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        基于SSR標(biāo)記的新疆野杏群體遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)

        2016-11-04 06:23:08包文泉烏云塔娜杜紅巖
        西北植物學(xué)報(bào) 2016年9期
        關(guān)鍵詞:新源縣等位基因分化

        包文泉,烏云塔娜*,王 淋,趙 罕,杜紅巖

        (1 國家林業(yè)局泡桐研究開發(fā)中心,鄭州450003;2 中國林業(yè)科學(xué)研究院經(jīng)濟(jì)林研究開發(fā)中心,鄭州450003)

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        基于SSR標(biāo)記的新疆野杏群體遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)

        包文泉1,2,烏云塔娜1,2*,王淋1,2,趙罕1,2,杜紅巖1,2

        (1 國家林業(yè)局泡桐研究開發(fā)中心,鄭州450003;2 中國林業(yè)科學(xué)研究院經(jīng)濟(jì)林研究開發(fā)中心,鄭州450003)

        利用27對(duì)SSR分子標(biāo)記對(duì)新疆4個(gè)野杏群體遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,評(píng)價(jià)新疆野杏遺傳多樣性水平和分化程度,為新疆野杏合理保護(hù)與利用提供科學(xué)依據(jù)。結(jié)果顯示:(1)27對(duì)SSR引物共檢測(cè)到431個(gè)等位基因(Na),各位點(diǎn)平均等位基因數(shù)(Na)和多態(tài)性信息含量(PIC)分別為15.96和0.84;物種水平上Shannon’s信息指數(shù)(I)和期望雜合度(He)分別為2.21和0.78。(2)群體水平上等位基因數(shù)(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannon’s信息指數(shù)(I)、期望雜合度(He)和觀察雜合度(Ho)分別為10.98、5.85、1.92、0.79和0.55;其中新源縣野杏群體遺傳多樣性最豐富,鞏留縣群體遺傳多樣性最低。(3)基于F統(tǒng)計(jì)量分析的遺傳分化系數(shù)(Fst)為0.05,基因流(Nm)為5.26;分子方差分析顯示新疆野杏群體大部分遺傳變異來自群體內(nèi)(95.4%),群體間的遺傳變異僅占4.6%。(4)新疆野杏群體遺傳距離為0.06~0.49,平均為0.24;遺傳相似度為0.61~0.94,平均為0.80;遺傳相似度的聚類分析和遺傳距離的主坐標(biāo)分析結(jié)果一致,均將供試4個(gè)群體劃分為兩組;Mantel檢測(cè)顯示,新疆野杏群體遺傳距離與地理距離無顯著相關(guān)(r=0.332,P=0.16)。研究表明,新疆野杏資源具有豐富的遺傳多樣性,群體遺傳分化程度較低,群體間遺傳距離較小,這與新疆野杏群體的大小和悠久的演化歷史以及群體間頻繁的基因交流相關(guān)。

        野杏;SSR;遺傳多樣性;遺傳結(jié)構(gòu)

        新疆野杏(ArmeniacavulgarisLam.)屬于薔薇科(Rosaceae)杏屬(Armeniaca)植物[1],是中國珍貴野生果樹資源之一,通常被認(rèn)為是世界栽培杏的原種,對(duì)栽培杏的演化起過重要作用[2]。伊犁位于新疆維吾爾自治區(qū)北天山之中,具有廣闊的山間平原盆地和河谷地,日照充足、降雨量充沛,土壤肥沃,其獨(dú)特的自然地理環(huán)境為野杏的分布演化提供了極有利的生態(tài)條件,孕育著豐富的野杏資源,可為中國杏資源的改良及其新品種選育提供重要的遺傳基礎(chǔ)[3]。已有學(xué)者基于葉片、果實(shí)和核仁等重要性狀指標(biāo)及ISSR分子標(biāo)記,分析新疆野杏不同群體遺傳多樣性和變異特征[4-5]。但形態(tài)指標(biāo)易受環(huán)境影響,而ISSR作為顯性分子標(biāo)記,所能揭示的遺傳信息量有限。SSR(simple sequence repeat)分子標(biāo)記技術(shù)具有共顯性、特異性強(qiáng)和多態(tài)性高等優(yōu)點(diǎn),能夠很好地滿足遺傳多樣性等研究要求[6],是目前大家所用最多并且較為理想的分子標(biāo)記,它能避免環(huán)境因素的干擾,也能夠有效克服AFLP標(biāo)記的復(fù)雜性、RAPD標(biāo)記的重復(fù)性差以及ISSR標(biāo)記的顯性等缺點(diǎn)。近年來SSR技術(shù)在果樹遺傳分析中得到廣泛應(yīng)用[7-9],但在新疆野杏資源中的應(yīng)用較少。本研究以80份新疆野杏種質(zhì)為研究材料,利用SSR分子標(biāo)記對(duì)其遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,為新疆

