王慧媛，袁天蔚，阮亮亮，熊燕

1.中國科學(xué)院上海生命科學(xué)信息中心，上海 200031

2.上海醫(yī)藥臨床研究中心，上海 200032

3.上海生物樣本庫工程技術(shù)研究中心，上海 200031

基于文獻(xiàn)計(jì)量的基因組編輯技術(shù)發(fā)展態(tài)勢分析

王慧媛1，袁天蔚1，阮亮亮2，3，熊燕1

1.中國科學(xué)院上海生命科學(xué)信息中心，上海 200031

2.上海醫(yī)藥臨床研究中心，上海 200032

3.上海生物樣本庫工程技術(shù)研究中心，上海 200031

近年來，以CRISPR為代表的基因組編輯技術(shù)發(fā)展迅速，圍繞該技術(shù)的一系列基礎(chǔ)和應(yīng)用研究成為全球研究熱點(diǎn)。利用Web of Science信息檢索平臺中的SCI-Expanded 來源數(shù)據(jù)庫和CiteSpace分析軟件，采用文獻(xiàn)統(tǒng)計(jì)、共被引分析和關(guān)鍵詞共現(xiàn)分析等文獻(xiàn)計(jì)量方法，對基因組編輯技術(shù)研究態(tài)勢進(jìn)行分析，為相關(guān)研究提供參考。

基因組編輯；CRISPR；文獻(xiàn)計(jì)量；CiteSpace

自2013年首次報(bào)道CRISPRCas9系統(tǒng)成功在哺乳動物基因組編輯中應(yīng)用以來，以CRISPR為代表的基因組編輯技術(shù)受到廣泛關(guān)注?；蚓庉嫾夹g(shù)是對目標(biāo)基因序列進(jìn)行插入、刪除或者改變的操作方法。從鋅指核糖核酸酶（ZFN）技術(shù)、轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)物核酸酶（TALEN）技術(shù)到現(xiàn)在的RNA介導(dǎo)的成簇規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列系統(tǒng)（CRISPR）技術(shù)，基因組編輯技術(shù)成為生命科學(xué)研究的一項(xiàng)重要技術(shù)。尤其是CRISPR技術(shù)，自2012年問世以來，在短短幾年內(nèi)迅速席卷全球各實(shí)驗(yàn)室，并展現(xiàn)出廣闊的應(yīng)用前景，被認(rèn)為是遺傳研究領(lǐng)域的革命性技術(shù)，已應(yīng)用于作物育種、疾病模型構(gòu)建、靶向藥物研發(fā)等各個(gè)領(lǐng)域。采用文獻(xiàn)統(tǒng)計(jì)、共被引分析和關(guān)鍵詞共現(xiàn)分析等文獻(xiàn)計(jì)量方法，對基因組編輯技術(shù)近十年的相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行分析，總結(jié)技術(shù)發(fā)展路徑和研究現(xiàn)狀，并對未來的研究熱點(diǎn)趨勢進(jìn)行展望。

1 基因組編輯技術(shù)發(fā)展迅速

基因組編輯依賴于位點(diǎn)特異的核酸內(nèi)切酶在剪切位點(diǎn)通過DNA修復(fù)系統(tǒng)觸發(fā)序列修改。目前，在該領(lǐng)域主要有三種技術(shù)，即ZFN技術(shù)、TALEN技術(shù)和CRISPR技術(shù)。

TALEN技術(shù)與ZFN技術(shù)組成了一大類強(qiáng)有力的基因組編輯工具，由一個(gè)可編碼的序列特異性DNA結(jié)合模塊與一個(gè)非特異性的DNA切割結(jié)構(gòu)域所組成，通過誘導(dǎo)DNA雙鏈斷裂來刺激容易出錯(cuò)的非同源末端連接或在特定基因所在的位置進(jìn)行的同源定向修復(fù)，完成一系列基因編輯操作。CRISPR技術(shù)是最新出現(xiàn)的一種基因組編輯工具，與其他基因組編輯工具相比，更易于操作，有更強(qiáng)的可擴(kuò)展性。

