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        DNA:信息爆炸時代新救星

        2017-06-30 11:53:04
        自然與科技 2017年6期
        關(guān)鍵詞:核苷酸儲存字母

        手機(jī),讓我們可以一探事實究竟,暢享流媒體,瀏覽閱讀facebook和twitter資訊,聽音樂。然而這一切的數(shù)據(jù)都并沒有保存在你的手機(jī)里,它們躲在一個你不知道的地方,或許是世界另一邊。如今,像微軟,亞馬遜以及facebook這樣的大型公司通過磁帶或是其他傳統(tǒng)媒體儲存數(shù)據(jù),但數(shù)據(jù)信息量巨大并一直維持著穩(wěn)定的增長速度,不斷蠶食著數(shù)據(jù)儲存中心所剩無幾的空間。并且就算是性能極佳的儲存媒體數(shù)據(jù)儲存年限也至多只有短短幾十年,隨后就需要有新的接班人來代代延續(xù)未盡的使命。面對此困境,一些研究人員為我們指出了一條更優(yōu)的出路——通過DNA儲存恢復(fù)數(shù)據(jù)信息。

        DNA掌握著基因信息,基因指揮著生命體體內(nèi)每一個細(xì)胞。DNA分子盤旋梯形結(jié)構(gòu)的每一側(cè)都是由四個化學(xué)成分,即核苷酸A、T、C和G組成(A、T、C、G分別是英語術(shù)語腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶以及鳥嘌呤的簡寫)。它們之間不同的組合代表著不同的基因密碼。

        如今電腦使用二進(jìn)制儲存數(shù)據(jù)。路易斯·賽澤指出,數(shù)據(jù)同樣可以通過A、T、C、G這4個化學(xué)成分表達(dá)。賽澤是一名計算機(jī)工程師,現(xiàn)就職于西雅圖華盛頓大學(xué),目前,他的研究領(lǐng)域是計算機(jī)與數(shù)據(jù)系統(tǒng)的設(shè)計與運轉(zhuǎn)。研究人員一次可以完成一個核苷酸組的構(gòu)建,通過在實驗室里的重復(fù)操作,搭建出一條條人造DNA鏈。其中不同的核苷酸組合代表著不同的數(shù)字、字母以及其他電子信息。實驗室里的專門設(shè)備可以翻譯讀取這一條DNA鏈上信息。通過上述步驟,研究人員破譯出蘊(yùn)藏的原始信息。

        為何要如此大費周折呢?關(guān)鍵就在于DNA強(qiáng)大的信息儲存能力:DNA可以實現(xiàn)在極小空間內(nèi)極大數(shù)據(jù)信息量的儲存。理論上來說,一條DNA鏈大小上與一小粒方糖相當(dāng),但信息儲存量卻與超級賣場沃爾瑪規(guī)模大小的一個數(shù)據(jù)儲存中心不相上下。此外,賽澤補(bǔ)充道,與傳統(tǒng)的磁帶所不同,DNA可以在未來幾千年的時間里完完整整地儲存這些數(shù)據(jù)。

        早在幾年前DNA儲存數(shù)據(jù)的工程就已開啟。就在不久前,賽澤的團(tuán)隊在上述方法流程中加入了叫做“隨機(jī)通道”,對原方法進(jìn)行了進(jìn)一步優(yōu)化?!半S機(jī)通道”為尋找特定文件提供了捷徑。在這里,每一個數(shù)據(jù)文件都有自己專屬的“地址”,其工作原理可以打個這樣的比方:郵遞員通過地址上郵編、街道名和門牌號把郵件交給你,研究人員通過每個文件的專屬“地址”迅速找到目標(biāo)文件。為此,研究人員要在每個儲存文件數(shù)據(jù)的DNA鏈上輸入它的專屬電子“地址”。

        賽澤團(tuán)隊中不乏微軟員工,其4月6日于佐治亞州亞特蘭大公布了在科研上的這項新進(jìn)展。編程語言與操作系統(tǒng)結(jié)構(gòu)性支持國際大會對其進(jìn)行了具體詳細(xì)地展示。

        PCR的引入

        西雅圖團(tuán)隊PCR來完成在海量DNA信息中找到特定的文件的任務(wù)。PCR是聚合酶鏈反應(yīng)的簡寫。PCR工作原理是這樣的:將DNA同一連串被稱為引物的寡鏈核苷酸一起進(jìn)入試管。每一個引物與特定DNA鏈末尾中的儲存文件位置相匹配。試管在專門儀器一遍遍地重復(fù)加熱、冷卻過程。

        加熱會使雙鏈DNA解旋成為單鏈。完全冷卻下來以后,引物找到并連接到科學(xué)家自己感興趣的DNA片段末尾?;旌弦褐械膯蝹€核苷酸基之后會連接到DNA鏈的剩余部分。