        野杏種質(zhì)資源的合理保護(hù)與利用提供科學(xué)依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1材料來源

        新疆野杏種質(zhì)(表1)均采于2013年6月。包括新疆伊犁4個(gè)野杏群體的80個(gè)個(gè)體;每個(gè)群體采集20個(gè)單株,分別進(jìn)行GPS定位,相鄰株間至少相距50 m左右,選取幼嫩葉片,迅速放入液氮,保存于-80 ℃低溫冷藏冰箱,備提取DNA。

        1.2SSR分析

        采用改良CTAB法[10],提取基因組DNA,用1%瓊脂糖凝膠電泳及分光光度計(jì)檢測(cè)含量及純度后,將濃度調(diào)至50 ng·μL-1,保存于-80 ℃度低溫冷藏冰箱備用。

        根據(jù)已報(bào)導(dǎo)的桃屬植物SSR引物,篩選出多態(tài)性高、重復(fù)性好的27對(duì)用于本研究(表2);PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系為20 μL混合體系,由1 μL DNA模板(10~20 ng·μL-1),0.2 μL 2×Tab Master Mix,2 μL 10×buffer,0.5 μL dNTP(2.5 mmol·L-1)、DMSO(10%)、熒光正向引物和反向引物(0.8 μmol·L-1),14.8 μL無菌去離子水(ddH2O);反應(yīng)條件為:95 ℃預(yù)變性5 min;95 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,30次循環(huán);95 ℃變性30 s,54 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,15次循環(huán);72 ℃終延伸5 min。SSR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)由DNA分析儀(ABI 3500XL)進(jìn)行檢測(cè),利用Gene-Marker軟件(Soft Genetics LLC,USA)讀取結(jié)果,并記錄每個(gè)位點(diǎn)片段大小。

        表1 新疆野杏種質(zhì)資源信息Table 1 Information of wild apricot resources in Xinjiang

        1.3數(shù)據(jù)分析

        基于Data Formater 2.7.2軟件[11]將SSR熒光毛細(xì)管電泳原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成后期數(shù)據(jù)分析軟件運(yùn)行格式,利用GenAlEx軟件[12]計(jì)算等位基因數(shù)(Na)、有效等位基因數(shù)(Ne)、Shannon’s信息指數(shù)(I)、期望雜合度(He)、觀察雜合度(Ho)、遺傳距離(D)、遺傳相似度(I)、F-統(tǒng)計(jì)量(F-statistics)、基因流(Nm)和等位基因頻率。多態(tài)性信息含量(PIC)通過公式PIC=1-∑fij2計(jì)算(fij為第i個(gè)位點(diǎn)第j個(gè)等位基因出現(xiàn)的頻率)。利用Arlequin 3.5軟件[13]進(jìn)行哈迪-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)檢測(cè)和分子方差分析(AMOVA)。由經(jīng)緯度計(jì)算群體間的地理距離(km),采用TFPGA軟件[14]進(jìn)行Mantel檢測(cè),分析地理距離和遺傳距離的相關(guān)性;聚類分析利用NTSYS pc version 2.10e軟件[15],根據(jù)Nei’s遺傳相似系數(shù),用UPGMA法完成。主坐標(biāo)分析(PCoA)以遺傳距離做參數(shù),應(yīng)用GenAlEx軟件[12]完成。

