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        在石家莊跟世界一流較勁,韓春雨“一鳴驚人”

        2016-05-25 11:52:31
        博客天下 2016年10期
        關(guān)鍵詞:春雨基因組實驗室

        令人吃驚的是,河北科技大學(xué)副教授韓春雨團隊的研究優(yōu)于麻省理工、哈佛、斯坦福等名校的同行

        2016年5月2日,韓春雨與合作者的文章終于發(fā)表了—先被《科學(xué)》(Science)審稿小半年后拒稿,后歷時9個月終被《自然生物技術(shù)》(Nature Biotechnology)接收。

        接下來的幾天里,他每天都會收到幾十上百封來自同行的郵件,但并非每封都能及時回復(fù)。

        “實驗室人手有限,處理不過來那么多郵件,還望同行海涵。”韓春雨在電話里說,滿是歉意。他和合作者發(fā)明的新的基因編輯技術(shù),正引起國內(nèi)同行的熱切關(guān)注。他們紛紛追問:“誰是韓春雨?”

        更精確,效率更高

        42歲的韓春雨是河北科技大學(xué)副教授,因為新發(fā)表的工作“一鳴驚人”。

        簡單地說,韓春雨團隊發(fā)明了一種新的基因編輯技術(shù)(NgAgo-gDNA),適合在人類細(xì)胞中基因組編輯,不同于已有最時興的技術(shù)(CRISPR-Cas9)。后者通過RNA尋找替換序列,而新技術(shù)通過DNA作為介導(dǎo)尋找替換目標(biāo)。

        NgAgo是短語Natronobacterium gregoryi Argonaute的簡稱。韓春雨團隊就是利用格氏嗜鹽堿桿菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute實現(xiàn)了DNA引導(dǎo)的基因組編輯,并發(fā)現(xiàn)NgAgo作為一種DNA介導(dǎo)的核酸內(nèi)切酶,適合在人體細(xì)胞中進行基因組編輯。

        Argonaute作為一個核酸內(nèi)切酶家族,最早由荷蘭瓦赫寧恩大學(xué)的約翰-范德歐斯特研究組證明這一家族的同源蛋白酶活,可以有效地利用單鏈脫氧核糖核酸作為短介質(zhì),去相對精準(zhǔn)地切割基因組靶點。

        范德歐斯特的這一發(fā)現(xiàn)開啟了基因組工程的新篇章,因為之前的大多數(shù)基因組工程研究是基于RNA的(CRISPR-Cas9、TALEN等,鋅指蛋白是基于DNA的但是沒有實現(xiàn)可編碼的優(yōu)勢),哈佛大學(xué)分子與細(xì)胞生物系副研究員段昕認(rèn)為,“這一進展給大家引入了一個新的思路去進一步改造”。

        韓春雨對自己的工作很有自信

        目前世界各個實驗室最為流行的基因編輯工具是CRISPR-Cas9。從原理上來說,早期的DNA編輯技術(shù)是通過蛋白(如鋅指蛋白)來尋找需要替換的序列,Cas9則是通過RNA(引導(dǎo)RNA,即gRNA)來尋找替換的序列,由于比操作蛋白質(zhì)簡單得多,Cas9技術(shù)迅速被廣泛使用。

        但是,Cas9需要19個配對的堿基,并且要求在需要編輯的基因組上這19個堿基后面必須緊鄰一個符合一定特征的三堿基序列(PAM序列),這在一定程度上限制了gRNA的設(shè)計,而NgAgo–gDNA系統(tǒng)不需要PAM序列,拓寬了其設(shè)計范圍。

        NgAgo結(jié)合24個堿基的gDNA,比Cas9的gRNA(19個堿基)要長5個堿基,理論上其精確性要提高1024(4的5次方)倍。DNA編輯相當(dāng)于在一本書中的某個位置找到一個單詞將它替換成另一個單詞,并且要保證書中其它地方的單詞不被替換。顯而易見,如果替換的是the這樣的簡單單詞,那么可能從書中找到多個地方,而找pneumonoultramicroscopicsilicovolcanoconiosi這樣的單詞則不太可能找錯。

        韓春雨團隊的研究還發(fā)現(xiàn),NgAgo–gDNA系統(tǒng)對向?qū)蛄?靶序列錯配容忍度很低。gDNA上任何一個堿基的變換都會降低NgAgo的切割效率,如有三個錯配則使其完全失活。這在另外一個機制上提高了NgAgo使用的精確性,特別是一些富含GC序列的地方,NgAgo系統(tǒng)比Cas9系統(tǒng)效率更高。

