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        油菜開花期QTL定位及與粒重的遺傳關(guān)聯(lián)性

        2016-09-09 16:53:33黃吉祥熊化鑫倪西源張曉玉趙堅(jiān)義
        關(guān)鍵詞:效應(yīng)環(huán)境

        黃吉祥,熊化鑫,2,潘 兵,3,倪西源,張曉玉,趙堅(jiān)義

        (1浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物與核技術(shù)利用研究所/植物有害生物防控國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室省部共建培育基地,杭州 310021;2浙江師范大學(xué)化學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院,浙江金華 321000;3浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院,杭州 310058)

        油菜開花期QTL定位及與粒重的遺傳關(guān)聯(lián)性

        黃吉祥1,熊化鑫1,2,潘 兵1,3,倪西源1,張曉玉1,趙堅(jiān)義1

        (1浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物與核技術(shù)利用研究所/植物有害生物防控國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室省部共建培育基地,杭州 310021;2浙江師范大學(xué)化學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院,浙江金華 321000;3浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院,杭州 310058)

        【目的】明確中國(guó)和歐洲油菜開花期主控位點(diǎn)及其對(duì)粒重的影響,為早熟油菜品種選育提供科學(xué)依據(jù)?!痉椒ā恳詺W洲冬油菜Sollux和中國(guó)品種高油605的選系(Gaoyou)雜交F1經(jīng)小孢子培養(yǎng)產(chǎn)生的DH群體為材料,采用7年9種環(huán)境下的開花期表型數(shù)據(jù)和新版SG圖譜定位開花期QTL,并采用條件遺傳學(xué)和QTL分析相結(jié)合的條件QTL定位方法,解析開花期對(duì)千粒重QTL的影響,最后對(duì)各20個(gè)極端開花期株系的基因型和表現(xiàn)型進(jìn)行性狀-標(biāo)記的符合度測(cè)定,為標(biāo)記篩選用于輔助選育提供依據(jù)。【結(jié)果】應(yīng)用WinQTLCart 2.5復(fù)合區(qū)間作圖法,共檢測(cè)到7個(gè)在3種以上環(huán)境中穩(wěn)定表達(dá)的控制開花QTL,加性效應(yīng)值在0.58—3.85 d,解釋了表型總變異的84%。8對(duì)上位性QTL效應(yīng)總和為加性總效應(yīng)的41.8%。QTL與環(huán)境互作效應(yīng)只在少數(shù)位點(diǎn)和個(gè)別環(huán)境中顯著。在3個(gè)主效QTL峰值或相近位置上定位了4個(gè)在擬南芥中調(diào)控開花的關(guān)鍵基因FT、API、FLC和FY的6個(gè)同源拷貝,為發(fā)掘控制這些QTL的候選基因提供了有價(jià)值的參考信息。條件QTL分析表明,在4個(gè)增重效應(yīng)均來自Gaoyou的千粒重QTL位點(diǎn)(qSWA2、qSWA3、qSWA4和qSWC2),大粒等位基因效應(yīng)可能與開花早、籽粒灌漿期長(zhǎng)有關(guān)。通過選擇這些位點(diǎn)的早開花標(biāo)記基因型有望同時(shí)提高種子千粒重,這也部分給出了開花期與千粒重之間極顯著負(fù)相關(guān)的遺傳解釋,但2個(gè)粒重主效位點(diǎn)(qSWA7和qSWC8)的遺傳效應(yīng)不受開花期影響。根據(jù)SG群體極端開花期株系在3個(gè)效應(yīng)值最大的QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)區(qū)域標(biāo)記基因型和開花期表現(xiàn)型的關(guān)聯(lián)分析,篩選獲得6個(gè)高質(zhì)量、高吻合度的共顯性標(biāo)記推薦育種應(yīng)用。qFTA2位點(diǎn),標(biāo)記輔助準(zhǔn)確率為70%-80%;qFTC2 和qFTC6位點(diǎn)的選擇效率達(dá)到80%-100%?;蛐徒M配分析顯示,聚合qFTA2、qFTC2和qFTC6的早開花等位基因,可顯著提早開花期,同步增加千粒重但不影響含油量和角果粒數(shù)?!窘Y(jié)論】7個(gè)QTL均顯示早開花等位基因來自中國(guó)親本。擬南芥中調(diào)控開花關(guān)鍵基因FT、API、FLC和FY的6個(gè)同源拷貝定位到3個(gè)主效QTL峰值位置。開花遲、早顯著影響4個(gè)千粒重QTL位點(diǎn),但2個(gè)最重要的粒重位點(diǎn)(qSWA7和qSWC8)不受影響;3個(gè)主效QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)的6個(gè)共顯性標(biāo)記可用于早熟基因的轉(zhuǎn)育和早熟材料的篩選。

