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        環(huán)狀RNA在膠質(zhì)瘤中的研究進(jìn)展

        2018-01-16 14:06:06張恒柱大連醫(yī)科大學(xué)遼寧大連6044江蘇省蘇北人民醫(yī)院神經(jīng)外科江蘇揚(yáng)州500
        關(guān)鍵詞:內(nèi)含子環(huán)狀外顯子

        朱 磊,董 倫,張恒柱 (大連醫(yī)科大學(xué),遼寧 大連 6044;江蘇省蘇北人民醫(yī)院神經(jīng)外科,江蘇 揚(yáng)州 500)

        0 引言

        膠質(zhì)瘤約占原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的40%~60%[1],是中樞神經(jīng)系統(tǒng)最常見(jiàn)的腫瘤,世界衛(wèi)生組織(WHO)根據(jù)腫瘤的細(xì)胞和組織學(xué)特點(diǎn),將其分為Ⅰ~Ⅳ級(jí)。膠質(zhì)瘤可發(fā)生于中樞神經(jīng)系統(tǒng)的任何部位和任何年齡,平均存活期僅為14個(gè)月[1],其中膠質(zhì)母細(xì)胞瘤惡性程度最高,預(yù)后最差,95%未經(jīng)治療的患者生存期不超過(guò)3個(gè)月。膠質(zhì)瘤的發(fā)生發(fā)展涉及細(xì)胞周期與信號(hào)傳導(dǎo)通路、基因表達(dá)等多方面內(nèi)容的改變。因此,研究膠質(zhì)瘤,尤其是膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的相關(guān)分子機(jī)制,探索新的、安全有效的診療方法具有重要意義。

        環(huán)狀RNA(circRNA)是近年來(lái)發(fā)現(xiàn)的一種特殊類(lèi)型的RNA,是指3′端與5′端共價(jià)結(jié)合形成的閉合單鏈環(huán)狀RNA,由Sanger等[2]于1976年在類(lèi)病毒研究中發(fā)現(xiàn),并首次提出此概念。由于早期普遍認(rèn)為circRNA是基因表達(dá)中的副產(chǎn)物,因此關(guān)于環(huán)狀RNA的研究也停滯不前。近年來(lái),隨著分子生物學(xué)及分子測(cè)序技術(shù)的迅猛發(fā)展,環(huán)狀RNA的潛在特性和功能逐漸被發(fā)現(xiàn)。有研究[3]指出,環(huán)狀RNA在神經(jīng)系統(tǒng)中含量豐富,呈現(xiàn)動(dòng)態(tài)表達(dá)的特點(diǎn),而且可能參與了膠質(zhì)瘤的增殖、轉(zhuǎn)移等多個(gè)生物學(xué)過(guò)程[4],有望成為膠質(zhì)瘤的新型診斷標(biāo)志物,并為治療提供新的思路和方向。本文主要介紹環(huán)狀RNA的形成、特點(diǎn)及功能,并討論在膠質(zhì)瘤中的作用。

