周　陽，王潤海（中國藥科大學圖書館，南京 210009）

國外醫(yī)藥類學科知識庫的構建特征與啟示*

周陽，王潤海
（中國藥科大學圖書館，南京 210009）

調研并總結PMC、TMC、German Medical Science等15個全球知名醫(yī)藥類學科知識庫的構建特征，從資源、支撐和功能層面分別闡述。從中得到一些啟示，包括特有資源數(shù)字化、元數(shù)據(jù)質量控制、異構資源組織標引與檢索、子系統(tǒng)建設、學科服務內容、科研數(shù)據(jù)管理、手機平臺建設等方面，以期為國內醫(yī)藥類學科知識庫構建提供參考。

醫(yī)藥類；學科知識庫；知識庫構建

1 引言

隨著國內外開放存?。∣pen Access）運動的發(fā)展，學科知識庫的建設逐步深入。學術界就“學科知識庫”并未有一個官方統(tǒng)一的定義，筆者綜合各種說法總結如下：學科知識庫是以學科分類為前提，挖掘整合學術資源，從學科角度開放存取，為學科知識服務提供資源保障，有利于某一學科的累積、發(fā)展和傳承。學科知識庫有別于機構知識庫和專題資源庫：機構知識庫是基于科研機構，而學科知識庫是基于某個或幾個學科；專題資源庫更集中于對專題的研究，例如武漢大學圖書館的“長江資源特色庫”和廈門大學圖書館的“東南海疆研究數(shù)據(jù)庫”等，而學科知識庫存儲的是某一個或者某幾個學科的所有內容，范圍更廣。截至2016年4月5日，Open DOAR共收錄3047個機構知識庫，其中學科知識庫293個，約占總數(shù)的10％，已具有一定學術影響力。本文主要通過調研全球15個知名醫(yī)藥類學科知識庫，為我國醫(yī)藥類學科知識庫構建提供參考。

2 調研對象與結果分析

2.1 樣本選擇

在Open DOAR收錄的醫(yī)藥類學科知識庫中，歐美所占比例居多，發(fā)展較為完善，參考價值較高。美國國立衛(wèi)生院、美國國家生物技術信息中心和國家醫(yī)學圖書館擁有豐富的醫(yī)藥類學科資源，因此一直致力于醫(yī)藥類學科知識庫的建設，如U.S. National Library of Medicine Digital Collections、PubChem和PMC的建設就主要依托上述機構。美國的許多高校和科學院如康奈爾大學、德克薩斯大學、布什爾醫(yī)學科學院等都建設有醫(yī)藥類學科知識庫。歐洲也是如此，德國科學醫(yī)學學會、德國研究基金會（DFG）、Department of Health（Ireland）、Public Health Agency（Ireland）、Safefood and Public Health England等都是參與建設學科知識庫的機構。因此筆者選取的調研樣本，7個來自美國，4個來自歐洲；為使樣本更具全球性，筆者還選取了1個澳大利亞和2個日本的學科知識庫以及世界衛(wèi)生組織的醫(yī)藥類學科知識庫。具體國家分布及資源數(shù)量見表1，數(shù)據(jù)來源于各學科知識庫網(wǎng)站。

2.2 調查結果分析

調查結果從資源層面、支撐層面和功能層面來分析。

2.2.1 資源層面

（1）資源數(shù)量。由表1可見，醫(yī)藥類學科知識庫資源數(shù)量相差較大，最少的30個，最多的高達2.44億。資源數(shù)量與建設規(guī)模和建設時間成正相關。

表1　學科知識庫地理分布及資源數(shù)量統(tǒng)計表

（2）語種分布。這些學科知識庫中，涉及語種最多的是美國國家醫(yī)學圖書館的免費生物醫(yī)學書籍和視頻在線資源，共包含103種語言?？偟膩碚f，英語是最普遍的語種；除此之外，德語、法語、俄語、中文、阿拉伯語、日語也較為多見。

（3）回溯年代。其最久的是Bushehr University of Medical Sciences Repository，回溯至公元15年?；厮葜?9世紀的比較多，例如PMC回溯至1800年，Ballarat Health Services回溯至1875年，Shiga University of Medical Science Repository回溯至1834年。