        甘藍(lán)型油菜;QTL定位;開花期;千粒重;條件QTL定位

        0 引言

        【研究意義】油菜開花期與籽粒成熟期高度相關(guān)[1],育種中通常將其作為選擇早熟性的重要指標(biāo)[2]。開花時(shí)間是植物在自然演化過程中對(duì)當(dāng)?shù)丨h(huán)境的一種適應(yīng),關(guān)于油菜作物開花基因的研究,目前多數(shù)仍停留在QTL和生物信息學(xué)分析層面。因此,進(jìn)一步對(duì)主效開花期QTL作精細(xì)定位,結(jié)合擬南芥基因庫信息資源、圖位克隆基因、發(fā)展基因標(biāo)記或緊密連鎖分子標(biāo)記用于育種研究,為創(chuàng)制新的親本資源提供依據(jù)?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】DETJEN等[3]和DICKSON等[4]通過對(duì)蕓薹屬作物甘藍(lán)和花椰菜開花性狀進(jìn)行遺傳分析,估算遺傳力、基因效應(yīng)及基因數(shù)目。20世紀(jì)90年代后,隨著分子生物學(xué)理論和技術(shù)的發(fā)展,從 QTL (quantitative trait loci)水平上對(duì)油菜開花期進(jìn)行深入的解析。1995年,TEUTONICO等[5]首先在白菜LG2 (A2)和LG8(A8)連鎖群上定位到2個(gè)主效開花期QTL。此后,F(xiàn)ERREIRA等[6]以甘藍(lán)型冬油菜和春油菜雜交F1衍生的DH群體為材料,在A9、C2、C6上定位到3個(gè)主效QTL,其中A9連鎖群上的QTL貢獻(xiàn)率達(dá)到28%。接著,OSBORN等[7]在此基礎(chǔ)上通過添加大量分子標(biāo)記,重新定位QTL,使得A9上的QTL貢獻(xiàn)率由28%增加到46.9%,A9、C2和C6上3個(gè)QTL解釋群體遺傳總變異的 63.5%。BUTRUILLE等[8]1999年利用冬、春油菜間雜交和回交群體,在連鎖群A2、A3、A7、A8、A9、C2和C5上定位到開花期QTL,總貢獻(xiàn)率達(dá)到59%。ZHAO等[1]2005年用德國(guó)品種 Sollux和中國(guó)油菜 Gaoyou為親本構(gòu)建的SG-DH群體,在德國(guó)、中國(guó)杭州和西安3種環(huán)境下定位分析開花期性狀,檢測(cè)到7個(gè)主效QTL,分別位于A1、A2、C1、C2、C4、C6和C9上。其中,A1、C2 和C6相同位點(diǎn)上檢測(cè)到控制成熟期QTL。LONG等[9]于2007年利用歐洲冬油菜Tapidor和中國(guó)品種寧油7號(hào)構(gòu)建的TN群體,在中國(guó)冬油菜和春油菜區(qū)共11種環(huán)境下進(jìn)行定位試驗(yàn),發(fā)現(xiàn)36個(gè)SL-QTL(顯著),遍布油菜大多數(shù)連鎖群,其中A10和C6連鎖群上獲得春、冬油菜環(huán)境中效應(yīng)值最大、貢獻(xiàn)率分別達(dá)到52% 和26%—52%的主效QTL。除此,蔡長(zhǎng)春等[10]在油菜A4和C6上定位到貢獻(xiàn)率達(dá)到48.0%和20.6%的QTL。近期,XU等[11]利用60K油菜芯片對(duì)523個(gè)品種進(jìn)行SNP位點(diǎn)多態(tài)性檢測(cè),并對(duì)開花期性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,在A2、A4、A10、C3和C5上關(guān)聯(lián)到在多環(huán)境中表達(dá)的控制開花期QTL。WE等[12]在C2上定位到貢獻(xiàn)率達(dá)到20%以上的主效開花QTL。NELSON等[13]在溫、光控制條件下研究油菜開花性狀,在A2、A7和C3上定位到控制開花主效QTL,解釋群體遺傳變異的57.7%??傊?,控制油菜開花遲早的共性基因位點(diǎn)主要分布在A2、A3、A8、A9、A10以及C2 和C6染色體上。在模式植物擬南芥中,開花基因和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究很清楚[14-15]。據(jù)統(tǒng)計(jì),超過 300個(gè)基因參與擬南芥開花的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[16]。近年來,通過基因組DNA序列線性比對(duì)和QTL位置的比較分析,在油菜共性開花期主效 QTL峰值或附近位置均搜索到一系列擬南芥同源開花關(guān)鍵基因[7,9,17],作為多倍體的油菜作物,其開花期的控制機(jī)制相對(duì)擬南芥更為復(fù)雜,因而QTL數(shù)量更多,互作關(guān)系更趨網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。迄今為止,油菜 19條連鎖群上幾乎都檢測(cè)到控制開花期的QTL。HOU等[18]首次對(duì)甘藍(lán)型油菜A10連鎖群上的開花期主效QTL進(jìn)行圖為克隆,精細(xì)定位至80 kb區(qū)間,確定含F(xiàn)LC同源基因,發(fā)現(xiàn)上游啟動(dòng)子區(qū)域一個(gè)621 bp的插入與油菜冬性特征有關(guān)。據(jù)報(bào)道,油菜開花期與產(chǎn)量性狀有較大關(guān)聯(lián),每果粒數(shù)與開花遲、早顯著正相關(guān),與千粒重顯著負(fù)相關(guān)[19-20],開花期平均相差約4 d即可導(dǎo)致千粒重顯著增減[20]。油菜千粒重是產(chǎn)量形成中最重要的構(gòu)成因素之一,是一個(gè)典型的數(shù)量性狀,19條連鎖群上都檢測(cè)到千粒重QTL,其中分布在A1、A2、A5、A7、C2、C3、C4、C7、C8 和C9上的QTL被多次報(bào)道[21-24]。LIU等[25]通過圖位克隆,成功獲得控制 A9連鎖群上主效粒重 QTL的功能基因?!颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】近20年中,針對(duì)油菜開花期性狀,已進(jìn)行了大量的QTL定位研究,通過不同方法和不同研究材料獲得一系列共性主效QTL,但從QTL水平上解析開花期對(duì)產(chǎn)量構(gòu)成性狀的影響和相互關(guān)系則尚未見報(bào)道?!緮M解決的關(guān)鍵問題】本研究利用添加了372個(gè)標(biāo)記的新版SG圖譜[26]和新增6個(gè)試驗(yàn)共9種環(huán)境的開花期表型數(shù)據(jù),重新對(duì)SG群體進(jìn)行開花期定位分析;同時(shí)利用條件QTL分析方法研究開花期對(duì)千粒重QTL的影響,為早熟油菜品種選育提供科學(xué)依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 研究材料

