溫亮 龍小玲 靳曉杰
摘要 綜述了1Dx5亞基的基因序列、高級結(jié)構(gòu)、分子標(biāo)記、氨基酸序列一級、二級結(jié)構(gòu)的研究進(jìn)展以及在小麥品質(zhì)改良中的應(yīng)用,以期為更高效地運用1Dx5亞基提高小麥品質(zhì)提供理論依據(jù)。
關(guān)鍵詞 小麥;高分子量麥谷蛋白亞基;1Dx5;品質(zhì)改良
中圖分類號 S512.1 文獻(xiàn)標(biāo)識碼 A 文章編號 0517-6611(2016)05-149-03
Abstract This study summarizes the research of 1Dx5 subunit on gene sequence, molecular marker, deduced amino acid sequence, secondary structure, and its application in wheat quality improvement, so as to provide theoretical basis for improving wheat quality by effective use of 1Dx5 subunit.
Key words Wheat; HMWGS; 1Dx5; Quality improvement
小麥儲藏蛋白中,麥谷蛋白與小麥面包品質(zhì)密切相關(guān)。麥谷蛋白按照分子量的大小分為高分子量麥谷蛋白亞基和低分子量麥谷蛋白亞基,其中高分子量麥谷蛋白亞基主要決定生面團的黏彈特性[1]。小麥中HMWGS編碼基因定位于1A、1B和1D染色體的長臂上,靠近著絲點9 cM處,分別命名為GluAl 、GluBl 和GluDl[2]。每個位點含有2個編碼不同類型緊密連鎖的高分子量谷蛋白基因(X型和Y型)。在SDS-PAGE中,同一位點編碼的X型高分子量谷蛋白亞基比Y型高分子量谷蛋白亞基具有較低的遷移速度[3]。
Glu1A、Glu1B和Glu1D相互之間沒有連鎖關(guān)系,但Glu1A 、Glu1B和Glu1D每一個位點內(nèi)的2個基因緊密連鎖;即Glu1Ax與 Glu1Ay緊密連鎖,Glu1Bx與Glu1By緊密連鎖,Glu1Dx與Glu1Dy緊密連鎖。每一個小麥品系都表達(dá)一組特定的高分子量谷蛋白亞基,該特定的高分子量谷蛋白亞基組成在MALDITOFMS質(zhì)譜分析中表現(xiàn)出幾個特定的峰值或在SDSPAGE中表現(xiàn)為特定的譜帶類型[3-4]。理論上,普通小麥在Glu1位點共有6個高分子量谷蛋白編碼基因,編碼6種高分子量谷蛋白亞基;但因一些基因的沉默(如1Ay基因),一般小麥表達(dá)4~5種高分子量谷蛋白亞基。普通小麥中大部分1Ay基因都是沉默的。
普通小麥及其近緣種中Glu1位點遺傳多態(tài)性較高,存在廣泛的等位變異。Payne等[5]報告了19種高分子量谷蛋白基因類型,在GluA1位點有3種類型,GluB1位點有11種類型,GluD1位點有6種等位基因類型。1Dx5+1Dy10,1Dx2+1Dy12是GluD1位點常見類型,其中1Dx5+1Dy10為優(yōu)質(zhì)亞基[6-7]。目前因為1Dx5亞基在小麥品質(zhì)遺傳改良中的重要作用,該亞基成為研究最多的亞基之一[8-13]。筆者綜述了1Dx5亞基在基因序列、分子標(biāo)記、氨基酸序列一級、二級結(jié)構(gòu)的研究結(jié)果以及在小麥品質(zhì)改良等方面的應(yīng)用,為更高效地運用1Dx5亞基提高小麥品質(zhì)提供理論依據(jù)。