（4）資源類型。具體見表2（學科知識庫名稱以表1中的序號代替），資源類型至少20種，且各有側重。資源類型數(shù)目超過5個的有期刊論文、多媒體資源、數(shù)據(jù)集、學位論文、會議論文、圖書、專業(yè)報告、手稿、圖片、教學資料。表中的“其他類型”主要包括新聞公告、行政文件、研究項目、宣傳材料、講座展覽、實驗等。

表2　學科知識庫的資源類型

（5）學科主題。學科主題劃分主要有以下幾種情況：①以Shiga University of Medical Science Repository BIWAKO為代表，存儲的都是生物科學、生物化學與分子生物學、藥理學、滋賀醫(yī)科大學部心血管和呼吸系統(tǒng)的藥物、睡眠醫(yī)學、護理學、藥學等完全圍繞醫(yī)藥類的學科資源；②以viXra為代表，存儲包括生物學、化學、人類學、數(shù)學、物理學、計算機科學等生物醫(yī)藥學相關又包含其他學科的學科資源；③以PubChem為代表，包含生物、藥物、化學和毒理學等專深度較高、供專業(yè)研究人員使用的學科資源。

2.2.2 支撐層面

（1）系統(tǒng)軟件。學科知識庫構建系統(tǒng)最常用的是Eprints、Fedora、GreenStone和DSpace。Eprint由英國南安普頓大學研發(fā)，最新版本是v3.3.15。EPrints 3提供各種開源平臺、定制和托管解決方案，Bushehr University of Medical Sciences Repository使用的就是EPrints 3.3.12。Digital Colletion則是使用Fedora Commons Repository Software提供一個基于XML框架的資源庫平臺，F(xiàn)edora還包括Solr/Lucene索引應用，更有助于元數(shù)據(jù)搜索；圖像轉換使用Djatoka JPE2000圖像服務器，該軟件由美國Los Alamos National Laboratory設計；視頻播放則使用NLM Office of Computer and Communications Systems開發(fā)的視頻播放器，該播放器采用結構化的標題文件轉換成文本搜索，根據(jù)訪問需求以視頻時間線為軸搜索圖像結果。German Medical Science使用DIMDI開發(fā)的GMS永久性自由可訪問文獻平臺，每個文檔都會有一個唯一標識符（URN-Uniform Resource Name and DOI-Digital Object Identifier）以確保文章的永久性鏈接。Belgian Health Care Knowledge Centre默認Firefox Brower瀏覽器，某些功能實現(xiàn)通過Javascript、HTML代碼被提交給W3C驗證工具，所有PDF文件都需要Adobe Reader 7以上版本。PebChem由于還有很多化學結構式需要檢索，因此資源庫還提供結構搜索、結構聚類、基于網(wǎng)絡的3D瀏覽、Pc3D查看應用程序等工具。

續(xù)表

（2）存取政策。對于資源使用者，PMC使用NLM的規(guī)定：“公共領域的信息可以自由地傳播和復制，但是任何的后續(xù)使用必須經過NLM的許可和確認。在使用任何涉及個人、公司、組織的作品，例如文件、插圖、照片等，這些受到美國或他國版權法保護的東西，都必須經過著作權人的書面許可。歷史檔案文件的版權有可能無法確定，因此資源庫會給予用戶恰當?shù)氖褂脵嘞蕖！盙erman Medical Science也有類似的使用許可Creative Commons Attribution 4.0 International License。Belgian Health Care Knowledge Centre（KCE）使用“by/nc/nd”Creative Commons License：“學術成果不得用于商業(yè)及生產衍生產品，在引用和分享時，也必須提供原文出處鏈接，對于作者文檔的任何處理都必須有作者授權?！倍鳬nstitute of Public Health in Ireland則將存取政策細致化，元數(shù)據(jù)、內容、提交、學科、版權保護、版本使用等都有詳細的政策規(guī)定。對于版權保護Vixra將為提交者提供一個時間戳，用于證明作者學術成果發(fā)表的時間，在遭遇學術侵權的時候提供佐證。

