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        醫(yī)學領域國際學術期刊數(shù)據(jù)出版政策分析

        2017-03-23 02:56:51■劉
        中國科技期刊研究 2017年8期
        關鍵詞:數(shù)據(jù)類型學術期刊論文

        ■劉 穎 王 旋

        1)北京大學醫(yī)學圖書館,北京市海淀區(qū)學院路38號 1001912)中國石油勘探開發(fā)研究院圖書館,北京市海淀區(qū)學院路20號 100083

        科研數(shù)據(jù)是科研成果的重要支撐材料,也是科研活動的重要產(chǎn)出。但在以往的很長一段時間內(nèi),科研數(shù)據(jù)只是保存在科研工作者個人手中或實驗室里,隨著科研過程的結束而逐漸被擱置,甚至丟失。伴隨著數(shù)據(jù)密集型科研活動的蓬勃發(fā)展,科研成果的再現(xiàn)以及相關假設的進一步探索都需要獲取這些原始數(shù)據(jù),科研數(shù)據(jù)的開放獲取受到科研過程中利益相關者(政府監(jiān)管部門、資助機構、期刊編輯、研究人員)的關注,越來越多的資助機構以及國際學術組織提出開放數(shù)據(jù)政策,要求科研數(shù)據(jù)能夠公開可獲取,以幫助驗證、推進科學研究。

        數(shù)據(jù)出版(Data Publishing/Data Publication)是近幾年出版界和數(shù)據(jù)共享界共同提出和積極探索的新概念,是數(shù)據(jù)共享的新機制。Pene等[1]認為數(shù)字時代的數(shù)據(jù)出版是指在互聯(lián)網(wǎng)上公開數(shù)據(jù),并支持除數(shù)據(jù)提供者之外的研究人員或者組織機構下載、分析、再利用以及引用數(shù)據(jù);從廣義上講,任何將數(shù)據(jù)上傳到互聯(lián)網(wǎng)或者數(shù)據(jù)庫并支持開放獲取的行為都可以稱之為數(shù)據(jù)出版。吳立宗等[2]認為科學數(shù)據(jù)出版是指將數(shù)據(jù)作為一種重要的科學成果,從科學研究的角度對科學數(shù)據(jù)進行同行審議和公開公布,并創(chuàng)建標準和永久的數(shù)據(jù)引用信息,供其他研究性文章引證。國內(nèi)外數(shù)據(jù)出版定義的表述略有差別,國外的定義側重共享,國內(nèi)更接近于傳統(tǒng)論文出版,有完整的流程和控制標準。

        近年來,越來越多的學術期刊發(fā)布了數(shù)據(jù)出版政策,研究人員對這些政策開展了調(diào)研分析。如陳秀娟等[3]以美國化學學會期刊為例剖析化學學科的學術期刊數(shù)據(jù)出版政策;雷秋雨等[4]分析了《期刊引用報告》(JCR)中進化生物學領域期刊的數(shù)據(jù)出版政策。本文以醫(yī)學領域的核心期刊為例,系統(tǒng)地研究醫(yī)學領域學術期刊的數(shù)據(jù)出版政策。之所以選擇醫(yī)學領域,主要是因為該領域在數(shù)據(jù)共享政策規(guī)定方面的發(fā)展較為成熟,能為國內(nèi)同類期刊、期刊編輯制定和完善數(shù)據(jù)出版政策提供參考,也能幫助醫(yī)學領域的科研人員了解相關數(shù)據(jù)出版政策和要求,便于他們投稿和共享科研數(shù)據(jù)。

        1 研究對象和內(nèi)容

        選取中科院科學引文索引(SCI)期刊分區(qū)表中醫(yī)學大類1區(qū)里影響因子排名在前50的期刊為樣本進行研究,這些期刊是中科院依據(jù)美國科學信息研究所(ISI)的JCR列出的醫(yī)學領域中影響力最大的期刊,在醫(yī)學領域的期刊中極具代表性和權威性[5]。截至2017年2月20日,中科院SCI期刊分區(qū)表中1區(qū)醫(yī)學大類里影響因子排在前50的期刊見表1,按照影響因子從大到小的順序編號,下文如再次出現(xiàn),將以編號代替。