        2 結(jié)果與分析

        2.1群體遺傳多樣性

        基于27對(duì)SSR引物對(duì)供試80份新疆野杏種質(zhì)進(jìn)行毛細(xì)管電泳檢測(cè),結(jié)果(圖1)表明,各引物目的片段清晰,結(jié)果準(zhǔn)確可靠。27個(gè)SSR位點(diǎn)遺傳多樣性分析結(jié)果(表2)可知,27個(gè)位點(diǎn)共檢測(cè)到431個(gè)等位基因,各位點(diǎn)等位基因數(shù)從9個(gè)(MA020A)到27個(gè)(UDP98-021),平均每個(gè)位點(diǎn)等位基因數(shù)為15.96個(gè);27個(gè)SSR位點(diǎn)多態(tài)性信息含量(PIC)為0.48~0.92,均值為0.84,說明新疆野杏遺傳多樣性豐富,個(gè)體間遺傳變異較大。各群體遺傳多樣性分析結(jié)果(表3)可知,在物種水平,平均等位基因數(shù)(Na)、有效等位基因數(shù)(Ne)、期望雜合度(He)、觀察雜合度(Ho)和Shannon’s信息指數(shù)(I)分別為10.98、5.85、0.79、0.55和1.92。在群體水平上,新源縣遺傳多樣性最高(Ne=6.38,He=0.82,I=1.97),鞏留縣最低(Ne=5.55,He=0.75,I=1.89)。

        2.2群體遺傳分化

        F統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示,新疆野杏在不同SSR位點(diǎn)的遺傳分化系數(shù)(Fst)存在差異(表2),遺傳分化系數(shù)范圍為0.03~0.10, 均值為0.05, 說明5%遺傳變異存在于群體間,絕大部分遺傳變異存在于群體內(nèi)部;分子方差分析結(jié)果表明(表4),新疆野杏遺傳變異主要存在于群體內(nèi)(95.4%),而群體間的遺傳變異僅占4.6%。通過Hardy-Weinbery檢測(cè)顯示4個(gè)群體均處于平衡狀態(tài)(表3),表明新疆野杏群體受人類活動(dòng)和環(huán)境變化的影響較小。近交系數(shù)是評(píng)價(jià)群體偏離哈迪-溫伯格平衡的程度,通過對(duì)新疆野杏近親繁殖檢測(cè)可知(表3),4個(gè)群體近交系數(shù)(F)均大于0(0.28~0.38),平均為0.31,表明新疆野杏群體均表現(xiàn)雜合子不足,群體內(nèi)近親繁殖比較多。群體總基因流(Nm)為5.26,其中,鞏留縣與霍城縣群體間遺傳分化最大(Fst=0.06),基因流最小(Nm=4.16);新源縣與伊寧縣群體遺傳分化最小(Fst=0.03),基因流最大(Nm=15.69);表明新疆野杏群體間遺傳分化程度較低,群體間存在頻繁的基因交流。

        2.3群體遺傳關(guān)系

        根據(jù)Nei’s遺傳距離(D)和遺傳相似度(I)(表5)可知,新疆4個(gè)野杏群體遺傳距離為0.06~0.49,平均值為0.24,遺傳相似度為0.61~0.94,平均值為0.80,表明新疆野杏群體間親緣關(guān)系較近,其中新源縣與伊寧縣群體遺傳距離最小,遺傳相似度最大;霍城縣與鞏留縣群體遺傳距離最大,遺傳相似度最??;依據(jù)遺傳相似系數(shù)構(gòu)建的UPGMA聚類分析(圖2),在相似系數(shù)0.70位置,可將供試群體劃分為2組,其中新源縣、伊寧縣和霍城縣群體聚為一組,而鞏留縣群體單獨(dú)分為一組。通過Mantel檢測(cè)結(jié)果可知,遺傳距離與地理距離無顯著相關(guān)(r=0. 332,P=0.16)。

        圖1 樣品277(新源縣)在MA007a處擴(kuò)增的毛細(xì)管電泳檢測(cè)Fig.1 Capillary electropherogram obtained by MA007a of 277 (Xinyuanxian)表2 27個(gè)SSR位點(diǎn)的遺傳分析結(jié)果Table 2 Genetic analysis of twenty-seven SSR loci

