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        基于光譜特征參數(shù)與主成分分析的玉米葉片葉綠素含量BP反演

        2016-10-20 14:41:49楊可明卓偉劉二雄
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2016年7期
        關(guān)鍵詞:葉綠素含量BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)主成分分析

        楊可明 卓偉 劉二雄

        摘要:利用美國(guó)SVC HR-1024I型地物光譜儀對(duì)盆栽玉米葉片進(jìn)行光譜測(cè)定,同時(shí)用SPAD-502葉綠素儀測(cè)定葉片的葉綠素含量?;趯?shí)測(cè)光譜的微分處理結(jié)果,獲取光譜位置、光譜面積、植被指數(shù)3個(gè)方面的11個(gè)光譜特征參數(shù)(spectral characteristic parameters,SCP),分析這11個(gè)SCPs與葉綠素含量的相關(guān)性,并對(duì)這些參數(shù)進(jìn)行主成分分析(principal component analysis,PCA);然后,利用這11個(gè)SCPs及其PCA結(jié)果建立誤差反向傳播(error back propagation,BP)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)輸入因子,并構(gòu)建了玉米葉片葉綠素含量BP反演模型(簡(jiǎn)稱SCP-PCA-BP模型)。另外,選取與葉綠素含量相關(guān)性較高的8個(gè)SCP,建立常規(guī)的線性回歸模型并預(yù)測(cè)葉綠素含量。反演結(jié)果表明:SCP-PCA-BP反演的預(yù)測(cè)值與實(shí)測(cè)值之間的決定系數(shù)(r2)達(dá)到0.968 7,均方根誤差(RMSE)為0.893 9;而用線性回歸模型反演時(shí),只有基于SCP中微分光譜藍(lán)邊面積、面積比值、歸一化面積參數(shù)的預(yù)測(cè)效果較好,其中歸一化面積的預(yù)測(cè)效果最好,預(yù)測(cè)值與實(shí)測(cè)值之間r2為0.704 0,RMSE為2.895。因此可知,與常規(guī)的線性回歸模型相比,SCP-PCA-BP反演模型在預(yù)測(cè)玉米葉片葉綠素方面具有更好的預(yù)測(cè)效果。

        關(guān)鍵詞:光譜特征參數(shù);主成分分析;玉米葉片;BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò);葉綠素含量;BP反演模型

        中圖分類號(hào): TP75;S127 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A 文章編號(hào):1002-1302(2016)07-0147-04

        葉綠素在植物的整個(gè)生理生態(tài)過(guò)程中非常重要,能夠間接地反映植物的生長(zhǎng)狀況[1],葉綠素含量的高低可以作為植物受外界脅迫或是環(huán)境因子干擾狀態(tài)下的重要指標(biāo)[2]。因此,快速、高效、大面積地測(cè)量植被葉片中葉綠素含量在農(nóng)學(xué)、生態(tài)學(xué)、林學(xué)等領(lǐng)域均具有重要的實(shí)用價(jià)值。目前,基于高光譜遙感的精準(zhǔn)農(nóng)業(yè)及其應(yīng)用研究取得了較大進(jìn)展,特別是葉綠素含量等生化成分反演是其近年來(lái)的研究熱點(diǎn)之一[3-4]。高光譜遙感數(shù)據(jù)不僅具有極高的光譜分辨率(波段寬度