        表1 中科院SCI期刊分區(qū)表1區(qū)醫(yī)學大類影響因子排名前50的期刊列表

        筆者調(diào)研了這些期刊的網(wǎng)站,并對每種期刊的“Author Instructions”部分進行了詳細調(diào)查,調(diào)研的內(nèi)容均為2017年2月的最新版本。對期刊是否要求作者提交支撐性數(shù)據(jù)或補充數(shù)據(jù)材料進行出版的論述進行統(tǒng)計,將這些期刊的數(shù)據(jù)出版政策按照強弱等級細分為4個等級;依據(jù)統(tǒng)計結果,進一步調(diào)查各個期刊對于數(shù)據(jù)發(fā)表和數(shù)據(jù)共享的要求和表述,如要求作者提交何種數(shù)據(jù)、如何提交、提交于何處,以及數(shù)據(jù)的開放性規(guī)定,并進行歸納總結;選取具有代表性的學術期刊,詳細介紹其政策規(guī)定。

        2 概況

        對表1中50種學術期刊的數(shù)據(jù)出版政策進行研究,發(fā)現(xiàn)有3種期刊沒有數(shù)據(jù)存繳要求,其余47種期刊均要求作者將相關數(shù)據(jù)或補充材料作為支撐信息(Supporting Information,SI)隨論文一起提交。SI是指能夠直接支持論文的主要結論,但對主要結論而言是額外的或次要的,或因為空間或者格式限制等原因不能被列入論文主體中的數(shù)據(jù)或其他材料[6]。在期刊允許的情況下,同行評審過程中評審專家可以將SI作為評審參考;在論文發(fā)表以后,SI也會隨論文電子版以期刊規(guī)定的相應形式發(fā)表,感興趣的科研人員可以獲取所需數(shù)據(jù)并再現(xiàn)作者的研究成果。

        對有數(shù)據(jù)存繳和出版政策的47種期刊進行調(diào)研發(fā)現(xiàn),出版社對SI的提交要求通??煞譃橐韵?種:1)作者及時提交SI并愿意出版是論文出版的條件之一,不提供SI的論文可能會被期刊編輯拒絕發(fā)表;2)建議或鼓勵作者將相關數(shù)據(jù)作為SI同論文一起在線出版,但提交SI不作為論文是否出版的考量,由作者自己決定;3)作者可以提交相關數(shù)據(jù)作為SI,但SI是否在線出版由期刊編輯決定。按政策強弱細分標準,將每種期刊的“Author Instructions”論述中出現(xiàn) “作為論文出版條件”“作者必須提交”“必須愿意出版”等字眼,定義為強數(shù)據(jù)出版政策;論述中出現(xiàn)“鼓勵提交”“建議提交”“應該提交”“可以提交”這些字眼,同時出現(xiàn)“只要作者愿意就提供在線出版”定義為次強數(shù)據(jù)出版政策;論述中出現(xiàn)“應該提交”“可以提交”,同時出現(xiàn)“由期刊編輯決定是否出版”定義為弱數(shù)據(jù)出版政策。

        比照上述標準總結出表2,在50種期刊中,3種期刊沒有數(shù)據(jù)出版政策,占6.0%;10種期刊具有強數(shù)據(jù)出版政策,占20.0%;22種期刊具有次強數(shù)據(jù)出版政策,占44.0%;15種期刊具有弱數(shù)據(jù)出版政策,占30.0%。由此可見,只有少部分期刊具有強數(shù)據(jù)出版政策,數(shù)據(jù)出版政策的強制性力度并不大。有數(shù)據(jù)出版政策的47種期刊中,只有少數(shù)需要由編輯來決定提交的數(shù)據(jù)是否能夠作為SI在線出版,大部分期刊只要作者愿意,就能夠提供在線出版,可見SI的出版條件比較寬松和簡單。