對于資源上傳者，PMC規(guī)定：“美國NIH公共獲取政策規(guī)定凡是受到NIH資助的學者，在學術成果發(fā)表后的12個月內必須提交一份電子版去PMC供開放獲取”，同樣使用PMC存取政策的還有TMC等。

2.2.3 功能層面

功能層面主要體現(xiàn)的是學科服務功能，核心服務包括資源上傳、檢索、瀏覽、下載、推送和知識關聯(lián)。一些學科知識庫利用表單提問的方式與用戶交流，如“l(fā)eave a message”和“Feedback”功能，或在facebook、twitter、YouTube、論壇等社交網(wǎng)站開設賬號，供用戶們聯(lián)絡討論，還有的配有用戶點擊下載情況的統(tǒng)計圖表和鏡像服務等。

拓展服務一般都需要用戶注冊自己的賬號來完成，主要有個性化E-mail訂閱和RSS訂閱服務；保存檢索歷史；個人知識名片，包括基本信息、學術簡歷、研究項目、知識產出、個人主頁等；繪制知識地圖；書目和參考文獻管理工具；開放存取期刊數(shù)字出版。

3 醫(yī)藥類學科知識庫構建特征

由以上調查結果，筆者歸納總結出一些醫(yī)藥類學科知識庫的構建特征，也從資源層面、支撐層面和功能層面來闡述。

3.1 資源層面

3.1.1 資源數(shù)量

資源數(shù)量越多，學科知識庫的價值就越大，但構建學科知識庫不能只追求數(shù)量，更要兼顧質量。由表1可見這些學科知識庫的資源數(shù)量，各個量級都有，它們都能夠被Open DOAR收錄，發(fā)揮其學科價值。因此，在構建醫(yī)藥類學科知識庫時，不需在意初始資源的數(shù)量，日積月累是必經過程，收集、整合高質量的學術成果，才是構建學科知識庫的初衷。

3.1.2 語種和回溯年代設置

為便于國際交流，學科知識庫的語種可盡量多設置，使頁面可轉換各語種閱讀。但調研中發(fā)現(xiàn)，有的頁面語種轉換時翻譯并不精準，容易誤導用戶。科研人員上傳數(shù)據(jù)資源時，也應當有多個語言版本可選擇，并且文檔、視頻等都應帶有翻譯功能，這樣才更有利于資源內容的廣泛傳播。學科資源的回溯年代越久遠，越有利于明晰學科發(fā)展脈絡，對于學科發(fā)展歷史的研究大有裨益。

3.1.3 資源類型與歸檔呈繳

大部分學科知識庫構建都是先收集常見的學術資源，滿足基本需要；發(fā)展到一定階段之后，再逐步根據(jù)自身條件和學科特色進行建設，例如PubChem里收錄的多是各種化合物、生物測定、生物活性等專業(yè)性極強的特色資源。資源收集過程中，歸檔呈繳是有效方法之一，如機構內科研人員的公開發(fā)表資源，在學科知識庫建設初期，先由工作人員主動搜集；隨著學科知識庫宣傳推廣的深入，逐步實現(xiàn)由專人收集和自行提交審核相配合的方式進行存繳；對于未公開發(fā)表的學科資源，學科知識庫以任務分派的形式，派出專人負責具體搜集工作，主動與科研工作者聯(lián)系，鼓勵其將學術成果納入學科知識庫［1］。

3.1.4 知識庫構建方向

醫(yī)藥類學科知識庫的構建方向主要有三種。第一種是幾乎都和醫(yī)藥類有關，但并不專深，帶有一定科普性，專業(yè)人員和普通用戶都可以使用。第二種是包含醫(yī)學、藥學、化學、數(shù)學、物理學、生命科學、計算機科學等多學科的學科知識庫，適合進行學科交叉研究。學科交叉是廣為應用的科研方法，以藥物化學為例，科研合作強化了藥物化學與藥學、分子生物學、生物化學、有機化學等學科之間的知識流動，不僅豐富了學科知識體系，還能激發(fā)和啟迪學者的開拓性思維，促進科學創(chuàng)新［2］。第三種是醫(yī)藥類較為專深、供科研人員使用的學術資源，這部分資源使用范圍窄，但科研價值大，是作為學科尖端研究的堅實基礎。可見，醫(yī)藥類學科知識庫應根據(jù)實際情況和自身需求選擇不同的構建方向。