        位點(diǎn)LocusNaIHoHeFisFitFstNmPICUDP98-409[13]20.002.700.380.870.600.620.054.340.92UDP96-003[13]18.002.620.840.870.030.060.037.570.92UDP97-401[13]11.002.020.490.780.350.380.054.690.84UDP97-402[13]16.002.100.460.760.370.410.063.970.83UDP98-406[13]20.002.620.850.870.060.090.038.660.91UDP98-021[13]27.002.300.400.730.760.770.054.900.77UDP98-412[13]10.001.400.320.620.410.440.054.550.67BPPCT002[16]16.002.250.560.760.160.210.073.580.86BPPCT004[16]19.002.560.760.850.090.130.054.790.90BPPCT007[16]18.002.530.810.850.030.070.045.500.90BPPCT008[16]16.002.430.740.870.200.220.039.660.89BPPCT023[16]12.002.260.450.830.560.600.102.300.88Pchgms3[17]11.001.160.100.430.280.320.063.740.48Pchgms4[17]15.002.090.690.780.340.380.054.520.82Pchgms5[17]14.002.290.590.810.490.520.054.560.88pchgms12[17]18.002.470.480.790.320.360.054.500.88aprigms18[18]17.002.310.530.820.290.320.045.370.88aprigms24[18]21.002.570.580.830.810.810.037.130.90MA007A[19]20.002.390.530.770.220.240.038.250.87MA020A[19]9.001.540.310.690.190.220.045.670.75MA039A[19]14.001.800.100.710.290.330.064.290.76M6a[19]12.001.770.450.690.470.510.082.770.75PMS2[20]20.002.480.700.810.330.370.063.740.88PMS67[20]15.002.480.720.860.380.430.082.900.90ASSR71[21]11.001.820.610.680.120.170.054.380.80ASSR72[21]11.002.020.600.790.290.320.046.060.83PCEGA25[21]20.002.640.810.870.070.090.039.550.91均值/Mean15.962.210.550.780.310.350.055.260.84

        注:Na. 等位基因;I. Shannon’s信息指數(shù);Ho. 觀察雜合度;He. 期望雜合度;Fis. 居群內(nèi)繁育系數(shù);Fit. 總居群內(nèi)繁育系數(shù);Fst. 遺傳分化系數(shù);Nm. 基因流;PIC. 多樣性信息指數(shù)

        Note:Na. Number of alleles;I. Shannon’0.s Information Index;Ho. Observed heterozygosity;He. Expected heterozygosity;Fis. Inbreeding coefficient at the population level;Fit. Inbreeding coefficient at the total sample level;Fst. Proportion of differentiation among populations;Nm. Gene flow;PIC. Polymorphism information content

        表3 新疆野杏群體遺傳多樣性Table 3 Genetic diversity of wild apricot populations in Xinjiang

        注:Ne. 有效等位基因數(shù);F. 近交系數(shù);HWE. 哈代-溫伯格平衡

        Note:Ne. Effective number of alleles;F. Inbreeding coefficient;HWE. Hardy-Weinberg equilibrium

        表4 27個(gè)SSR位點(diǎn)分子方差分析Table 4 Analysis of molecular variance (AMOVA) average across 27 SSR loci

        表5 群體間遺傳相似度(對(duì)角線上方)和遺傳距離(對(duì)角線下方)Table 5 Genetic identity (above diagonal) and genetic distance (below diagonal) among populations

        圖2 遺傳相似度UPGMA聚類分析Fig.2 UPGMA dendrogram based on genetic identity

        為了進(jìn)一步探討新疆野杏群體間的遺傳關(guān)系,利用遺傳距離進(jìn)行主坐標(biāo)分析(PCoA)(圖3),結(jié)果與聚類分析結(jié)果基本一致,都將80個(gè)供試材料劃分為2組,第Ⅰ組包括新源縣、伊寧縣和霍城縣群體的60個(gè)單株;第Ⅱ組包括鞏留縣群體的20個(gè)單株。

