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        一步PCR法融合狗頭棗ACOⅠ基因片段

        2017-03-01 05:53:53陳國梁田瑞康楊成成張向前
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2017年2期
        關(guān)鍵詞:狗頭乙烯質(zhì)粒

        陳國梁, 田瑞康, 趙 康, 楊成成, 安 鵬, 張向前

        (延安大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院/陜西省紅棗重點實驗室,陜西延安 716000)

        一步PCR法融合狗頭棗ACOⅠ基因片段

        陳國梁, 田瑞康, 趙 康, 楊成成, 安 鵬, 張向前

        (延安大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院/陜西省紅棗重點實驗室,陜西延安 716000)

        以狗頭棗ACOⅠ基因外顯子Ⅲ和Ⅳ的部分序列為靶標(biāo)序列,采用一步PCR法對其進(jìn)行融合擴(kuò)增。經(jīng)與T載體連接、測序。結(jié)果表明:經(jīng)一步PCR法擴(kuò)增到大小為589 bp的融合基因片段,經(jīng)序列比對,其與ACOⅠ外顯子Ⅲ和Ⅳ序列一致性為100%。表明在一個PCR反應(yīng)體系中通過4引物一次性擴(kuò)增可獲得融合基因,該方法是一種簡便、經(jīng)濟(jì)、有效的融合基因構(gòu)建方法。

        狗頭棗;ACOⅠ基因;一步PCR法

        乙烯是植物主要內(nèi)源激素之一,對植物的生長發(fā)育特別是果實成熟和衰老過程的調(diào)節(jié)有重要作用,是公認(rèn)的果實成熟激素[1-6]。在果實的成熟過程中,乙烯的大量生成會提高與果實成熟有關(guān)酶的活性,進(jìn)而促進(jìn)果實的成熟[5-14]。ACC氧化酶(1-aminocyclopropane-l-carboxylic acid oxidase,ACO)是植物中乙烯生物合成途徑的關(guān)鍵酶之一,可直接催化ACC轉(zhuǎn)變?yōu)橐蚁3,5]。鑒于乙烯生物合成相關(guān)基因在調(diào)控果品成熟及衰老方面的重要作用,采用生物技術(shù)對該基因調(diào)控,以便在基因水平上控制ACO的表達(dá),則有可能從根本上解決果實延熟、抗衰老等問題。該研究選擇了狗頭棗ACOⅠ基因外顯子Ⅲ及Ⅳ的部分基因片段[15],通過一步PCR法將其融合,用于RNAi的植物表達(dá)載體的構(gòu)建,為調(diào)控紅棗ACOⅠ 基因的表達(dá)來延緩棗果的成熟,為延熟、耐儲紅棗新品種的培育奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 菌株、質(zhì)粒及試劑

        菌株E.coliDH5α、質(zhì)粒pGM-TACC Ⅰ(含ACOⅠ基因)均為筆者所在課題組保存,DNA回收試劑盒、TaqDNA Polymerase、限制性內(nèi)切酶等購自TaKaRa公司,DNA Marker購自天為時代公司,其他試劑均為進(jìn)口或國產(chǎn)分析純,PCR引物合成和DNA測序由上海生工生物技術(shù)有限公司完成。

        1.2 引物設(shè)計

        以狗頭棗ACOⅠ基因序列(登錄號:JF812966.1)為依據(jù),考慮到采用PCR拼接2個基因片段(294 bp)、1 096~1 359 bp 之間的片段(264 bp),分別稱為:F1、F2。用于擴(kuò)增ACOⅠ基因片段的引物采用Oligo 7.0分析軟件設(shè)計,依次為命名為3U、3RL、4RU、4L,4條引物組成如下:

        3U:5′-GCGGATCCCTCGAGATGAATTGGAGACACTAG

        CTGAGG-3′;

        3RL 構(gòu)成(含F(xiàn)1片段非編碼鏈5′端23 bp和F2片段非編碼鏈3′端22 bp):5′-CTCTTGTATTTCCCATTTGTTATAAGGTTGACTACAA TGGAGTGG-3′;

        4RU 構(gòu)成(含F(xiàn)1片段編碼鏈3′端22 bp和F2片段編碼鏈5′端23 bp):5′-CCACTCCATTGTAGTCAACCTTATAACAAATGG GAAATACAAGAG-3′;

