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        微生物細胞CO2跨膜轉(zhuǎn)運的研究進展

        2017-12-06 18:22:20楊高華姜衛(wèi)紅
        生物加工過程 2017年6期
        關鍵詞:衣藻跨膜藍藻

        張 燦,楊高華,姜衛(wèi)紅,顧 陽

        (1. 中國科學院 上海生命科學研究院 植物生理生態(tài)研究所,上海 200032;2. 中國科學院 合成生物學重點實驗室,上海 200032)

        微生物細胞CO2跨膜轉(zhuǎn)運的研究進展

        張 燦1,2*,楊高華1,2*,姜衛(wèi)紅1,2,顧 陽1,2

        (1. 中國科學院 上海生命科學研究院 植物生理生態(tài)研究所,上海 200032;2. 中國科學院 合成生物學重點實驗室,上海 200032)

        CO2是自然界儲量巨大的游離性碳資源。關于CO2的生物轉(zhuǎn)化,除了我們所熟知的植物光合作用外,許多微生物亦具備此能力。微生物利用CO2的首要步驟是完成CO2從細胞外向細胞內(nèi)的跨膜轉(zhuǎn)運,這也是決定微生物CO2利用效率的重要環(huán)節(jié)。本文中,筆者對目前微生物CO2跨膜轉(zhuǎn)運的研究進展進行了總結(jié),重點闡述了各類微生物CO2運輸元件及其工作的分子機制以及通過優(yōu)化CO2轉(zhuǎn)運提高微生物利用CO2能力的策略。在此基礎上,筆者還提出了今后微生物轉(zhuǎn)化利用CO2的研究重點和關鍵科學問題,可為未來通過生物路線實現(xiàn)CO2的資源化利用提供借鑒。

        微生物;CO2;跨膜運輸;轉(zhuǎn)運子;分子機制

        長期以來,來源于糧食作物的糖基原料一直是微生物發(fā)酵的主要碳源,未來發(fā)展趨勢是以更為廉價的碳資源結(jié)合高效的重組微生物作為生產(chǎn)菌株來實現(xiàn)技術(shù)革新。這之中,除了所熟知的木質(zhì)纖維素原料,以CO2為代表的一碳資源的利用近年來已引起廣泛關注。CO2儲量豐富且來源廣泛,除了是地球大氣的主要成分,還廣泛存在于石化及冶煉企業(yè)排放的廢氣、含碳物質(zhì)(如煤、石油、天然氣以及生物質(zhì)等)氣化制備的合成氣等。因此,發(fā)展CO2為代表的一碳資源利用的生物催化路線,將為解決全球資源和能源問題開辟一條新路,對未來工業(yè)可持續(xù)發(fā)展具有重要意義。

        固碳微生物可通過生命活動將空氣中游離態(tài)的碳素直接轉(zhuǎn)變?yōu)楹加袡C物加以利用,因而在地球生物圈的碳循環(huán)中扮演重要角色,其固碳轉(zhuǎn)化功能對于CO2的資源化利用起著重要作用。天然的自養(yǎng)型固碳微生物按能量依賴形式主要分為光能、化能以及電能3種類型。其中,化能固碳微生物以H2或其他還原性化合物作為還原力和能量供體用于吸收固定CO2,比較有代表性的是產(chǎn)乙酸菌(acetogen)[1]。值得一提的是,個別產(chǎn)乙酸菌還能夠直接利用電能作為還原力實現(xiàn)CO2的固定[2]。光能固碳微生物,如藻類,可直接利用光能固定CO2,其CO2的固定效率遠高于植物[3],且具有遺傳背景簡單、生長速度快和營養(yǎng)需求低等優(yōu)勢。此外,借助合成生物學手段改造異養(yǎng)型微生物實現(xiàn)其自養(yǎng)固碳也是未來發(fā)展的重要方向之一,可為獲得新型固碳微生物開辟道路。

        作為固碳過程的首要步驟,微生物完成CO2從外部環(huán)境轉(zhuǎn)運至胞內(nèi)的方式主要有被動運輸和主動運輸兩類,其中被動運輸中又存在簡單擴散和協(xié)助擴散兩種方式[4-5]。CO2是非極性小分子,通常能以簡單擴散的方式直接通過細胞膜,這一跨膜轉(zhuǎn)運的方式和機制在固碳微生物中普遍存在[6]。而其他轉(zhuǎn)運方式,由于需要借助輔助因子,其具體機制在不同微生物中存在一定差異??傮w而言,基于主動運輸?shù)奈镔|(zhì)跨膜轉(zhuǎn)運效率比被動運輸更高[5]。

        目前,關于植物體內(nèi)CO2傳遞運輸?shù)难芯枯^為全面和深入,且有系統(tǒng)的總結(jié)和闡述[7-10];而微生物CO2跨膜轉(zhuǎn)運的研究主要集中于光合固碳的真核藻類和原核藍藻,在其他自養(yǎng)微生物中的研究較少。本文中,筆者總結(jié)和梳理了迄今已發(fā)現(xiàn)和報道的微生物CO2跨膜轉(zhuǎn)運方式及其分子機制,并重點介紹近年來該研究領域的新進展以及如何通過對CO2運輸途徑的代謝工程設計和改造提升微生物的固碳效率。