        圖3 杏群體主坐標(biāo)分析Fig.3 Principal coordinates analysis of apricot populations

        3 討 論

        3.1群體遺傳多樣性

        遺傳多樣性是物種所攜帶遺傳信息的總和,遺傳多樣性高的物種,可更好地適應(yīng)環(huán)境;相反,則更容易受到環(huán)境影響[22]。新疆野杏作為世界栽培杏原始種,具有極高的營養(yǎng)價(jià)值、藥用價(jià)值和觀賞價(jià)值。本研究基于27對(duì)SSR分子標(biāo)記,對(duì)新疆4個(gè)野杏群體進(jìn)行遺傳多樣性分析,共檢測(cè)到431個(gè)等位基因,平均每位點(diǎn)15.96個(gè)。4個(gè)野杏群體平均有效等位基因數(shù)(Ne)、期望雜合度(He)和Shannon’s信息指數(shù)(I)分別為5.85、0.79和1.92,高于章秋平等[23]利用SSR標(biāo)記對(duì)華北生態(tài)區(qū)普通杏研究結(jié)果(He=0.67,I=1.44)和何天明等[2]利用SSR標(biāo)記對(duì)新疆普通杏研究結(jié)果(He=0.29,I=0.43),表明新疆野杏具有豐富的遺傳多樣性,與劉娟等[4-5]研究結(jié)果相一致;與其它野生資源相比,如王滑等[24]利用SSR對(duì)中國天然核桃(JuglansregiaLinn.)研究(Ne=2.81、He=0.61),新疆野杏仍表現(xiàn)出較高的遺傳多樣性。這可能與居群的大小相關(guān),新疆野杏在伊犁分布廣泛,常與野蘋果成混交林,居群面積較大。此外,作為多年生野生資源,長期的演化和擴(kuò)散,使其累積了豐富的遺傳變異。因此,居群面積大以及悠久的演化歷史是新疆野杏遺傳多樣性高的主要原因。

        3.2群體遺傳分化和遺傳結(jié)構(gòu)

        遺傳分化是由于遺傳漂變和基因流隔離引起的基因頻率和雜合性的變化。根據(jù)Wright[25]提出的遺傳分化系數(shù)(Fst)小于0.25,表明群體遺傳分化較低,本研究F統(tǒng)計(jì)(Fst=0.05)和方差分析(Fst=0.046)結(jié)果顯示,新疆野杏群體間遺傳分化程度較低,遺傳變異主要來自于群體內(nèi)(95.4%)。劉娟等[4]利用ISSR標(biāo)記研究指出新疆野杏群體遺傳分化程度較低(Fst=0.14),Wang等[26]研究表明中國野山杏群體遺傳分化程度較低(0.06),均與本研究結(jié)果相吻合。

        基因流是揭示物種間的基因滲透以及遺傳分化的重要指標(biāo),其強(qiáng)弱對(duì)群體遺傳分化具有重要影響,基因流大于1時(shí)能有效阻止遺傳漂變引起的遺傳分化,反則,難以抵制群體內(nèi)遺傳漂變引起的遺傳分化[25]。新疆野杏分布連續(xù),生境片段化不嚴(yán)重,其基因流主要通過蟲媒傳花粉、人類及野生動(dòng)物對(duì)野杏種子的取食和儲(chǔ)藏等擴(kuò)散方式來完成[27]。本研究中新疆野杏群體總基因流為5.26,表明新疆野杏群體間存在頻繁的基因交流,有效削弱了遺傳漂變引起的遺傳分化;同時(shí),新疆野杏群體存在雜合子缺失現(xiàn)象,這可能與新疆野杏較高的近交率(F=0.31)相關(guān);說明新疆野杏受環(huán)境影響,群體可能正經(jīng)歷著遺傳多樣性的喪失,今后需要加大樣品進(jìn)一步深入研究和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

        UPGMA聚類分析和主坐標(biāo)分析均將4個(gè)野杏群體劃分為2組,與Mantel檢測(cè)結(jié)果一致,即新疆野杏群體遺傳距離與地理距離無顯著相關(guān)(r=0.332,P=0.16)。劉娟等[4-5]通過對(duì)新疆野杏群體研究,指出新源縣和霍城縣群體親緣關(guān)系較近,而鞏留縣群體與上述兩個(gè)群體親緣關(guān)系較遠(yuǎn);本研究將鞏留縣群體單獨(dú)分為一組,與其它3個(gè)群體遺傳關(guān)系較遠(yuǎn),具有明顯的特異性,而新源縣、霍城縣和伊寧縣3個(gè)群體遺傳多樣性相對(duì)較高,親緣關(guān)系較近,結(jié)合主坐標(biāo)分析可知,此3個(gè)群體間存在明顯遺傳混雜,但與鞏留縣具有明顯的分化。鞏留縣位于新疆西北部,被伊什格力克和那拉提山包圍,阻礙了鞏留縣野杏與外界的基因交流(鞏留縣群體與新源縣、霍城縣和伊寧縣的平均基因流為4.85),從而表現(xiàn)較低的遺傳多樣性和獨(dú)特的地理區(qū)域特征;然而新源縣、霍城和伊寧縣3個(gè)群體生境連續(xù)相連,基因交流較容易(新源縣、霍城縣和伊寧縣3個(gè)群體的平均基因流為11.30),從而表現(xiàn)較高的遺傳多樣性和較近的遺傳關(guān)系。綜上可知,群體間頻繁的基因流是影響新疆野杏群體遺傳特征的主要因素。