3.2 支撐層面

3.2.1 以學科館員為主體的人員支撐

學科館員是學科知識庫構建中的重要一環(huán)。學科館員1950年在美國首先試行，醫(yī)藥類學科知識庫的學科館員既需要有圖書情報專業(yè)的技能，又需要擁有醫(yī)藥學領域的扎實知識，才能在醫(yī)藥領域開展具有針對性的情報服務工作，例如引導用戶上傳、檢索學科資源、舉辦學科知識庫使用培訓、制定或者參與制定學科知識庫的存取政策、學科知識庫學術成果的質量控制等。學科館員的服務模式大致可以分為“學科館員-信息用戶”服務模式、“學科館員-圖情教授”協(xié)作模式、“學科分館-學科館員”組合模式、“學科館員-學術秘書”兼職模式等［3］。

3.2.2 解決知識產權問題的細則支撐

學科服務不可避免地存在知識產權問題。在學科知識庫構建階段，需要考慮使用軟件是否取得版權，信息源版權是否明晰，是否與科研人員簽訂版權協(xié)議，是否收錄科研人員已發(fā)表論文的后印本，是否采用技術保護措施防止用戶過量下載及限制用戶訪問權限，轉載、摘編、深度鏈接是否侵犯著者的復制權和傳播權等。

在學科服務階段，需要考慮是否保護了科研人員個人隱私，是否獲得檢索授權，文獻傳遞數(shù)量和形式是否符合著作權和數(shù)據(jù)庫合同規(guī)定，是否造成知識產權的流失和外溢，獨創(chuàng)性部分是否受法律保護等。

另外，學科館員對知識產權風險的認知水平、道德素養(yǎng)和工作能力是否達到要求，用戶是否把獲取的學科信息另作他用或向大量不特定公眾傳播等，這些細化的知識產權問題急需學科知識庫構建者制定相關細則并加強監(jiān)管。

3.3 功能層面

學科服務功能可向細致和人性化方向發(fā)展。例如學科知識推薦，首先應建立用戶興趣庫，信息來源一是用戶注冊時填寫的興趣，二是系統(tǒng)通過用戶歷史記錄等行為分析挖掘捕獲的用戶偏好；其次根據(jù)獲取的用戶興趣對信息過濾，把用戶感興趣的信息推送給用戶；最后根據(jù)用戶的反饋對其推送信息進行改進和完善。信息推送就是把適當?shù)膶W科知識在適當?shù)臅r間傳遞給適當?shù)娜耍?］。

4 啟示與建議

學科知識庫最主要的關注點就是建設與使用。在這兩個關注點上，依然從資源層面、支撐層面和功能層面進行論述。

4.1 資源層面

4.1.1 數(shù)字化特有醫(yī)藥類資源，提升資源可見性

醫(yī)藥學科有很多圖片資源如動植物標本圖、解剖切面圖、珍稀動物藥、植物藥、礦物藥的圖片資料，還有很多善本醫(yī)藥類圖書、刊物、手稿、檔案，這些特有的專業(yè)資源是大學和科研機構的重要資產。但這些類型的資源本體并不易保存，還有一些是記錄在穿孔卡片、磁帶、軟盤、CD、DVD等容易出錯的介質上。如果這些資源被數(shù)字化，存儲進學科知識庫，更有利于知識的共享傳承。

目前關于數(shù)字化特有資源所需的時間、人力和工具，一些案例可供參考：The Walters Art Museum處理較小的書籍每天平均可掃描275張，較大的書籍每天約150張，使用Omar成像裝置；明尼蘇達大學使用i2S CopiBook HD和兩個熒光燈，每天可完成1 536份掃描；加州大學伯克利分校Bancroft圖書館使用兩個NextScan Eclipse掃描儀，每天可掃描4 800張圖像；美國國會圖書館使用的設備包括數(shù)碼相機、投射照明、安全材料的臺面、薄膜平帶、封閉的空間和空氣過濾器，由三名工作人員每天完成500張圖像數(shù)字化［5］。