1 1Dx5亞基編碼基因克隆及其結(jié)構(gòu)特點
目前高分子量麥谷蛋白亞基基因克隆方法主要有2種:文庫克隆法[14-15]和ASPCR法[16]。文庫克隆法運用一段HMWGS基因序列為探針篩選gDNA或cDNA文庫,從而得到靶基因序列,然后再將靶基因序列連到合適的載體進(jìn)行下一步測序。文庫克隆法需要構(gòu)建基因組文庫,工作量較大,技術(shù)要求較高、成本高。ASPCR法克隆高分子量麥谷蛋白亞基基因則克服了文庫克隆法的缺點,具有工作量較小、技術(shù)要求較低、成本較低的優(yōu)點。ASPCR法克隆主要依靠已經(jīng)克隆的HMWGS編碼基因序列,利用HMWGS基因兩端序列高度保守的特點,在序列兩端的保守區(qū)域設(shè)計特異引物,通過PCR技術(shù)直接從基因組或者cDNA中擴增目的基因片段,后將擴增的目的片段連接到測序載體進(jìn)行后續(xù)研究。
Anderson等[16]運用文庫克隆法首次從普通小麥品種Cheyenne中得到1Dx5亞基基因全序列(X12928)。1Dx5亞基基因開放閱讀框以及上下游序列全長8 463 bp,編碼序列為3 899~6 445 bp,長度為2 547 bp,編碼一條含849個氨基酸的亞基。起始密碼子ATG上游為啟動子區(qū),TATAbox 核心序列為TATAAAA,位于起始密碼子上游-91~-85 bp 處。另外,啟動子區(qū)還發(fā)現(xiàn)與CCAAATbox類似的序列,分別是位于起始密碼子上游-334~-330 bp以及-234~-230 bp處的CCAAT和-476~-473 bp以及-119~-116 bp處的CCAT。與所有高分子量麥谷蛋白基因相同,1Dx5中不含有內(nèi)含子。1Dx5亞基基因開放閱讀框的序列長為2 547 bp,分成4個區(qū)域:信號肽區(qū)域,一個無重復(fù)的5′末端區(qū)域,一個有高度重復(fù)堿基的中間區(qū)域和一個無重復(fù)的3′末端區(qū)域。從起始密碼子ATG開始的一段63 bp序列,為編碼一段21個氨基酸的信號肽序列。該信號肽在蛋白亞基成熟過程中被切除。5′末端序列長度為258 bp,中間重復(fù)區(qū)域長度為2 043 bp,3′端的無重復(fù)區(qū)域長度為126 bp。1Dx5基因在起始密碼子ATG位點下游2 543~2 548 bp處含有2個緊密相連的終止密碼子TGATAG。同時,在第1個終止密碼子下游51 bp處為一個6 bp的PolyA信號序列(AATAAA)。
2 1Dx5亞基的氨基酸序列特征
亞基1Dx5成熟肽共有827個氨基酸殘基,推導(dǎo)的相對分子量為88 127 Da。成熟的肽鏈包括3個基本區(qū)域:一個N末端區(qū)域,由89個氨基酸殘基;一個高度重復(fù)的中間區(qū)域,由696個氨基酸殘基組成;一個由42個氨基酸殘基組成的C末端區(qū)域 。中央重復(fù)區(qū)域主要由多拷貝的三肽(一致序列GQQ)、六肽(一致序列PGQGQQ)和九肽(一致序列GYYPTSPQQ)構(gòu)成。六肽和九肽都存在于x和y型亞基中,三肽僅存在于x型亞基中[16]。中央重復(fù)區(qū)域中共有三肽22個,六肽72個,九肽19個。1Ax1亞基的N端非重復(fù)區(qū)域具有3個半胱氨酸殘基(Cys),C端非重復(fù)區(qū)域有1個半胱氨酸殘基。
