)比率均達(dá)到71.43%,表明上述兩個(gè)引物可以檢測(cè)到更為豐富的多態(tài)性(圖2)。同時(shí),以上數(shù)據(jù)也表明,寬葉藍(lán)靛果種間在分子水平上的多態(tài)性是豐富的,這為今后藍(lán)靛果ISSR引物的定向開發(fā)奠定了基礎(chǔ)。

        2.2 遺傳多態(tài)位點(diǎn)分析

        遺傳多樣性是生物多樣性的基礎(chǔ),也是生物多樣性最重要的部分[11-13]。通過(guò)對(duì)大菁山、黃花山和平頂山三處種源地的遺傳多樣性進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析表明,平頂山種源區(qū)遺傳豐富度最高,共檢測(cè)出遺傳多態(tài)性位點(diǎn)24個(gè),多態(tài)性位點(diǎn)比率達(dá)到35.29%。而黃花山和大菁山兩處種源地檢測(cè)出的遺傳多態(tài)性位點(diǎn)同為19個(gè),多態(tài)性位點(diǎn)比率同為27.94%(表4)。

        表4 各種群多態(tài)位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)Tab.4 Statistical analysis of polymorphic loci

        從表4可知,不同種群的多態(tài)位點(diǎn)比率在16.18%~30.88%。通過(guò)對(duì)三個(gè)種源區(qū)劃的5個(gè)寬葉藍(lán)靛果天然群落的檢測(cè)表明,大菁山和黃花山的遺傳豐富度相近,平頂山遺傳豐富度相對(duì)較高。在本次試驗(yàn)中,出現(xiàn)了同一種源區(qū)劃的兩個(gè)采集樣方多態(tài)位點(diǎn)比率相差較大的情況,這可能因?yàn)閷捜~藍(lán)靛果種群受高海拔自然因子局限,導(dǎo)致不同樣區(qū)遺傳豐富度產(chǎn)生差異。

        通過(guò)GPS定位測(cè)距表明,黃花山種源帶與大菁山種源帶地理位置直線距離為27 km,大菁山種源帶與平頂山種源帶的地理直線距離為53 km,而黃花山種源帶與平頂山種源帶地理直線距離為76.9 km。衛(wèi)星地圖觀測(cè),各種源地山系間均有天然地貌阻隔,獨(dú)立成峰未交集。伊春林區(qū)地處小興安嶺南坡的中心地帶,其群落構(gòu)成、山脈走向、成土結(jié)構(gòu)等均具有小興安嶺山脈的典型特征。三處種源地共同處于小興安嶺山脈,屬于同一地理區(qū)劃。經(jīng)計(jì)算,親源關(guān)系也維持在0.83水平。但另一方面,三處種源地海拔高度有所差異,黃花山海拔高度600 m左右,為三個(gè)種源地最低。大菁山種源地海拔1 000 m左右,平頂山種源平均分布在海拔1 400m左右。在對(duì)不同海拔群落多樣性的調(diào)查表明,不同海拔寬葉藍(lán)靛果群落生物多樣性有明顯差異,而海拔1 000m為寬葉藍(lán)靛果林型過(guò)渡帶[4]。由此可見,不同群落的遺傳差異有可能是海拔高度差異、群落自身大小及地理距離差異共同作用的結(jié)果。

        2.3 遺傳距離和親緣關(guān)系分析

        Nei指數(shù)(H)、Shannon指數(shù)(I)和有效等位基因數(shù)(Ne)是衡量種源遺傳多樣性的重要參數(shù)[12-15]。以相似性系數(shù)公式(GS)對(duì)三處種源進(jìn)行遺傳相似系數(shù)計(jì)算,結(jié)果表明,大菁山和黃花山兩處種源遺傳相似系數(shù)為0.27,遺傳距離為0.73,表明兩處種源親源關(guān)系較近。而平頂山與大菁山、黃花山種源地的遺傳系數(shù)均為0.5,表明平頂山種源區(qū)與其它兩處種源的親源關(guān)系較遠(yuǎn)。用 Nei指數(shù)(H)對(duì)種群間遺傳距離進(jìn)行測(cè)算表明,大菁山與黃花山種源的親源關(guān)系最近,其測(cè)算值為0.349,與平頂山親源關(guān)系最遠(yuǎn),其測(cè)算值為0.534。而黃花山與平頂山測(cè)算的遺傳指數(shù)為0.39。

        表5 各種源多態(tài)性統(tǒng)計(jì)Tab.5 Various sources of polymorphism statistics

        進(jìn)行遺傳多樣性分析結(jié)果表明(表5),Shannon多態(tài)性總體處于0.124 5~0.234 7,總體平均值為0.170 3,其中平頂山多態(tài)性最為豐富。Nei指數(shù)總體分布于0.062 5~0.065 3,總體平均值為0.126 1。Nei指數(shù)測(cè)算得到的結(jié)果與Shannon指數(shù)所得到的測(cè)算結(jié)果基本一致。

        對(duì)42個(gè)單株進(jìn)行聚類分析并建立樹狀圖(圖3),結(jié)果表明各單株的遺傳距離總體分布在0.80~0.99。其中A4、A5單株,B7、B9單株,C9、C10單株及E3、E5單株等遺傳距離都達(dá)到了0.99,表明具有效高的親源關(guān)系,而D4、D5單株在此次分析中與其它單株的遺傳距離最遠(yuǎn)。總體分析,各單株的遺傳距離分布基本與種源分布密切相關(guān)。其中,大菁山A和B兩處分布單株親源關(guān)系較為集中,達(dá)到0.92水平。而黃花山各單株組內(nèi)相對(duì)集中,組間的遺傳距離與大菁山更為接近,這也與之前筆者對(duì)各種源進(jìn)行遺傳系數(shù)測(cè)算的結(jié)果一致。

        3 結(jié)論與討論

        (1)利用所篩選出來(lái)的10個(gè)引物運(yùn)用ISSR分子標(biāo)記手段對(duì)寬葉藍(lán)靛果不同海拔種源進(jìn)行分析,共檢測(cè)到68個(gè)位點(diǎn),多態(tài)位點(diǎn)比率在20%~71.43%。其中,平頂山群落多態(tài)位點(diǎn)比率最高為30.88,最低為16.18,表明組內(nèi)遺傳差異較大。而大菁山和黃花山組內(nèi)差異相對(duì)較小。

        圖3 寬葉藍(lán)靛果42個(gè)品種聚類分析樹狀圖Fig.3 The broad leaf of Lonicera edulis 42 varieties of the dendrogram of cluster analysis

        (2)通過(guò)本次檢測(cè)證明,寬葉藍(lán)靛果不同種源間存在一定差異性。其中大菁山與黃花山親源關(guān)系更為接近,而平頂山親源關(guān)系較遠(yuǎn)。產(chǎn)生這一結(jié)果的原因可能與地理距離及海拔高度有關(guān)。

        (3)對(duì)3個(gè)種源分布的遺傳距離進(jìn)行測(cè)算表明,平頂山遺傳豐富度明顯高于其它種源,證明種群內(nèi)基因流較強(qiáng),種群總體處于活躍狀態(tài)。同時(shí)也證明寬葉藍(lán)靛果種群在長(zhǎng)時(shí)間的進(jìn)化過(guò)程中已經(jīng)完成了對(duì)高海拔地區(qū)環(huán)境因子的適應(yīng)。

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