        表2 中科院JCR列表1區(qū)醫(yī)學大類影響因子排名前50的期刊數(shù)據(jù)出版政策類型分布

        3 期刊數(shù)據(jù)出版政策分析

        3.1 數(shù)據(jù)類型

        有數(shù)據(jù)出版政策的47種期刊依據(jù)該期刊自身特點,對以SI形式提交的數(shù)據(jù)類型有不同程度的要求(表3)。屬于同一出版集團的期刊通常具有相同的數(shù)據(jù)出版政策,以SI形式提交的數(shù)據(jù)類型相同,比如Nature出版集團系列期刊、Lancet系列期刊和Annual Review系列期刊。所有期刊都說明了SI中可以包含圖、表、數(shù)據(jù)集、音頻、視頻等通用數(shù)據(jù)類型,有一些期刊還說明SI中可以包含蛋白質序列數(shù)據(jù)、DNA和RNA序列數(shù)據(jù)、大分子結構數(shù)據(jù)、微陣列數(shù)據(jù)、計算機代碼和臨床試驗數(shù)據(jù)等特定數(shù)據(jù)類型。不同期刊對SI數(shù)據(jù)的格式有不同的要求,某些特定數(shù)據(jù)類型被要求先存儲到推薦的相應第三方倉儲中,而其他的數(shù)據(jù)類型則可以根據(jù)期刊要求以pdf、doc、excel、mov、mp3或zip等文件形式直接上傳。

        表3 中科院JCR列表1區(qū)醫(yī)學大類影響因子排名前50期刊SI內(nèi)容

        3.2 數(shù)據(jù)存儲位置

        數(shù)據(jù)存儲位置是期刊數(shù)據(jù)出版政策的重要組成部分。總體上說,大部分期刊都允許將通用數(shù)據(jù)直接提交到期刊平臺上,特定數(shù)據(jù)類型則需要提交到適當?shù)墓矀}儲中,形式不一而足,具體來說,目前主要有以下幾種數(shù)據(jù)存儲方式。

        (1) 直接提交到期刊平臺上,由期刊進行存儲管理

        有數(shù)據(jù)出版政策的47種期刊都支持通用數(shù)據(jù)以該方式存儲,但有些對文件的數(shù)量和大小有限制。如Lancet系列期刊要求音頻、視頻材料的容量小于50 MB;EuropeanHeartJournal要求補充材料不超過10個文件,每個文件不超過1.5 MB[7]。

        (2) 提交到適當?shù)墓矓?shù)據(jù)倉儲中

        公共數(shù)據(jù)倉儲是分享科研數(shù)據(jù)的較優(yōu)方式。與期刊平臺的存儲相比,公共數(shù)據(jù)倉儲使數(shù)據(jù)更容易被發(fā)現(xiàn)和獲取,并提供數(shù)據(jù)的格式化存儲,支持特殊領域的數(shù)據(jù)報道標準,特別適合對特定數(shù)據(jù)類型的存儲。有數(shù)據(jù)出版政策的47種期刊中,明確規(guī)定和要求將特定數(shù)據(jù)類型存儲到推薦的公共數(shù)據(jù)倉儲的期刊有28種,其中,Nature系列期刊、Lancet系列期刊、Elsevier Cell系列期刊甚至為每種數(shù)據(jù)類型推薦了相應的數(shù)據(jù)倉儲清單(表4)。

        表4 特定數(shù)據(jù)類型推薦的第三方倉儲

        如果某些特殊數(shù)據(jù)類型找不到合適的存儲位置,可選擇通用倉儲進行存儲,如Figshare 、 Dryad。更多的數(shù)據(jù)倉儲還可以參照期刊認可的推薦列表,如ScientificData[8]、Biosharing[9]整理的倉儲信息。