不同于其他x型亞基的是1Dx5中央重復(fù)區(qū)域還含有1個半胱氨酸殘基,研究者認(rèn)為這個半胱氨酸殘基是導(dǎo)致1Dx5亞基成為優(yōu)質(zhì)亞基的重要因素[6]。1Dx5亞基中的半胱氨酸殘基通過巰基于鏈內(nèi)形成二硫鍵,或與其他高分子量麥谷蛋白亞基或低分子量麥谷蛋白亞基作用形成鏈間二硫鍵,賦予面團黏彈特性[17-18]。
1Dx5亞基氨基酸序列含有豐富的谷氨酰胺(36.2%)、甘氨酸(20.1%)和脯氨酸(12.8%);由20種氨基酸中的19種組成(不含有天冬酰胺)(表1)。谷氨酰胺殘基主要分布在三肽序列的2、3位,六肽序列的3、5和6位,九肽序列的8和9位。研究顯示,高分子量麥谷蛋白亞基中谷氨酰胺的含量可影響小麥面筋的強度[19-20]。具有高谷氨酰胺含量的蛋白亞基可以在谷蛋白亞基之間形成更多的氫鍵,維持蛋白多聚體的結(jié)構(gòu)。1Dx5亞基中絲氨酸、谷氨酰胺、蘇氨酸、酪氨酸和甘氨酸都是極性氨基酸,易溶于水,可以在分子間形成氫鍵,維持面筋中蛋白多聚體的結(jié)構(gòu)。
3 1Dx5亞基高級結(jié)構(gòu)分析
Tatham等[21]運用圓二色光譜和計算機軟件相結(jié)合分析了面筋蛋白的構(gòu)造,對高分子量麥谷蛋白亞基的N末端和C末端結(jié)構(gòu)預(yù)測表明,這些區(qū)域富含a螺旋。Van Dijk等[22]運用圓二色光譜、傅氏轉(zhuǎn)換紅外線光譜分析儀和核磁共振證明在1Dx5亞基的PGQGQQ和GYYPTSPQQ基序中存在β轉(zhuǎn)角。其中Ⅱ型β轉(zhuǎn)角發(fā)生在線性序列PGQGQQPGQGQQ的QPGQ處,Ⅰ型β轉(zhuǎn)角分別發(fā)生在GYYPTSPQQGA、PGQGQQGYYPTSPQQ的YPTS、SPQQ處。且在GYYPTSPQQ GA、PGQGQQGYYPTSPQQ的GAGY、QQGY處發(fā)現(xiàn)Ⅰ型和Ⅱ型β轉(zhuǎn)角。Miles等[23]運用掃描隧道電鏡分析品種Bidi中純化的單個1Bx20亞基,結(jié)果表明亞基中的PGQGQQ、GYYPTSPQQ可以形成重復(fù)的有規(guī)則的β轉(zhuǎn)角,這些β轉(zhuǎn)角繼而形成β螺旋的超級結(jié)構(gòu)。1Dx5和1Bx20氨基酸序列中央重復(fù)區(qū)域都具有相似的PGQGQQ、GYYPTSPQQ基序,據(jù)此推測,1Dx5亞基中的PGQGQQ、GYYPTSPQQ可能形成重復(fù)的有規(guī)則的β轉(zhuǎn)角,這些β轉(zhuǎn)角繼而形成β螺旋的超級結(jié)構(gòu)。
Gilbert等[24]在大腸桿菌中表達(dá)了1Dx5亞基的103~643位氨基酸序列(分子量為58 ku),該序列對應(yīng)1Dx5亞基中央重復(fù)區(qū)域,經(jīng)純化后,運用傅里葉變換紅外光譜法分析其水合行為,發(fā)現(xiàn)1Dx5亞基可以形成具有黏彈性的大聚體,而分子量為58 ku的亞基之間可形成黏性更強但沒有彈性的大聚體。1Dx5亞基在烷基化和非烷基化2種狀態(tài)下都不溶于水,而58 ku的亞基在烷基化和非烷基化2種狀態(tài)下都溶于水。這表明1Dx5亞基的N末端和C末端結(jié)構(gòu)對1Dx5亞基的水化作用起重要作用。
Wang等[25]利用PSIPRED 軟件,預(yù)測了1Dy10、1Dy12、1Dx2、1Dx5等亞基的蛋白二級結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)1Dx5亞基中a螺旋的含量為6.6%,共為8個,分別有4個位于N末端和C末端;β折疊股的含量為1.5%,共為3個,其中2個位于N末端,1個位于C末端。