利用Web of Science數(shù)據(jù)庫，檢索2006～2016年的基因組編輯技術(shù)相關(guān)文獻(xiàn)（檢索時(shí)間為2016年11月8日，數(shù)據(jù)更新時(shí)間為2016年11月4日）。2006年以來，共獲得基因組編輯技術(shù)研究相關(guān)文獻(xiàn)8176篇。2015年發(fā)文量為1964篇，是2006年發(fā)文量（62篇）的31.68倍。2016年（數(shù)據(jù)截至2016年11月8日）為2145篇，已經(jīng)比2015年增長了9.22%。2006～2015年，基因組編輯技術(shù)研究發(fā)文量的平均年增長率為47.94%，發(fā)文量呈快速增長的趨勢（圖1）。

2 美國引領(lǐng)基因組編輯技術(shù)研究

2006～2016年全球發(fā)表的基因組編輯技術(shù)論文中，美國以4090篇的發(fā)文量位居世界第一，占全球該領(lǐng)域發(fā)文總量的50.02%。中國以992篇的發(fā)文量排名第二，占全球該領(lǐng)域發(fā)文總量的12.13%，發(fā)文量排名前五的國家還有德國、英國、日本（圖2）。

2006～2015年，基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前五的國家中，美國的發(fā)文量增長速度最快，從2006年的36篇增長到2015年的993篇（2016年數(shù)據(jù)不全，此處只做趨勢觀察，不做年度統(tǒng)計(jì)），發(fā)文量增長了近26.58倍，平均年增長率達(dá)44.90%。中國從2007年才開始有基因組編輯技術(shù)的相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道，發(fā)文量以緩慢的速度平穩(wěn)增長。2012年開始，中國的發(fā)文量快速增長，2014年達(dá)到189篇，超越德國，位居全球第二（圖3）。

2006～2016年，在基因組編輯技術(shù)領(lǐng)域，美國發(fā)表的論文的篇均被引頻次達(dá)到26.93次，h指數(shù)高達(dá)135，擁有較多的高質(zhì)量論文。中國盡管在發(fā)文量上排在全球第二，但其論文的總被引頻次只有15 416次，篇均被引頻次僅為15.54次，在發(fā)文量排名前十位的國家中排名靠后，而法國、加拿大、荷蘭、意大利、西班牙的篇均被引頻次都達(dá)到20次以上（表1）。

圖1 2006～2016年基因組編輯技術(shù)相關(guān)文獻(xiàn)年度分布

圖2 2006～2016年基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量前十國家分布

圖3 2006～2016年基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前五國家的發(fā)文量年度分布

2006～2016年，全球基因組編輯技術(shù)相關(guān)論文8176篇，總被引頻次為155 810次，篇均被引頻次為19.06次。將某一時(shí)間段各國論文的篇均被引頻次與該時(shí)間段全球篇均被引頻次相比，得到各國篇均被引頻次的相對數(shù)值，將這一指標(biāo)稱為標(biāo)準(zhǔn)引文影響指數(shù)（normalized citation impact，NCI），國際篇均被引頻次作為基線1，NCI可以從一個(gè)角度反映一個(gè)國家在該領(lǐng)域的研究水平。

發(fā)文量排名前十位的國家中，美國、法國、加拿大、荷蘭和西班牙在基因組編輯領(lǐng)域的研究高于全球平均水平，德國和意大利與全球平均水平相當(dāng)，英國略低于全球平均水平，而中國和日本的NCI分別為0.82和0.66，低于全球平均水平（圖4）。

3 中國研究機(jī)構(gòu)在基因編輯技術(shù)研究領(lǐng)域論文發(fā)文量表現(xiàn)突出

2006～2016年全球基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前十位的研究機(jī)構(gòu)如圖5所示。哈佛大學(xué)以390篇的發(fā)文量排名首位；中國科學(xué)院排名第二（260篇），是唯一進(jìn)入全球前十的中國研究機(jī)構(gòu)。