        (3) 作為數(shù)據(jù)論文出版

        數(shù)據(jù)論文是近年來興起的數(shù)據(jù)出版形式。與學術論文不同,數(shù)據(jù)論文的主要內(nèi)容是數(shù)據(jù)收集、獲取和處理等過程和方法的描述,不涉及數(shù)據(jù)和研究結果的分析、推論、假設和驗證。通過這種出版形式,數(shù)據(jù)可以像學術論文一樣納入到學術評價體系,促進數(shù)據(jù)分享、獲取和重用。Nature集團從2014年開始出版的數(shù)據(jù)期刊ScientificData,它的主要文章類型是Data Descriptor,它主要提供對數(shù)據(jù)細節(jié)的描述,闡述數(shù)據(jù)如何被產(chǎn)出、被誰產(chǎn)出以及如何能夠被其他研究者再利用。出版的Data Descriptor將與相關的期刊論文和存儲在數(shù)據(jù)倉儲中的數(shù)據(jù)文檔鏈接。調(diào)研中涉及到的11種Nature集團的期刊都支持作者將補充資料以數(shù)據(jù)論文形式出版。

        (4) 存儲到作者所在機構的網(wǎng)站或機構庫中

        PhysiologicalReviews允許研究人員將補充材料存儲在作者所在機構的網(wǎng)站中,并在論文中按照規(guī)定格式提供鏈接到數(shù)據(jù)集的統(tǒng)一資源定位符(URL)[10]。

        (5) 作者自行保存一定時間

        EuropeanUrology不保存論文的補充數(shù)據(jù),而是建議作者在論文出版之時起將數(shù)據(jù)集凍結5年。如果同行評議需要驗證方法和數(shù)據(jù)的有效性,作者需要提供匿名的數(shù)據(jù)集;當其他研究人員提出合理的數(shù)據(jù)利用需求時,EuropeanUrology鼓勵作者提供,但認可不同國家對作者義務的不同規(guī)定[11]。

        3.3 數(shù)據(jù)可用性聲明

        所有47種有數(shù)據(jù)出版政策的期刊都明確說明SI數(shù)據(jù)不會放在印刷本期刊中,而是以電子方式出版。大多數(shù)期刊會在印刷稿中聲明補充材料SI可在出版期刊電子版的網(wǎng)站中獲取。在線出版時,不同期刊對SI數(shù)據(jù)獲取方式的聲明和提示目前還沒有統(tǒng)一的標準,但大多數(shù)遵循以下幾種方式:(1)在期刊網(wǎng)站稿件內(nèi)容發(fā)表頁面或旁邊提示如Supplemental Materials字樣的鏈接,可通過鏈接獲取數(shù)據(jù);(2)在稿件的方法部分聲明SI文件獲取事項,如沒有方法部分,在參考文獻或致謝部分之前聲明;(3)在文中與數(shù)據(jù)相關的內(nèi)容部分引用,通過超鏈接獲取文件,普通數(shù)據(jù)通常要求單獨編號(如Supplementary Figure S1),特定數(shù)據(jù)類型在論文中標識數(shù)據(jù)集的訪問控制號、鏈接或DOI號;(4)向作者申請獲取。