        大量研究證明,利用高光譜遙感技術(shù)可以成功估算植被葉片中的葉綠素含量。Mutanga等通過(guò)研究證實(shí),紅邊位置一般與植物冠層的葉綠素或氮素含量有較好的相關(guān)性[11];Inoue等通過(guò)研究水稻(Oryza sativa)冠層的高光譜數(shù)據(jù)與其生理狀態(tài)間的關(guān)系發(fā)現(xiàn),可以通過(guò)構(gòu)建可見(jiàn)光、近紅外區(qū)域內(nèi)高光譜數(shù)據(jù)的多元回歸模型來(lái)反演水稻葉片的葉綠素含量[12];梁亮等基于最小二乘支持向量回歸(least squares support vector regression,LS-SVR)算法建立了小麥冠層葉綠素含量高光譜反演模型,并能準(zhǔn)確估測(cè)葉綠素含量[13];李云梅等利用線性回歸模型分析了水稻葉片中的葉綠素含量[14];楊杰等對(duì)350~2 500 nm范圍內(nèi)的光譜采用任意2個(gè)波段組合的方式構(gòu)建一系列比值與歸一化光譜指數(shù),篩選出了可敏感反映水稻上部葉片葉綠素含量的高光譜指數(shù)SR(728,709)、ND(780,712)[15];周春艷等通過(guò)研究基于多參數(shù)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)建模的葉綠素含量精細(xì)反演方法,驗(yàn)證了多參數(shù)反向傳播(back propagation,BP)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型可以有效地提高活體植物葉綠素含量預(yù)測(cè)精度[16]。研究成果多集中于通過(guò)多元統(tǒng)計(jì)分析方法探尋敏感波段構(gòu)建葉綠素含量反演模型,因此本研究通過(guò)利用所提取的玉米葉片微分光譜特征參數(shù)(spectral characteristic parameter,SCP)建立基于主成分分析(principal component analysis,PCA)的BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)葉綠素含量反演模型,即SCP-PCA-BP模型,同時(shí)利用光譜特征參數(shù)構(gòu)建線性回歸模型進(jìn)行葉綠素含量的估算,通過(guò)比較2種模型的葉綠素含量反演精度,發(fā)現(xiàn)SCP-PCA-BP模型能更加快速、精確地估算玉米葉片葉綠素含量。

        1 材料與方法

        1.1 光譜數(shù)據(jù)的測(cè)定

        本試驗(yàn)對(duì)象為實(shí)驗(yàn)室盆栽玉米,于2014年7月17日采用SVC HR-1024I型高性能地物光譜儀對(duì)玉米葉片進(jìn)行光譜數(shù)據(jù)采集,葉片光譜數(shù)據(jù)采集范圍為350~2 500 nm,其中350~1 000 nm的光譜采樣寬度為1.5nm,光譜分辨率為 35 nm;1 000~1 850 nm的采樣寬度為3.6 nm,光譜分辨率為95 nm;1 850~2 500 nm的采樣寬度為2.5 nm,光譜分辨率為6.5 nm。采集過(guò)程應(yīng)滿足的條件包括光譜儀配套功率為50 W的鹵素?zé)艄庠础?°視場(chǎng)角的探頭,探頭應(yīng)保持垂直于葉片表面40 cm,輸出的光譜曲線由3條原始的掃描光譜經(jīng)過(guò)自動(dòng)平均所得。為了準(zhǔn)確地測(cè)定玉米葉片光譜數(shù)據(jù),在測(cè)量時(shí)將玉米葉片放置于用黑色塑料袋包裹的硬紙片上。光譜反射系數(shù)經(jīng)專用平面白板標(biāo)準(zhǔn)化。

        1.2 葉綠素含量的測(cè)定

        在玉米葉片光譜數(shù)據(jù)采集完成后,于2014年7月18日使用SPAD-502葉綠素測(cè)定儀測(cè)定玉米葉綠素含量,為了獲得準(zhǔn)確的葉綠素濃度值,每個(gè)樣本葉片選定5個(gè)不同位置重復(fù)測(cè)定5次,最后將測(cè)得的5個(gè)葉綠素含量求平均,作為每張葉片葉綠素含量的實(shí)測(cè)值。

        1.3 光譜一階微分處理

        光譜微分技術(shù)就是數(shù)學(xué)模擬反射光譜以提取不同的光譜參數(shù)。在植被光譜處理中,應(yīng)用光譜微分能夠部分消除大氣效應(yīng)、陰影與土壤等植被環(huán)境背景的影響,從而較好地反映植物的本質(zhì)特征。光譜一階微分可近似表達(dá)為:

        R′(λi)=[R(λi+1)-R(λi-1)]/(λi+1-λi-1)。

        (1)

