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        腸桿菌科細菌碳青霉烯酶表型檢測方法研究進展

        2018-02-28 07:17:28張保榮
        中國感染控制雜志 2018年2期
        關(guān)鍵詞:檢測

        張保榮

        畢茹茹

        顧 兵

        (1徐州醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)技術(shù)學(xué)院,江蘇 徐州 221004;2 宿遷市第一人民醫(yī)院,江蘇 宿遷 223899;3徐州醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院,江蘇 徐州 221002)

        腸桿菌科細菌是醫(yī)院和社區(qū)感染最常見的病原菌,可引起多部位炎癥,如肺炎、泌尿系統(tǒng)炎癥、敗血癥、腹膜炎、醫(yī)療器械相關(guān)性感染等。由于幾乎可水解所有頭孢菌素的超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(ESBLs)在腸桿菌科細菌中的流行,對于重癥感染患者,碳青霉烯類作為最有效的抗菌藥物被廣泛使用。隨著碳青霉烯類藥物消耗量的增加,耐藥菌株開始出現(xiàn),并在全球范圍快速傳播[1-2]。耐碳青霉烯腸桿菌科細菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)通常表現(xiàn)對β-內(nèi)酰胺類藥物高水平抵抗,同時伴隨著對多種其他抗菌藥物,如氨基糖苷類、氟喹諾酮類等耐藥,使治療成為十分棘手的問題。

        CRE的耐藥機制主要包括產(chǎn)生各種類型碳青霉烯酶、膜孔蛋白缺失或突變聯(lián)合ESBLs或頭孢菌素酶(AmpC)的高水平產(chǎn)生、外排泵的過度表達等[3],其中產(chǎn)生碳青霉烯酶是最常見的耐藥機制,也是對公共健康威脅最大的因素。碳青霉烯酶屬于β-內(nèi)酰胺酶家族,能夠水解包括頭孢菌素及碳青霉烯在內(nèi)的幾乎所有β-內(nèi)酰胺類藥物?;诜肿犹卣鞯牟煌?,目前已知的碳青霉烯酶分別屬于Ambler分類中的A、B及D類,A類碳青霉烯酶活性部位有絲氨酸結(jié)構(gòu),主要包括KPC、GES、IMI、SME和SFC,能水解青霉素類、頭孢菌素、氨曲南和碳青霉烯類抗生素,活性可被克拉維酸、他唑巴坦抑制;B類屬于金屬酶,活性部位有鋅離子,主要包括 IMP、VIM、SPM、NDM、GIM和SIM,活性不受β-內(nèi)酰胺酶抑制劑影響,可被EDTA等金屬螯合劑所抑制,不能水解氨曲南;D類主要為OXA-48-like酶,能水解青霉素類、鄰氯西林、苯唑西林等藥物。

        編碼碳青霉烯酶的基因通常存在于可移動基因元件上,通過質(zhì)粒及轉(zhuǎn)座子容易在細菌之間水平傳播,導(dǎo)致局部流行,甚至是感染暴發(fā)[3];同時,產(chǎn)碳青霉烯酶細菌感染常伴隨治療的失敗及高病死率。因此,快速、準確地識別產(chǎn)酶菌株,對于患者的治療及采取合適的感染控制措施,防止耐藥基因的播散具有重要意義。盡管臨床實驗室可以常規(guī)進行碳青霉烯類抗菌藥物的敏感性檢測,但是敏感性下降并不一定是由于產(chǎn)生了碳青霉烯酶。分子診斷技術(shù)是判斷細菌是否產(chǎn)生碳青霉烯酶的金標準,但檢測方法不僅步驟繁瑣,而且需要特殊的儀器設(shè)備,在臨床工作中難以廣泛開展。另外,分子診斷僅能夠?qū)σ阎愋偷拿富驒z測,對于少見的類型存在漏檢風(fēng)險。近年來,多種碳青霉烯酶表型檢測方法被廣泛應(yīng)用,每種方法都各具特色。本文對腸桿菌科細菌碳青霉烯酶表型檢測方法進行綜述,目的是通過表型檢測能簡便、準確、及時發(fā)現(xiàn)產(chǎn)酶株,為患者的治療及控制耐藥菌株的傳播提供幫助。

