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        DNA條形碼技術(shù)在金銀花和山銀花鑒定中的應(yīng)用

        2017-05-12 11:00:36張嘉熙張曉謙張彥帥
        生物學(xué)通報(bào) 2017年6期
        關(guān)鍵詞:銀花條形碼金銀花

        張嘉熙 張 琦 張曉謙 張彥帥

        (北京市第九中學(xué) 北京 100041)

        0 前言

        金銀花(Lonicera japonica),又名忍冬。 “金銀花”一名出自《本草綱目》,由于忍冬花初開(kāi)為白色,后轉(zhuǎn)為黃色,因此得名金銀花。藥材金銀花為忍冬科忍冬屬植物忍冬及同屬植物干燥花蕾或帶初開(kāi)的花。山銀花與金銀花外形十分相像,親緣關(guān)系相近。事實(shí)上,山銀花指忍冬科的2種植物:菰腺忍冬(Lonicera hypoglauca)、華南忍冬(Lonicera confusa),生于溪邊、曠野疏林下或灌木叢中,產(chǎn)于我國(guó)南方各地。中醫(yī)認(rèn)為金銀花性寒而山銀花藥性熱,金銀花用于清熱解毒、通經(jīng)活絡(luò),而山銀花則在某些方面與其功效完全相反。金銀花中含有較多的木樨草苷,而山銀花幾乎不含,此外,山銀花中綠原酸的含量略高,這也會(huì)導(dǎo)致二者藥用功效略有不同[1]。綜上所述,有必要對(duì)兩者進(jìn)行鑒別。

        金銀花和山銀花為近緣植物,藥材的形狀特征比較相似,此外,無(wú)論是金銀花還是山銀花,都有許多改良品種,用傳統(tǒng)方法鑒別具有一定困難[2]。而DNA條形碼技術(shù)首先由加拿大動(dòng)物學(xué)家Paul Hebert提出[3],是以 DNA 分類學(xué)為基礎(chǔ),利用一段標(biāo)準(zhǔn)DNA序列作為標(biāo)記,實(shí)現(xiàn)快速、準(zhǔn)確和自動(dòng)化的物種鑒定方法。

        DNA條形碼技術(shù)所利用的ITS片段為rDNA上一個(gè)片段且ITS區(qū)不加入成熟核糖體,有極大保守性,故在進(jìn)化過(guò)程中承受的自然選擇壓力非常小,能容忍更多的變異。在絕大多數(shù)的真核生物中表現(xiàn)出了極為廣泛的序列多態(tài)性,即使是親緣關(guān)系非常接近的2個(gè)種都能在ITS序列上表現(xiàn)出差異,顯示最近的進(jìn)化特征。ITS2是中度保守區(qū)域,其保守性基本上表現(xiàn)為種內(nèi)相對(duì)一致,種間差異比較明顯。此外ITS序列片段較小、易于分析,目前已被廣泛應(yīng)用于植物屬內(nèi)不同種間或近似屬間的系統(tǒng)發(fā)育研究中。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        表1 材料來(lái)源

        1.2 試劑 植物DNA提取試劑盒(北京百泰克生物技術(shù)有限公司,北京),2×TaqPCR Master Mix(北京百泰克生物技術(shù)有限公司,北京)。

        1.3 DNA提取

        1)將金銀花和山銀花研磨成粉末狀,各取30 mg置于1.5 mL離心管中,加入 550 μL 65℃預(yù)熱后的Buffer P1和β-巰基乙醇混合液和4 μL RNaseA,劇烈渦旋震蕩至形成均勻膠體,室溫靜置 10 min。 2)加入 130 μL Buffer P2,充分混勻,12 000 r/min離心 3 min。 3)取上清液 200 μL 至分離柱 A,12 000 r/min 離心 3 min。 4)取下液,300 μL Buffer P3,顛倒混勻。加入吸附柱AC,12 000 r/min離心 1 min。5)倒掉廢液,加入 500 μL 漂洗液 WB,12 000 r/min離心1 min,棄廢液。

        將吸附柱AC置于干凈離心管中,在吸附膜中間部位加入50 μL洗脫緩沖液EB(提前預(yù)熱至65℃),室溫靜置 3 min,12 000 r/min 離心 1 min。

        1.4 PCR擴(kuò)增及測(cè)序

        ITS2 引物:ITS2F 5′-ATGCGATACTTGGTGTGAAT-3′

        ITS3R 5′-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3′

        1.5 分光光度法測(cè)DNA濃度和純度

        1.5.1 實(shí)驗(yàn)原理 組成DNA的堿基均具有一定的吸收紫外線特性,最大吸收值在波長(zhǎng)250~270 nm之間,腺嘌呤的最大紫外線吸收值在260.5 nm,堿基與戊糖、磷酸形成核苷酸后其最大吸收峰不會(huì)改變,但核酸的最大吸收波長(zhǎng)是260 nm,吸收低谷在230 nm。該物理特性為測(cè)定核酸溶液濃度提供了基礎(chǔ)。

