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        浪潮發(fā)布新一代基因一體機GeneEngine M2

        2017-10-17 19:38:10朱華樑
        中國信息化周報 2017年36期
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)處理分析

        朱華樑

        9月12日,浪潮聯(lián)合英特爾在北京發(fā)布新一代基因一體機浪潮GeneEngine M2。該基因一體機由浪潮研發(fā),集成基因分析解決方案BIGstack,融合英特爾最新的計算與加速技術(shù),實測數(shù)據(jù)顯示出全基因組分析性能較上一代產(chǎn)品可最大提升3倍以上。

        浪潮新一代基因一體機GeneEngine M2基于英特爾BIGstack架構(gòu),內(nèi)置最新的GATK3.8版本和Cromwell/WDL流程管理系統(tǒng),實測數(shù)據(jù)顯示,采用雙路新一代Intel Xeon Gold處理器的浪潮基因一體機M2,關(guān)鍵業(yè)務流程序列比對和查找突變運行時間較上一代分別縮短23%和37%,而采用基于Intel Arrial10芯片的浪潮F10A FPGA卡搭配FalconComputing加速GATK的浪潮基因一體機M2,全基因分析流程時間較上一代可提升3.4倍。

        當前,隨著高通量測序技術(shù)的飛速發(fā)展,單次測序數(shù)據(jù)量得到大幅提升,這為后端的基因數(shù)據(jù)計算處理帶來很大挑戰(zhàn)。以2017年illumina推出NovaSeq為例,單次運行40小時即可最多檢測 48 個人類基因組伴隨產(chǎn)生 6Tb 數(shù)據(jù),而之前要完成單人的全基因組數(shù)據(jù)處理一般需要5天時間,基于浪潮新一代基因一體機M2,采用BIGstack集成方案配合最新的計算加速技術(shù),使得全基因組數(shù)據(jù)處理時間可以大大縮短。

        浪潮人工智能和高性能服務器產(chǎn)品部總經(jīng)理劉軍表示:“新一代浪潮基因一體機可以更快更好地滿足處理客戶本地基因數(shù)據(jù)分析的需求,并提供更好的用戶體驗和出色的性能,從解決基因分析的效率問題入手,進一步加速精準醫(yī)療的發(fā)展?!眅ndprint

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