        韓春雨團隊在論文中還介紹,與Cas9相似,Argonautes在基因表達抑制及抵御外源核酸中起關(guān)鍵作用。但是,Argonautes在許多方面不同于Cas9。比如,Cas9只存在于原核生物中,而Argonautes在進化過程中保守,存在于幾乎所有生物體中;盡管大多數(shù)的Argonautes結(jié)合單鏈(ss)RNAs,在RNA沉默中起重要作用,一些Argonautes卻可以結(jié)合ssDNAs并切割靶DNA;正確的Cas9結(jié)合要求向?qū)NA必須有一個3′RNA-RNA雜化結(jié)構(gòu),Argonaute結(jié)合則不要求特異的一致的向?qū)NA二級結(jié)構(gòu);Cas9只可以切割PAM上游的靶序列,而Argonaute不要求靶序列上存在特異的序列。當(dāng)Argonaute與向?qū)蛄薪Y(jié)合時,它們可以影響彼此的生物化學(xué)特性,并作為一個整體起作用。

        “因此,從理論上說,NgAgo的脫靶率更低”,韓春雨說。

        荷蘭瓦赫寧恩大學(xué)約翰-范德歐斯特研究團隊

        “幸好NgAgo足夠給力”

        韓春雨是石家莊人,本科畢業(yè)于石家莊的河北師范大學(xué),他父母也在該校任教。

        1995年,韓春雨來到北京,先在中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院攻讀碩士學(xué)位,后在中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)(中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院)接受博士研究生訓(xùn)練,2003年獲得博士學(xué)位。此后,他并沒有尋找教職,在協(xié)和的實驗室繼續(xù)一項關(guān)于“人類Bex2與LMO2相互作用、調(diào)節(jié)新型DNA結(jié)合復(fù)合物的轉(zhuǎn)錄活性”的研究,2005年該結(jié)果發(fā)表在《核酸研究》(Nucleic Acids Research),韓春雨為第一作者,這篇文章也成為他科研生涯中具有標(biāo)志性的成果。

        2006年,32歲的韓春雨離開北京,到河北科技大學(xué)擔(dān)任教職。十年后,他發(fā)表了獨立研究生涯以來最為重要的工作。

        韓春雨的研究方向是真核基因表達調(diào)控,特別是和腫瘤相關(guān)的基因,以及表觀遺傳相關(guān)蛋白,RNA的功能研究,例如,長非編碼RNA的功能及其他。近些年基因編輯技術(shù),尤其是CRISPR-Cas9的不斷完善,深刻地影響到整個生命科學(xué)領(lǐng)域,韓春雨的實驗室也用上了CRISPR-Cas9這一工具,他本人也一直在關(guān)注基因編輯領(lǐng)域的進展,有過一些想法,但并沒有下決心動手。

        促使韓春雨真正動手的是2014年年初的兩篇文獻,其中一篇是范德歐斯特研究組發(fā)表在《自然》(Nature)雜志的。段昕介紹,范德歐斯特工作的局限性在于他們實驗所需要的溫度在65-75攝氏度,這使得很多實驗不能在生理條件(哺乳動物在37攝氏度左右)下完成。

        當(dāng)時,北京大學(xué)一位研究員得知范德歐斯特的研究后非常興奮。他判斷,TtAgo可以發(fā)展為一個更簡單的基因編輯工具,并產(chǎn)生了一個想法:哺乳動物中是否在特定時期或特定細(xì)胞中存在類似現(xiàn)象,比如決定細(xì)胞分化或抗體形成的過程。不過,他的實驗室在合成了人源密碼子優(yōu)化的TtAGO 后,嘗試了幾次切GFP序列,卻以失敗告終。

        幾乎在同一時間,韓春雨的實驗室進展則十分順利,“大概是兩個月就有結(jié)果出來了”。

        段昕介紹,韓春雨團隊做的,就是進一步搜尋Argonaute的同源蛋白。幸運的是,大量的已知大型測序數(shù)據(jù)給了他們很多有效的幫助,找到并進一步證明了來自不同菌株格氏嗜鹽堿桿菌的Argonaute同源蛋白可以在生理條件下實現(xiàn)類似的功能?!绊n的工作把系統(tǒng)進一步優(yōu)化,而且使得短介導(dǎo)DNA的準(zhǔn)確性和識別長度有了重大突破?!倍侮空f。

        北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院研究員魏文勝課題組也想嘗試DNA介導(dǎo)的Argonaute,但TtAGO的特點是工作溫度比較高?!斑@篇文章比較聰明,還是走對了路,沒有研究如何使高溫才能工作的酶通過構(gòu)象改變達到降溫,而是找到這樣一株可以在37度工作的Argonaute?!?魏文勝說。