        1 CO2被動運輸

        被動運輸是指通過簡單擴散或者協(xié)助擴散實現(xiàn)物質(zhì)由高濃度向低濃度方向的跨膜轉(zhuǎn)運,其轉(zhuǎn)運動力來自于細胞內(nèi)外物質(zhì)的濃度梯度或溶質(zhì)的電化學梯度,不需要消耗細胞自身的能量[11]。其中,疏水小分子或不帶電荷的極性分子在跨膜轉(zhuǎn)運中不需要細胞提供能量,也沒有膜蛋白的協(xié)助,這種方式稱為簡單擴散;而一些極性分子和無機離子,如氨基酸、核苷酸等,順著濃度梯度或電化學梯度減小方向的跨膜轉(zhuǎn)運雖然也不需要消耗能量,但需要特異的膜蛋白協(xié)助,因而稱之為協(xié)助擴散[12]。

        CO2分子屬于非極性小分子,其熱運動使CO2分子能以簡單擴散的方式通過細胞膜[6],因而這種CO2吸收方式在微生物中普遍存在。此外,CO2的跨膜轉(zhuǎn)運亦一定程度地依賴于協(xié)助擴散。目前,CO2的協(xié)助擴散研究較多地集中于哺乳動物細胞中,且主要發(fā)現(xiàn)了兩類協(xié)助CO2擴散的轉(zhuǎn)運子,即Rhesus(Rh)蛋白和水通道蛋白[13-14]。相對而言,微生物的CO2協(xié)助擴散機制研究較少,且多聚焦于光能自養(yǎng)的藻類。

        目前,研究者只在包括綠藻在內(nèi)的少數(shù)真核微生物中發(fā)現(xiàn)了類似上述哺乳動物中Rh蛋白協(xié)助CO2擴散的轉(zhuǎn)運子[15]。作為銨轉(zhuǎn)運蛋白Amt的同系物,Rh蛋白亦屬于通道蛋白[16]。在綠藻屬萊茵衣藻中的研究發(fā)現(xiàn),Rh蛋白的同源蛋白Rhl的表達量受到CO2濃度的影響。當衣藻在高濃度CO2(3%)的條件下生長時,Rhl 的表達量較高,而當用空氣作為原料氣培養(yǎng)時,Rhl 表達水平較低[17]。為了進一步驗證綠藻中的Rh1是否參與了CO2的跨膜轉(zhuǎn)運,研究者通過RNA干擾技術(shù)降低了衣藻中該蛋白編碼基因的表達量,結(jié)果表明:在高濃度CO2條件下,突變株的生長速率明顯低于原始菌株,而在空氣中兩者生長情況相近[4],從而證明了衣藻的Rhl蛋白主要在高濃度CO2條件下發(fā)揮作用。

        水通道蛋白在微生物中分布較為廣泛。根據(jù)已完成的微生物全基因組序列分析,有26%的原核微生物和67%的真核微生物含有潛在的水通道蛋白[18],主要包括革蘭氏陽性的芽孢桿菌屬、分枝桿菌屬、鏈球菌屬,革蘭氏陰性的大腸桿菌、布魯氏菌、弧菌、假單胞菌以及酵母等[19]。已有研究表明,一些水通道蛋白在微生物抵御環(huán)境冷凍脅迫中發(fā)揮重要作用[20-22]。但水通道蛋白在微生物中是否也參與CO2跨膜轉(zhuǎn)運尚不得而知,有待進一步的實驗驗證。

        2 CO2主動運輸

        主動運輸是由載體蛋白所介導的物質(zhì)逆濃度梯度或電化學梯度由濃度低的一側(cè)向濃度高的一側(cè)進行跨膜轉(zhuǎn)運的方式,這一過程需要消耗能量[12]。CO2可以分子或HCO3-的形式通過主動運輸?shù)姆绞奖晦D(zhuǎn)運至細胞內(nèi)。這一轉(zhuǎn)運方式是藻類實現(xiàn)CO2濃縮的首要步驟。目前,已知藻類固碳的關鍵酶——核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(RubisCO)對CO2的親和力較弱。通過這種主動運輸?shù)姆绞?,藻類可以提高羧酶體內(nèi)CO2濃度,彌補RubisCO對CO2親和力不足的問題,提高反應效率[5,23]。

        2.1 藍藻

        藍藻又被稱為藍細菌,具有極為高效的CO2濃縮機制。圖1展示了藍藻中的無機碳轉(zhuǎn)運子。藍藻含有的無機碳轉(zhuǎn)運子主要有以下5種類型:①BCT1。誘導型ATP依賴的HCO3-轉(zhuǎn)運子,對CO2具有較高的親和力。②SbtA。誘導型的Na+依賴的HCO3-轉(zhuǎn)運子,也對CO2具有較高的親和力,由sbtA基因編碼,在無機碳轉(zhuǎn)運中起重要作用[24]。③BicA。Na+依賴的HCO3-轉(zhuǎn)運子,對HCO3-親和力較低但轉(zhuǎn)運速率較高,屬于SulP家族[25]。④NDH-14。組成型的CO2吸收系統(tǒng),由NdhD4/NdhF4/CupB(ChpX)組成[26-27]。NDH-14可將通過被動運輸進入細胞的CO2再轉(zhuǎn)化為HCO3-。⑤NDH-13。誘導型CO2轉(zhuǎn)運系統(tǒng),由NdhD3/NdhF3/CupA(ChpY)組成[26],工作機制與NDH-14相似,但對CO2的親和力要高于NDH-14[27]。