2006～2016年，基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前十的機(jī)構(gòu)中，美國麻省理工大學(xué)的篇均被引頻次最高，達(dá)到94.38次，其次是哈佛大學(xué)，篇均被引頻次為69.80次。中國科學(xué)院盡管發(fā)文量排名第二位，但篇均被引頻次僅為17.41次，與其他機(jī)構(gòu)相比，整體發(fā)文質(zhì)量仍有一定差距。從h指數(shù)來看，哈佛大學(xué)的h指數(shù)較高（74），擁有較多的高質(zhì)量論文（表2）。

表1 基因組編輯技術(shù)論文被引頻次前十國家分布

圖4 2006～2016 年基因組編輯技術(shù)發(fā)文量排名前十國家的NCI分布

圖5 2006～2016年全球基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前十機(jī)構(gòu)分布

2006～2016年，基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前十的中國機(jī)構(gòu)中，中國科學(xué)院以260篇的發(fā)文量排名第一，占中國基因組編輯技術(shù)研究論文總量的26.21%。從h指數(shù)來看，中國科學(xué)院的h指數(shù)為31，遙遙領(lǐng)先于其他國內(nèi)機(jī)構(gòu)。清華大學(xué)的篇均被引頻次最高，達(dá)到64.10次，其次是北京大學(xué)，篇均被引頻次為38.01次。這兩所高校在基因組編輯技術(shù)領(lǐng)域的論文總體質(zhì)量較高（表3）。

4 基因組編輯技術(shù)領(lǐng)域的革命性技術(shù)——CRISPR技術(shù)

為了研究基因組編輯的技術(shù)發(fā)展路徑，運(yùn)用信息可視化軟件CiteSpace 繪制知識圖譜并計(jì)量分析數(shù)據(jù)，對2006～2016年基因組編輯相關(guān)文獻(xiàn)的共被引和關(guān)鍵詞共現(xiàn)情況進(jìn)行分析（圖6），梳理基因組編輯的技術(shù)路徑，可以看出，CRISPR技術(shù)無疑是基因組編輯技術(shù)領(lǐng)域的革命性突破。CiteSpace是應(yīng)用于Java 環(huán)境下的可視化軟件，基于對特定領(lǐng)域文獻(xiàn)集合的計(jì)量，通過知識圖譜的繪制，能夠?qū)RISPR技術(shù)的知識結(jié)構(gòu)、研究演進(jìn)以及熱點(diǎn)和前沿主題進(jìn)行定量與定性分析。

CRISPR是一類廣泛分布于細(xì)菌和古菌基因組中的重復(fù)結(jié)構(gòu)。研究表明，CRISPR與一系列相關(guān)蛋白、前導(dǎo)序列一起，能為原核生物提供對抗噬菌體等外源基因的獲得性免疫能力。這種結(jié)構(gòu)的作用機(jī)理可能與真核生物的RNA干擾過程類似，最早于1987年在大腸桿菌（Escherichia coli）K12的凋亡蛋白抑制因子（inhibitor of apoptosis protein）基因側(cè)翼序列中被發(fā)現(xiàn) 。2005年左右，CRISPR位點(diǎn)附近高度保守的Cas基因（CRISPR-associated genes）引起了研究者關(guān)注。Cas基因是一類基因家族，編碼具有核酸酶和解旋酶結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)。2005年，Daniel等[2]在原核生物中發(fā)現(xiàn)了基因序列中包含45個(gè)CRISPR-Cas系統(tǒng)的蛋白家族和多個(gè)CRISPRCas亞型的集合，這些集合顯示了高度的靈敏性和特異性。2007年3月，Barrangou等[3]在《Science》上發(fā)表文章稱，CRISPR與Cas構(gòu)成的CRISPR-Cas系統(tǒng)能夠使細(xì)菌抵抗噬菌體，從而免受病毒和質(zhì)粒侵害，在此基礎(chǔ)上，研究人員逐步探明了CRISPR-Cas系統(tǒng)詳細(xì)的免疫機(jī)制，為CRISPR-Cas系統(tǒng)發(fā)展成為通用的RNA介導(dǎo)的可編程DNA核酸內(nèi)切酶輔平了道路，這篇文章成為了CRISPRCas系統(tǒng)作為基因組編輯工具的奠基性研究。隨后，科學(xué)家們陸續(xù)對CRISPR-Cas的作用機(jī)制進(jìn)行了深入研究，例如2008年荷蘭瓦赫寧根大學(xué)的Brouns等[4]發(fā)表在《Science》上的文章，報(bào)道了原核生物中小CRISPR RNA（small CRISPR RNAs）介導(dǎo)的抗病毒防御，闡述了包含在CRISPR-Cas中的病毒衍生序列如何使用來自宿主的CRISPR相關(guān)蛋白Cas介導(dǎo)抵抗感染的抗病毒反應(yīng)。直到2012年8月，加州大學(xué)伯克利分校的Jinek等[5]發(fā)表在《Science》雜志上的文章，正式提出利用RNA介導(dǎo)CRISPR-Cas系統(tǒng)可實(shí)現(xiàn)基因組編輯，證明CRISPRCas系統(tǒng)可作為基因組編輯工具，CRISPR-Cas基因組編輯技術(shù)瞬間吸引了全球研究者的目光。該文章被引用1290次，成為近幾年來CRISPR技術(shù)大熱的起點(diǎn)。

