(榆林市動(dòng)物疫病預(yù)防控制中心, 陜西 榆林 719000)
雞源NDV最新分離株作為試驗(yàn)研究病毒。
Master Mix、DNA Marker、DNA凝膠回收試劑盒等。
微量移液器、超凈工作臺(tái) 、PCR擴(kuò)增儀、臺(tái)式高速冷凍離心機(jī)、電子天平、核酸電泳儀、紫外凝膠成像系統(tǒng),37℃恒溫?fù)u床。
1.4.1 全基因序列的引物設(shè)計(jì)
參考GenBank上已經(jīng)發(fā)布的新城疫病毒各個(gè)基因序列,對(duì)保守區(qū)域用引物設(shè)計(jì)軟件Primer Premier 5.0設(shè)計(jì)多對(duì)引物,使擴(kuò)增片段互相可以重疊連接,最后得到NDV的全基因組。
1.4.2 NDV基因組序列的分析
用Editseq軟件對(duì)NDV分離株進(jìn)行基因組核苷酸序列的校正并推導(dǎo)其的氨基酸序列。
NDV分離株基因組全長測定結(jié)果。經(jīng)測定,此株新城疫毒株基因組總長15192 bp,與Genbank上所登錄的基因VI型的ZhJ-3/97,基因VII型的JSD0812,基因VIII型的AF2240-I以及基因IX型的ZJ/1/86/Ch等毒株的全基因組長度相同。與NDV基因I型的R8,基因II型的Clone 30、La Sota,基因III型的 Mukteswar,基因IV型的Herts/33毒株相比,余出6個(gè)堿基。
副黏病毒有一個(gè)重要特性,就是其基因組長度正好是6的倍數(shù),稱為“六規(guī)則”,本次分離毒株符合這一特征。此毒株與選取的代表毒株基因組長度大多相同,只是比少數(shù)毒株多出6個(gè)堿基,不在表達(dá)蛋白的區(qū)域內(nèi),說明此毒株來源于大眾毒株,沒有發(fā)生明顯的突變。