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        紫外線脅迫麥長管蚜DNA差異片段的克隆及序列功能分析

        2017-04-15 10:43:37趙永田趙惠燕
        江蘇農業(yè)科學 2017年5期
        關鍵詞:序列分析紫外線克隆

        趙永田+趙惠燕

        摘要:應用擴增片段長度多態(tài)性(amplified fragment length polymorphism,簡稱AFLP)技術對紫外線誘導的麥長管蚜基因組變異進行篩選,對獲得的63個差異片段進行回收克隆測序。經Blast分析,發(fā)現19條同源性高的基因,按照基因功能可將差異序列劃分為5類:防御基因、調節(jié)能量和信號基因、蛋白質合成基因、損害基因、未知功能基因。蚜蟲對紫外線的響應機制涉及多種代謝過程的基因,如與能量代謝和信號傳導、細胞凋亡等有關的基因,還涉及具有保守結構域的調控因子等。

        關鍵詞:紫外線;麥長管蚜;DNA片段;克??;序列分析

        中圖分類號: S435.122+.2文獻標志碼:A

        文章編號:1002-1302(2017)05-0102-03

        蚜蟲是小麥上的主要害蟲,其中麥長管蚜[Sitobion avenae (Fabricius)]作為麥蚜的優(yōu)勢種群,可通過傳播病毒、刺吸汁液、分泌蜜露等方式為害,嚴重影響小麥的產量和品質。蚜蟲作為r對策者,環(huán)境是導致種群分化的主要因素[1-2]。近年來,臭氧層空洞導致紫外線輻射劑量增加,特別是UV-B波段[3],不可避免地對蚜蟲的遺傳與進化產生巨大的選擇壓力。姚建秀等運用隨機擴增多態(tài)性DNA標記(random amplified polymorphic DNA,簡稱RAPD)技術對麥長管蚜輻射誘導一代的DNA多態(tài)性進行分析表明,輻射條件下的遺傳距離增大,紫外線可誘導產生種下分化[4]。都二霞等通過設置不同時間和強度的紫外線照射桃蚜,運用SSR(simple sequence repeats)技術研究發(fā)現,F1代桃蚜產生可遺傳變異致使F2代的DNA也發(fā)生變異,且各處理平均多態(tài)位點率之間差異顯著[5]。趙惠燕等對桃蚜設置不同時間的紫外線誘導,采用SSH(spring struts hibernate)技術提取了產生的特異基因,進行克隆、測序,分析了差異基因的功能,得出6類相關基因參與紫外線脅迫[6]。AFLP結合了限制性內切酶片段長度多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,簡稱RFLP)的可靠性與PCR的便捷,具有重復性好、結果可靠等特點。AFLP是較為理想的檢測基因組差異的手段,原因在于它不需要提前知曉基因組序列,可直接用于檢測。張根發(fā)等對低能離子誘導擬南芥引起的基因組DNA變異采用AFLP進行檢測,并對差異片段進行克隆,測序發(fā)現突變可能存在突變熱點[7]。陳照立等應用AFLP成功回收了與二羥環(huán)氧苯并芘(BPDE)相互作用產生的DNA差異片段,經克隆測序及同源性比對發(fā)現,9條可能導致BPDE引發(fā)肺癌有關的基因片段[8]。然而利用AFLP對紫外線誘導麥長管蚜的遺傳變異分析尚未見報道。本研究選擇麥長管蚜為試驗材料,利用AFLP技術分析經紫外線處理和對照組之間的DNA變異,對差異基因進行篩選、克隆、測序,分析差異基因的功能,初步探索蚜蟲對紫外線的響應機制,為蚜蟲進化研究提供理論依據。

        1材料與方法

        1.1試蟲

        試驗蟲源由德國聯邦農林生物研究中心提供。處理方法:取發(fā)育一致的成蟲,分成對照組和試驗組。試驗組經紫外線照射時間為1、2、3、4、6、8 h;對照組采用正常光照。光源高度統(tǒng)一為蚜蟲上方30 cm處。處理后的當代成蚜標記為F0代,繼續(xù)培養(yǎng)2代,均按照同樣處理照射成蟲,并依繁殖次序收集成蟲標記為F1、F2代。