4 1Dx5亞基基因分子標(biāo)記的開發(fā)
采用SDSPAGE鑒定小麥高分子量谷蛋白亞基的組成,但SDSPAGE法不能區(qū)分遷移速率非常接近的不同亞基,且只能用收獲后的小麥子粒為材料進(jìn)行鑒定,不利于試驗的加速進(jìn)行。研究者根據(jù)不同亞基基因序列的特點,開發(fā)出一系列高分子量谷蛋白亞基分子標(biāo)記來區(qū)分不同亞基。
因為1Dx5和1Dy10基因緊密連鎖,1Dx2和1Dy12基因緊密連鎖,Smith等[26]設(shè)計了3對共顯性標(biāo)記區(qū)分1Dy10和1Dy12兩個基因,從而間接區(qū)分1Dx2和1Dx5基因。Dovidio 等[27]根據(jù)1Dx2和1Dx5基因之間的SNP和Indel分布情況,在 1Dx5基因起始密碼子上下游各200 bp處設(shè)計了一對引物,可以擴增450 bp的片段,在其他含有1Dx2、1Dx3、1Dx4、1Dx2.2基因的多個小麥品種中都不能擴增出條帶,證實了該標(biāo)記的可用性。Ahmad[28]首次將多重PCR技術(shù)運用于區(qū)分1Dx2+1Dy12、1Dx5+1Dy10基因,結(jié)果表明,兩對引物在一次PCR反應(yīng)結(jié)果可以區(qū)分1Dx2、1Dy12、1Dx5、1Dy10四個基因。Radovanovic等[29]依據(jù)1Dx5基因序列特點,設(shè)計了一對顯性標(biāo)記引物(Dx5F384、Dx5R655)在1Dx5基因可以擴增一條272 bp的片段,從而區(qū)分1Dx5和1Dx2基因。Ma等[30]也在1Dx5基因上設(shè)計了一對特異擴增一條478 bp的顯性標(biāo)記,這對標(biāo)記和另外兩對標(biāo)記可以聯(lián)合在一個PCR反應(yīng)中同時檢測區(qū)分1Ax2*與1Ax1,1Bx17與非1Bx17,1Dx5與非1Dx5基因,提高了檢測效率。Ishikawa等[31]設(shè)計了3條引物,當(dāng)材料中含有1Dx5基因時,可以擴增2條320和343 bp的片段,當(dāng)材料中無1Dx5基因時,可以擴增一條361 bp的片段。劉東濤等[32]選用已發(fā)表的5個1Dx5基因的PCR標(biāo)記,發(fā)現(xiàn)Ishikawa等[31]設(shè)計標(biāo)記在測試材料中穩(wěn)定擴增目標(biāo)片段,不產(chǎn)生非特異性擴增產(chǎn)物,是檢測1Dx5基因的最佳標(biāo)記。
5 1Dx5亞基在小麥品質(zhì)改良工程中的應(yīng)用
盡管小麥高分子量麥谷蛋白僅占種子總蛋白的10%左右,但對面團的黏彈性起著決定性作用。Blechl等[33]通過基因槍轉(zhuǎn)化法將優(yōu)質(zhì)亞基1Dx5的編碼基因?qū)胄←溨校@得了至少在三代內(nèi)穩(wěn)定表達(dá)的轉(zhuǎn)基因株系,證實通過轉(zhuǎn)基因技術(shù)可以改良小麥的高分子量麥谷蛋白亞基組成。Barro等[34]通過基因槍轉(zhuǎn)化法將1Dx5基因?qū)胄←溨?,獲得T2代轉(zhuǎn)基因株系種子,對其品質(zhì)研究結(jié)果表明,轉(zhuǎn)基因種子提高了面團彈性。