1939年，趙九章在西南聯(lián)大任教。他為地質(zhì)地理氣象學(xué)系高年級(jí)學(xué)生開設(shè)的，是一年6個(gè)學(xué)分的必修課理論氣象。這是該系學(xué)分最高的一門主干課。此外，他還先后在航空工程學(xué)系、地質(zhì)地理氣象學(xué)系和物理學(xué)系開設(shè)了航空氣象、高空氣象、大氣物理、海洋學(xué)等課程，挑起了教學(xué)的大梁。為把自己掌握的知識(shí)教給學(xué)生，沒有教材，他就自編講義油印或讓學(xué)生傳抄。趙九章編著交國(guó)立編譯館審查付印的《理論氣象學(xué)》講義，是我國(guó)該課程的第一部教材。

趙九章是西南聯(lián)大有名的“嚴(yán)師”之一。他的課堂講述富于條理，并以清晰的物理概念、嚴(yán)格的數(shù)學(xué)推演、循循善誘的教學(xué)方法吸引人。他強(qiáng)調(diào)學(xué)生既要學(xué)好本專業(yè)，又要有扎實(shí)的數(shù)理基礎(chǔ)，并要注重閱讀外國(guó)文獻(xiàn)，掌握學(xué)科的最新進(jìn)展及發(fā)展趨勢(shì)。

自制儀器做科研

趙九章在繁重的教學(xué)之余，還擔(dān)負(fù)起不少的研究工作。作為清華大學(xué)航空研究所高空氣象（與理學(xué)院地學(xué)系合作）組的負(fù)責(zé)人，趙九章先后組織開展了在嵩明縣城西靈應(yīng)山建立“清華大學(xué)航空研究所高空氣象臺(tái)”，與“飛虎隊(duì)”合作搜集氣象情報(bào)，派人協(xié)助盟軍舉辦無線電探空儀訓(xùn)練班，為駐昆中國(guó)空軍培訓(xùn)了5批氣象員等工作。1940年夏，趙九章等人更是想方設(shè)法，成功自行設(shè)計(jì)制造了水銀氣壓表，并代制數(shù)十具，使各地的氣象臺(tái)得以繼續(xù)觀測(cè)，贏得了國(guó)內(nèi)氣象界的好評(píng)。

勤奮而嚴(yán)謹(jǐn)?shù)内w九章，在資料奇缺、設(shè)備簡(jiǎn)陋的條件下，除踏踏實(shí)實(shí)搞好教學(xué)研究外，還組織開展高層大氣中的輻射平衡、溫度分布等研究，與莊前鼎教授合編了《高空氣象學(xué)》一書，個(gè)人著作或合著發(fā)表了多篇論文，其中《大氣之渦旋運(yùn)動(dòng)》一文獲教育部頒發(fā)的1943年度自然科學(xué)類二等獎(jiǎng)，迅速成長(zhǎng)為我國(guó)氣象科學(xué)教學(xué)和研究的領(lǐng)軍者。

賣掉趙孟頫真跡

趙九章初到昆明時(shí)，在西南聯(lián)大工學(xué)院航空工程學(xué)系和清華大學(xué)航空研究所任職。他們一家擠在昆明履善巷3號(hào)既舊又破的一間半民房里，他一面教書一面進(jìn)行科研，靠微薄的工資收入，維系著全家清貧的日子，生活過得異常艱苦。

抗戰(zhàn)時(shí)期的昆明，隨大批機(jī)關(guān)、工廠、學(xué)校的遷入，人口劇增，物價(jià)飛漲。1940年，為躲避日機(jī)的轟炸，趙九章一家同梅貽琦等一批清華人，應(yīng)著名報(bào)人惠我春的盛情邀請(qǐng)，搬到了西北郊大普吉龍?jiān)捍寤菁掖笤鹤×?年。1941年6月，學(xué)校為幫助教師渡過生活難關(guān)，將靠趙九章390元薪金度日的趙家列入膳食補(bǔ)助范圍，每人每月給予16.8元的補(bǔ)助。但杯水車薪，不得已，只好節(jié)衣縮食，一省再省，趙九章穿的長(zhǎng)褲變成了短褲，妻子吳岫霞的棉襖兩只袖子“失蹤”了，孩子趙燕曾的內(nèi)衣也變成了“百衲衣”。搬家時(shí)，趙九章一家全部的家當(dāng)只裝了一小馬車。1942年春節(jié)前不久，女兒趙理曾出生，趙九章一家的生活更加困難。

生活所迫，被逼無奈，名門之后的趙九章不得不含著眼淚賣掉了祖祖輩輩傳下來的傳家寶——元代著名書畫名家趙孟頫的真跡。趙家留下的傳家寶在當(dāng)了教授的趙九章手上，不得不易與他人。