        綜上所述,基于27對(duì)SSR引物對(duì)新疆野杏群體遺傳特征研究結(jié)果顯示,新疆野杏具有豐富的遺傳多樣性,與新疆野杏居群面積大和悠久的演化歷史相關(guān)。新疆野杏遺傳變異主要來自群體內(nèi)部,而群體間遺傳分化程度較低,這與新疆野杏生境分布連續(xù)、自身生物學(xué)特征、人類及野生動(dòng)物對(duì)野杏種子的儲(chǔ)藏等因素共同作用下的群體間較高的基因流相關(guān)。遺傳關(guān)系分析顯示,新疆野杏群體間遺傳距離較近,遺傳相似度較高。因此,應(yīng)重點(diǎn)保護(hù)遺傳多樣性高的群體,如新源縣群體,同時(shí)也要加強(qiáng)保護(hù)一些特異群體,避免一些特殊基因消失,如鞏留縣群體。在確定新疆野杏的地理分布、群體特點(diǎn)和生態(tài)學(xué)特性的基礎(chǔ)上,構(gòu)建新疆野杏保護(hù)區(qū),科學(xué)保護(hù)和利用新疆野杏資源,對(duì)培育或改良新杏品種具有重要意義。

        [1]俞德俊. 落葉果樹分類學(xué)[M]. 上海: 上海科學(xué)技術(shù)出版社, 1984.

        [2]何天明. 中國普通杏(Prunusarmeniaca)種質(zhì)資源遺傳多樣性及紫杏(P.dasycarpa)起源研究[D]. 山東泰安: 山東農(nóng)業(yè)大學(xué), 2005.

        [3]王 磊. 新疆野蘋果和新疆野杏[J]. 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué), 1989,6(1): 33-34.

        WANG L. Xinjiang wild apple and Xinjiang wild apricot[J].XinjiangAgriculturalSciences, 1989,6(1): 33-34.

        [4]劉娟, 廖康, 趙世榮, 等. 新疆野杏種質(zhì)資源遺傳多樣性及親緣關(guān)系的ISSR分析[J]. 新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào), 2015,38(2): 105-113.

        LIU J, LIAO K, ZHAO S R,etal. Analysis of genetic diversity and genetic relationship of wild apricot germplasm in Xinjiang by ISSR markers[J].JournalofXinjiangAgriculturalUniversity, 2015,38(2): 105-113.

        [5]劉娟, 廖康, 劉歡, 等. 新疆野杏種質(zhì)資源表型性狀多樣性研究[J]. 西北植物學(xué)報(bào), 2015,35(5): 1 021-1 030.

        LIU J, LIAO K, LIU H,etal. Phenotypic diversity of wild apricot germplasm resources in Xinjiang[J].ActaBotanicaBoreali-Occidentalia, 2015,35(5): 1 021-1 030.

        [6]盛巖, 鄭蔚虹, 裴克全, 等. 微衛(wèi)星標(biāo)記在種群生物學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 植物生態(tài)學(xué)報(bào), 2002,26(+): 119-126.

        SHENG Y, ZHENG W H, PEI K Q,etal. Applications of Microsatellites in population biology[J].ActaPhytoecologicaSinica, 2002,26(+): 119-126.

        [7]曹玉芬, 劉鳳之, 高源, 等. 梨栽培品種SSR鑒定及遺傳多樣性[J]. 園藝學(xué)報(bào), 2007,34(2): 305-310.

        CAO Y F, LIU F Z, GAO Y,etal. SSR analysis of genetic diversity of pear cultivars[J].ActaHorticulturaeSinica, 2007,34(2): 305-310.