He等[35]通過基因槍轉(zhuǎn)化法將1Dx5基因?qū)胗擦P←溨?,結(jié)果顯示轉(zhuǎn)基因硬粒小麥在面團強度和穩(wěn)定時間上都得到顯著提高。唐風(fēng)蘭等[36]通過花粉管通道法向小麥品系91B569和92K809中導(dǎo)入1Dx5基因,得到表達(dá)1Dx5亞基的株系,轉(zhuǎn)基因株系除芒的類型發(fā)生分離外,其他農(nóng)藝性狀表現(xiàn)和親本幾乎一致。說明花粉管通道法在改善小麥高分子量麥谷蛋白亞基組成的同時,可以保持親本原有的大部分優(yōu)異特性。王廣金等[37]利用花粉管通道法將1Dx5+1Dy10同時轉(zhuǎn)入小麥,蛋白質(zhì)、基因組水平檢測后代,篩選得到優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)的轉(zhuǎn)1Dx5+1Dy10基因品系21K867。對比與受體新克旱9號、21K867的主要品質(zhì)性狀都得到提高,其中穩(wěn)定時間增加1.3 min,面積增加5.1 cm2,延伸性增加1.4 cm,沉降值增加8.9 mL。Gadaleta 等[12]以大腸桿菌磷酸甘露糖異構(gòu)酶基因為正選擇標(biāo)記,創(chuàng)建了將1Dx5和1Dy10基因共同轉(zhuǎn)化到硬粒小麥的“最小基因盒”。該“最小基因盒”最大特點是不含有除草劑和抗生素抗性標(biāo)記基因。研究發(fā)現(xiàn),在T2代中1Dx5、1Dy10和大腸桿菌磷酸甘露糖異構(gòu)酶基因之間不存在連鎖關(guān)系,從T3代中分離得到無1Dx5和大腸桿菌磷酸甘露糖異構(gòu)酶基因,僅含有1Dy10表達(dá)的植株;在T4代得到僅表達(dá)1Dy10的純合個體。研究表明,通過“最小基因盒”基因槍轉(zhuǎn)化法與遺傳分離相結(jié)合有可能獲得新性狀的轉(zhuǎn)基因小麥植株,且該植株不含有轉(zhuǎn)化標(biāo)記。Beckles等[38]研究一個非轉(zhuǎn)基因的對照Bobwhite和3個轉(zhuǎn)基因株系小麥Bobwhite的淀粉特性,結(jié)果表明,3個轉(zhuǎn)基因株系分別為:一個為僅轉(zhuǎn)bar基因的對照,2個為轉(zhuǎn)1Dx5并超量表達(dá)(2.3和3.5倍)的株系。研究發(fā)現(xiàn)這4個株系糊化參數(shù)有較小差異。另外,超量表達(dá)3.5倍1Dx5的株系和其他株系相比,淀粉積累低而己糖積累高。其原因可能是基因變換過程引起的。這些變化并沒有嚴(yán)重地破壞淀粉的結(jié)晶度或改變淀粉的糊化焓或淀粉中直鏈淀粉脂質(zhì)復(fù)合物,直鏈淀粉含量和淀粉顆粒的糊化內(nèi)在蛋白體無變化。
6 結(jié)語
隨著消費者生活水平的提高,對小麥等加工品質(zhì)的要求越來越高。近年來一些優(yōu)質(zhì)小麥品種應(yīng)用于生產(chǎn)中,起到了一定的社會經(jīng)濟效應(yīng),但不能滿足市場的旺盛需求。 研究者可以利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)、分子標(biāo)記輔助選擇等對控制小麥加工品質(zhì)關(guān)鍵基因1Dx5進(jìn)行操作,加速優(yōu)質(zhì)小麥品種的培育,滿足消費者的需求。
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