        上述高親和力的HCO3-轉(zhuǎn)運子BCT1屬于ABC(ATP binding cassette)型轉(zhuǎn)運蛋白家族,又被稱為轉(zhuǎn)運ATPases,通常由ATP提供能量[28]。它是由cmpABCD操縱子編碼的4個亞基組成的復合體。目前為止,其功能及工作機制只在聚球藻SynechococcusPCC7942中有所研究。相比藍藻中另外幾種無機碳轉(zhuǎn)運子,該轉(zhuǎn)運子對HCO3-具有較高的光合親和性[29],在無機碳(CO2和HCO3-)受限或高光脅迫條件下均可被誘導表達[30-32]。

        BCT1—轉(zhuǎn)運ATPase,由操縱子CmpABCD編碼,包含4種亞基;BicA和SbtA—Na+依賴的 HCO3- 轉(zhuǎn)運子;NDH-13和NDH-14—CO2吸收系統(tǒng),其中,NDH-13由NdhF3/NdhD3/ChpY構(gòu)成,NDH-14由NdhF4/NdhD4/ChpX構(gòu)成圖1 藍藻中無機碳轉(zhuǎn)運子Fig.1 Inorganic carbon transporters in cyanobacteria

        SbtA轉(zhuǎn)運子最初是在集胞藻SynechocystisPCC6803中被發(fā)現(xiàn)的,它是一種Na+依賴的HCO3-轉(zhuǎn)運子[24]。SbtA發(fā)揮轉(zhuǎn)運功能并不消耗ATP,而是依賴于Na+形成的胞內(nèi)外電化學梯度[33]。關于HCO3-轉(zhuǎn)運對Na+依賴性的解釋尚未有定論,一種觀點認為是HCO3-在轉(zhuǎn)運過程中通過關聯(lián)Na+/H+反向運輸系統(tǒng)來維持胞內(nèi)pH的穩(wěn)定[33]。此外,研究者還發(fā)現(xiàn)該轉(zhuǎn)運子在碳限制條件下的蛋白表達水平急劇上升[34],表明它在低濃度CO2時可能發(fā)揮重要作用。

        BicA轉(zhuǎn)運子是在近海藍藻聚球藻SynechococcusPCC7002中首先被發(fā)現(xiàn)的,是另一種Na+依賴的HCO3-轉(zhuǎn)運子。此后,在SynechococcusWH8102和SynechocystisPCC6803中也發(fā)現(xiàn)存在這類轉(zhuǎn)運子[25]。在不同的藍藻中,該轉(zhuǎn)運子表達方式存在一定差異。研究顯示,SynechococcusPCC7002中的BicA在無機碳限制的條件下可被誘導表達,而在高CO2環(huán)境中的表達水平卻較低;在SynechocystisPCC6803中,BicA的基因可能是組成型表達的[35]。與無機碳轉(zhuǎn)運子SbtA相比,BicA在轉(zhuǎn)運過程中雖然對底物的親和力較低,但卻具有較高的轉(zhuǎn)運速率,從而支撐較高的光合速率[25]。

        NDH-13/4都屬于修飾過的NADPH脫氫酶(NDH-1)復合物。在組成上,NDH-13和NDH-14復合體分別包含ChpX和ChpY蛋白,這2個蛋白催化細胞質(zhì)內(nèi)CO2到HCO3-的轉(zhuǎn)化[27]。復合體NDH-14系統(tǒng)是組成型表達的,而NDH-13則是可被誘導表達的[36]。研究表明,SynechococcusPCC7002的ndhF3/ndhD3/chpY/orf133基因編碼高親和力的NDH-13復合物,而SynechocystisPCC6803的ndhF4/ndhD4/chpX基因編碼組成型表達的低親和性的NDH-14復合物[26-27]。需要指出的是,NDH-13和NDH-14這2種復合體定位于類囊體膜上,而不是像其他幾種轉(zhuǎn)運子定位在細胞膜上。目前已知,NDH-13和NDH-14在α和β型藍藻中均有分布[37-38],但相關的功能研究主要集中于3種β型的藍藻,即SynechococcusPCC7002、SynechococcusPCC7942和SynechocystisPCC6803[26-27]。

        2.2 萊茵衣藻

        萊茵衣藻作為一種淡水綠藻,是第1個被用于研究CO2濃縮機制的真核藻類[39]。作為真核藻類,其CO2濃縮機制要比藍藻復雜,相關研究尚不深入。

        圖2展示了衣藻中的無機碳轉(zhuǎn)運子。由圖2可知:CO2可以直接透過細胞膜進入胞質(zhì),也可以在碳酸酐酶(carbonic anhydrase,CA)的催化下生成HCO3-,再通過載體HLA3或LCI1轉(zhuǎn)運進入胞質(zhì)。胞質(zhì)中CO2分子和HCO3-進入葉綠體后作為光合作用的原料。研究者已在萊茵衣藻中鑒定了2個位于細胞質(zhì)膜上可能的無機碳轉(zhuǎn)運子,即HLA3/MRP1和LCI1[40-42]。其中,HLA3最初被發(fā)現(xiàn)只在低CO2濃度(0.03%)的條件下才被誘導啟動轉(zhuǎn)錄[40],且HLA3的表達受到CIA5的調(diào)控;后者是一個感應CO2濃度的調(diào)控基因,在低CO2濃度時調(diào)控HLA3的表達[43]。在缺乏CIA5時,HLA3不能發(fā)揮轉(zhuǎn)運功能[44]。有研究者在低濃度CO2條件下通過RNAi的方式干擾HLA3的表達,從而降低了衣藻對無機碳的親和性,顯著影響了衣藻的生長[45],從而證明了HLA3確實在衣藻光合固碳中發(fā)揮著作用。近年來,研究者發(fā)現(xiàn)定位于葉綠體上的LCIA也能影響HLA3的表達[46]。LCIA的缺失導致HLA3的表達水平降低,從而影響無機碳的轉(zhuǎn)運。但是,當環(huán)境中CO2水平到達或者高于空氣中CO2濃度時,LCIA和HLA3均被抑制,這時CO2的吸收主要由LCIB完成[47]。此外,值得一提的是,與上述藍藻BCT1類似,HLA3也是一個ABC(ATP binding cassette)類型的轉(zhuǎn)運蛋白,屬于MRP蛋白家族。MRP家族蛋白在動物和植物中廣泛存在,其具有廣泛的底物譜[48]。所不同的是,BCT1是多聚體,而HLA3則是單體蛋白。

