1949年11月21日，中央人民政府衛(wèi)生部成立，確定五方面主要職責(zé)：醫(yī)療服務(wù)提供，疾病預(yù)防工作，婦幼保健工作，藥品檢定、監(jiān)督和生物制品生產(chǎn)、檢定工作，醫(yī)學(xué)教育和研究工作。

1954年11月，根據(jù)《國(guó)務(wù)院關(guān)于設(shè)立、調(diào)整中央和地方國(guó)家行政機(jī)關(guān)及有關(guān)事項(xiàng)的通知》，中央人民政府衛(wèi)生部改稱中華人民共和國(guó)衛(wèi)生部，為國(guó)務(wù)院組成部門。

1960年～1976年，衛(wèi)生行政管理基本格局保持穩(wěn)定，僅有局部變動(dòng)和調(diào)整。1962年，衛(wèi)生部婦幼衛(wèi)生司設(shè)立計(jì)劃生育處，負(fù)責(zé)管理全國(guó)計(jì)劃生育技術(shù)指導(dǎo)工作。1964年，全國(guó)人口接近7億，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，成立國(guó)務(wù)院計(jì)劃生育委員會(huì)。1968年11月，國(guó)務(wù)院計(jì)劃生育委員會(huì)撤銷，計(jì)劃生育工作仍由衛(wèi)生部承擔(dān)。

改革開放后，逐步形成高度分散化的衛(wèi)生行政管理體制。1978年，成立國(guó)家醫(yī)藥管理總局，負(fù)責(zé)藥品生產(chǎn)流通的組織管理工作，衛(wèi)生部仍保留藥品監(jiān)督管理職能。1981年，為加強(qiáng)計(jì)劃生育工作，計(jì)劃生育管理職能由衛(wèi)生部劃到新成立的國(guó)家計(jì)劃生育委員會(huì)。1986年，成立國(guó)家中醫(yī)管理局；1988年，成立國(guó)家中醫(yī)藥管理局，歸口衛(wèi)生部管理。為適應(yīng)市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)發(fā)展，這一時(shí)期衛(wèi)生部從總體上加強(qiáng)了衛(wèi)生行政管理和執(zhí)法職能。

2003年3月，國(guó)家計(jì)劃生育委員會(huì)更名為國(guó)家人口和計(jì)劃生育委員會(huì)，增加開展人口發(fā)展戰(zhàn)略研究、制定人口發(fā)展規(guī)劃、促進(jìn)生殖健康產(chǎn)業(yè)發(fā)展等職能。

2013年3月，第十二屆全國(guó)人大一次會(huì)議《國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)改革和職能轉(zhuǎn)變方案》，將衛(wèi)生部的職責(zé)、國(guó)家人口和計(jì)劃生育委員會(huì)的計(jì)劃生育管理和服務(wù)職責(zé)整合，組建國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)。不再保留衛(wèi)生部、人口計(jì)生委。

2018年3月，根據(jù)十三屆全國(guó)人大一次會(huì)議表決通過(guò)的《關(guān)于國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案的決定》，將國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)、國(guó)務(wù)院深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室、全國(guó)老齡工作委員會(huì)辦公室的職責(zé)，工業(yè)和信息化部的牽頭《煙草控制框架公約》履約工作職責(zé)，國(guó)家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理總局的職業(yè)安全健康監(jiān)督管理職責(zé)整合，組建國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)，作為國(guó)務(wù)院組成部門。不再保留國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)，不再設(shè)立國(guó)務(wù)院深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室