表2 2006～2016年基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前十機(jī)構(gòu)的被引頻次及h指數(shù)

表3 2006～2016年基因組編輯技術(shù)論文發(fā)文量排名前十的中國機(jī)構(gòu)的被引頻次及h指數(shù)

圖6 基因組編輯技術(shù)文獻(xiàn)的共被引知識圖譜示意

5 有效性驗(yàn)證和應(yīng)用研究是基因組編輯技術(shù)研究的熱點(diǎn)

利用作者從論文中抽取用于表征論文的主題特征的關(guān)鍵詞，可以分析出一定研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)和前沿主題。在CiteSpace軟件中，選擇網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)類型為“keywords”（關(guān)鍵詞），參數(shù)閾值設(shè)置為“top 50”（每年出現(xiàn)頻次最高的前50 位關(guān)鍵詞），繪制關(guān)鍵詞共現(xiàn)知識圖譜（圖7）。分析2006～2016年基因組編輯技術(shù)相關(guān)的8176篇文獻(xiàn)，共出現(xiàn)14 142個(gè)關(guān)鍵詞。綜合來看，2006～2013年，頻次和中介中心性較高的關(guān)鍵詞分別是zinc f nger nuclease（鋅指核酸酶 ）、DNA express system（DNA表達(dá)系統(tǒng)）、Escherichia coli（大腸桿菌）、DNA binding specif city（DNA結(jié)合特異性）、homologous recombination（同源重組）、雙鏈斷裂fragment-length-polymorphism（片段多態(tài)性）、endonuclease（核酸內(nèi)切酶）等。這期間的研究熱點(diǎn)在于對上一代基因組編輯技術(shù)ZFNs、TALANs等的深入研究和對CRISPR技術(shù)的分子機(jī)制研究。2013年以后的高頻詞和高中介中心性關(guān)鍵詞為prokaryote（原核細(xì)胞）、mice（ 小 鼠）、mammalian cell（哺乳細(xì)胞）、CRISPR/Cas9、pluripotent stem cell（多能干細(xì)胞）等，研究熱點(diǎn)集中在以CRISPR技術(shù)為代表的基因組編輯技術(shù)在不同系統(tǒng)中的有效性驗(yàn)證及應(yīng)用。