        衣藻中另一種無機碳轉(zhuǎn)運子LCI1可在低濃度CO2條件下被誘導表達[49],它的表達受到調(diào)控基因CIA5和LCR1的共同控制[41-42]。有研究者通過軟件(iPSORT)預測了LCI1轉(zhuǎn)運子中含有一個信號肽,并定位于細胞質(zhì)膜上[50]。目前,LCI1的功能以及生理學意義尚不十分清楚,有待進一步研究。

        圖2 衣藻中無機碳轉(zhuǎn)運子Fig.2 Inorganic carbon transporters in Chlamydomonas

        2.3 金藻和硅藻

        金藻中的顆石藻(coccolithophores)是一種單細胞藻類,能夠利用石顆藻泡(coccolith vesicle)富集CO2和Ca2+并轉(zhuǎn)化為CaCO3,并將產(chǎn)生的CaCO3分泌到細胞表面,從而在自然界的碳循環(huán)中發(fā)揮作用。顆石藻中的HCO3-轉(zhuǎn)運子AEL1(anion exchanger like 1)屬于solute carrier 4(SLC4)蛋白家族,是一類重要的HCO3-轉(zhuǎn)運子。在低碳濃度的環(huán)境中,CO2濃縮相關的基因表達量上調(diào)[51],從而可有效吸收CO2作為光合作用和形成CaCO3的原料,同時也對細胞內(nèi)pH起到調(diào)節(jié)作用[52]。這一主動運輸機制使藻類能在低CO2濃度的水體環(huán)境中獲得足量的碳源以維持生長。

        在對硅藻的模式菌株,即PhaeodactylumtricornutumCCAP 1055/1和ThalassiosirapseudonanaCCMP1335的基因組分析中,發(fā)現(xiàn)硅藻的HCO3-轉(zhuǎn)運蛋白主要歸屬于兩類蛋白家族——SLC4和SLC26[53]。這兩類轉(zhuǎn)運蛋白在原核和真核生物中廣泛分布[54],其中,藍藻的BicA轉(zhuǎn)運子屬于SLC26家族[55]。隨后,有研究者對SLC4和SLC26的功能進行了解析。Nakajima等[56]發(fā)現(xiàn)在Phaeodactylumtricornutum中,SLC4家族的PtSLC4-2蛋白可定位于細胞質(zhì)膜上,且能利用Na+濃度梯度向胞內(nèi)泵入HCO3-;Matsuda等[57]則通過亞細胞定位的方法發(fā)現(xiàn)SLC4蛋白在葉綠體膜上也有分布,對HCO3-從胞質(zhì)中運輸進入葉綠體起到重要作用。

        圖3簡要概括了上述金藻和硅藻的CO2轉(zhuǎn)運方式和相關分子元件。主要通過SLC4和SLC26蛋白轉(zhuǎn)運并富集HCO3-,并在葉綠體中被碳酸酐酶(CA)催化為CO2,用于碳水化合物(CH2O)的合成。

        圖3 金藻和硅藻無機碳轉(zhuǎn)運系統(tǒng)Fig.3 Inorganic carbon transport system inChrysophyta and Bacillariophyta

        2.4 化能自養(yǎng)細菌

        化能自養(yǎng)細菌的CO2主動運輸可通過HCO3-轉(zhuǎn)運的方式完成,目前已發(fā)現(xiàn)HCO3-轉(zhuǎn)運蛋白在這類細菌中廣泛存在。一方面,HCO3-能協(xié)同Na+運輸,維持細胞的滲透壓和容量;另一方面,CO2/HCO3-/CO32-之間的切換也是維持細胞pH穩(wěn)定的有效緩沖體系[58]。例如,在自養(yǎng)硫細菌Phreagenaokutanii中已發(fā)現(xiàn)了可編碼SLC4家族蛋白的基因 (slc4co1、slc4co2和slc4co4)和碳酸酐酶基因(mcaco1和mcaco2),意味著該菌存在著HCO3-攝入機制[59]。在另一類化能自養(yǎng)細菌——氨氧化古菌中也存在著CO2的主動運輸機制,其所含的SBT家族轉(zhuǎn)運子具備在低碳環(huán)境中攝取無機碳的功能,但若菌體處于高CO2的環(huán)境中,該轉(zhuǎn)運蛋白則不能發(fā)揮無機碳主動轉(zhuǎn)運的作用[60]。