        以先前構(gòu)建的歐洲油菜 Sollux和中國(guó)材料Gaoyou雜交F1產(chǎn)生的282個(gè)DH株系為材料[2]。Sollux為典型歐洲冬油菜,而 Gaoyou是浙江大學(xué)育成的早熟品種高油605的選系,2個(gè)品種開花期差異近一個(gè)月。QTL定位圖譜包含481個(gè)分子標(biāo)記,覆蓋甘藍(lán)型油菜基因組19條連鎖群,總長(zhǎng)1 948.6 cM,標(biāo)記間平均距離4.05 cM[27]。

        1.2 田間試驗(yàn)

        田間試驗(yàn)包括2001年中國(guó)杭州、西安以及德國(guó)哥廷根的Reinshof 3個(gè)試驗(yàn)點(diǎn)[2]以及2004、2005、2007、2008、2009和2013年杭州(浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院試驗(yàn)農(nóng)場(chǎng))共9個(gè)環(huán)境試驗(yàn)結(jié)果。試驗(yàn)采用完全隨機(jī)排列,2次重復(fù)。每株系種植2行,行長(zhǎng)2.5—3.0 m,行距0.33 m,株距0.12 m。

        1.3 開花期記載和千粒重測(cè)定

        親本和DH株系的開花期記載以小區(qū)25%植株開第一朵花為標(biāo)準(zhǔn),數(shù)據(jù)分析時(shí)換算成播種期到開花期的天數(shù),取2次重復(fù)觀察值平均值。千粒重用BS 124S型電子天平稱量,隨機(jī)抽取小區(qū)混收種子測(cè)定,精確到小數(shù)點(diǎn)后3位,每樣品隨機(jī)稱量3次,重復(fù)間相差不超過0.02 g。

        1.4 表型數(shù)據(jù)處理及條件效應(yīng)預(yù)測(cè)

        DH群體性狀表型統(tǒng)計(jì)以及性狀間相關(guān)系數(shù)采用SPSS17.0軟件。條件效應(yīng)值的獲取采用ZHU[27]提出的基于混合線性模型的數(shù)量性狀條件分析方法,YT1/T2表示在消除性狀2的表型變異后性狀1的表型值,如YSW/FT指剔除開花期影響后千粒重(SW)的表型值。

        1.5 QTL定位分析

        首先運(yùn)用WinQTLCart 2.5復(fù)合區(qū)間作圖法[28],對(duì)開花期表型值按單環(huán)境進(jìn)行全基因組 QTL掃描,以LOD>2.5作為閥值判斷QTL是否真實(shí)存在。在每個(gè)連鎖群上間隔1 cM檢測(cè)QTL存在的可能性,確定各性狀QTL的數(shù)目及其連鎖圖上QTL的置信區(qū)間、加性效應(yīng)值以及對(duì)性狀表型的貢獻(xiàn)率。若不同環(huán)境中檢測(cè)到的QTL置信區(qū)間(1-LOD)內(nèi)有重疊區(qū)域,則認(rèn)為是同一個(gè)QTL,重疊部分被定義為這個(gè)QTL的置信區(qū)間。進(jìn)一步采用QTLNetwork 2.0軟件[29],對(duì)9種環(huán)境下的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合定位分析,估測(cè)QTL與環(huán)境的互作以及控制開花期基因位點(diǎn)之間的上位性效應(yīng)。QTL的顯著性概率值為0.05,通過1 000次排列,檢驗(yàn)推斷QTL及成對(duì)推斷QTL的效應(yīng)顯著性,用檢驗(yàn)出的顯著QTL構(gòu)建QTL全模型,進(jìn)一步對(duì)模型進(jìn)行選擇,剔除可能的假陽性QTL,用基于Gibbs抽樣的Bayesian方法[30]估計(jì)QTL及其與環(huán)境互作的各項(xiàng)遺傳效應(yīng)值。

        QTL命名采用q+性狀英文縮寫開花期FT(千粒重SW)+所在連鎖群代號(hào)+QTL個(gè)數(shù)。如在油菜第2染色體上第1個(gè)開花期QTL,命名為:qFTA2-1。