        1.5.2 實(shí)驗(yàn)儀器 石英比色皿、UV-240紫外分光光度計(jì)。

        1.5.3 實(shí)驗(yàn)過(guò)程 1)用EB溶液校準(zhǔn)。2)用移液器量取 2.5 μL樣本于石英比色皿上測(cè)量[4]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 金銀花與山銀花PCR擴(kuò)增結(jié)果 由圖1、圖2、表2可以看出提取到適量的目標(biāo)DNA(500 bp)。

        圖1 基因組DNA電泳結(jié)果

        圖2 PCR擴(kuò)增后電泳結(jié)果

        表2 PCR光密度值(檢測(cè)DNA的濃度和質(zhì)量)

        2.2 金銀花與山銀花ITS2序列種內(nèi)種間變異分析

        本研究涉及金銀花與山銀花不同來(lái)源的序列共計(jì)20條,包括藥材樣品4條,對(duì)照藥材樣品16條,藥材序列長(zhǎng)度均為228 bp,其他序列長(zhǎng)度為221~228 bp。金銀花G+C的含量為75.4%,華南忍冬G+C的含量為73.7%,菰腺忍冬為71.9%,如表3。

        表3 G+C含量

        金銀花種內(nèi) K2P遺傳距離[5]0.0393。山銀花種內(nèi)遺傳距離為0.0296和0.0424。山銀花與金銀花的K2P遺傳距離為:0.0364和0.0523。種間最小遺傳距離不都大于種內(nèi)遺傳距離,見(jiàn)表 4。

        表4 K2P遺傳距離

        圖3 基于ITS2序列構(gòu)建的NJ樹(shù)

        3 討論

        山銀花種類繁多,形態(tài)類似。由于山銀花存在不同種類,本實(shí)驗(yàn)選取菰腺忍冬和華南忍冬,其中C4、C5為菰腺忍冬。根據(jù)上述結(jié)果可發(fā)現(xiàn),藥材山銀花不同基原物種在NJ樹(shù)上混雜在一起,難以明顯區(qū)分。而金銀花與山銀花位于不同組,由此可推測(cè)金銀花山銀花之間是存在一定區(qū)別的。在漸變式物種形成中,體現(xiàn)了2步遺傳差異——第1步是種群間的隨機(jī)遺傳分化,第2步是隔離促成的群體間生殖隔離。在遺傳分化上,第2步可能并不多(盡管是生殖隔離完成的一步),其涉及的常是與生殖有關(guān)的“關(guān)鍵少數(shù)”基因,從而解釋金銀花種內(nèi)和華南忍冬種內(nèi)遺傳距離大于金銀花與華南忍冬種間遺傳距離的現(xiàn)象。

        理想的DNA條形碼應(yīng)滿足以下幾個(gè)標(biāo)準(zhǔn):①具有可以區(qū)分物種的足夠變異和分化,同時(shí)種內(nèi)變異必須足夠??;②有高度保守的引物設(shè)計(jì)區(qū)以便于設(shè)計(jì)通用引物;③片段足夠短,以便于DNA提取和PCR擴(kuò)增,尤其是對(duì)部分降解的DNA的擴(kuò)增[6]。通過(guò)分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果可知,一些金銀花樣品與山銀花樣品區(qū)分度較低,這說(shuō)明僅通過(guò)ITS2序列不能測(cè)定所有種類的金銀花與山銀花,即ITS2序列并不適宜鑒定所有種類山銀花與金銀花。ITS、matK、tmL-tmF序列也可鑒別金銀花及其易混品,rps16也有較好的DNA條形碼應(yīng)用前景,可作為金銀花及其易混品分子鑒別的DNA條形碼候選序列。

        由于金銀花與山銀花的ITS序列變異位點(diǎn)太多且繁雜,所以對(duì)于這二者的鑒定,ITS2序列可以起到一定作用,但最好結(jié)合其他序列和鑒定方法,這樣的區(qū)分將更加精準(zhǔn)有效。

        主要參考文獻(xiàn)

        [1]黃位猛.金銀花與山銀花的鑒別.廣東職業(yè)技術(shù)教育與研究,2015(2):191.

        [2]楊翠玲.易混品金銀花與山銀花的鑒別.山西中醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào),2006,7(4):48.

        [3]Hebert P D,Cywinska A,Ball S L.Biological identifications through DNA barcodes.Proceedings of the Royal Society B,2003,270(1512):313.

        [4]周建國(guó),馬雙姣,黃玉龍,等.種子類藥材補(bǔ)骨脂及其混偽品的ITS2條形碼序列鑒定.世界中醫(yī)藥,2016,11(5):786.

        [5]Kimura M.A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences.Journal of Molecular Evolution,1980,16(2):111.

        [6]閆華學(xué),于杰.DNA條形碼技術(shù)在植物中的研究現(xiàn)狀.植物學(xué)報(bào),2010,45(1):102.

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