        3 微生物CO2跨膜轉(zhuǎn)運的遺傳改造

        CO2作為氣態(tài)物質(zhì),其被微生物利用的過程涉及諸多關鍵節(jié)點,包括氣液傳質(zhì)效率、細胞跨膜轉(zhuǎn)運以及后續(xù)固碳轉(zhuǎn)化過程等。其中,氣液傳質(zhì)效率的提高主要依靠生物反應裝置的設計和優(yōu)化,以促進含碳氣體向液態(tài)培養(yǎng)基的溶解[61-62]。而跨膜轉(zhuǎn)運作為微生物固碳過程的首要環(huán)節(jié),對于固碳效率亦具有決定作用,因而是遺傳改造的重要靶點。

        研究者在藍藻Synechocystissp.PCC6803中用強誘導型啟動子過表達BicA轉(zhuǎn)運子,使得工程菌在CO2濃度為0.5% 和5%條件下的生長速度和生物量的積累達到野生型菌株的2倍[63]。此外,在衣藻Chlamydomonasreinhardtii中,研究者使用dTALE技術(shù)激活其自身的HCO3-轉(zhuǎn)運子HLA3的表達,提高了衣藻在低碳條件下的碳利用率和光合作用效率[47]。

        改造異養(yǎng)微生物實現(xiàn)其對CO2的固定和轉(zhuǎn)化利用亦是近年來的研究熱點。例如,有研究者將來源于6種藍藻(Synechococcussp.WH5701、Cyanobiumsp.PCC7001、Cyanobiumsp.PCC6307、SynechococcuselongatusPCC7942、Synechocystissp.PCC6803和Synechococcussp.PCC7002)的CO2轉(zhuǎn)運蛋白SbtA分別在大腸桿菌中進行表達,并運用同位素標記的方法觀察到了大腸桿菌胞內(nèi)無機碳含量的顯著提升,從而證明了藍藻來源的SbtA轉(zhuǎn)運子可在大腸桿菌中得到有效表達,且發(fā)揮CO2跨膜轉(zhuǎn)運的功能[64]。大腸桿菌經(jīng)過人工篩選和工程改造可以用于固碳,且高效地生產(chǎn)琥珀酸[65],在此基礎上,研究者通過在上述大腸桿菌工程菌中表達SynechocystisPCC6803來源的CO2轉(zhuǎn)運子SbtA和BicA,提高其CO2的轉(zhuǎn)運效率,使得琥珀酸的產(chǎn)量得到進一步提高[66]。

        此外,CO2完成跨膜轉(zhuǎn)運進入細胞后,其后續(xù)固定及代謝過程涉及多步反應,可以預見,其中會存在限速步驟。例如,最普遍的卡爾文循環(huán)中的固碳酶RubisCO,由于其對CO2的親和力較低,因而是固碳途徑遺傳改造的重要靶點[67]。鑒于本文主要關注的是微生物CO2跨膜轉(zhuǎn)運,對于固碳代謝途徑的研究進展在此不作詳細闡述。

        4 結(jié)語

        CO2跨膜轉(zhuǎn)運是微生物代謝利用這一游離性碳資源的首要步驟。目前,在光合固碳藻類中已經(jīng)鑒定了若干參與介導CO2吸收的轉(zhuǎn)運子,并解析了相關的分子機制。但對于其他兩種能量形式(化能和電能)的固碳微生物而言,CO2跨膜轉(zhuǎn)運的研究比較薄弱,亟待跟進。

        近年來,隨著分子技術(shù)的快速發(fā)展,深入解析固碳微生物的CO2吸收及轉(zhuǎn)化利用機制并開展高效的代謝工程設計和改造的研究迎來了契機??梢灶A見的是,未來的CO2生物轉(zhuǎn)化利用將依托于光、化和電這3種能量形式,呈現(xiàn)多元化發(fā)展的局面,并致力于解決以下一些關鍵科學問題:①發(fā)掘和鑒定新型CO2轉(zhuǎn)運子以及下游固碳途徑的酶基因,充實和完善現(xiàn)有的固碳元件庫和知識庫;②固碳相關新基因的功能解析,認識和理解其工作機制;③提出重塑策略,包括優(yōu)化能量吸收、CO2轉(zhuǎn)運和轉(zhuǎn)化效率、引入和強化CO2濃縮機制等,構(gòu)建新型固碳細胞工廠;④以固碳微生物為底盤細胞創(chuàng)建新產(chǎn)物合成途徑,代謝重編程以提高目標產(chǎn)物流量;⑤創(chuàng)建新型固碳底盤細胞,即改造現(xiàn)有的工業(yè)異養(yǎng)微生物(如大腸桿菌)成為自養(yǎng)微生物,建立基于CO2等一碳資源利用的新產(chǎn)業(yè),實現(xiàn)“多源化”的生物制造。

        致謝:上海交通大學陶飛博士對綜述的撰寫提出了諸多寶貴建議,在此表示感謝。

        [1] LIEW F M,MARTIN M E,TAPPEL R C,et al.Gas fermentation:a flexible platform for commercial scale production of low-carbon-fuels and chemicals from waste and renewable feedstocks[J].Front Microbiol,2016,7:694.

        [2] NEVIN K P,WOODARD T L,FRANKS A E,et al.Microbial electrosynthesis:feeding microbes electricity to convert carbon dioxide and water to multicarbon extracellular organic compounds[J].MBio,2010,1(2):542-546.

        [3] WANG B,LI Y,WU N,et al.CO2bio-mitigation using microalgae[J].Appl Microbiol Biotechnol,2008,79(5):707-718.