        1.6 候選基因定位

        提取SG-DH群體雙親Sollux和Gaoyou抽苔現(xiàn)蕾期DNA,對(duì)其進(jìn)行二代測(cè)序,獲得現(xiàn)蕾期轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。根據(jù)CHALHOUB等[31]近期發(fā)表的油菜基因組信息,針對(duì)SG群體控制開花期主效QTL區(qū)間標(biāo)記信息,通過分析比對(duì),找出所有表達(dá)基因,將這些基因與NCBI上報(bào)道的擬南芥開花相關(guān)基因比對(duì)(P<0.01),獲得相關(guān)的候選基因并確定候選基因在連鎖群上的物理位置。

        2 結(jié)果

        2.1 親本及DH群體開花期表型變異

        通過對(duì)親本和DH群體開花期表型的統(tǒng)計(jì)(表1),2個(gè)親本在9種不同環(huán)境下的開花期相差17—30 d,平均相差24 d;DH群體株系播種至開花天數(shù)9種環(huán)境平均最大值196 d,和Sollux相同,最小值170 d,較Gaoyou早2 d,沒有明顯的超雙親現(xiàn)象,說明控制遲和早開花的等位基因主要分別來自 Sollux和Gaoyou。

        表1 DH群體開花期9種環(huán)境下的表型變異Table 1 Phenotypic variation of flowering time in SG-DH population across nine environments

        2.2 開花期QTL分析

        利用WinQTLCart2.5軟件對(duì)9種環(huán)境下的開花期進(jìn)行QTL掃描,共檢測(cè)到在3種以上環(huán)境中穩(wěn)定表達(dá)的QTL有7個(gè)(表2),分布在9條不同的染色體(qFTA2、qFTA3、qFTA4、qFTA10、qFTC2、qFTC6 和 qFTC8)上,平均加性效應(yīng)值 0.98—2.93。qFTC2 和 qFTC6在 9種環(huán)境中穩(wěn)定表達(dá),峰值集中,平均LOD值達(dá)到17.3和15.4(圖1-a—圖1-b),平均遺傳貢獻(xiàn)率分別達(dá)19.1%和14.9%。qFTA2也在7種環(huán)境中被檢測(cè)到,平均加性效應(yīng)值為1.52(圖1-c),貢獻(xiàn)率為7.9%。qFTA3和qFTA10分別在6和5種環(huán)境中顯著。所有7個(gè)QTL位點(diǎn),其遺傳效應(yīng)均表現(xiàn)為Sollux等位基因使開花延遲而 Gaoyou等位基因致提早開花。當(dāng)7個(gè)QTL位點(diǎn)分別聚合Sollux和Gaoyou等位基因時(shí),可致開花期相差21.8 d,解釋群體內(nèi)遺傳總變異的約84%(DH群體內(nèi)最遲和最早開花的株系相差26 d)。通過對(duì)雙親花蕾轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、基因表達(dá)分析和序列比對(duì),在3個(gè)主效QTL(qFTA2、qFTC2 和qFTC6)區(qū)間,發(fā)現(xiàn)與擬南芥中控制開花關(guān)鍵基因FLOWERING LOCUS T(FT)的2個(gè)同源拷貝BnFT-A2 和 BnFT-C6;春化途徑中關(guān)鍵基因 FLOWERING LOCUS C(FLC)以及與FLC相關(guān)的酵母多聚腺苷酸化因子pfs2p的同源基因BnFLC-C2和BnFY-C2;還有 APETALA 1-1(AP1-1)和 AP1-2的同源基因BnAP1-C6a和BnAP1-C6b分別位于SG群體中最重要的3個(gè)QTL的峰值或附近位置。根據(jù)這些同源基因的油菜序列設(shè)計(jì)標(biāo)記,已將這6個(gè)基因拷貝定位在相應(yīng)的QTL峰值或相近位置上(圖1)

        圖1 SG-DH群體在9種環(huán)境中檢測(cè)到的3個(gè)主效開花期QTL qFTA2(a), qFTC2(b)和qFTC6(c)Fig. 1 Three major QTL of flowering time qFTA2(a), qFTC2(b) and qFTC6(c)from 9 environments in SG DH population

        2.3 開花期QTL的上位性及與環(huán)境的互作

        為解析油菜開花期QTL之間以及QTL與環(huán)境之間的互作關(guān)系,進(jìn)一步采用QTLnetwork2.0軟件對(duì)9種環(huán)境下的開花期進(jìn)行 QTL聯(lián)合定位,共檢測(cè)到 8對(duì)顯著的上位性QTL,5對(duì)發(fā)生在QTL×QTL之間、2對(duì)是QTL×標(biāo)記位點(diǎn)互作、只有1對(duì)是標(biāo)記位點(diǎn)間互作(表3)。除1對(duì)A基因組間和1對(duì)C基因組間互作外,其余6對(duì)均發(fā)生在A和C基因組之間;所有上位性QTL的效應(yīng)值為負(fù)值,說明雙親在這些QTL或標(biāo)記位點(diǎn)之間雜結(jié)合時(shí)會(huì)相對(duì)延遲開花;上位性QTL的效應(yīng)值在0.32—1.53??偤褪羌有钥傂?yīng)的41.8%。