        1表型篩查試驗

        1.1 藥物敏感試驗 產(chǎn)生碳青霉烯酶的腸桿菌科細菌(carbapenemase-producing Enterobacteriaceae CPE)通常表現(xiàn)對一種或多種碳青霉烯類藥物敏感性下降。藥物敏感性檢測方法主要為最低抑菌濃度(MIC)測定及紙片擴散法測量抑菌環(huán)直徑,當MIC值升高或抑菌環(huán)直徑縮小提示為可疑的CPE菌株。有報道指出不同的碳青霉烯藥物對CPE的篩選能力存在差異,厄他培南敏感性較高,但特異性略差,亞胺培南情況類似,美羅培南在敏感性和特異性的綜合評價中有較滿意的結(jié)果[4]。Benenson等[5]利用紙片擴散法檢測腸桿菌科細菌對亞胺培南的敏感性,判斷是否產(chǎn)生KPC酶,靈敏度和特異度分別為100%、96%。有研究應(yīng)用VITEK 2測定亞胺培南與美羅培南的MIC進行CPE篩選,發(fā)現(xiàn)兩者聯(lián)合應(yīng)用可以顯著提高檢測能力[6]。

        判斷CPE的折點目前尚無統(tǒng)一標準,Tamma等[7]通過對198株CRE進行耐藥基因及碳青霉烯類藥物MIC檢測,發(fā)現(xiàn)CPE菌株與非CPE菌株的MIC值分布存在差異,不同基因型的碳青霉烯酶MIC分布無差異。研究[7]認為,篩查CPE的最佳厄他培南濃度為0.5 μg/mL,美羅培南、亞胺培南、多利培南的濃度為2 μg/mL。Pasteran等[6]發(fā)現(xiàn),以亞胺培南MIC≥2 μg/mL聯(lián)合美羅培南MIC≥1 μg/mL作為CPE判斷標準,具有很高的靈敏度及特異度。也有學(xué)者在CPE低流行區(qū)域進行大數(shù)據(jù)分析,結(jié)果顯示以目前美國臨床實驗室標準化協(xié)會(CLSI)敏感標準(美羅培南MIC≤1 μg/mL),14%的CPE菌株對美羅培南敏感,以歐洲抗菌藥物敏感試驗委員會(EUCAST)敏感標準(美羅培南MIC≤2 μg/mL),此比率上升至20%,認為以美羅培南篩查CPE時,應(yīng)采用的折點為MIC 0.12 μg/mL[8]。

        藥物敏感試驗可以方便、快捷地進行CPE篩查,同時可以根據(jù)藥敏結(jié)果指導(dǎo)臨床用藥。但由于其他的耐藥機制,如膜孔蛋白缺失合并高產(chǎn)AmpC酶同樣可導(dǎo)致碳青霉烯藥物MIC值升高或抑菌環(huán)直徑縮小,有些產(chǎn)酶菌株對碳青霉烯類藥物水解能力弱,也可出現(xiàn)敏感結(jié)果。因此,產(chǎn)酶株與非產(chǎn)酶株藥敏結(jié)果會出現(xiàn)部分重疊。

        1.2 篩選培養(yǎng)基 主要有添加了碳青霉烯類藥物的麥康凱培養(yǎng)基及商業(yè)化的顯色培養(yǎng)基,可以直接從臨床標本中篩選出耐藥菌株。利用CPE對碳青霉烯抗生素敏感性下降的特性,以及麥康凱培養(yǎng)基能有效抑制革蘭陽性菌的生長,改進后的麥康凱具有很好的選擇作用。在麥康凱培養(yǎng)基中加入1 μg/mL亞胺培南用于直腸拭子篩選CPE菌株有很好的檢測效能[9]。商業(yè)化的顯色培養(yǎng)基具有篩選和鑒定雙重作用,其中的抑制劑限制了雜菌的生長,未受影響的細菌在生長過程中代謝產(chǎn)生的酶,水解培養(yǎng)基中底物,釋放色原物質(zhì)呈現(xiàn)特定顏色,利用顏色的不同對目標菌進行鑒定。Panagea等[10]使用CHROMager KPC培養(yǎng)基監(jiān)測直腸拭子標本中CPE,陽性預(yù)測值及陰性預(yù)測值分別為100%、98.8%,但對于產(chǎn)KPC和VIM酶的菌株通過顏色判斷或菌落特征并不能區(qū)別。早期的顯色培養(yǎng)基具有方便、特異度高、結(jié)果易于觀察的優(yōu)點,不過主要用于篩選CRE,對CPE無特異性,并且對一些低水平耐藥的CPE菌株,敏感性較低,易出現(xiàn)漏檢。