        1 環(huán)狀RNA的產(chǎn)生、特點(diǎn)和功能

        1.1 環(huán)狀RNA的產(chǎn)生環(huán)狀RNA的具體產(chǎn)生機(jī)制尚未明確,根據(jù)前體序列的來(lái)源可分為外顯子形成的環(huán)狀 RNA[4]、內(nèi)含子形成的環(huán)狀 RNA[5]、外顯子和內(nèi)含子共同組成的環(huán)狀 RNA[6]及 tRNA前體形成的環(huán)狀RNA[7]。 ①外顯子來(lái)源的環(huán)狀 RNA(exo circRNA),其形成主要有直接反式剪接(或稱(chēng)內(nèi)含子配對(duì)驅(qū)動(dòng)環(huán)化)和外顯子跳讀(套鎖驅(qū)動(dòng)環(huán)化)兩種機(jī)制,過(guò)程復(fù)雜,需ALU重復(fù)序列等多種因子參與。前者是一個(gè)外顯子的3′端剪接供體與上游的5′端剪接受體結(jié)合,切除內(nèi)含子,然后形成環(huán)狀 RNA[4];后者是內(nèi)含子之間配對(duì)形成環(huán)狀套鎖,再剪切其中的內(nèi)含子,最后形成環(huán)狀RNA[8]。②內(nèi)含子來(lái)源的環(huán)狀RNA(ciRNA),形成依賴(lài)于外源性鳥(niǎo)苷(exoG)、5′端剪接區(qū)域7 nt長(zhǎng)的富含GU的序列及靠近分支部位的11 nt的富含C的序列,此類(lèi)環(huán)狀RNA較為少見(jiàn),但具有轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)的作用[5]。③外顯子和內(nèi)含子共同組成的環(huán)狀RNA(EIciRNAs),通過(guò)直接反向剪接形成,內(nèi)含子不被剪切,保留其中。這類(lèi)EIciRNAs只存在于細(xì)胞核中,能夠促進(jìn)親本基因的轉(zhuǎn)錄[6]。④tRNA前體形成的環(huán)狀 RNA(tricRNA),如tric31905,其形成需要保守的tRNA及加工酶的參與,但具體的機(jī)制及功能尚未明確[7]。

        1.2 環(huán)狀RNA的特點(diǎn)①分布廣泛,含量豐富。據(jù)報(bào)道,環(huán)狀RNA廣泛分布在原核和真核細(xì)胞中,從病毒、果蠅到人類(lèi)細(xì)胞都有環(huán)狀RNA的存在[3];10%以上人類(lèi)基因可以轉(zhuǎn)錄生成環(huán)狀 RNA[9],You 等[10]指出,腦組織中約20%的編碼蛋白的基因可以產(chǎn)生環(huán)狀RNA。②結(jié)構(gòu)穩(wěn)定,半衰期長(zhǎng)。環(huán)狀RNA無(wú)5′帽結(jié)構(gòu)和3′-PolyA尾結(jié)構(gòu),對(duì)RNA核酸外切酶和脫支酶有一定抵抗性[11],大多數(shù)環(huán)狀 RNA半衰期超過(guò)48 h[12],比線性 RNA 半衰期(約 10 h)長(zhǎng)[13],然而環(huán)狀RNA核酸內(nèi)切酶可使內(nèi)含子來(lái)源的環(huán)狀RNA水解,其半衰期(小于 15 s)較短[14]。 ③高度保守,表達(dá)特異。共價(jià)閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)使環(huán)狀RNA穩(wěn)定性好,導(dǎo)致保守性高,而且序列長(zhǎng)度在進(jìn)化中也高度保守[3];You等[10]指出環(huán)狀RNA首尾相接處的外顯子更具有高度的保守性。環(huán)狀RNA的表達(dá)具有時(shí)間和空間特異性,Rybak-Wolf等[3]在實(shí)驗(yàn)中證實(shí),相對(duì)其他組織,環(huán)狀 RNA(如 circRims2、circTulp4、circPhf21a等)不僅在人和鼠等哺乳類(lèi)動(dòng)物腦組織中表達(dá)豐富,甚至在果蠅中也是這樣。另外,環(huán)狀RNA表達(dá)具有組織特性,其中嗅球、前額葉皮質(zhì)、海馬、小腦等高表達(dá)特定種類(lèi)的環(huán)狀RNA;在神經(jīng)元的不同部位,環(huán)狀RNA的含量也不相同,突觸中的豐富度最高,這可能與皮質(zhì)中突觸密度高、ALU重復(fù)序列多等有關(guān)。環(huán)狀RNA表達(dá)也具有分化發(fā)育階段的特異性,其增多通常伴隨著宿主轉(zhuǎn)錄的上調(diào),當(dāng)然也有例外,比如環(huán)狀RNAZfp609(circZfp609)在神經(jīng)元分化過(guò)程中持續(xù)定量表達(dá),這提示環(huán)狀RNA在腦組織分化發(fā)育中可能具有重要作用。除此之外,環(huán)狀RNA在肺、胰腺、膀胱、胃、直腸等組織中均有表達(dá),而且可以隨著組織器官的發(fā)育而表達(dá),如心臟中的NCXI就隨著發(fā)育的不同階段被誘導(dǎo)表達(dá)[15]。