        結(jié)果顯示,開花期QTL受環(huán)境影響較小,互作(QE)只發(fā)生在個(gè)別環(huán)境的極少數(shù) QTL位點(diǎn)。qFTA4在2001德國(guó)和2012年杭州環(huán)境中各出現(xiàn)效應(yīng)值方向相反的 QE互作,效應(yīng)值分別是 0.8和-0.40。qFTA10在2001的西安和德國(guó)環(huán)境中存在顯著的QE互作,效應(yīng)值分別為-0.46和0.41,其余QTL未檢測(cè)到顯著的 QE互作,上位性 QTL只在德國(guó)Reinshof 環(huán)境下,ZAAS1029/qFTC2位點(diǎn)檢測(cè)到微效的AAE互作。

        表2 SG-DH群體在9種環(huán)境下的開花期QTL信息Table 2 QTL information of flowering time in SG population over 9 environments

        表3 SG-DH群體中開花期的上位性效應(yīng)Table 3 Epistatic interactions estimated from SG-DH population for flowering time

        2.4 開花期與種子千粒重的遺傳關(guān)聯(lián)

        選用9種環(huán)境下SG群體282個(gè)株系開花期平均值(播種到開花天數(shù))分別與相應(yīng)的含油量、千粒重、角果粒數(shù)和角果長(zhǎng)度均值進(jìn)行相關(guān)分析,結(jié)果是開花期與含油量、角果長(zhǎng)度和角果粒數(shù)的相關(guān)系數(shù)分別為0.018、0.056和0.008,基本無相關(guān),但和千粒重的相關(guān)系數(shù)達(dá)到-0.403,極顯著負(fù)相關(guān)(P<0.001)。說明開花早的材料可能通過較長(zhǎng)的籽粒灌漿周期增加千粒重。為了揭示開花期對(duì)千粒重QTL的影響,根據(jù)條件QTL定位方法,用9種環(huán)境下的平均千粒重和排除開花期變異后的條件千粒重平均值進(jìn)行條件前、后的QTL分析和比較(表4),當(dāng)排除開花期條件因素后,在10個(gè)千粒重QTL中,6個(gè)(qSWA1、qSWA7、qSWC7、qSWC1-2、qSWC1-1和qSWC8)基本保持效應(yīng)值穩(wěn)定,除qSWC1-1和qSWC1-2顯著性保持不變和略有下降外、其余4個(gè)QTL LOD值均有上升。6個(gè)QTL位點(diǎn)中,4個(gè)增加粒重等位基因來自歐洲親本 Sollux;值得注意的是,中國(guó)親本Gaoyou等位基因提高粒重的4 個(gè)QTL(qSWA2、qSWA3、qSWA4和qSWC2),當(dāng)給定群體株系間開花期無變化時(shí),均不存在顯著的QTL,說明開花期對(duì)種子千粒重在這些QTL位點(diǎn)上有顯著影響。qSWA7和qSWC8(圖2-a—圖2-b)是2個(gè)顯著性最高效應(yīng)值最大的粒重QTL,顯然開花遲、早對(duì)其未發(fā)生大的影響;qSWC2大粒等位基因來自Gaoyou,是受到開花期調(diào)控的典型基因位點(diǎn),假定以開花期無變化為條件時(shí),LOD值由條件前的5.27降至1左右,qSWC2SW|FT效應(yīng)不顯著(圖2-c)。開花期對(duì)qSWC7的影響則表現(xiàn)另一種調(diào)控模式,非條件qSWC7 的LOD值剛過閥值(2.70),但條件QTL qSWC7SW|FT的LOD值升至3.81,效應(yīng)值也略增大(圖2-d)。

        圖2 開花期對(duì)SG群體中4個(gè)主效千粒重QTL的影響模式Fig. 2 The genetic regulation of flowering time to 1000-seed weight on four major QTL for seed weight in SG population

        2.5 主效開花期QTL連鎖標(biāo)記的育種應(yīng)用

        為驗(yàn)證主效開花期QTL的遺傳效應(yīng),探討通過標(biāo)記篩選,聚合提早開花等位基因,獲得早熟育種材料的可能性。根據(jù)SG群體282個(gè)株系在9種環(huán)境下的開花期平均值,選取開花最早和最遲的株系各20個(gè),用效應(yīng)值最大、顯著性最高的3個(gè)主效QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)峰值及相近位置12個(gè)標(biāo)記進(jìn)行基因型和性狀表現(xiàn)型的關(guān)聯(lián)分析,從中篩選出6個(gè)高度關(guān)聯(lián)的共顯性標(biāo)記(表5)。在播種到開花平均為176 d的 20個(gè)最早開花的株系中,qFTA2連鎖標(biāo)記ZAAS548b和DNAPL的基因型70%和80%顯示早開花等位基因帶型,qFTC2和qFTC6各2個(gè)標(biāo)記符合率則達(dá)到80%和95%;在播種到開花平均為192 d的20個(gè)最遲開花的株系中,qFTA2位點(diǎn)2標(biāo)記顯示80%和75%條帶為遲開花基因型而qFTC2和qFTC6位點(diǎn),遲開基因型高達(dá)100%和90%。因此,選用這些標(biāo)記轉(zhuǎn)育早花早熟基因尤其是通過回交和復(fù)交,將中國(guó)油菜中的早熟基因?qū)牒途酆嫌跉W洲油菜品種中,創(chuàng)制適合長(zhǎng)江流域油菜主產(chǎn)區(qū)種植環(huán)境而以歐洲油菜為主要遺傳背景的育種新資源,在雜交油菜育種中將發(fā)揮重要作用。另最早和最遲開花的各20個(gè)株系,平均千粒重差值達(dá)0.328 g,差異極顯著(P=0.015);但早花和遲花二組間含油量和角果粒數(shù)均無顯著差異(P=0.274和0.189)。