        ChromID CARBA是一種新型顯色培養(yǎng)基,專為CPE設(shè)計,添加劑中含有特異性抑制革蘭陽性菌和非產(chǎn)碳青霉烯酶細菌的成分。Perry 等[11]比較ChromID CARBA和Colorex KPC兩種培養(yǎng)基檢測產(chǎn)NDM-1酶腸桿菌科細菌的能力,認為前者更敏感,可以檢測出美羅培南MIC低于2 μg/mL的菌株。另外一種新型的篩選培養(yǎng)基SUPERCARBA,其中加入一種碳青霉烯類藥物、氯唑西林、硫酸鋅,可以篩選多種類型碳青霉烯酶,如OXA-48、NDM、VIM、IMP、KPC等,檢測靈敏度在95%以上[12]。

        利用篩選培養(yǎng)基進行臨床標本中CPE的篩查是一種好方法,最大優(yōu)勢在于能從多種菌群中分離出目標菌,但是孵育過程需24~48 h,不能滿足快速檢測要求,并且不能區(qū)分碳青霉烯酶類型。

        2表型確認試驗

        2.1 抑制劑增效試驗 不同類型的碳青霉烯酶活性可被相應(yīng)的抑制劑所抑制,在碳青霉烯類藥物中加入酶抑制劑,可以使藥物的MIC下降或紙片擴散法的抑菌環(huán)增大。常用的方法有E-test和紙片增效試驗,前者判讀標準為加酶抑制劑一側(cè)與另一側(cè)比較MIC值相差8倍以上是陽性,后者可以將抑制劑直接加到藥物紙片中,與原藥物紙片比較抑菌環(huán)的大小,或者將抑制劑紙片貼在藥物紙片附近,觀察兩者是否出現(xiàn)協(xié)同。A類酶抑制劑有硼酸類化合物、克拉維酸等,有文獻評價兩種抑制劑對產(chǎn)KPC酶的肺炎克雷伯菌檢測能力,硼酸檢出所有產(chǎn)酶株,而克拉維酸靈敏度及特異度稍差[13]。硼酸類除了能抑制A類β-內(nèi)酰胺酶,也能抑制AmpC酶,當菌株高產(chǎn)AmpC酶伴隨膜蛋白缺失時易造成假陽性,若聯(lián)合加入氯唑西林,因其僅抑制AmpC酶可以進行鑒別。B類酶抑制劑常用的有EDTA、吡啶二羧酸,兩者對于金屬酶的檢測均有很好的效果。Tsakris等[14]報道以紙片增效試驗檢測同時具有KPC和金屬酶的菌株,當美羅培南紙片中僅加入苯硼酸或EDTA一種時,結(jié)果均為陰性,只有兩者同時加入才出現(xiàn)陽性結(jié)果。OXA-48目前無理想的特異性抑制劑,但是可利用其水解替莫西林的特征進行識別。有研究者分別使用苯硼酸、吡啶二羧酸和氯唑西林作為A、B類及AmpC酶抑制劑,聯(lián)合替莫西林紙片擴散法檢測腸桿菌科細菌碳青霉烯酶,結(jié)果顯示所有OXA-48菌株與苯硼酸和吡啶二羧酸均無協(xié)同作用,并且替莫西林抑菌環(huán)<10 mm,以此作為判斷標準,靈敏度及特異度均達100%[15]。

        抑菌劑增效試驗操作簡單,結(jié)果易于觀察,可區(qū)分碳青霉烯酶類型。但是,當以EDTA作為金屬酶抑制劑時,有些菌株本身對EDTA敏感可出現(xiàn)假陽性,并且檢測過程需16~20 h的孵育,無法快速獲得結(jié)果。