        [4] SOUPENE E,INWOOD W,KUSTU S.Lack of the Rhesus protein Rh1 impairs growth of the green algaChlamydomonasreinhardtiiat high CO2[J].Proc Natl Acad Sci USA,2004,101(20):7787-7792.

        [5] MILLER A G,ESPIE G S,CANVIN D T.Physiological aspects of CO2and HCO3-transport by cyanobacteria:a review[J].Can J Bot,1990,68(6):1291-1302.

        [6] JACOBS M H.The production of intracellular acidity by neutral and alkaline solutions containing carbon dioxide[J].Am J Physiol,1920,53(3):457-463.

        [7] 姜忠義,張寧,黃彤,等.二氧化碳跨生物膜的傳遞機制研究進展[J].化工進展,2016,35(6):1845-1851.

        [8] 劉迪秋,王繼磊,葛鋒,等.植物水通道蛋白生理功能的研究進展[J].生物學雜志,2009,26(5):63-66.

        [9] 冉昆,魏樹偉,王宏偉,等.22種植物水孔蛋白理化性質(zhì)及其結(jié)構(gòu)特征的生物信息學分析[J].植物生理學報,2015(1):97-104.

        [10] 王晶,桑建利.水通道蛋白的基本結(jié)構(gòu)與特異性通透機理[J].生物學通報,2011,46(2):19-22.

        [11] LUNDEGARDH H.Mechanisms of absorption,transport,accumulation,and secretion of ions[J].Annu Rev Plant Physiol,1955,6(1):1-24.

        [12] DANIELLI J F.The present position in the field of facilitated diffusion and selective active transport[J].Proc Symp Colston Res Soc,1954,7:1-14.

        [13] ENDEWARD V,CARTRON J P,RIPOCHE P,et al.RhAG protein of the Rhesus complex is a CO2channel in the human red cell membrane[J].FASEB J,2008,22(1):64-73.

        [14] UEHLEIN N,LOVISOLO C,SIEFRITZ F,et al.The tobacco aquaporin NtAQP1 is a membrane CO2pore with physiological functions[J].Nature,2003,425:734-737.

        [15] SOUPENE E,KING N,FEILD E,et al.Rhesus expression in a green alga is regulated by CO2[J].Proc Natl Acad Sci USA,2002,99(11):7769-7773.

        [16] BENJELLOUN F,BAKOUH N,FRITSCH J,et al.Expression of the human erythroid Rh glycoprotein(RhAG) enhances both NH3and NH4+transport in HeLa cells[J].Pflügers Arch,2005,450(3):155-167.

        [17] KUSTU S,INWOOD W.Biological gas channels for NH3and CO2:evidence that Rh(Rhesus) proteins are CO2channels[J].Transfus Clin Biol,2006,13(1):103-110.

        [18] KAYINGO G,BILL R M,CALAMITA G,et al.Microbial water channels and glycerol facilitators[J].Curr Topics Membranes,2001,51:335-370.

        [19] TANGHE A,VAN D P,THEVELEIN J M.Why do microorganisms have aquaporins?[J].Trends Microbiol,2006,14(2):78-85.

        [20] TANGHE A,KAYING G,PRIOR B A,et al.Heterologous aquaporin(AQY2-1) expression strongly enhances freeze tolerance ofSchizosaccharomycespombe[J].J Mol Microbiol Biotechnol,2005,9(1):52-56.

        [21] FAY J C,MCCULLOUGH H L,SNIEGOWSK P D,et al.Population genetic variation in gene expression is associated with phenotypic variation inSaccharomycescerevisiae[J].Genome Biol,2004,5(4):R26.

        [22] TANGHE A,CARBREY J M,AGRE P,et al.Aquaporin expression and freeze tolerance inCandidaalbicans[J].Appl Environ Microbiol,2005,71(10):6434-6437.

        [23] RAE B D,LONG B M,BADGER M R,et al.Functions,compositions,and evolution of the two types of carboxysomes:polyhedral microcompartments that facilitate CO2fixation in cyanobacteria and some proteobacteria[J].Microbiol Mol Biol Rev,2013,77(3):357-379.

        [24] SHIBATA M,KATOH H,SONODA M,et al.Genes essential to sodium-dependent bicarbonate transport in cyanobacteria[J].J Biol Chem,2002,277(21):18658-18664.

        [25] PRICE G D,WOODGER F J,BADGER M R,et al.Identification of a SulP-type bicarbonate transporter in marine cyanobacteria[J].Proc Natl Acad Sci USA,2004,101(52):18228-18233.

        [26] SHIBATA M,OHKAWA H,KANEKO T,et al.Distinct constitutive and low-CO2-induced CO2uptake systems in cyanobacteria:genes involved and their phylogenetic relationship with homologous genes in other organisms[J].Proc Natl Acad Sci USA,2001,98(20):11789-11794.

        [27] MAEDA S,BADGER M R,PRICE G D.Novel gene products associated with NdhD3/D4-containing NDH-1 complexes are involved in photosynthetic CO2hydration in the cyanobacterium,Synechococcussp.PCC7942 [J].Mol Microbiol,2002,43(2):425-435.

        [28] HIGGINS C F.ABC transporters:physiology,structure and mechanism:an overview[J].Res Microbiol,2001,152(3):205-210.

        [29] OMATA T,TAKAHASHI Y,YAMAGUCHI O,et al.Structure,function and regulation of the cyanobacterial high-affinity bicarbonate transporter,BCT1[J].Funct Plant Biol,2002,29(3):151-159.