        3 討論

        3.1 不同遺傳背景下開花期QTL比較

        表4 千粒重條件和非條件QTL 的加性效應(yīng)Table 4 Additive effect of conditional and unconditional QTLs for 1000-seed weight

        本研究在ZHAO等[2]前期研究基礎(chǔ)上,利用新增6種環(huán)境的開花期表型數(shù)據(jù)和添加356個(gè)分子標(biāo)記后的新版SG圖譜,對(duì)共9種環(huán)境下的開花期性狀重新進(jìn)行QTL掃描,共檢測(cè)到在3種以上環(huán)境中穩(wěn)定表達(dá)的QTL有7個(gè)。其中,3個(gè)效應(yīng)值最大的QTL是qFTA2、 qFTC2和qFTC6,Gaoyou等位基因純合并存時(shí),可相應(yīng)提早開花約3、6和4 d,是創(chuàng)制油菜早熟親本的候選QTL位點(diǎn)。油菜開花期QTL的研究已有眾多報(bào)道,幾乎在所有 19條連鎖群上均檢測(cè)到相關(guān)基因位點(diǎn),但出現(xiàn)頻率最高、效應(yīng)值最大的QTL主要分布在A2、C2和C6連鎖群上[1,5-9],與本研究結(jié)果相吻合。比較先前3環(huán)境下的定位結(jié)果[1],qFTA2、qFTC2和qFTC6的顯著性和效應(yīng)值均有提高,qFTA3、qFTA4、qFTA10和qFTC8是新定位的QTL,分別在6、4、5 和3種環(huán)境中表達(dá)顯著,而之前在3種環(huán)境聯(lián)合定位分析中檢測(cè)到的A1、C1、C4和C9上的QTL只在1 —2種環(huán)境中顯著,未計(jì)入在內(nèi)。這可能是隨著圖譜上標(biāo)記飽和度的增加和全基因組覆蓋率的提高,以及試驗(yàn)環(huán)境數(shù)的增加和試驗(yàn)誤差減小,使得統(tǒng)計(jì)精確性加強(qiáng),QTL的檢出率提高而只在少數(shù)環(huán)境下檢測(cè)到的效應(yīng)值又較小的QTL很可能是假陽性QTL。

        包括油菜在內(nèi)的多個(gè)蕓薹屬作物全基因組的測(cè)序完成為QTL的精細(xì)定位、候選基因篩選和圖位克隆提供了強(qiáng)大的信息資源和技術(shù)支撐。通過序列比對(duì),首先將qFTA2、qFTC2和qFTC6確定在油菜或甘藍(lán)基因組相應(yīng)物理區(qū)間,分別位于油菜ChrA2∶4—8 Mb、甘藍(lán)C02∶1—4.5 Mb和油菜ChrC6∶25—29 Mb區(qū)間。擬南芥基因組同源比對(duì),在qFTA2和qFTC6峰值位置發(fā)現(xiàn)擬南芥中調(diào)控開花關(guān)鍵基因FLOWERING LOCUS T(FT)的2個(gè)同源栲貝BnFT-A2(GSBRNA2T00090951001)和BnFT-C6(GSBRNA2T00067517001)。BnFT-C6兩側(cè)還發(fā)現(xiàn)BnAP1-1(GSBRNA2T00118005001)和BnAP1-2 (GSBRNA2T00054833001)2個(gè)開花相關(guān)基因,這個(gè)結(jié)果與LONG等[9]和WANG等[14]的報(bào)道相一致(圖1-a和圖1-c)。除此,擬南芥中“春化途徑”的重要基因 FLOWERING LOCUS C(FLC)的同源基因BnFLC-C2 (GSBRNA2T00068991001)和與開花有關(guān)的酵母多聚腺苷酸化因子 pfs2p同源基因 BnFY-C2 (GSBRNA2T00151903001)位于 qFTC2區(qū)間峰值位置(圖1-b),該區(qū)間同源于KOORNNEEF等[32]早年報(bào)道的擬南芥第5染色體上包含F(xiàn)LC、CO和FY等開花基因的區(qū)域,與 RAMAN等[17]報(bào)道的貢獻(xiàn)率最大(22.39%)的QTL Qdtf(g).wwai-C2a,可能屬于相同QTL。研究結(jié)果為后續(xù)功能確認(rèn)提供重要參考。

        3.2 開花期QTL對(duì)環(huán)境的響應(yīng)以及基因間的互作

        9環(huán)境下檢出的在3種以上環(huán)境中表達(dá)的7個(gè)開花期QTL,除qFTA10中國(guó)西安環(huán)境中被檢測(cè)到微效QE互作,其余QTL與環(huán)境的互作效應(yīng)均未達(dá)顯著,上位性QTL與環(huán)境互作也只在德國(guó)Reinshof環(huán)境下,ZAAS1029/qFTC2位點(diǎn)檢測(cè)到微效的AAE互作,說明開花期是一個(gè)相對(duì)穩(wěn)定的性狀,環(huán)境互作不大。8對(duì)互作上位性QTL,效應(yīng)均較微,累計(jì)不到加性主效的一半,值得注意的是7個(gè)加性主效QTL中,除了qFTC8外,其余 6個(gè)均有上位性效應(yīng),2個(gè)最重要的QTLqFTC2和qFTC6分別與4和2個(gè)QTL/標(biāo)記位點(diǎn)發(fā)生互作,qFTA2、qFTA3和qFTA10也分別參與上位互作1—2次。因此,借助標(biāo)記輔助轉(zhuǎn)育早熟基因時(shí)因考慮到與其他QTL或位點(diǎn)的互作而帶來的影響。