4.1.2 提高元數(shù)據(jù)加工質量，確保資源可用性

電子資源元數(shù)據(jù)質量控制，可借鑒馬里蘭大學學院公園分校的例子，他們使用的是OCLC的WorldShare管理器，允許用戶使用MARC21編輯器或文本視圖編輯器在WorldCat中創(chuàng)建新條目并擴充現(xiàn)有條目，同時針對實物和電子資料高效地進行一次一條記錄的元數(shù)據(jù)管理作業(yè)，還可以利用該管理器設置或刪除資源庫的書目記錄并導出，搜索美國國會圖書館規(guī)范記錄，創(chuàng)建并打印書脊標簽，通過IP認證還可以鏈接至RDA工具包。

除了WorldShare以外，Connexion也是元數(shù)據(jù)管理器，它有基于Web的瀏覽器界面，也有Windows桌面應用程序，可以進行元數(shù)據(jù)編目，也可以檢索WorldCat中是否存在記錄可直接導出。Connexion提供90多個索引，涵蓋阿拉伯文、中文、日文、韓文、泰文等15種語言，并支持使用衍生、數(shù)值型和短語選項在這些索引中靈活檢索。下拉菜單會列出可用索引，點擊書目記錄中的檢索標題，可將標題鏈接至相關規(guī)范記錄，這樣規(guī)范記錄一旦有所更改，書目記錄就會自動更新。

4.2 支撐層面

4.2.1 異構資源的組織、標引和檢索

要解決異構資源的組織、標引和檢索，將搜索引擎和學科知識庫相結合不失為一個好方法。日本的高性能全文搜索引擎Hyper Estraier具備數(shù)據(jù)抓取、數(shù)據(jù)解析、創(chuàng)建索引和查詢各種功能。學科知識庫中的資源多是pdf、doc、ppt、html、jpg、zip等格式，該搜索引擎可解析各種文檔，采用GNU寬通用公共許可證作為開源協(xié)議，可在極短時間內為大量文檔創(chuàng)建索引并得到檢索位置，搜索核心采用N-gram方式，不依靠詞匯也能進行高精度檢索。Hyper Estraier的點對點架構，利用節(jié)點服務器，提供各索引地址，用戶可以通過任一節(jié)點進行查詢，還可以將結果按照某個權重排序返回給用戶。功能上該搜索引擎支持短語搜索、正則表達式搜索、屬性搜索和類似搜索等，還提供Java、Ruby、Perl語言的上層API，可根據(jù)需要進行擴展，自帶網(wǎng)絡爬蟲，可自動抓取網(wǎng)絡最新資源并追蹤更新［6］。

4.2.2 四大子系統(tǒng)有機整合

無論哪一種開源軟件，學科知識庫的框架支撐都需要有四個子系統(tǒng)構成［7］：

（1）數(shù)據(jù)采集和提交子系統(tǒng)：提供數(shù)據(jù)采集途徑，包括自主提交、批量導入和自動抓取。自主提交是為科研人員提交科研成果提供接口；批量導入是為管理人員按照設定格式將數(shù)據(jù)批量導入系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫；自動抓取是從網(wǎng)絡發(fā)現(xiàn)并收割元數(shù)據(jù)，對數(shù)據(jù)進行收集、選擇、清洗、構建、集成、格式化，形成本地化收藏。