        1.3 環(huán)狀RNA的功能(1)海綿作用。①miRNA的海綿作用[16]。miRNA是一類(lèi)長(zhǎng)度約21 nt,與mRNA靶向結(jié)合的 RNA[17]。環(huán)狀 RNA具有與 miRNA結(jié)合位點(diǎn),起到抑制其對(duì)應(yīng)miRNA的降解作用。如小腦退化相關(guān)蛋白1反義轉(zhuǎn)錄物(CDR1as/ciRS-7)在小腦中表達(dá)豐富,具有miR-7的應(yīng)答元件,通過(guò)海綿作用減弱miR-7的生物學(xué)功能[18]。在星形細(xì)胞瘤中miR-7表達(dá)下調(diào),使得膠質(zhì)瘤迅速生長(zhǎng),但并非miR-7越高對(duì)腫瘤抑制性越強(qiáng),有報(bào)道稱(chēng)肺癌的不良預(yù)后就與miR-7的高表達(dá)有關(guān)[19]。②蛋白質(zhì)的海綿作用。這種環(huán)狀RNA被稱(chēng)為蛋白質(zhì)海綿,如CDR1as/ciRS-7可與 AGO蛋白(Argonaute)結(jié)合,從而使自身被降解[20]。(2)轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)。 如前所述,環(huán)狀 RNA具有轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)作用。ciRNA中如錨蛋白重復(fù)域 52(ciankrd52)可與RNA聚合酶Ⅱ復(fù)合體相互作用,參與轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)[21]。(3)翻譯作用。眾所周知,大多數(shù)環(huán)狀RNA屬于非編碼RNA,但仍有例外。如丁型肝炎病毒(HDV)的核心是一單股負(fù)鏈的circRNA,其可以轉(zhuǎn)錄翻譯成丁型肝炎核心抗原。(4)其他作用。Talhouarne等[22]發(fā)現(xiàn)ciRNA在細(xì)胞分裂過(guò)程中可遺傳給子代細(xì)胞,提示具有遺傳上的作用。由于穩(wěn)定性好,環(huán)狀RNA可能存在其他生物學(xué)功能,比如作為組裝核糖體蛋白(RNP)顆粒的平臺(tái),轉(zhuǎn)運(yùn)其他蛋白質(zhì)或其他RNAs的良好介質(zhì),這也為新型腫瘤藥物的研發(fā)提供了新視角。

        2 環(huán)狀RNA與腫瘤

        近年來(lái),環(huán)狀RNA在腫瘤方面的研究已經(jīng)取得了一定的成果。如Huang等[23]對(duì)結(jié)腸癌的分析表明,cir-ITCH在結(jié)腸癌中表達(dá)明顯下降,通過(guò)海綿作用與親本的 ITCH基因競(jìng)爭(zhēng) miR-7和 miR-20,抑制Wnt/β-catenin 信號(hào) 傳 導(dǎo)通路;Li等[24]發(fā)現(xiàn) circRNA002059在胃癌中表達(dá)下降,與胃癌的惡性程度、轉(zhuǎn)移等相關(guān);Huang等[25]發(fā)現(xiàn)circRNA MYLK可以競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合 miRNA-29a-3p,導(dǎo)致膀胱癌的發(fā)生;Xuan等[26]研究指出,has-circ-100855在喉癌上調(diào)明顯,而has-circ-104912在喉癌中卻下調(diào)明顯等,諸多研究均提示環(huán)狀RNA在腫瘤發(fā)生發(fā)展中扮演著重要角色。