        開花性狀在模式植物擬南芥中已研究得相當(dāng)清楚,由幾百個(gè)基因共同參與,是一個(gè)復(fù)雜的基因網(wǎng)絡(luò)[16],如“春化途徑”關(guān)鍵基因 FLC同時(shí)又受到SHORTVEGETATIVEPHASE(SVP)、TEMPRANILLO1 (TEM1)、SUPPRESSOR、OFFRIGIDA4(SUF4)、FRIGIDA(FRI)、EARLYFLOWERING7(ELF7)、EARLYFLOWERINGINSHORTDAYS(EFS)、VERNALIZATION INSENSITIVE 3(VIN3)、VERNALIZATION2(VRN2)等多個(gè)基因、多條途徑調(diào)控,因而含BnFLC-C2(GSBRNA2T00068991001)的qFTC2區(qū)域參與多個(gè)上位互作是可以理解的。

        3.3 開花期對(duì)種子千粒重的影響

        比較千粒重在非條件和給定開花期為條件時(shí)的QTL分析結(jié)果,可以看出開花期對(duì)千粒重QTL的作用模式有 3種情況。(1)當(dāng)開花期被條件后,LOD值急劇下降至閥值以下,QTL效應(yīng)不再顯著,如效應(yīng)值較小的4個(gè)QTL qSWA2、qSWA3、qSWA4和qSWC2,大粒等位基因均來自中國(guó)親本Gaoyou。其中qSWC2 與qFTC2同位點(diǎn),qSWA2和qSWA3相鄰處有qFTA2 和qFTA3 2個(gè)開花期QTL,早開花等位基因均來自Gaoyou,顯然在這些位點(diǎn)上,大粒等位基因效應(yīng)可能與開花早、籽粒灌漿期長(zhǎng)有關(guān)。當(dāng)早開花優(yōu)勢(shì)消失后,粒重QTL不覆存在。通過選擇這些位點(diǎn)的早開花標(biāo)記基因型有望同時(shí)提高種子千粒重,這也部分給出了開花期與千粒重之間極顯著負(fù)相關(guān)的遺傳解釋;(2)開花期的變化對(duì)粒重 QTL基本無影響,如 qSWA1、qSWA7、qSWC7和qSWC8,LOD值雖出現(xiàn)小幅上升,效應(yīng)值基本不變。除qSWC8,其他3個(gè)QTL位點(diǎn),歐洲親本Sollux增加粒重。qSWA7和qSWC8是SG群體中2個(gè)效應(yīng)值最大,顯著性最高的QTL,當(dāng)給定開花期不變時(shí),LOD值和貢獻(xiàn)率有所提高,效應(yīng)值穩(wěn)定。因此,這兩個(gè)效應(yīng)值最大的粒重QTL推薦育種應(yīng)用可有效提高千粒重但不影響開花期;(3)如qSWC1-1和qSWC1-2,當(dāng)開花期給定不變時(shí),QTL的LOD值下降或效應(yīng)值同時(shí)下降,說明開花遲早對(duì)其在一定范圍內(nèi)有一定影響。

        3.4 QTL連鎖標(biāo)記的篩選和育種潛力分析

        根據(jù)SG群體極端開花期株系在3個(gè)效應(yīng)值最大的QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)區(qū)域標(biāo)記基因型和開花期表現(xiàn)型的關(guān)聯(lián)分析(表5),篩選獲得6個(gè)高質(zhì)量、高吻合度的共顯性標(biāo)記?;谶@3個(gè)QTL的標(biāo)記輔助,目前,筆者正在試圖通過回交導(dǎo)入和自交純合,將中國(guó)油菜中的早花早熟基因?qū)牒途酆系綒W洲油菜遺傳背景中,創(chuàng)制出以優(yōu)良?xì)W洲油菜品種為遺傳背景但開花期可提早約半個(gè)月的育種新材料,這對(duì)擴(kuò)大中國(guó)油菜親本材料的遺傳基礎(chǔ),增加強(qiáng)優(yōu)勢(shì)組合的父本來源產(chǎn)生積極作用,是分子育種設(shè)計(jì)和創(chuàng)新育種理念的新途徑和新思路。這些標(biāo)記目前已投入育種應(yīng)用并收到了較好的選育效果(數(shù)據(jù)未列出)。

        另外。本研究發(fā)現(xiàn)遲、早開花組各20個(gè)株系除開花期相差19 d,早開花組千粒重平均值高于遲開花組0.3218 g,差異極顯著,但含油量和角果粒數(shù)基本持平。因此,通過標(biāo)記輔助導(dǎo)入早花基因可同時(shí)提高千粒重,但不影響含油量和角果粒數(shù),對(duì)群體產(chǎn)量的正向作用有待下一步試驗(yàn)確認(rèn)。