2013年以來，基因組編輯技術(shù)領(lǐng)域不斷取得突破性進(jìn)展，大部分都是圍繞CRISPR技術(shù)展開?？茖W(xué)家們紛紛在細(xì)菌、斑馬魚、小鼠、小麥、水稻、哺乳動物甚至人類等不同生物系統(tǒng)上驗(yàn)證CRISPR的有效性，例如，Hsu等[6]利用產(chǎn)膿鏈球菌（Streptococcus pyogenes）中的Cas酶（SpCas）和RNA，在小鼠和人類細(xì)胞的DNA中進(jìn)行了插入、修改、敲除基因片段，首次證明了Cas9核酸酶能用于哺乳動物細(xì)胞基因組的編輯；Cong等[7]將多個(gè)引導(dǎo)序列編碼到單個(gè)CRISPR陣列中，使得能夠同時(shí)編輯小鼠基因組內(nèi)的多個(gè)位點(diǎn)，展示CRISPR技術(shù)在小鼠體內(nèi)進(jìn)行多位點(diǎn)編輯的有效性；Jiang等[8]利用CRISPR-Cas系統(tǒng)進(jìn)行RNA指導(dǎo)的細(xì)菌基因組編輯，利用Cas9核酸內(nèi)切酶結(jié)合雙股RNA在肺炎鏈球菌和大腸埃希氏菌基因組中實(shí)現(xiàn)精確的基因突變；Hwang等[9]發(fā)現(xiàn)細(xì)菌II型CRISPR-Cas能夠在斑馬魚胚胎中誘導(dǎo)產(chǎn)生靶向遺傳修飾，其效果與ZFN和TALEN的效果相類似；Ding等[10]利用CRISPR技術(shù)進(jìn)行人多能干細(xì)胞基因組編輯，并指出CRISPR較ZFN和TALEN具有極大的優(yōu)勢，CRISPR更易于操作，也具有更強(qiáng)的擴(kuò)展性；Shan等[11]利用CRISPR-Cas系統(tǒng)定點(diǎn)突變了水稻和小麥兩個(gè)作物的OsPDS和TaMLO等5個(gè)基因，首次證實(shí)CRISPR-Cas系統(tǒng)能夠用于植物的基因組編輯；Niu等[12]利用CRISPR技術(shù)實(shí)現(xiàn)猴的基因編輯，提示該技術(shù)進(jìn)行人基因組編輯的可能性。

圖7 基因組編輯技術(shù)的關(guān)鍵詞共現(xiàn)知識圖譜示意

同時(shí)，以CRISPR為代表的基因組編輯技術(shù)在疾病治療、動植物品種改造等應(yīng)用方面的研究也取得較大進(jìn)展。研究人員已經(jīng)利用CRISPR技術(shù)在疾病治療領(lǐng)域取得諸多突破，包括構(gòu)建衰老模型[13]、改造艾滋病毒[14]等，尤其是成功編輯T細(xì)胞[15]，為與自身免疫相關(guān)的1型糖尿病、艾滋病、癌癥等多發(fā)性疾病提供了新的治療途徑。在癌癥治療領(lǐng)域，研究人員利用CRISPR技術(shù)鑒別和篩選癌癥相關(guān)基因[16]、精準(zhǔn)控制基因表達(dá)[17]、構(gòu)建癌癥類器官[18]等。此外，CRISPR也可用于設(shè)計(jì)干細(xì)胞，開發(fā)疾病研究和藥物測試模型[19]，并有望應(yīng)用到誘導(dǎo)多能干細(xì)胞中[20]，實(shí)現(xiàn)個(gè)性化的干細(xì)胞治療，造福多種遺傳學(xué)疾病的患者。在動植物分子育種方面，在利用CRISPR-Cas系統(tǒng)定點(diǎn)突變了水稻和小麥基因的基礎(chǔ)上，Ji等[21]利用CRISPR-Cas特異識別病毒和外源DNA的特性，將CRISPR切割系統(tǒng)引入植物，在植物中建立了DNA病毒防御體系；CRISPR技術(shù)也被廣泛用于山羊、豬、狗等動物品種的改良上。除了應(yīng)用于疾病治療和物種改良，CRISPR在其他應(yīng)用領(lǐng)域也發(fā)揮著重要的作用，如銷除“轉(zhuǎn)基因”生物中特定序列[22]、光控CRISPR-Cas9系統(tǒng)[23]、制備新型gRNA文庫[24]等。

