羊肚菌從播種到采收一般處在一年中最寒冷的季節(jié)，在這一時節(jié)內(nèi)，羊肚菌所受病蟲害威脅較其他食用菌輕，但并非沒有。羊肚菌常見病蟲害及防控措施：

軟體動物：包括蝸牛和蛞蝓等，其多生長在陰暗潮濕的草叢、落葉內(nèi)或石塊下，晝伏夜出，嚼食羊肚菌子囊果，危害嚴(yán)重。此類害蟲的防控可以通過人工捕殺，加以清除。蛞蝓的防控還可以用藥劑進(jìn)行防治：豆餅或炒香棉籽餅與敵百蟲按 10∶1 的比例制成毒餌，每畝施用4～5 公斤，于傍晚施撒，誘殺。

白蟻：多發(fā)生在播種環(huán)節(jié)，白蟻直接啃食菌種，造成嚴(yán)重?fù)p失。白蟻危害多發(fā)生在林地、腐殖質(zhì)落葉豐富的不動土田地，可以通過播種前暴曬田地進(jìn)行防控。另外對新開墾的田地，在播種前，每畝按照 50～75 公斤生石灰投放，可有效地減少白蟻侵害。當(dāng)發(fā)現(xiàn)白蟻危害時，用48%樂斯本乳油 1 000～1 500 倍液噴淋防控。

老鼠：老鼠嚼食菌種和幼菇，可通過常規(guī)捕鼠或滅鼠手段防控。

跳蟲：羊肚菌栽培生產(chǎn)中，特別是當(dāng)土壤內(nèi)含糖分廢棄物如玉米桿或土壤農(nóng)業(yè)廢棄物較肥沃時極易爆發(fā)跳蟲危害，跳蟲會在土壤縫隙內(nèi)活動，嚼食羊肚菌菌絲；也會鉆進(jìn)外源營養(yǎng)袋中，在袋子內(nèi)繁衍生息，造成菌絲破壞和營養(yǎng)流失。春季溫暖濕潤季節(jié)，大規(guī)模的跳蟲也會嚼食子囊果，被咬食過的子囊果部位發(fā)育受阻，導(dǎo)致容易招致其他病害的發(fā)生。防控方法：1.播種前一月左右，對田地進(jìn)行翻耕，并按照每畝地50～75公斤的生石灰使用量進(jìn)行施撒，翻耕后經(jīng)過暴曬，可有效的減少跳蟲的危害；2.清除掉田間的農(nóng)業(yè)廢棄料，特別是玉米秸稈等含糖量豐富的雜物，減少滋生營養(yǎng)源；3.輪換作業(yè)，水稻田的灌水作業(yè)也可以有效的殺滅跳蟲及蟲卵；4.跳蟲嚴(yán)重的田地，可根據(jù)跳蟲的喜水習(xí)性，在發(fā)生跳蟲的地方用小盆盛清水，待跳蟲跳于水中后再換水繼續(xù)用水誘殺，連續(xù)幾次，將會大大減少蟲口密度。

螨蟲：螨蟲個體非常小，大小只有1～2毫米，數(shù)量巨大。主要危害菌絲體，也咬食子實(shí)體。當(dāng)螨蟲大量發(fā)生時，可以使用殺螨劑處理畦面。

草害：雜草、苔蘚等植物大量發(fā)生的田塊，羊肚菌的產(chǎn)量一般不會很高。播種后可用黑色、白色薄膜覆蓋畦面，可以有效控制雜草發(fā)生。同時，還可適當(dāng)通風(fēng)處理，降低土壤濕度。

真菌病害：羊肚菌子囊果發(fā)生季節(jié)，如遇高溫高濕天氣，很容易爆發(fā)霉菌病害。若防控不當(dāng)，將造成大面積爆發(fā)，損失嚴(yán)重。病害特征：子囊果表面發(fā)霉，白色氣生菌絲旺盛，致使菇體腐爛、死亡或畸形，嚴(yán)重影響品質(zhì)。研究表明，羊肚菌子囊果內(nèi)存在著包括鐮刀菌在內(nèi)的大量內(nèi)生真菌。環(huán)境適宜的時候，這些內(nèi)生真菌極有可能爆發(fā)造成危害。除此之外，目前沒有關(guān)于羊肚菌真菌感染或病害的研究報(bào)道，也未有確切防治辦法，謹(jǐn)以防控為主：一是播種前田地進(jìn)行 1周以上的暴曬可有效地防治霉菌病害的發(fā)生；二是避免出菇時節(jié)長時間高溫高濕，以加強(qiáng)通風(fēng)、降濕、降溫來防控病害發(fā)生；三是在播種補(bǔ)料環(huán)節(jié)，如遇高溫，菇床會有不同程度的霉菌發(fā)生，可以就地噴灑生石灰并掩埋；四是鐮刀菌使用克霉靈或硫酸銅進(jìn)行防控。

細(xì)菌性病害：細(xì)菌病害多發(fā)生在出菇環(huán)節(jié)，如真菌病害一樣，常伴隨著高溫高濕天氣爆發(fā)，表現(xiàn)為菌柄變紅、腐爛、發(fā)臭。（南方菌業(yè)）