        4L 引物構(gòu)成(F2片段非編碼鏈5′端22 bp):5′-GCATCGATGAATTCAACATTAGTTTCCACTGCTTTC-3′。

        以上引物中,分別在3U、4L引物中引入17、14 bp酶切位點堿基序列(見引物中下劃線部分序列),為后續(xù)試驗作準(zhǔn)備。

        1.3 一步PCR法構(gòu)建融合基因

        以質(zhì)粒pGM-TACC Ⅰ(含融合基因F1、F2片段)DNA為模板,加入Taq酶、dNTPs、目的基因F1與F2片段的上下游引物3U、3RL、4RU、4 L各1 μL配成25 μL的反應(yīng)體系。在 94 ℃ 4 min、95 ℃ 40 s、53.5 ℃ 45 s、72 ℃ 45 s的反應(yīng)參數(shù)下進(jìn)行5個循環(huán)后,將退火溫度改為51.5 ℃、其他擴(kuò)增參數(shù)不變進(jìn)行5個循環(huán),72 ℃ 3 min。再將退火溫度改為53 ℃、其他擴(kuò)增參數(shù)不變進(jìn)行10個循環(huán),72 ℃ 3 min。然后將 25 μL 的反應(yīng)液(含Taq酶、dNTPs、 MgCl2、所設(shè)計融合基因的上、下游引物,即3U、4 L各1 μL,濃度為10 μmol/L)加入上述反應(yīng)體系中;在94 ℃ 4 min、95 ℃ 40 s、54.7 ℃ 45 s、72 ℃ 1 min條件下擴(kuò)增30個循環(huán),72 ℃ 10 min,4 ℃冷卻后取5.0 μL進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測。

        1.4 融合基因片段與T載體的連接及測序

        將經(jīng)電泳檢測大小合適的PCR產(chǎn)物進(jìn)行回收并與T載體連接、轉(zhuǎn)化、篩選、鑒定。酶切和PCR鑒定后將所得陽性克隆子(命名為pGEM-TF)委托上海生物技術(shù)有限責(zé)任公司測序。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 一步PCR法構(gòu)建融合基因的原理

        一步PCR法構(gòu)建融合基因的原理如圖1所示。以質(zhì)粒pGM-TACC Ⅰ為模板起初2次5個循環(huán)擴(kuò)增是分別擴(kuò)增出F1、F2基因片段;第3次10個循環(huán)的擴(kuò)增是將已擴(kuò)出來的F1、F2片段互為模板和引物進(jìn)行基因融合,第4次30個循環(huán)是以形成的融合基因為模板,融合基因的上下游引物即3U與4 L為引物,獲得融合基因全長序列。

        2.2 F1與F2片段的一步PCR融合擴(kuò)增結(jié)果

        將上述擴(kuò)增得到的PCR產(chǎn)物取5 μL進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果(圖2)獲得大小約590 bp的特異條帶,與預(yù)期片段大小符合。初步表明2片段已按設(shè)計融合在一起。

        2.3 基因融合產(chǎn)物的酶切與測序結(jié)果

        將經(jīng)篩選獲得的重組質(zhì)粒pGEM-TF,經(jīng)PCR和雙酶切進(jìn)行鑒定,結(jié)果(圖3、圖4)表明,PCR擴(kuò)增及酶切片段的大小均為590 bp,與預(yù)期大小一致,說明融合基因片段已連至載體。經(jīng)測序及序列比對,結(jié)果與GenBank中的序列完全一致。進(jìn)一步確定以含目的基因的質(zhì)粒pGM-TACC Ⅰ為模板,通過一步PCR法成功獲得了狗頭棗ACOⅠ基因序列中F1和F2片段的融合基因。

        3 結(jié)論與討論

        重疊延伸PCR技術(shù)是采用具有互補(bǔ)末端的引物,使PCR產(chǎn)物形成重疊鏈并在隨后的擴(kuò)增反應(yīng)中通過重疊鏈的延伸,將不同來源的擴(kuò)增片段拼接起來。利用該技術(shù)不需要內(nèi)切酶消化和連接酶處理即可進(jìn)行有效的基因重組,能較快獲得依靠限制性內(nèi)切酶消化的方法難以得到的產(chǎn)物。通過精心設(shè)計引物,利用該技術(shù)可將2條以上的基因構(gòu)建成為融合基因,如Shevchuk等利用重疊延伸PCR技術(shù)成功地將多個DNA片段連接在一起[16-19]。此外重疊延伸PCR在基因的定點突變、長片段基因的合成、構(gòu)建重組質(zhì)粒和載體、基因敲除以及目的基因的擴(kuò)增等方面有其廣泛而獨特的應(yīng)用[20-26]。

        一步PCR法融合ACOⅠ基因外顯子Ⅲ及Ⅳ的部分基因片段也屬于重疊延伸PCR法,但其優(yōu)點是不需要將單個PCR產(chǎn)物回收再融合即只需要構(gòu)建1個PCR反應(yīng)就可以得到融合基因。在達(dá)到融合目的的同時,縮短了試驗周期,節(jié)約了成本,減少了操作環(huán)節(jié),為重疊延伸PCR法的應(yīng)用提供了新的選擇。

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        10.15889/j.issn.1002-1302.2017.02.007

        2015-12-11

        陜西省重點實驗室項目(編號:15JS123);延安市農(nóng)業(yè)攻關(guān)項目(編號:2011kn-09);延安大學(xué)高水平大學(xué)建設(shè)項目(編號:2012SXTS06);延安大學(xué)校級科研項目(編號:YDZ2012-12、YD2014-01);地方高校國家級大學(xué)生創(chuàng)新訓(xùn)練計劃(編號:201410719041)。

        陳國梁(1974—),男,陜西定邊人,副教授,碩士生導(dǎo)師,研究方向為植物生物技術(shù)。E-mail:glc9359@163.com。

        Q786

        A

        1002-1302(2017)02-0028-03

        陳國梁,田瑞康,趙 康,等. 一步PCR法融合狗頭棗ACOⅠ基因片段[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2017,45(2):28-30.

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