        之后,韓春雨一邊向《科學(xué)》雜志投稿,一邊和實驗室的幾個學(xué)生一起完善結(jié)果。當(dāng)時文章最主要的結(jié)果是NgAgo確實可以做基因編輯工具,但“審稿人要求的比較完美”,來回審了小半年之后,“最后被拒了”。

        2014年秋天,韓春雨跟沈嘯提起自己正在做的NgAgo的工作,提出了幾個候選的工具。“這么好的課題和想法,我當(dāng)然全力支持并加入了?!鄙驀[回憶道。他是浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系研究員,在中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)博士畢業(yè)前一年,與韓春雨合作了發(fā)表在《核酸研究》的論文。2003年博士畢業(yè)以后,沈嘯曾在美國一所大學(xué)從事博士后研究,2015年入選浙江大學(xué)“百人計劃”。

        在被《科學(xué)》拒稿后,韓春雨和實驗室的學(xué)生繼續(xù)補充實驗,而沈嘯在項目和實驗設(shè)計上提供建議,他們發(fā)現(xiàn)了更多關(guān)于NgAgo的特性。

        “幸好NgAgo也比較給力,發(fā)現(xiàn)它是one-guide faithful的。”韓春雨笑著說。

        2015年6月3日,這篇僅有五人署名的文章的被投往《自然生物技術(shù)》,9個月之后,文章被接收,2016年5月2日在線發(fā)表。

        “文章發(fā)出來是好事,也是壞事”

        在整個生物界唯強大的CRISPR-Cas9馬首是瞻的時代,韓春雨的這一發(fā)現(xiàn)引發(fā)了諸多媒體和同行的熱情關(guān)注。

        有評論認(rèn)為,“(如果)未來中國任何一所普通的科研院校都能出現(xiàn)這種激動人心的科研成果,那么中國的科研實力才是真正的達到世界領(lǐng)先水平”。

        國內(nèi)關(guān)注生物行業(yè)的媒體評價說,“該成果核心為一項替代目前通用的Cas9的基因組編輯新技術(shù),這一成果打破了國際基因編輯技術(shù)的壟斷”。

        韓春雨對此評價不敢茍同,他認(rèn)為,NgAgo–gDNA系統(tǒng)和Cas9都為基因編輯應(yīng)用提供了更好的工具和多樣化的選擇,各有各的用處。

        沈嘯則對NgAgo可以取代Cas9 的評價持謹(jǐn)慎態(tài)度,“最客觀的說法是找到了新的基因編輯工具”。他認(rèn)為,Cas9基因編輯系統(tǒng)有點復(fù)雜,每當(dāng)把它某一個劣勢用某種技巧修正后,使之特性更高、更有效,就會是一篇很好的論文,每進行一個改良,就是一篇CNS的論文。“大部分人包括一些科學(xué)家可能自然而然受一種權(quán)威的影響,Cas9太強大了,大家都把目光集中在Cas9上,想怎么磨這把刀,把它做得更好更漂亮?!?/p>

        正是因為Cas9太熱,很多人就忽視了去尋找更好的甚至先天就可以規(guī)避這些問題的工具。前述的北京大學(xué)研究員透露,他們2014年也在做TtAGO的實驗,但部分因為依賴Cas9而放棄繼續(xù)研究Argonaute ?!皩W(xué)生覺得不太靠譜,而實驗室里其他人Cas9 用得十分熟練,都覺得沒有必要再換了,我也沒有堅持?!彼粺o遺憾地說。

        韓春雨團隊的工作已經(jīng)證實了一個新的、有自己特點和優(yōu)勢的基因編輯工具,但是如何利用它,找到它更多的特性,還有很多工作要做。

        “我和韓春雨現(xiàn)在是非常非常急迫的心理,文章發(fā)出來是好事也是壞事,好事是這項工作讓大家知道了,壞事是大范圍的競爭,我們的工作是不是能趕上趟,繼續(xù)做下去,是不是我們中國的科學(xué)家還能繼續(xù)報道它?!鄙驀[說,國外的很多實驗室設(shè)備條件非常強,“我們沒法比,他們一上來做的話,很多東西會很快出結(jié)果?!?h3>石家莊的四人實驗室

        無論是在微信圈還是海外華人的論壇,人們不約而同地將韓春雨和麻省理工學(xué)院博德研究所的核心研究員張鋒聯(lián)系起來。1981年出生的張鋒同樣來自石家莊,以在基因編輯領(lǐng)域的諸多貢獻而被人們所熟知,包括首次報告了CRISPR-Cas9在哺乳動物體基因組編輯中的應(yīng)用,找到更小的Cpf1蛋白來替代Cas9酶。