        4 結(jié)論

        7個(gè)QTL均顯示早開花等位基因來自中國(guó)親本。擬南芥中調(diào)控開花關(guān)鍵基因FT、API、FLC和FY的6個(gè)同源拷貝定位到了3個(gè)主效QTL峰值位置。開花遲、早顯著影響4個(gè)千粒重QTL,但2個(gè)最重要的粒重位點(diǎn)(qSWA7和 qSWC8)不受影響。3個(gè)主效 QTL (qFTA2、qFTC2和qFTC6)的6個(gè)共顯性標(biāo)記可用于早熟基因的導(dǎo)入和早熟材料的選育。

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        [31] CHALHOUB B, DENOEUD F, LIU S, PARKIN I A, TANG H,WANG X, CORRéA M. Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome. Science, 2014, 345(6199):950-953.

        [32] KOORNNEEF M, VRIES H, HANHART C, SOPPE W, PEETERS T. The phenotype of some late-flowering mutants is enhanced by a locus on chromosome 5 that is not effective in the Landsberg erecta wild-type. The Plant Journal, 1994, 6(6): 911-919.

        (責(zé)任編輯 李莉)

        Mapping QTL of Flowering Time and Their Genetic Relationships with Seed Weight in Brassica napus

        HUANG Ji-xiang1, XIONG Hua-xin1,2, PAN Bing1,3, NI Xi-yuan1, ZHANG Xiao-yu1, ZHAO Jian-yi1
        (1Institute of Crop and Nuclear Technology Utilization, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences/State Key Laboratory Breeding Base for Zhejiang Sustainable Pest and Disease Control, Hangzhou 310021;2College of Chemistry and Life Sciences, Zhejiang Normal University, Jinhua 321000, Zhejiang;3College of Agriculture & Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou 310058)

        【Objective】The present research aimed to explore the major QTL controlling the flowering time in European andChinese rapeseed materials, to analyze the genetic influence of flowering time on QTL for 1000-seeds weight, and thus to provide available information for breeding purpose.【Method】The doubled haploid (DH) Sollux/Gaoyou population with 282 lines was used. The data set of flowering time was obtained from nine environments and over seven years. QTL identification of flowering time was performed using WinQTLCart 2.5. The candidate genes underlining QTLs were screened out by transcriptome analysis using RNA-Seq and alignment between QTL regions and Arabidopsis. Further, conditional QTL estimation was adopted to dissect the genetic relationships between flowering time and seed weight. Finally, using selected DH lines with extreme phenotypes of flowering time, an association evaluation between marker genotypes and phenotypes of flowering time was performed. 【Result】 Seven major QTLs were detected, which showing significant at least in three environments. Their additive effects ranged from 0.58-3.85 days and together accounted for around 84% of the phenotypic variation in population. The sum of eight pairs of epistatic loci (additive × additive) accounted for 41.8% of the total additive effects. QTL by environmental interactions were significant only in few environments with small amount of genetic effects. Four critical orthologous genes of Arabidopsis thaliana for flowering time were mapped in the peak positions of three most significant QTL regions (qFTA2, qFTC2, and qFTC6). It provides valuable information to anchor candidate genes underling QTL. The conditional QTL analysis revealed large impact of flowering time on seed weight in four QTLs (qSWA2, qSWA3, qSWA4, and qSWC2). This partly explained the significant negative correlation between flowering time and 1000-seed weight. While the most important two (qSWA7 and qSWC8) showed independent without being interfered. Six markers linked with three major QTLs showed good fitness between marker genotypes and trait phenotypes (70%-100%), indicating their potentials for breeding purpose. The results demonstrated that the combination of early flowering alleles from qFTA2, qFTC2 and qFTC6 by marker assistant selection of ZAAS548, DNAPL, ZAAS619sa, ZAAS616s, ZAAS846a and C6SGFLO-22 induced not only early flowering but also significantly increased 1000-seed weight, while the oil content and seeds per silique between two extreme flowering time groups showed almost the same.【Conclusion】All seven QTLs of flowering time showed Chinese parent Gaoyou induced early flowering. Four important candidate genes homologous to Arabidopsis controlling flowering time (FT, FLC,AP1, and FY) were physically aligned and mapped underlining the peak positions of the three major QTL qFTA2, qFTC2 and qFTC6. The results indicated that the four loci corresponding to seed weight were genetically influenced by flowering time, however, the most important two (qSWA7 and qSWC8) were independent. Six markers linked to the 3 major QTL were of potentials in the practical breeding program.

        Brassica napus L.; QTL mapping; flowering time; 1000-seeds weight; conditional QTL mapping

        2016-02-25;接受日期:2016-05-10

        國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃(973計(jì)劃)(2015CB150200)、七大農(nóng)作物育種專項(xiàng)(JFYS2016ZY03002156)、浙江省旱糧創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目(2011R50026-7)

        聯(lián)系方式:黃吉祥,Tel:0571-86403406;E-mail:838107@163.com。熊化鑫,Tel:0571-86403406;E-mail:huaxinxiong_11@163.com。黃吉祥和熊化鑫為同等貢獻(xiàn)作者。通信作者趙堅(jiān)義,Tel:0571-86403406;E-mail:2208086097@qq.com

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