        3 環(huán)狀RNA與膠質(zhì)瘤

        3.1 環(huán)狀RNA與膠質(zhì)瘤的研究逐步興起Song等[27]研發(fā)了一種UROBORUS新型檢測(cè)工具,他們利用46個(gè)膠質(zhì)瘤(包括少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤和GBM)和正常腦組織樣本作研究,發(fā)現(xiàn)所有樣本中高表達(dá)的環(huán)狀RNA的外顯子數(shù)量沒(méi)有顯著的差異,大約10%的環(huán)狀RNA只含有一個(gè)外顯子;而且大多數(shù)環(huán)狀RNA反向剪接點(diǎn)的基因長(zhǎng)度在50 kb內(nèi),只有少數(shù)在100~300 kb之間。此外,研究還發(fā)現(xiàn)RIMS基因在正常腦組織會(huì)產(chǎn)生5種環(huán)狀RNA異構(gòu)體,而在膠質(zhì)瘤中只有2種,這提示膠質(zhì)瘤會(huì)減少RIMS基因形成環(huán)狀RNA異構(gòu)體的數(shù)量。然而,并非所有基因都是如此,VCAN在正常腦組織和膠質(zhì)瘤組織中形成環(huán)狀RNA異構(gòu)體數(shù)量沒(méi)有差別,但circ_VCAN的表達(dá)在膠質(zhì)瘤中卻比正常腦組織高,而且有實(shí)驗(yàn)[27-28]證實(shí)VCAN基因是形成膠質(zhì)瘤的責(zé)任基因。GBM中表達(dá)的circ_COL1A2、circ_PTN、circ_VCAN、circ_SMO、circ_PLOD2、circ_GLIS3、circ_EPHB4、circ_CLIP2 較正常腦組織高,提示此8種環(huán)狀RNA有可能成為GBM的腫瘤標(biāo)志物。

        3.2 多形性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤 (glioblastoma multiforme, GBM)GBM 涉及 miR-671-5p/CDR1-AS/CDR1/VSNL1軸的表達(dá)失調(diào)[29]。 小腦退化相關(guān)蛋白1 反義轉(zhuǎn)錄物(CDR1-AS)是 2011 年由 Hasen 等[30]發(fā)現(xiàn)的一類(lèi)環(huán)狀RNA,具有miR-671-5p的結(jié)合靶點(diǎn),在GBM細(xì)胞中表達(dá)下調(diào)。Barbagallo等[29]研究了45位GBM患者的活檢組織和5個(gè) GBM(分別是A172,CAS-1、DBTRG、SNB-19、U-87)細(xì)胞株,發(fā)現(xiàn) miR-671-5p在GBM活檢組織和細(xì)胞株中均過(guò)度表達(dá),其中miR-671-5p在A172、CAS-1、DBTRG細(xì)胞株中的表達(dá)超過(guò)其他腫瘤細(xì)胞株(A375,HCT116)的兩倍。且發(fā)現(xiàn) CDR1-AS、CDR1、視錐蛋白樣因子 1(VSNL1)作為miR-671-5p的下游分子,在GBM細(xì)胞中表達(dá)減少,與miR-671-5p表達(dá)呈負(fù)相關(guān),其中 CDR1-AS表達(dá)下調(diào)了 3.51 倍,CDR1 下調(diào)了 2.84 倍,VASNL1 下調(diào)了 2.1倍,而且發(fā)現(xiàn)miR-671-5p能促進(jìn)GBM細(xì)胞的轉(zhuǎn)移和增殖。轉(zhuǎn)染miR-671-5p的類(lèi)似物24 h后,發(fā)現(xiàn)DBTRG、SNB-19、U-87細(xì)胞株中GBM細(xì)胞的轉(zhuǎn)移能力分別增加了15%、32%、15%。DBTRG細(xì)胞株轉(zhuǎn)染miR-671-5p類(lèi)似物24 h后生存能力增加了16%,而使用抑制物72 h后則使其生存能力下降了12%;同樣,SNB-19細(xì)胞株轉(zhuǎn)染類(lèi)似物48 h后,其生存力增加了9%,轉(zhuǎn)染抑制物72 h后,下降了7%;U-87細(xì)胞株轉(zhuǎn)染miR-671-5p類(lèi)似物后,生存能力增加了5%,而轉(zhuǎn)染抑制劑48 h后,生存能力會(huì)下降19%;故此推測(cè)GBM 涉及 miR-671-5p/CDR1-AS/CDR1/VASNL1 軸的表達(dá)失調(diào)。

