上海仁濟醫(yī)院肝臟外科于2006年開始致力于小兒活體肝移植的探索，經過十余年的創(chuàng)新，已成為國內成長最迅速的學科之一。2017年實施小兒肝移植術442例，占全國總數的68%；累計實施小兒肝移植術1424例，占全國總數的42%；年手術量連續(xù)7年位列世界單中心醫(yī)療體第一；術后1年和5年生存率分別為91.0%和89.3%，優(yōu)于歐美國家頂尖移植中心的86.9%和80.9%。同時，創(chuàng)建了國內最早最大的兒童肝移植慈善救助平臺，募捐額已突破3500萬元，救助800余名貧困患兒的生命。

在精準、微創(chuàng)、快速康復的理念下，近3年實施的泌尿系三大腫瘤手術在全市市級醫(yī)院占比穩(wěn)居前列。

在疑難疾病診療過程中，仁濟醫(yī)院取得了一系列具有國際影響力的成果。自身免疫性肝病在我國的發(fā)病率為萬分之五，醫(yī)院創(chuàng)新性提出更適合我國患者的自身免疫性肝炎診治新策略，改寫了歐洲肝病協(xié)會提出的“巴黎標準”。作為國內成立最早的風濕專科之一，醫(yī)院風濕科早在1987年就主導制定了國內系統(tǒng)性紅斑狼瘡分類標準——“上海標準”，并制定亞太地區(qū)狼瘡腎炎指南。2017年，醫(yī)院風濕科為20余萬名患者提供了醫(yī)療服務，其中60%以上來自海外和兄弟省市，70%以上的首診患者作為疑難雜癥來到醫(yī)院治療。