        2.2 改良Hodge試驗(modified Hodge test,MHT) Hodge試驗最早用于淋病奈瑟菌產(chǎn)生青霉素酶的檢測,后來Lee等[16]進行改進用于銅綠假單胞菌和不動桿菌的金屬酶篩查。2009年CLSI建議對碳青霉烯類藥物敏感性下降的腸桿菌科細菌采用MHT進行碳青霉烯酶的表型確證。MHT原理基于產(chǎn)生碳青霉烯酶的細菌使碳青霉烯藥物失活,大腸埃希菌(ATCC 25922)作為對藥物敏感的指示菌,在試驗菌株接種線與抑菌環(huán)相交處出現(xiàn)增強生長。MHT步驟簡單,不需要特殊的試劑和儀器,適合于各級實驗室常規(guī)開展,并且對于A類和D類碳青霉烯酶顯示較好的檢測能力,但是對于金屬酶,如NDM、VIM、IMP的檢測存在缺陷。一些菌株由于ESBLs或者存在高水平AmpC,會導(dǎo)致假陽性結(jié)果[17]。

        針對MHT的不足,研究人員進行了多種改進。有文獻報道[18]以間接碳青霉烯酶試驗檢測KPC酶,試驗步驟類似于MHT,藥敏紙片為亞胺培南,試驗菌株不是沿藥敏紙片邊緣劃線,而是涂在EDTA紙片上,貼在亞胺培南紙片邊緣,孵育過夜后觀察結(jié)果,指示菌在EDTA邊緣出現(xiàn)凹陷生長為陽性。EDTA在其中作用是裂解菌體細胞,釋放KPC酶,提高了檢測能力。對于金屬酶檢測的缺陷,有研究嘗試在培養(yǎng)基中加入硫酸鋅,檢測NDM的靈敏度從50%增高至85.7%,但特異度無改善[19]。最近研究[20]發(fā)現(xiàn),NDM是結(jié)合在外膜上的脂蛋白;Pasteran等[21]通過在MH培養(yǎng)基中加入非離子表面活性劑Triton X-100,使MHT檢測NDM的靈敏度>90%。Takayama等[22]報道在MH培養(yǎng)基中加入氯唑西林進行MHT,AmpC導(dǎo)致的假陽性被有效控制。也有研究以麥康凱培養(yǎng)基代替MH,敏感性明顯提高,可能是麥康凱中的抑制物如膽鹽增加了胞內(nèi)酶的釋放[23]。

        2.3 Carba NP試驗 2012年Nordmann等[24]報道了一種新型的快速檢測細菌水解亞胺培南能力的試驗,稱為Carba NP,試驗原理基于生化顯色。碳青霉烯酶能水解亞胺培南的β-內(nèi)酰胺環(huán),使溶液pH下降,其中的酚紅指示劑顏色發(fā)生紅色到黃色的改變。整個實驗過程僅需要2 h,縮短了檢測時間,能早期識別CPE菌株。2015年CLSI推薦Carba NP作為腸桿菌科細菌、銅綠假單胞菌和不動桿菌屬產(chǎn)生碳青霉烯酶的表型確證試驗[24]。據(jù)報道本試驗有高特異性,對于KPC酶及金屬酶的檢測有高靈敏度,但是對于OXA-48-like的敏感性報道不一,11%~100%[24-26]。Segawa等[27]以此試驗檢測IMP-6及IMP-1型酶,發(fā)現(xiàn)陽性出現(xiàn)時間與酶基因的表達水平顯著相關(guān),提示Carba NP有潛力用于評價碳青霉烯酶基因的表達程度。