        1.2方法

        1.2.1DNA池的構建及AFLP反應體系

        分別對不同處理時間的蚜蟲構建DNA池。DNA的提取方法及AFLP反應體系參考文獻[9]。

        1.2.2差異表達片斷的回收、克隆與測序

        用刀片切取差異條帶,用ddH2O浸泡后,取上清液重新擴增,從瓊脂糖凝膠上回收二次擴增差異片段。將回收產物連接于pMD18-T載體上,轉化大腸桿菌DH5α感受態(tài)細胞,復蘇后37 ℃培養(yǎng)過夜,挑取陽性(白斑)克隆進行菌落PCR。經鑒定的陽性克隆送上海生工生物工程公司測序。

        1.2.3同源性比對

        測序結果輸入美國國家生物技術信息中心NCBI(http://www.ncbi..nlm.nih.gov)網站,并應用Blast工具對差異片段序列同源性進行比對。

        2結果與分析

        2.1差異片斷的AFLP分析

        擴增的差異性主要體現為條帶的增加或缺失。通過統(tǒng)計差異條帶數目,計算不同處理的變異頻率發(fā)現,變異頻率隨著處理時間的增加而增大,且二者之間存在著正相關,此結論與文獻[10]研究結果一致。

        2.2差異片段的克隆與菌落PCR鑒定

        可知,質粒的擴增片段大小與回收的差異片段一致,表明差異片段成功連接在質粒載體上。

        2.3同源性功能分析

        對63個克隆成功的序列經測序并通過Blast比對分析,發(fā)現有19個同源性高的基因序列,在比對的過程中發(fā)現,有4個序列經同源性檢測都為Fgd6 protein鳥嘌呤核苷酸交換因子,2個序列為HSP15熱休克蛋白。主要可能參與脅迫響應的基因功能如表1所示,未列出未知功能基因。進一步分析相關基因的功能,可以將19個序列分成5大類:防御基因,約占21%;調節(jié)能量與信號基因,約占37%;蛋白質合成基因,約占5%;損害基因,約占11%;未知功能基因,約占26%(圖3)。

        3結論與討論

        通過AFLP技術,共有63個差異片段克隆并測序成功,結果表明,經紫外線誘導的蚜蟲DNA變異可以采用AFLP技術進行差異檢測與篩選。本研究與趙惠燕等的研究結論[6]一致,經紫外線脅迫后調節(jié)能量與信號基因和防御基因表達明顯增多,表明蚜蟲面對脅迫能積極作出應激反應。如Hsp15,作為小分子應激蛋白熱休克蛋白,可以與質膜結合[11],而質膜是細胞吸收外界物質的動態(tài)屏障,也是信息傳遞的通道,起到保護作用。同時小分子熱激蛋白因為具有分子伴侶的作用,所以在不良條件下可以降低蛋白的合成折疊出現異常的概率和穩(wěn)定性,在不良條件下提高生存率[12]。部分熱激蛋白在序列上與細胞防脫水蛋白存在某種相似性,這種相似性可以抑制細胞脫水,使溶質不易發(fā)生滲透,從而減輕冷脅迫對細胞膜的損害,使組織的抗冷性增強[13]。質膜蛋白家族成員眾多,底物多樣,功能也較多,包括對抗生素產生抗性、轉換信號、表達抗原等[14-15],但它們有共同的特點,能結合并水解ATP,通過細胞膜轉運各種物質[16]。核糖體蛋白L11在蛋白質合成過程中必不可少,并且是高度保守的蛋白質[17]。L11的N-末端具有分子開關功能,在EF-G依賴的遷移過程和RF1識別終止密碼子UAG的過程中都是必須的。Harms等研究表明,L11在核糖體的翻譯過程中起到分子開關的作用[18]。在脅迫的過程中發(fā)現,有損害功能的基因參與其中,如硫酸糖基化蛋白(94sin1),對細胞的存活及增殖分化有負性調節(jié)作用[19],但具體作用機制還不清楚。除了已知的功能基因外,本研究還得到許多同源性較高,但功能未知的基因,有待進一步研究其在紫外線耐受方面的功能。

        研究表明,蚜蟲對紫外線的脅迫響應機制非常復雜,涉及多途徑多種基因協同作用。雖然本研究獲得的差異基因反映的信息不夠全面,但通過篩選鑒別這些特異基因,分析其功能,是闡明蚜蟲對紫外線脅迫分子變異和響應機制的必要前提,同時為蚜蟲的分子進化提供理論依據。

        參考文獻:

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