        4 結論

        從調(diào)研結果可以看出,國際頂尖的醫(yī)學期刊已經(jīng)積極地介入科研數(shù)據(jù)的管理過程,紛紛發(fā)表數(shù)據(jù)出版政策。了解期刊的數(shù)據(jù)出版政策,期刊出版社可以緊跟國際期刊的政策形勢;投稿的科研人員可以準確把握期刊要求,提高投稿效率;而需要復用數(shù)據(jù)的科研人員可以方便獲取所需的科研數(shù)據(jù)。目前,期刊數(shù)據(jù)出版政策已經(jīng)較完善,涉及很多方面,如數(shù)據(jù)存繳的時間、數(shù)據(jù)格式、隱私信息的處理。但筆者認為還有許多問題值得進一步改進和探討。(1)數(shù)據(jù)出版政策的強制力度不夠,有數(shù)據(jù)出版政策的47種期刊中,只有10種有強數(shù)據(jù)出版政策,其余37種期刊都只是建議或者鼓勵提交數(shù)據(jù)進行出版,主要取決于作者本人的意愿,并未形成一種客觀上的要求,在數(shù)據(jù)共享方面沒有形成強有力的支持。(2)沒有良好的數(shù)據(jù)質量控制標準,絕大部分有數(shù)據(jù)出版政策的學術期刊都說明由作者自行對數(shù)據(jù)的質量、真實性等情況進行負責,沒有設定專門的數(shù)據(jù)標準審核專家對數(shù)據(jù)進行評審,無法保證數(shù)據(jù)的規(guī)范性和質量,并不利于數(shù)據(jù)的有效復用。(3)數(shù)據(jù)描述和可使用性不足,大部分期刊提供直接將數(shù)據(jù)存儲在期刊平臺上,并且只是在期刊原文的電子版中提供訪問鏈接,有一些期刊甚至要求除了音頻、視頻文件和大數(shù)據(jù)集的其他數(shù)據(jù)都放在一個PDF文件中,并沒有對數(shù)據(jù)內(nèi)容的單獨描述以及結構化存儲,不便于對數(shù)據(jù)的檢索、查看和重復利用。(4)期刊平臺與第三方倉儲整合不足,在上述調(diào)研中,只有ScienceDirect平臺出版的期刊提到在第三方倉儲有相關數(shù)據(jù)時,會出現(xiàn)倉儲標識,其他要求將特定數(shù)據(jù)類型數(shù)據(jù)存儲到第三方倉儲中的期刊,只要求提供在第三方倉儲中的獲取鏈接或獲取編號。

        [1] Penev L,Mietchen D,Chavan V,etal.Pensoft data publishing policies and guidelines for biodiversity data[EB/OL].(2011-05-26)[2017-03-06].http://pensoft.net/J_FILES/Pensoft_Data_Publishing_Policies_and_Guidelines.pdf.

        [2] 吳立宗,王亮緒,南卓銅,等.科學數(shù)據(jù)出版現(xiàn)狀及其體系框架[J].遙感技術與應用,2013,28(3):383-390.

        [3] 陳秀娟,吳鳴.學科領域期刊科研數(shù)據(jù)發(fā)表政策剖析——以美國化學學會期刊為例[J].中國科技期刊研究,2015,26(8):800-807.

        [4] 雷秋雨,馬建玲.學術期刊數(shù)據(jù)出版政策研究綜述——以JCR中進化生物學領域期刊為例[J].圖書館理論與實踐,2016(1):30-34.

        [5] LetPub.最新SCI影響因子查詢及期刊投稿分析系統(tǒng)[EB/OL].[2017-03-06].http://www.letpub.com.cn/index.php?page=journalapp.

        [6]CA:ACancerJournalforClinicians.Author guidelines[EB/OL].[2017-03-06].http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.3322/(ISSN)1542-4863/homepage/ForAuthors.html.

        [7]EuropeanHeartJournal.Supplementary data[EB/OL].[2017-03-06].https://academic.oup.com/eurheartj/pages/Supplementary_Material.

        [8]ScientificData.Recommended data repositories[EB/OL].[2017-03-06].http://www.nature.com/sdata/policies/repositories.

        [9] bioSharing.Databases[EB/OL].[2017-03-06].https://biosharing.org/databases/.

        [10]AmericanPhysiologicalSociety.Data repository standards[EB/OL].[2017-03-06].http://www.the-aps.org/mm/Publications/Info-For-Authors/Data-Repositories.

        [11]EuropeanUrology.Submission guidelines[EB/OL].[2017-03-06].http://www.europeanurology.com/content/resources-for-authors#7000.

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