        3.3 膠質(zhì)瘤涉及 circ-TTBK2/miR-217/HNF1β/Derlin-1軸的表達(dá)失調(diào)TTBK2環(huán)狀RNA(circ-TTBK2,根據(jù)環(huán)狀 RNA數(shù)據(jù)庫(kù)也稱(chēng) circ-0000594),由TTBK2基因的外顯子 3、4、5、6產(chǎn)生,不含內(nèi)含子,定位于胞漿中,Zheng等[29]發(fā)現(xiàn)與正常腦組織相比,circ-TTBK2在膠質(zhì)瘤中明顯表達(dá)上調(diào),能抑制腫瘤細(xì)胞的凋亡,而且和膠質(zhì)瘤的病理分級(jí)呈正相關(guān)。此外,利用正常星形膠質(zhì)細(xì)胞作對(duì)比,發(fā)現(xiàn)miR-217在膠質(zhì)瘤U87和U251細(xì)胞株表達(dá)下調(diào),而且使miR-217恢復(fù)正常表達(dá)能起到抑制膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖的作用,因此推測(cè)miR-217在膠質(zhì)瘤中發(fā)揮了腫瘤抑制作用。進(jìn)一步指出circ-TTBK2以RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體(RISC)的方式減少miR-217在膠質(zhì)瘤細(xì)胞的表達(dá)。肝細(xì)胞核因子1β(HNF1β)定位在胞核,它不僅是肝臟特殊轉(zhuǎn)錄因子,而且在膠質(zhì)瘤細(xì)胞中表達(dá)上調(diào)。在細(xì)胞株中加入 circ-TTBK2抑制子和/或使miR-217過(guò)表達(dá),HNF1β表達(dá)量均明顯減少,為了更深入了解 miR-217與 HNF1β的關(guān)系,將 HNF1β的3′-UTR 和非HNF1β 3′-UTR 作比較,結(jié)果是膠質(zhì)瘤細(xì)胞在 miR-217+HNF1β 3′-UTR 組比 miR-217+HNF1β的遷移性和侵襲性要高,這表明miR-217是通過(guò)和HNF1β 3′-UTR相互作用調(diào)節(jié)信號(hào)傳導(dǎo)通路的。HNF1β作為Derlin-1的啟動(dòng)子促進(jìn)Derlin-1的表達(dá),而Derlin-1則是通過(guò)激活PI3K/AKT/ERK發(fā)揮致癌因子的作用,促進(jìn)膠質(zhì)瘤細(xì)胞的增殖、遷移、侵襲,抑制細(xì)胞的凋亡。和circ-TTBK2相似,HNF1β也與膠質(zhì)瘤的病理分級(jí)呈正相關(guān)。