        盡管Carba NP簡單快速,但是影響因素較多,如配制試驗溶液pH、待測菌分離選用的培養(yǎng)基、接種量、孵育時間、結(jié)果判定的主觀因素、黏液型的表型以及酶活性表達水平等均會對結(jié)果造成影響[26,28]。另外,試驗需要一些特殊的試劑,如商品化蛋白提取液(B-PER II)、亞胺培南標準品粉劑等,不僅試驗成本較高,而且亞胺培南粉劑加入后試劑要盡快使用,有效期僅3 d,限制了該試驗的推廣應(yīng)用?,F(xiàn)在一些商品化的試劑盒應(yīng)運而生,如Rapidec Carba NP、Rosco Neo-Rapid Carb Kit等,據(jù)報道上述商品化產(chǎn)品具有同樣的檢測性能,操作更簡便[29-30]。Pires等[31]介紹了一種替代試驗(Blue-Carba),不需要蛋白提取液,直接從培養(yǎng)基取菌使用,以靜脈滴注使用的亞胺培南/西司他丁代替亞胺培南標準品,選擇溴麝香草酚藍作為指示劑替代酚紅。據(jù)描述Blue-Carba具有很高的檢測能力,而且減少了試劑花費,簡化了試驗操作,同時因為溴麝香草酚藍變色范圍在pH 6.0~7.6,覆蓋了大多數(shù)β-內(nèi)酰胺酶(pH 6.8),水解后引起的顏色變化更明顯。也有文獻[32]報道以Triton X-100代替蛋白提取液,亞胺培南/西司他丁代替亞胺培南標準品,同樣取得了滿意的結(jié)果。有研究[33]對此方法進行改進,將配制好的亞胺培南酚紅混合溶液及單一酚紅溶液(作為對照)分別滴加在濾紙條上,然后取培養(yǎng)基上的菌落直接涂在濾紙上,5 min內(nèi)根據(jù)顏色變化判讀結(jié)果,也取得了理想效果,方便、快速、直觀的方法更易被臨床實驗室所接受。

        2.4 碳青霉烯滅活試驗(carbapenem inactivation method,CIM) CIM 2015年由荷蘭van der Zwaluw研究團隊首次提出,可以在8 h內(nèi)檢測革蘭陰性桿菌的碳青霉烯酶,對KPC、NDM、OXA-48、VIM、IMP 和 OXA-23型β-內(nèi)酰胺酶的檢測結(jié)果與PCR具有高度一致性[34]。操作如下:(1)取一滿環(huán)血平板或MH上菌株加入實驗室用水中,做成均勻菌懸液,夾一片10 μg美羅培南藥敏紙片浸入菌懸液,35℃孵育2 h;(2)大腸埃希菌(ATCC 25922)以生理鹽水制成0.5麥氏單位菌懸液,按照常規(guī)紙片擴散法操作涂布于MH平板表面;(3)取出美羅培南紙片貼在已涂布大腸埃希菌的MH平板上,35℃至少孵育6 h或過夜判讀結(jié)果。如果待檢菌株產(chǎn)生碳青霉烯酶,作用于藥敏紙片中的美羅培南使其失去活性,指示菌的生長就不受影響,反之指示菌生長被抑制,在美羅培南周圍出現(xiàn)明顯抑菌圈。對203株碳青霉烯耐藥的革蘭陰性桿菌進行CIM和Carba NP實驗,結(jié)果與多重PCR比較,CIM靈敏度和特異度分別為95.7%、95.5%,而CarbaNP分別為75.0%、99.1%[35]。2017年CLSI 推薦了改良CIM試驗(mCIM)用于腸桿菌科細菌產(chǎn)生碳青霉烯酶的表型確認試驗[36],mCIM與CIM的區(qū)別在于菌懸液使用胰蛋白酶大豆肉湯代替實驗室用水制備,加入美羅培南紙片后孵育時間從2 h延長至4 h。Pierce等[37]對mCIM進行評價,認為該試驗不僅操作簡單,而且結(jié)果易于判斷、重現(xiàn)性好。

        CIM試驗試劑花費少,容易操作,結(jié)果判斷明確,檢測OXA-48-like靈敏度高[35,37],但試驗需孵育2次,第一次2~4 h,第二次至少6 h或過夜,操作時間長,不能達到快速檢測的目的,另外當酶活性較低時會出現(xiàn)假陰性結(jié)果[38]。