        [8]王愛德, 李天忠, 許雪峰, 等. 蘋果品種的SSR分析[J]. 園藝學(xué)報(bào), 2005,32(5): 875-877.

        WANG A D, LI T Z, XU X F,etal. SSR analysis for apple cultivars[J].ActaHorticulturaeSinica, 2005,32(5): 875-877.

        [9]HORMAZA J I. Molecular characterization and similarity relationships among apricot (PrunusarmeniacaL.) genotypes using simple sequence repeats[J].Theor.Appl.Genet, 2002,104(5): 321-328.

        [10]馮晨靜, 張?jiān)? 徐秀英, 等. 14份杏種質(zhì)的ISSR分析[J]. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào), 2007,28(5): 52-62.

        FENG C J, ZHANG Y H, XU X Y,etal. Genetic diversity revealed by ISSR marker in apricot[J].JournalofAgriculturalUniversityofHebei, 2007,28(5): 52-62.

        [11]樊文強(qiáng), 蓋紅梅, 孫鑫, 等. SSR數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換軟件DataFormater[J]. 分子植物育種, 2016,14(1): 265-270.

        FAN W Q, GAI H M, SUN X,etal. DataFormater, a software for SSR data formatting to develop population genetics analysis[J].MolecularPlantBreeding, 2016,14(1): 265-270.

        [12]PEAKALL R, SMOUSE P E. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research[J].MolecularEcologyNotes, 2006,6(1): 288-295.

        [13]RAFFAELE TESTOLIN, TERESA MARRAZZO, GUIDO CIPRIANI,etal. Microsatellite DNA in peach (PrunuspersicaL. Batsch) and its use in fingerprinting and testing the genetic origin of cultivars[J].Genome, 2000,43(3): 512-520.

        [14]SOKAL R. Testing statistical significance of geographic variation patterns[J].SystematicZoology, 1979, 28: 227-232.

        [15]ROHLF F J. NTSYS-P C: Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System Version 1.80[M]. Setauket New York: Distribution by Exeter Soft Ware, 1994.

        [16]DIRLEWANGER E, COSSON P, TAVAUD M,etal. Development of microsatellite markers in peach [Prunuspersica(L.) Batsch] and their use in genetic diversity analysis in peach and sweet cherry (PrunusaviumL.) [J].TheorApplGenet, 2002.105(6): 127-138.

        [17]SOSINSKI B, GANNAVARAPU B, HAGER L D,etal. Characterization of microsatellite markers in peach [Prunuspersica(L.) Batsch][J].OriginalArticleTheoreticalandAppliedGenetics, 2000.101(3): 421-428.

        [18]WANG Y, GEORGI L L, REIGHARD G L,etal. Genetic mapping of the evergrowing gene in peach [Prunuspersica(L.) Batsch][J].J.Hered, 2002.93(5): 352-358.

        [19]YAMAMOTO T, MOCHIDA K, IMAI T,etal. Microsatellite markers in peach [Prunuspersica(L.) Batsch] derived from an enriched genomic and cDNA libraries[J].Mol.Ecol.Notes, 2002.2(6): 298-301.

        [20]CLAUDIO CANTINI, AMY F. IEZZONI, WARREN F, LAMBOY. DNA fingerprinting of tetraploid cherry germplasm using simple sequence repeats[J].JASHS, 2001,126(2): 205-209.

        [21]XU Y, MA RC, XIE H,etal. Development of SSR markers for the phylogenetic analysis of almond trees from China and the Mediterranean region[J].Genome, 2004,47(6): 1 091-1 104.

        [22]楊梅, 張敏, 師守國, 等. 武當(dāng)木蘭種群遺傳結(jié)構(gòu)的ISSR分析[J]. 林業(yè)科學(xué), 2014,50(1): 76-81.

        YANG M, ZHANG M, SHI S G,etal. Analysis of genetic structure ofMagnoliasprengeripopulations based on ISSR markers[J].ScientiaSilvaeSinicae, 2014,50(1): 76-81.

        [23]章秋平, 劉冬成, 劉威生, 等. 華北生態(tài)群普通杏遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu)分析[J]. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué), 2013,46(1): 89-98.

        ZHANG Q P, LIU D C, LIU W S,etal. Genetic diversity and population structure of the North China populations of apricot (PrunusarmeniacaL.)[J].ScientiaAgriculturaSinica, 2013,46(1): 89-98.