        式中:λi-1、λi、λi+1為相鄰波長(zhǎng),nm;R(λi+1)、R(λi-1)分別為波長(zhǎng)λi+1、λi-1對(duì)應(yīng)的光譜反射率;R′(λi)為波長(zhǎng)λi對(duì)應(yīng)的一階微分曲線值。

        1.4 光譜特征參數(shù)提取

        利用一階微分處理的光譜可提取光譜特征參數(shù),本研究共提取了11個(gè)玉米葉片的SCP。由表1可見(jiàn),這些SCP主要分為光譜位置參數(shù)、光譜面積參數(shù)、光譜植被指數(shù)參數(shù)3種類型。同時(shí),運(yùn)用SPSS軟件對(duì)這11個(gè)SCP與基于SPAD-502實(shí)測(cè)的葉綠素含量進(jìn)行皮爾遜(Pearson)相關(guān)分析,結(jié)果見(jiàn)表2。

        表1中微分光譜的面積變量中的紅邊面積(SDr)、藍(lán)邊面積(SDb)的計(jì)算公式為:

        SDr(或 SDb)=∑ni=1R′(λi)[(λi+1-λi)+(λi-λi-1)]2。

        (2)

        從表2中得到的相關(guān)系數(shù)可以看出,樣本的葉綠素含量與藍(lán)邊幅值(Dr)、藍(lán)邊位置(Db)、綠峰反射率(Rg)、藍(lán)邊面積(SDb)、比值植被指數(shù)(Rg/Ro)、歸一化植被參數(shù)(Rg-Ro)/(Rg+Ro)呈明顯的負(fù)相關(guān),其中與藍(lán)邊面積(SDb)的相關(guān)系數(shù)最大,為-0.773 2;葉綠素含量與藍(lán)邊位置(λb)、面積比值(SDr/SDb)、歸一化面積(SDr-SDb)/(SDr+SDb)呈明顯的正相關(guān)關(guān)系,相關(guān)系數(shù)分別為0.675 1、0.790 0、0.801 0。

        2 基于SCP主成分輸入因子的BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)

        2.1 BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型

        BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是1986年由Rumelhart、McCelland為首的科學(xué)家小組提出的,為1種多層前饋型神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),即誤差反向傳播算法的學(xué)習(xí)過(guò)程,由信息的正向傳播、誤差的反向傳播2個(gè)過(guò)程組成,可以實(shí)現(xiàn)從輸入到輸出的任意非線性映射[17-18]。BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)主要包括輸入層(input layer)、隱含層(hidden layer)、輸出層(output layer)。在光譜分析中,BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是一種非常重要的模式識(shí)別方法,特別適合解決一些復(fù)雜的映射問(wèn)題。

        2.2 SCP的主成分分析

        主成分分析主要用于數(shù)據(jù)壓縮、數(shù)據(jù)解釋,其分析結(jié)果主要用于回歸、指標(biāo)遴選、多維度評(píng)價(jià)、系統(tǒng)演化過(guò)程分析以及質(zhì)量控制等方面[19-20]。在應(yīng)用BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建參數(shù)預(yù)測(cè)模型時(shí),有時(shí)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)輸入端有很多指標(biāo),并且這些指標(biāo)存在一定的共線性。如果將所有的數(shù)據(jù)指標(biāo)都作為神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的輸入端,不僅會(huì)增加網(wǎng)絡(luò)模型的復(fù)雜度,而且會(huì)降低整個(gè)網(wǎng)絡(luò)的性能(包括神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的學(xué)習(xí)收斂速率、是否會(huì)出現(xiàn)過(guò)擬合現(xiàn)象等),從而大大增加計(jì)算時(shí)間,甚至影響結(jié)果預(yù)測(cè)精度。PCA可以消除原始變量間的共線性,在盡可能多地保留原始數(shù)據(jù)信息的前提下,對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行主要成分提取,進(jìn)而減少輸入層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)個(gè)數(shù),改善網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)與預(yù)測(cè)效果。