        [30] MCGINN P J,PRICE G D,MALESZKA R,et al.Inorganic carbon limitation and light control the expression of transcripts related to the CO2-concentrating mechanism in the cyanobacteriumSynechocystissp.strain PCC6803[J].Plant Physiol,2003,132(2):218-229.

        [31] MCGINN P J,PRICE G D,BADGER M R.High light enhances the expression of low-CO2-inducible transcripts involved in the CO2-concentrating mechanism inSynechocystissp.PCC6803[J].Plant Cell Environ,2004,27(5):615-626.

        [32] REDDY K J,MASAMOTO K,SHERMAN D M,et al.DNA sequence and regulation of the gene (cbpA) encoding the 42-kilodalton cytoplasmic membrane carotenoprotein of the cyanobacteriumSynechococcussp.strain PCC7942[J].J Bacteriol,1989,171(6):3486-3493.

        [33] ESPIE G S,KANDASAMY R A.Monensin inhibition of Na+-dependent HCO3-transport distinguishes it from Na+-independent HCO3-transport and provides evidence for Na+/HCO3-symport in the cyanobacteriumSynechococcusUTEX 625[J].Plant Physiol,1994,104(10):1419-1428.

        [34] PRICE G D,BADGER M R,WOODGER F J,et al.Advances in understanding the cyanobacterial CO2-concentrating-mechanism (CCM):functional components,Ci transporters,diversity,genetic regulation and prospects for engineering into plants[J].J Exp Bot,2007,59(7):1441-1461.

        [35] WANG H L,POSTIER B L,BUMAP R L.Alterations in global patterns of gene expression inSynechocystissp.PCC6803 in response to inorganic carbon limitation and the inactivation ofndhR,a LysR family regulator[J].J Biol Chem,2004,279(7):5739-5751.

        [36] OHKAWA H,SONODA M,KATOH H,et al.The use of mutants in the analysis of the CO2-concentrating mechanism in cyanobacteria[J].Can J Bot,1998,76(6):1035-1042.

        [37] BADGER M R,PRICE G D,LONG B M,et al.The environmental plasticity and ecological genomics of the cyanobacterial CO2concentrating mechanism[J].J Exp Bot,2006,57(2):249-265.

        [38] BADGER M R,PRICE G D.CO2concentrating mechanisms in cyanobacteria:molecular components,their diversity and evolution[J].J Exp Bot,2003,54(383):609-622.

        [39] BADGER M R,KAPLAN A,BERRY J A.Internal inorganic carbon pool ofChlamydomonasreinhardtii[J].Plant Physiol,1980,66(3):407-413.

        [40] IM C S,GROSSMAN A R.Identification and regulation of high light-induced genes inChlamydomonasreinhardtii[J].Plant J,2002,30(3):301-313.

        [41] MIURA K,YAMANO T,YOSHIOKA S,et al.Expression profiling-based identification of CO2-responsive genes regulated by CCM1 controlling a carbon-concentrating mechanism inChlamydomonasreinhardtii[J].Plant Physiol,2004,135(3):1595-1607.

        [42] YOSHIOKA S,TANIGUCHI F,MIURA K,et al.The novel Myb transcription factor LCR1 regulates the CO2-responsive geneCah1,encoding a periplasmic carbonic anhydrase inChlamydomonasreinhardtii[J].Plant Cell,2004,16(6):1466-1477.

        [43] XIANG Y B,ZHANG J,WEEKS D P.TheCia5 gene controls formation of the carbon concentrating mechanism inChlamydomonasreinhardtii[J].Proc Natl Acad Sci USA,2001,98(9):5341-5346.

        [44] FUKUZAWA H,MIURA K,ISHIZAKI K,et al.Ccm1,a regulatory gene controlling the induction of a carbon-concentrating mechanism inChlamydomonasreinhardtiiby sensing CO2[J].Proc Natl Acad Sci USA,2001,98(9):5347-5352.

        [45] DUANMU D,MILLER A R,HORKEN K M,et al.Knockdown of a limiting-CO2-inducible geneHLA3 decreases HCO3-transport and photosynthetic Ci affinity inChlamydomonasreinhardtii[J].Proc Natl Acad Sci USA,2009,106(14):5990-5995.

        [46] YAMANO T,SATO E,IGUCHI H,et al.Characterization of cooperative bicarbonate uptake into chloroplast stroma in the green algaChlamydomonasreinhardtii[J].Proc Natl Acad Sci USA,2015,112(23):7315-7320.

        [47] GAO H,WANG Y,FEI X,et al.Expression activation and functional analysis of HLA3,a putative inorganic carbon transporter inChlamydomonasreinhardtii[J].Plant J,2015,82(1):1-11.

        [48] GAEDEKE N,KLEN M,KOLUKISAOGLU U H,et al.TheArabidopsisthalianaABC transporterAtMRP5 controls root development and stomata movement[J].EMBO J,2001,20(8):1875-1887.

        [49] BUROW M D,CHEN Z Y,MOUTON T M,et al.Isolation of cDNA clones of genes induced upon transfer ofChlamydomonasreinhardtiicells to low CO2[J].Plant Mol Biol,1996,31(2):443-448.

        [50] SPALDING M H.Microalgal carbon-dioxide-concentrating mechanisms:Chlamydomonasinorganic carbon transporters[J].J Exp Bot,2007,59(7):1463-1473.

        [51] BACH L T,MACKINDER L,SCHULZ K G,et al.Dissecting the impact of CO2and pH on the mechanisms of photosynthesis and calcification in the coccolithophoreEmilianiahuxleyi[J].New Phytol,2013,199(1):121-134.