        [24]王滑, 郝俊民, 王寶慶, 等. 中國核桃8個(gè)天然居群遺傳多樣性分析[J]. 林業(yè)科學(xué), 2007,43(7): 120-124.

        WANG H, HAO J M, WANG B Q,etal. SSR Analysis of genetic diversity of eight natural walnut populations in China[J].ScientiaSilvaeSinicae, 2007,43(7): 120-124.

        [25]WRIGHT S. The inter pretation of population structure byF-statistics with special regard to systems of mating[J].Evolution, 1956,19: 395-420.

        [26]ZHE WANG, MING KANG, HUABO LIU,etal. High-Level genetic diversity and complex population structure of siberian apricot (PrunussibiricaL.) in China as revealed by nuclear SSR markers[J].PlosOne, 2014 ,9(2): 1-13.

        [27]劉黎明, 劉萍, 梁鳳麗, 等. 新疆野杏花部綜合特征與繁育系統(tǒng)初步研究[J]. 新疆農(nóng)業(yè)科學(xué), 2007,47(4): 750-755.

        LIU L M, LIU P, LIANG F L,etal. Primary study on floral syndrome and breeding system ofArmeniacaVulgarisLam[J].XinjiangAgriculturalSciences, 2007,47(4): 750-755.

        (編輯:宋亞珍)

        Genetic Diversity and Population Structure of Wild Apricot in Xinjiang Revealed by SSR Markers

        BAO Wenquan1,2, WUYUN Tana1,2*, WANG Lin1,2, ZHAO Han1,2, DU Hongyan1,2

        (1 China Paulownia Research Center, State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, China;2 Non-Timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, China)

        In order to provide theoretical support for reasonable protection and utilization of wild apricot, we analyzed the genetic diversity and genetic differentiation of four wild apricot populations from Xinjiang by using twenty-seven pairs of SSR (simple sequence repeat) primers. The results showed that: (1) a total of 431 alleles (Na) were identified based on 27 SSR molecular markers. The average number of alleles (Na) per locus and polymorphism information content (PIC) per locus were 15.96 and 0.84, respectively. A high level of genetic diversity was revealed by Shannon’s information index (I, 2.21) and expected heterozygosity (He, 0.78) at species level. (2) The average number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), Shannon’s information index (I), expected heterozygosity (He) and observed heterozygosity (Ho) were 10.98, 5.85, 1.92, 0.79 and 0.55, respectively at population level. Comprehensive analysis suggested that Xinyuanxian population exhibits the highest level of genetic diversity, whereas the population of Gongliuxian exhibits the lowest level of genetic diversity. (3) The genetic differentiation coefficient (Fst) based onF-statistic and gene flow (Nm) were 0.05 and 5.26, respectively; Analysis of molecular variance showed that the most of the genetic variation within populations (95.4%), more than that among population (4.6%). (4) The genetic distance among population in Xinjiang wild apricot ranged from 0.06 to 0.49 with average of 0.24; the genetic identity among population in Xinjiang wild apricot ranged from 0.61 to 0.94 with average of 0.80. UPGMA cluster analysis and principal coordinates analysis (PCoA) showed that 4 populations could be divided into two clusters; The Mantel test showed that there was not a significant correlation between the genetic distance and geographic distance (r=0.332,P=0.16). All the results supported that the genetic diversity of wild apricot in Xinjiang was relatively abundant. Nevertheless, genetic differentiation and genetic distance was relatively lower, which resulted from the size of population, long historical evolution and frequent gene flow.

        wild apricot; SSR; genetic diversity; genetic structure

        1000-4025(2016)09-1757-07doi:10.7606/j.issn.1000-4025.2016.09.1757

        2016-06-12;修改稿收到日期:2016-08-19

        國家十二五課題支撐(2013BAD14B02)

        包文泉(1988-),男,在讀博士研究生,主要從事經(jīng)濟(jì)林育種研究。E-mail: 48369742@qq.com

        烏云塔娜,教授,博士生導(dǎo)師。主要從事經(jīng)濟(jì)林育種和林業(yè)生物技術(shù)研究。E-mail:tanatanann@163.com

        Q346+.5; Q789

        A

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