（2）數(shù)據(jù)存儲子系統(tǒng)：完成元數(shù)據(jù)倉儲功能，對采集而來的各類型數(shù)字資源長期保存和管理。

（3）資源發(fā)布與利用子系統(tǒng)：以存儲的數(shù)字化資源為基礎提供學科服務。

（4）系統(tǒng)管理子系統(tǒng)：為整個學科知識庫運行和管理提供基礎性的輔助功能，如用戶權限管理、元數(shù)據(jù)管理、分類詞表等。

4.2.3 發(fā)揮學科專家優(yōu)勢，提供專業(yè)化科研支撐

為科研工作者提供立項查新、實時咨詢、數(shù)據(jù)庫利用指導、資料搜索、論文撰寫和投稿指南、高被引和熱點論文分析、SCI/EI/ESI/CSSCI/CSCD目錄更新等服務，特別是幫助科研人員查找難以搜索的科研資料。生物醫(yī)藥類學科專業(yè)性強，例如有毒中草藥、藥用水生生物、藥用藻類研究這些資料必須到非常專業(yè)的圖書館或科研機構查找，學科專家可為科研人員提供專門的檢索服務，或者通過館際互借、電子文檔共享等渠道提供服務。虛擬咨詢管理系統(tǒng)目前QuestionPoint較好，它集成了實時咨詢、電子郵件、咨詢知識庫、報告和分析等工具，具有全天候合作咨詢機制，可提供實時幫助。

對學科立項發(fā)文做統(tǒng)計分析，為各級項目審批提供參考也是學科服務的好途徑。中國藥科大學已初步建成醫(yī)藥類學科發(fā)展支撐平臺，該平臺的生物醫(yī)藥產業(yè)數(shù)據(jù)庫，內含中藥方劑研究報告、新藥品種分析報告等專業(yè)報告，同時也有本校的學科評價、學科SCI論文分析報告、學科評估報告、非潛力學科論文發(fā)文及發(fā)文期刊分析報告、ESI學科發(fā)文期刊分析等學科專業(yè)分析報告。有較強的學科支撐能力，學科知識庫的建設才能獲取更多支持。

4.3 功能層面

4.3.1 科研數(shù)據(jù)管理功能

學科知識庫可以給學者們提供科研數(shù)據(jù)的保存和保密服務。由于科研數(shù)據(jù)可能還不適合公開共享，因此數(shù)據(jù)的存儲和提取都應當有較為嚴格的管控?？蒲袛?shù)據(jù)也是機構的寶貴資產，很多國家都開始設專項基金來確?？蒲袛?shù)據(jù)的保存和管理，例如加拿大聯(lián)邦基金正和加拿大研究圖書館協(xié)會（Canadian Association of Research Libraries，CARL）籌建覆蓋所有境內科研機構的科研數(shù)據(jù)存儲設施網(wǎng)絡［8］。

4.3.2 多元資源訪問功能

學科知識庫一般通過Blog、RSS、Wiki、Ajax、IM、E-mail等途徑使用戶參與學科資源建設，與用戶交流。隨著手機閱讀、平板閱讀的逐步發(fā)展，移動終端閱讀軟件的研發(fā)也迫在眉睫。將電腦和手機平臺構建相結合，開發(fā)微博、微信、二維碼標識功能，利用手機對資源進行瀏覽、下載和上傳，實現(xiàn)學科知識庫的多途徑訪問。2013年PMC推出了PubReader軟件，有利于讀者用平板等小屏幕設備閱讀PMC文章，同時PubReader也同樣適用于臺式機和筆記本電腦，這正為我們的研究指明了方向。

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王潤海，男，1981年生，中國藥科大學圖書館館員，研究方向：參考咨詢。

The Construction Characteristics and Enlightenment of Foreign Medicine and Pharmacy Discipline Repositories

ZHOU Yang，WANG RunHai
（Library of China Pharmaceutical University， Nanjing 210009， China）

This paper investigates and summarizes the construction characteristics of 15 world famous medicine and pharmacy repositories such as PMC， TMC，German Medical Science and so on， respectively from the resource level， support level and functional level. The author sums up some suggestions from these discipline repositories research， such as unique resources digitization， metadata quality control， indexing and retrieval of heterogeneous resources organization， subsystem construction， content of subject service， scientific data management， mobile phone platform construction， etc.， in order to provide reference for the construction of domestic discipline repositories.

Medicine and Pharmacy； Discipline Repository； Repository Construction

G25

10.3772/j.issn.1673-2286.2016.4.010

* 本研究得到2016年度中國藥科大學中央高校基本科研業(yè)務費專項資金（人文社科類-培育項目）“藥學類學科資源庫構建策略和建設途徑研究”（編號：2016RPY016）資助。

周陽，女，1985年生，碩士，中國藥科大學圖書館館員，研究方向：開放存取、機構知識庫、參考咨詢，E-mail：zhouyang1119@sohu.com。

2016-04-05）