        [52] RICHIER S,FIORINI S,KERROS M E,et al.Response of the calcifying coccolithophoreEmilianiahuxleyito low pH/high pCO2:from physiology to molecular level[J].Marine Biol,2011,158(3):551-560.

        [53] SHEN C,DUPONT C L,HOPKINSON B M.The diversity of carbon dioxide-concentrating mechanisms in marine diatoms as inferred from their genetic content[J].J Exp Bot,2017:erx163.

        [54] ROMERO M F,CHEN A P,PARKER M D,et al.The SLC4 family of bicarbonate transporters[J].Mol Aspects Med,2013,34(2):159-182.

        [55] SHEIDEN M C,HOWITT S M,PRICE G D.Membrane topology of the cyanobacterial bicarbonate transporter,BicA,a member of the SulP (SLC26A) family[J].Mol Membr Biol,2010,27(1):12-22.

        [56] NAKAJIMA K,TANAKA A,MATSUDA Y.SLC4 family transporters in a marine diatom directly pump bicarbonate from seawater[J].Proc Natl Acad Sci USA,2013,110(5):1767-1772.

        [57] MATSUDA Y,NAKAJIMA K,TACHIBANA M.Recent progresses on the genetic basis of the regulation of CO2acquisition systems in response to CO2concentration[J].Photosynth Res,2011,109:191-203.

        [58] FAN Y,HU H,LIU H.Sustainable power generation in microbial fuel cells using bicarbonate buffer and proton transfer mechanisms[J].Environ Sci Technol,2007,41(23):8154-8158.

        [59] HONGO Y,IKUTA T,TAKAKI Y,et al.Expression of genes involved in the uptake of inorganic carbon in the gill of a deep-sea vesicomyid clam harboring intracellular thioautotrophic bacteria[J].Gene,2016,585(2):228-240.

        [60] OFFRE P,KEROU M,SPANG A,et al.Variability of the transporter gene complement in ammonia-oxidizing archaea[J].Trends Microbiol,2014,22(12):665-675.

        [61] SHEN Y W,Brown R,Wen Z Y.Enhancing mass transfer and ethanol production in syngas fermentation ofClostridiumcarboxidivoransP7 through a monolithic biofilm reactor[J].Bioresour Technol,2014,136:68-76.

        [62] SHEN Y W,Brown R,Wen Z Y.Syngas fermentation ofClostridiumcarboxidivoranP7 in a hollow fiber membrane biofilm reactor:evaluating the mass transfer coefficient and ethanol production performance[J].Biochem Eng J,2014,85:21-29.

        [63] KANENNAYA N A,AHN S E,PARK H,et al.Installing extra bicarbonate transporters in the cyanobacteriumSynechocystissp.PCC6803 enhances biomass production[J].Metab Eng,2015,29:76-85.

        [64] DU J,FORSTER B,ROURKE L,et al.Characterisation of cyanobacterial bicarbonate transporters inE.colishows that SbtA homologs are functional in this heterologous expression system[J].PLoS ONE,2014,9(12):e115905.

        [65] ZEIKUS J G,JAIN M K,ELANKOVAN P.Biotechnology of succinic acid production and markets for derived industrial products[J].Appl Microbiol Biotechnol,1999,51(5):545-552.

        [66] ZHU L W,ZHANG L,WEI L N,et al.Collaborative regulation of CO2transport and fixation during succinate production inEscherichiacoli[J].Sci Rep,2015,5:17321.

        [67] HAWKINS A S,MCTERNAN P M,LIAN H,et al.Biological conversion of carbon dioxide and hydrogen into liquid fuels and industrial chemicals[J].Curr Opin Biotechnol,2013,24(3):376-384.

        (責任編輯 管珺)

        ResearchprogressesinmicrobialtransmembranetransportofCO2

        ZHANG Can1,2,YANG Gaohua1,2,JIANG Weihong1,2,GU Yang1,2

        (1. Institute of Plant Physiology and Ecology,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences,Shanghai 200032,China; 2.Key Laboratory of Synthetic Biology,Chinese Academy of Sciences,Shanghai 200032,China)

        CO2is the free carbon resource with large reserves in the nature.Besides the well-known plant photosynthesis,many microorganisms can fix and utilize CO2,where the first step is the transmembrane transportation of CO2into cells.Here,we summarized the current research progresses in microbial CO2transportation,especially focusing on CO2transporters and the related molecular mechanisms,as well as the strategies to improve microbial CO2utilization via engineering CO2transport.On this basis,we further proposed key scientific problems and research emphasis in this area,to provide a reference to the biological uses of CO2in the future.

        microorganism; CO2; transmembrane transport; transporter; molecular mechanism

        10.3969/j.issn.1672-3678.2017.06.001

        2017-07-31

        國家自然科學基金(31630003、31421061) ;上海市科學技術(shù)委員會科研計劃(17JC1404800);國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃(863計劃)(2015AA020202);中國科學院青年創(chuàng)新促進會優(yōu)秀會員人才專項經(jīng)費

        張 燦(1993—),女,山東煙臺人,研究方向:微生物代謝調(diào)控;*為同等貢獻,共同第一作者;姜衛(wèi)紅(聯(lián)系人),研究員,E-mail:whjiang@sibs.ac.cn;顧 陽(聯(lián)系人),研究員,E-mail:ygu02@sibs.ac.cn

        TK6

        A

        1672-3678(2017)06-0001-08

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