2002年，醫(yī)院在全國(guó)率先創(chuàng)立新生兒轉(zhuǎn)運(yùn)新模式。2008年，納入原上海市衛(wèi)生局建設(shè)危重新生兒救治中心的統(tǒng)一部署，以先進(jìn)的服務(wù)理念和完善的服務(wù)流程，率先建立國(guó)內(nèi)領(lǐng)先、符合國(guó)際先進(jìn)理念的“院前評(píng)估-院際轉(zhuǎn)運(yùn)-急診-新生兒重癥監(jiān)護(hù)室”新生兒救治網(wǎng)絡(luò)。依靠“政府部門監(jiān)管、專業(yè)機(jī)構(gòu)質(zhì)控、醫(yī)療機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)和社會(huì)組織參與”的有效聯(lián)動(dòng)機(jī)制，該網(wǎng)絡(luò)已成為有力保障新生兒健康的“生命之網(wǎng)”。16年來(lái)，醫(yī)院共轉(zhuǎn)運(yùn)危重新生兒近萬(wàn)余例，承擔(dān)上海市9個(gè)區(qū)的常規(guī)轉(zhuǎn)運(yùn)工作，并輻射華東地區(qū)乃至全國(guó)。

醫(yī)院于2016年率先成立國(guó)內(nèi)首個(gè)診斷不明疾病診治中心，依托分子遺傳診斷中心、精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)技術(shù)等，使得4500多例兒童疑難罕見病得以確診，還發(fā)現(xiàn)膽汁淤積癥等的新的致病基因，達(dá)到國(guó)際先進(jìn)水平。醫(yī)院自2014年起在全國(guó)率先探索兒科醫(yī)聯(lián)體模式，先后成立由復(fù)旦大學(xué)10家附屬醫(yī)院組建的兒科橫向醫(yī)聯(lián)體和覆蓋閔行區(qū)內(nèi)所有13家社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心、3家綜合醫(yī)院兒科的縱向兒科區(qū)域醫(yī)聯(lián)體。通過“三個(gè)平移”（管理平移、技術(shù)平移、品牌平移）和“四個(gè)統(tǒng)一”（統(tǒng)一的醫(yī)療安全和質(zhì)量要求、統(tǒng)一的醫(yī)療服務(wù)模式、統(tǒng)一的學(xué)科發(fā)展規(guī)劃、統(tǒng)一的信息化共享系統(tǒng)），推進(jìn)區(qū)域兒科協(xié)同發(fā)展，引導(dǎo)兒童就近有序就醫(yī)。