在多種系統(tǒng)中成功應(yīng)用CRISPR技術(shù)之后，科學(xué)家們更加關(guān)注CRISPR技術(shù)應(yīng)用于人類基因組編輯。2015年，我國中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院黃軍就在《Protein & Cell》雜志發(fā)表文章稱，其團(tuán)隊(duì)成功修改了人類胚胎的DNA，為治療地中海貧血癥提供了可能[25]。這是CRISPR技術(shù)首次應(yīng)用于人類胚胎編輯，盡管引發(fā)了基因組編輯技術(shù)倫理和監(jiān)管問題的巨大爭議，但仍是該基因組編輯技術(shù)應(yīng)用研究的重要突破，黃軍就也因此入選了《Nature》2015年度十大人物。

6 總結(jié)與展望

隨著基因組編輯技術(shù)飛速發(fā)展，尤其是CRISPR技術(shù)的不斷應(yīng)用與探索，相關(guān)研究發(fā)文量逐年迅速增長。美國引領(lǐng)了基因組編輯技術(shù)的研究，其發(fā)文量占全球發(fā)文量的近一半，且發(fā)文質(zhì)量整體水平較高。中國后來居上，在基因組編輯領(lǐng)域的研究實(shí)力強(qiáng)勁，尤其是中國科學(xué)院，在發(fā)文量上僅次于哈佛大學(xué)，其發(fā)文整體實(shí)力與高質(zhì)量論文量在國內(nèi)也處于領(lǐng)先地位?；蚪M編輯技術(shù)發(fā)展過程中，CRISPR技術(shù)無疑是該領(lǐng)域的革命性技術(shù)。

近年來，基因組編輯的研究熱點(diǎn)都圍繞著CRISPR技術(shù)展開，從作用機(jī)制到不同系統(tǒng)的有效性驗(yàn)證，再到技術(shù)應(yīng)用，基因組編輯的應(yīng)用潛力不斷被挖掘，在藥物開發(fā)、疾病治療、動植物改造等領(lǐng)域發(fā)揮著越來越重要的作用。利用基因組編輯技術(shù)尋找、確定和制備藥物篩選靶（分子藥靶）已成為新藥研發(fā)的新思路；基因組編輯技術(shù)越來越普遍地用于作物育種。此外，研究人員也在不斷探索如何減少基因組編輯技術(shù)的脫靶效應(yīng)，提高系統(tǒng)效率和特異性，尋找更高效的編輯系統(tǒng)或工具等，對脫靶效應(yīng)的研究使得該技術(shù)更為精準(zhǔn)，“精準(zhǔn)基因組編輯”正逐步實(shí)現(xiàn)。而具有多重功能或更大識別序列的新系統(tǒng)也在不斷被發(fā)現(xiàn)。此外，隨著基因組編輯技術(shù)成功應(yīng)用于人類胚胎，該技術(shù)的快速發(fā)展所帶來的倫理和監(jiān)管問題也得到廣泛關(guān)注和探討。

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Development trend analysis of genome editing technologies based on bibliometric

WANG Huiyuan1，YUAN Tianwei1，RUAN Liangliang2，3，XIONG Yan1

1. Shanghai Information Center for Life Sciences, CAS, Shanghai 200031, China
2. Shanghai Clinical Research Center, Shanghai 200032, China
3. Shanghai Engineering Research Center of Biobank, Shanghai 200031, China

In recent years, new genome editing technologies represented by CRISPR based on novel and eff cient DNA targets have been widely applied in biology and life science research area. Based on SCI-Expanded database in Web of Science and Citespace analysis software, development trend of genome editing is analyzed through bibliometric analysis methods.

genome editing; CRISPR; bibliometric; CiteSpace

10.3969/j.issn.1674-0319.2017.01.002

王慧媛，碩士，館員。主要從事生命科學(xué)及相關(guān)領(lǐng)域?qū)W科情報(bào)和戰(zhàn)略情報(bào)研究。

E-mail：hywang1213@sibs.ac.cn

國家自然科學(xué)基金委員會-中國科學(xué)院學(xué)科發(fā)展戰(zhàn)略研究合作項(xiàng)目（L1222037），上海市科學(xué)技術(shù)委員會科研計(jì)劃項(xiàng)目（15DZ2292100，16DZ0500600）