        在植被葉綠素含量BP模型構(gòu)建過(guò)程中,PCA與BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的結(jié)合主要是在數(shù)據(jù)輸入端,通過(guò)PCA對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行降維,減少輸入層神經(jīng)元的個(gè)數(shù),增強(qiáng)網(wǎng)絡(luò)性能,增強(qiáng)預(yù)測(cè)效果。本研究利用MATLAB R2010a對(duì)11個(gè)SCP進(jìn)行PCA處理,得到的特征值及方差貢獻(xiàn)率見(jiàn)表3。

        表3中的方差貢獻(xiàn)率、累計(jì)方差貢獻(xiàn)率分別表示各個(gè)主成分所反映的原始參數(shù)的信息量和這些主成分所反映的原始參數(shù)數(shù)據(jù)量的總和。從表3可以看出:前5個(gè)互不相關(guān)主成分變量的累計(jì)貢獻(xiàn)率達(dá)到98.841%,可以認(rèn)為用前5個(gè)主成分可以代替原有參數(shù)的所有信息,并用于建立預(yù)測(cè)模型。樣本前5個(gè)主成分得分情況見(jiàn)表4。

        3 葉綠素含量的SCP-PCA-BP模型反演

        3.1 構(gòu)建SCP-PCA-BP反演模型

        基于PCA提取SCP主要成分作為BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)輸入層,用于反演玉米葉片葉綠素含量,即為所建立的SCP-PCA-BP反演模型,主要包括3個(gè)部分:利用PCA技術(shù)對(duì)11個(gè)光譜特征參數(shù)進(jìn)行主成分分析,并提取11個(gè)SCP的主要成分作為BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的輸入層因子;確定BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)以及最佳隱含層神經(jīng)元的個(gè)數(shù);BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)。

        3.2 SCP-PCA-BP模型的葉綠素含量反演

        本研究所構(gòu)建的BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)一共有3層,即輸入層、隱含層、輸出層。將表4中各主要成分的得分作為SCP-PCA-BP反演模型的BP輸入層神經(jīng)元,以相對(duì)應(yīng)樣本葉綠素含量為輸出層神經(jīng)元,在玉米葉片45個(gè)葉綠素?cái)?shù)據(jù)中隨機(jī)抽取35個(gè)作為訓(xùn)練樣本的學(xué)習(xí)目標(biāo),其余樣本數(shù)據(jù)作為網(wǎng)絡(luò)仿真預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)。設(shè)置隱含層神經(jīng)元數(shù)為5個(gè),網(wǎng)絡(luò)學(xué)習(xí)速率為0.05,網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練的迭代次數(shù)為2 000次,允許誤差為0.000 1。當(dāng)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練完畢后,利用剩余的15組樣本葉綠素含量值作為測(cè)試數(shù)據(jù)檢驗(yàn)?zāi)P停琒CP-PCA-BP模型訓(xùn)練與檢驗(yàn)精度的真實(shí)值、預(yù)測(cè)值之間的決定系數(shù)r2分別為0.937 9、0892,均方根誤差(root mean square error,RMSE)分別為1269 3、1.730 2;最后將所有樣本的數(shù)據(jù)作為輸入矢量P進(jìn)行模擬預(yù)測(cè),并將得到的預(yù)測(cè)值與真實(shí)值進(jìn)行擬合,擬合結(jié)果的真實(shí)值與預(yù)測(cè)值之間的決定系數(shù)r2為0.968 7,RMSE為0893 9,其擬合結(jié)果見(jiàn)圖1、圖2,其中RMSE計(jì)算公式為:

        RMSE=∑ni=1(yi-y^i)2/n。

        (3)

        式中:RMSE為預(yù)測(cè)值與真實(shí)值之間的均方根誤差;yi為真實(shí)值;y^i為預(yù)測(cè)值;n為樣本數(shù),個(gè)。

        3.3 基于線性回歸模型的反演比較

        從表2中選擇與葉綠素含量相關(guān)性較高的8個(gè)SCPs分別作為影響因子預(yù)測(cè)樣本中的葉綠素含量,以SCP為自變量、葉綠素含量為因變量建立線性回歸模型。表5列舉了各