        2.5 其他表型確認試驗 以抗體介導(dǎo)為基礎(chǔ)的免疫層析方法開始應(yīng)用于檢測碳青霉烯酶,表現(xiàn)了良好的性能,尤其對于OXA-48-like的檢測有一定的優(yōu)勢。攜帶OXA-48-like酶的菌株常表現(xiàn)為對碳青霉烯類藥物的低MIC值,并且不同于KPC 和金屬酶,OXA-48-like缺乏用于表型檢測所需的特異性抑制劑,在常規(guī)檢驗中易造成漏檢。一種商品化的產(chǎn)品OXA-48 K-SeT檢測OXA-48-like的靈敏度和特異度均達100%[39]。試驗原理基于抗體捕獲OXA-48酶的兩個特異性抗原表位,將其中之一的特異性抗體以條帶狀固定在硝酸纖維膜上,膠體金標記另一抗體吸附在結(jié)合墊上。當待檢樣品加到試紙條一端的樣本墊上后,通過毛細作用向前移動,溶解結(jié)合墊上的膠體金標記抗體后發(fā)生特異性結(jié)合,再移動至固化抗體區(qū)域時又發(fā)生特異性結(jié)合而被截留,聚集在檢測帶上,可通過肉眼觀察到顯色條帶。捕獲抗體可以結(jié)合目前已知的多種OXA-48-like變異體,如OXA-48、OXA-162、OXA-181、OXA-204、OXA-232和OXA -244等,15 min內(nèi)獲得結(jié)果。最近報道了一種新型多通道免疫層析試劑OKN K-SeT,可以同時檢測OXA-48、KPC、NDM,對于含有目標酶的菌株均能正確檢出,非CPE或產(chǎn)生其他類型碳青霉烯酶菌株無交叉反應(yīng),表現(xiàn)高效的檢測性能[40]。免疫層析分析操作簡單,結(jié)果快速、準確,敏感性高,不需要其他附加的試劑和儀器,易于在臨床實驗室開展,并且檢測限在106CFU/mL,有希望直接從尿或其他生物樣本中進行檢測,但是因為屬于商品化試劑,試劑花費較多,并且只能對目標酶型進行檢測,存在局限性。

        基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF/MS)是一種軟電離技術(shù),將樣品分散在基質(zhì)中,在激光照射下分子電離,電離的樣品在電場作用下飛過真空的飛行管,通過離子的質(zhì)量電荷之比與離子的飛行時間成正比分析離子,測得樣品分子的分子量達到鑒定目的。MALDI-TOF/MS通常用于疾病的診斷和藥物代謝研究,近年來在微生物的鑒定方面應(yīng)用較多,對于耐藥機制檢測方面也有很大潛能。Hrabák等[41]描述了以質(zhì)譜方法檢測腸桿菌科細菌及銅綠假單胞菌產(chǎn)酶引起的碳青霉烯類藥物耐藥,美羅培南溶液與細菌培養(yǎng)物混合后35℃孵育3 h,混合液離心,上清液用于質(zhì)譜分析,以美羅培南及其鈉鹽特征峰的出現(xiàn)與否判斷結(jié)果,方法的靈敏度和特異度分別為96.67%、97.87%。該方法簡便快速、高通量、低成本、可信度高,除了用于細菌純培養(yǎng)物檢測,還可以直接從血培養(yǎng)中測定,節(jié)省了時間,對KPC、VIM、NDM、IMP、OXA-48-like均有很高的檢出能力[42]。但是質(zhì)譜儀價格昂貴,普通微生物實驗室難以配置,并且不能區(qū)分碳青霉烯酶類型,對于流行病學(xué)調(diào)查的作用有限。

        3總結(jié)與展望

        細菌耐藥已經(jīng)成為全球化的問題,特別是CPE引起的感染,由于其高傳播性及高病死率,應(yīng)引起臨床及感控人員的高度重視。準確、及時發(fā)現(xiàn)CPE菌株,對于患者的治療及感控措施的實施至關(guān)重要。不同的檢測方法對不同類型碳青霉烯酶存在檢測能力上的差異,截至目前,仍缺乏一種完美檢測手段,實驗室應(yīng)根據(jù)自己的條件及地區(qū)流行情況進行選擇。

        顯色培養(yǎng)基可以從臨床標本中直觀地分離出產(chǎn)酶菌株,在去定植檢測中有很好的應(yīng)用前景。免疫層析法對KPC、NDM、OXA-48等常見類型可以在15 min得出結(jié)果,當懷疑由相關(guān)機制引起的感染暴發(fā)時,該法是不錯的選擇。MALDI-TOF/MS作為新型的檢測手段開始用于細菌耐藥方面的研究,目前對于CPE的檢測主要依據(jù)碳青霉烯藥物的水解,對具體的酶類型無法分辨,如果能對酶類型進行檢測,將會有更大的應(yīng)用空間。

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