        其中的加熱冷卻循環(huán)作用相當(dāng)于開啟復(fù)印機(jī):PCR可以復(fù)制DNA。循環(huán)往復(fù)冷熱可以復(fù)制出數(shù)以萬計的目標(biāo)DNA。科學(xué)家將此描述為DNA擴(kuò)增。

        PCR不斷地復(fù)制DNA中所需的片段,在短短時間內(nèi),目標(biāo)DNA片段的總體數(shù)量便會遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過樣品中其他遺傳物質(zhì)。

        PCR已經(jīng)被科學(xué)家們廣泛地應(yīng)用于我們的生活中。例如,PCR可以復(fù)制在犯罪現(xiàn)場的DNA,法醫(yī)可以通過將此DNA與其他人如犯罪嫌疑人的DNA進(jìn)行比對幫助破案。類似的例子還有環(huán)境學(xué)家運用PCR復(fù)制他們在河流里發(fā)現(xiàn)的新DNA樣本,然后比對將其歸入特定魚群。

        賽澤同時指出,不停地復(fù)制DNA的特定部分也可有助于更快找到所需的數(shù)據(jù)文件。

        他將這種理念比作是僅僅使用幾個特定字母來獲得一系列字母表,通過幾個字母獲得整整一碗盛滿字母表的“湯”。想要在茫茫數(shù)據(jù)里,挑出幾個單個字母好似大海撈針,十分耗時。但試假想可以不斷地一遍又一遍地復(fù)制任意你喜歡的字母。最后當(dāng)你從這滿滿一碗字母“湯”里隨意搖起一勺,你能在幾乎每一勺字母里發(fā)現(xiàn)你心儀的那個。同樣的道理,PCR可以使復(fù)制DNA完全按照你的意志來進(jìn)行。而后,你大可將此DNA送入專業(yè)實驗設(shè)備解碼,讀取其中儲存的數(shù)據(jù)信息。

        在基因?qū)嶒炁c研究中,PCR是一個相當(dāng)常用的工具。但將PCR引入用于尋找發(fā)現(xiàn)特定DNA電子文件卻剛剛起步:賽澤長期埋頭工作在微生物實驗室,在他日常的實驗工作中找到了靈感與突破口,這才將PCR正式引入。在研究與實驗中,他更加詳細(xì)地了解了PCR,他的團(tuán)隊因而發(fā)現(xiàn)了“隨機(jī)通道”。他這樣解釋道,“你手上有兩件毫不相干的東西,但就在那一剎那間,你突然發(fā)現(xiàn)它們之間可以相互關(guān)聯(lián)起來?!?/p>

        錦上添花

        賽澤也表示,“在復(fù)制大批量DNA的過程中是極容易出現(xiàn)差錯的”。他的團(tuán)隊對癥下藥,設(shè)計出了補(bǔ)救措施:當(dāng)數(shù)據(jù)復(fù)制出現(xiàn)錯誤的DNA時,重疊部分形成三條獨立的DNA鏈。當(dāng)解碼數(shù)據(jù)信息時,電腦需要分析至少這三條DNA鏈中兩條鏈來生成數(shù)據(jù)信息,這樣的話,即使一條鏈出現(xiàn)了一些差錯,電腦也可以從其他兩條鏈數(shù)據(jù)信息發(fā)現(xiàn)差錯并及時進(jìn)行糾正。

        同時,新的系統(tǒng)也要求所有數(shù)據(jù)同樣的高準(zhǔn)確度。在儲存大數(shù)據(jù)量的文件時,降低對一些數(shù)據(jù)材料的精確標(biāo)準(zhǔn)將更有助于整個文件的儲存。例如,人們對于文本文件精確度要求極高,但如果換成是一張貓咪的圖片,大多數(shù)人對圖片像素就不會那么斤斤計較。

        在實驗室的測試過程中,優(yōu)化過的新系統(tǒng)表現(xiàn)十分出色。研究人員成功編碼了一個討論非洲國家盧旺達(dá)戰(zhàn)爭罪的視頻文件。當(dāng)他們后來再來尋找這段視頻時,他們幾乎毫不費力輕松找到。實驗團(tuán)隊也同時成功地編碼并重新制成了四個圖像文件。

        迪恩就職于圣地亞哥的加利福尼亞大學(xué),現(xiàn)在是一名計算機(jī)科學(xué)工程師。他主持賽澤小組新系統(tǒng)的DNA儲存與文件補(bǔ)救工作。他指出,DNA數(shù)據(jù)儲存能否推廣普及以及何時能夠?qū)崿F(xiàn)普及仍存在許多不確定性因素,然而華盛頓大學(xué)的研究小組已經(jīng)顯示出了在此研究領(lǐng)域非凡的潛力。“最讓人振奮的莫過于,他們已經(jīng)成功地實現(xiàn)在人工合成DNA中儲存圖片,”他繼續(xù)補(bǔ)充道,“同時,他們在實驗室中也將這些圖片毫無差錯地讀取出來?!?/p>

        當(dāng)然,這是一張貓咪圖片。endprint

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