        特征參數(shù)與葉綠素含量的線型回歸預(yù)測(cè)模型,模型預(yù)測(cè)精度將模型的決定系數(shù)r2以及真實(shí)值與預(yù)測(cè)值之間的均方根誤差作為評(píng)價(jià)指標(biāo)。

        由表5中的線性回歸模型預(yù)測(cè)結(jié)果可知,歸一化面積的預(yù)測(cè)效果最好,該模型的決定系數(shù)r2達(dá)到0.7040,高于其他特征參數(shù)的回歸預(yù)測(cè)模型;葉綠素含量真實(shí)值與預(yù)測(cè)值之間的均方根誤差RMSE為2.849,低于其余特征參數(shù)回歸模型?;谒{(lán)邊面積所構(gòu)建的回歸預(yù)測(cè)模型決定系數(shù)r2為 0.691 9,均方根誤差RMSE為2.895,其預(yù)測(cè)結(jié)果明顯好于其余6個(gè)預(yù)測(cè)模型。因此,利用這8個(gè)SCP構(gòu)建線性回歸模型預(yù)測(cè)葉綠素含量時(shí),優(yōu)先考慮歸一化面積(SDr-SDb)/(SDr+SDb),其次考慮藍(lán)邊面積(SDb)。

        4 結(jié)論

        本研究通過(guò)測(cè)定玉米葉片的高光譜數(shù)據(jù)和葉綠素濃度相對(duì)值,對(duì)獲取的光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行均值、微分處理,提取了11個(gè)光譜特征參數(shù)(SCP),并對(duì)這些參數(shù)和葉綠素含量進(jìn)行了相關(guān)性分析、主成分分析、回歸分析、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)分析,通過(guò)這些分析得到以下結(jié)論:

        (1)在列舉的11個(gè)SCPs中與玉米葉片中葉綠素含量相關(guān)性最高的是歸一化面積(SDr-SDb)/(SDr+SDb)參數(shù),與葉綠素含量呈顯著正相關(guān),相關(guān)系數(shù)為0.801 0;其次為面積比值(SDr/SDb)參數(shù),相關(guān)系數(shù)為0.790 0。

        (2)在利用SCP進(jìn)行回歸分析與預(yù)測(cè)的結(jié)果中,歸一化面積的預(yù)測(cè)效果最好,葉綠素含量真實(shí)值與預(yù)測(cè)值之間的決定系數(shù)r2為0.704 0,均方根誤差RMSE為2.849;其次為基于藍(lán)邊面積所構(gòu)建的回歸預(yù)測(cè)模型,決定系數(shù)r2為 0.691 9,均方根誤差RMSE為2.895。說(shuō)明歸一化面積和藍(lán)邊面積可以用于回歸分析預(yù)測(cè)玉米葉片中的葉綠素含量。

        (3)對(duì)SCP進(jìn)行主成分分析獲得的玉米葉片SCP前5個(gè)主要成分,這5個(gè)主要成分的累計(jì)方差貢獻(xiàn)率達(dá)到98841%,保留了原始數(shù)據(jù)的絕大部分光譜信息,因此這5個(gè)主要成分可以近似代替原有參數(shù)參與建立BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)模型,即SCP-PCA-BP反演模型并用于盆栽玉米葉片的葉綠素含量反演。模型的檢驗(yàn)結(jié)果中葉綠素含量真實(shí)值與預(yù)測(cè)值之間的決定系數(shù)r2為0.892,均方根誤差RMSE為 1.730 2。最后將所有樣本的數(shù)據(jù)作為輸入矢量P進(jìn)行模擬預(yù)測(cè),擬合結(jié)果的真實(shí)值與預(yù)測(cè)值之間的決定系數(shù)r2為0968 7,均方根誤差RMSE為0.893 9。與線性回歸預(yù)測(cè)模型相比,SCP-PCA-BP反演模型大大提高了玉米葉片葉綠素含量的預(yù)測(cè)精度。

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