        3.4 沉默 cZNF292 能通過(guò) Wnt/β-catenin 信號(hào)傳導(dǎo)通路抑制膠質(zhì)瘤血管生成和細(xì)胞增殖cZNF292是一種致癌性的環(huán)狀RNA,通過(guò)作用于Wnt/β-catenin通路即 Axin/β-catenin/APC/STAT3/5 通路在腫瘤的血管生成和細(xì)胞增殖方面扮演了重要角色。Yang等[30]在體外U87MG和U251膠質(zhì)瘤細(xì)胞株中,沉默cZNF292的表達(dá),發(fā)現(xiàn)血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子A(VEGF-A)及其受體 1/2(VEGFR-1/2)、磷酸化的血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子受體(p-VEGFR-1/2)、內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(EGF)、內(nèi)皮生長(zhǎng)因子受體(EGFR)及轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子β1(TGF-β1)表達(dá)水平均下降,這提示沉默cZNF292的表達(dá)可抑制膠質(zhì)瘤的血管生成。另外,膠質(zhì)瘤細(xì)胞周期會(huì)停留在S/G2/M期,這是由調(diào)控細(xì)胞周期增殖的Wnt/β-catenin信號(hào)傳導(dǎo)通路,包括軸蛋白(Axin)、β-鏈蛋白(β-catenin)、磷酸化轉(zhuǎn)錄激活因子 3(p-STAT3)、磷酸化轉(zhuǎn)錄激活因子5(p-STAT5)及其下游效應(yīng)分子如周期蛋白 A(cyclinA)、細(xì)胞周期蛋白依賴(lài)性激酶(CDK2)、多脯氨酸蛋白 11(PRR11)等表達(dá)失調(diào)所致,當(dāng)然其中還涉及其他分子如 E2F1、NF-κB、Sp1、HIF-1、AP-1等的轉(zhuǎn)錄下調(diào)。而CyclinA的作用就是激活CDK2推動(dòng)細(xì)胞增殖周期從S期進(jìn)入G2期。然而更深層次的調(diào)控機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

        3.5 circBRAF可以用來(lái)預(yù)測(cè)GBM患者的無(wú)進(jìn)展生存期和總生存期circBRAF定位在7號(hào)染色體,由BRAF基因的外顯子產(chǎn)生,BRAF基因可能與多種信號(hào)調(diào)節(jié)通路有關(guān),包括Erb信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子信號(hào)通路、mTOR信號(hào)通路。Zhu等[31]在研究中指出,相對(duì)正常腦組織,circBRAF的表達(dá)在膠質(zhì)瘤患者低,而且高級(jí)別的GBM(WHO分級(jí)Ⅲ~Ⅳ)表達(dá)比低級(jí)別的GBM(WHO分級(jí)Ⅰ~Ⅱ級(jí))低,提示circBRAF表達(dá)量高的GBM患者無(wú)進(jìn)展生存期和總生存期較好。具體的機(jī)制尚不清楚,可能是因?yàn)橄抡{(diào)表達(dá)環(huán)狀RNA參與了神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子信號(hào)通路。另外,Zhu等[31]在研究中發(fā)現(xiàn)了1411種差異表的達(dá)環(huán)狀RNA,GO分析表明,下調(diào)的環(huán)狀RNA與蛋白結(jié)合及修飾、轉(zhuǎn)運(yùn)活動(dòng)、細(xì)胞器組織等有關(guān),上調(diào)的環(huán)狀RNA與受精、G0到G1期的轉(zhuǎn)變、錳離子轉(zhuǎn)運(yùn)、精子獲能、鈣池操縱的鈣離子通道活動(dòng)、肌動(dòng)蛋白依賴(lài)性ATP酶有關(guān)。

        4 問(wèn)題與展望

        迄今為止,人們對(duì)circRNA認(rèn)識(shí)大多數(shù)屬于起步階段,尤其是在膠質(zhì)瘤領(lǐng)域,雖有研究表明膠質(zhì)瘤涉及相關(guān)circRNA的改變,但深層次的機(jī)制仍不清楚,甚至部分環(huán)狀RNA是否真正與膠質(zhì)瘤有關(guān)仍需進(jìn)一步研究,而且實(shí)驗(yàn)研究面臨著儀器設(shè)備昂貴、技術(shù)要求高、分析普窄等問(wèn)題。將circRNA應(yīng)用于臨床疾病診治還有很長(zhǎng)的路要走,但毫無(wú)疑問(wèn),對(duì)circRNA的研究可能為神經(jīng)系統(tǒng)膠質(zhì)瘤的診治提供新的方向和思路,打開(kāi)更為廣闊的空間。

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