        與韓春雨一直在國內(nèi)接受科學(xué)訓(xùn)練、從事研究不同,張鋒有海外學(xué)習(xí)的背景,更有在知名實驗室研究的經(jīng)歷。11歲那年,張鋒隨母親到美國愛荷華州的得梅因定居,高中時就在一個基因治療實驗室實習(xí),全獎進入哈佛大學(xué)學(xué)習(xí)化學(xué)和物理學(xué),期間跟隨知名華人科學(xué)家莊小威做過研究,后來到光遺傳學(xué)主要發(fā)明人之一卡爾·戴瑟羅特(Karl Deisseroth)在斯坦福大學(xué)的實驗室,參與到光遺傳學(xué)發(fā)明的部分工作。在哈佛大學(xué)短暫地停留之后,張鋒受聘于博德研究所,一個科研經(jīng)費和研究人員都可以在美國排到前列的研究機構(gòu)。

        而在河北科技大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院的實驗室,“離心機是‘飛鴿牌,與國內(nèi)自行車品牌相同,從0加速到12000轉(zhuǎn)大概需要1分鐘的時間,”韓春雨不無幽默地說。

        直到今天,韓春雨所在的的生物科學(xué)與工程學(xué)院還沒有博士點,韓春雨實驗室的學(xué)生都是碩士研究生。理論上,韓春雨每年可以招五六個碩士研究生,但是真正能夠跟他一起專注科研的,也只有一兩個人。

        包括《自然生物技術(shù)》的這篇論文,跟韓春雨一起做實驗的一共三個人,其中第一作者高峰兩年前就從河北科技大學(xué)碩士畢業(yè),那時NgAgo的主要結(jié)果剛剛做出來,高峰沒去找工作,也沒有申請博士,而是留在導(dǎo)師韓春雨的實驗室繼續(xù)工作,為了省錢,甚至睡覺都在實驗室。這一情景與韓春雨當(dāng)年博士畢業(yè)后留在協(xié)和繼續(xù)未完成的科研工作有著驚人的相似。

        “韓實驗室的工作是很了不起的。”北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院饒毅實驗室研究生張翼評論說,“他們唯一的生物信息學(xué)工具可能是NCBI-psiBLAST,他們的Argonaute都是從菌種庫買來的菌里面克隆出來,根本沒有花錢合成基因?!奔词故窃谶@么艱難的工作環(huán)境下,他們不僅找到了NBT文章中報道的NgAgo,還找到了(他們專利里報道的)一大堆別的Ago,都具有在低溫(10-50攝氏度)下結(jié)合5p-ssDNA,造成靶DNA雙鏈斷裂的能力。

        很多人對韓春雨能夠在如此簡陋的環(huán)境下取得開創(chuàng)性的工作感到驚訝,但在他的大學(xué)同學(xué)、河北師范大學(xué)特聘教授徐小冬眼里,她對韓春雨能夠做出現(xiàn)在的工作一點也不感到奇怪,雖然韓春雨沒有海外留學(xué)經(jīng)歷,但是也受到了很好的專業(yè)科學(xué)訓(xùn)練。她認(rèn)為,對一個受過專業(yè)科學(xué)訓(xùn)練的科研工作者來說,占用資源的多少并不會決定他是否能夠做出很好的工作。

        “他這個人蠻有個性,從來不是那種循規(guī)蹈矩的人,他能夠堅持一些東西,守著自己的一畝三分地,也敢于表達自己,挑戰(zhàn)威權(quán)……投稿能夠較這么長時間的勁,說明對自己的工作很有自信?!毙煨《f。

        如今,面臨四面八方涌來的合作邀請,韓春雨統(tǒng)統(tǒng)交給沈嘯來處理?!八娮R廣,也是一個好的合作者……我主要在實驗室干活,而且我也喜歡這樣的生活。”韓春雨說。

        清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院

        教授 魯白

        在一所不太有名的大學(xué),我們自己培養(yǎng)出的科研人員也能做出這樣的成果,能夠和美國的最新技術(shù)叫板,是一件了不起的事情。NgAgo-gDNA技術(shù)的知識產(chǎn)權(quán)掌握在韓春雨團隊手中,目前還沒有看到有人與之競爭,這又是一大優(yōu)勢。CRISPR-Cas9技術(shù)的發(fā)明者中有美國麻省理工學(xué)院的華人科學(xué)家張鋒等人,也有美國加州大學(xué)的珍妮弗·杜德納等人,由于該技術(shù)在科學(xué)上和商業(yè)上的巨大前景,雙方團隊正為這一技術(shù)的專利權(quán)歸屬打官司。我們自己掌握了知識產(chǎn)權(quán),不僅有利于中國生命科學(xué)界使用這項技術(shù),一些國外的大公司也可能會主動來付費要求得到技術(shù)授權(quán)。

        現(xiàn)在一些科研評價體系往往是講名氣、擺資歷,不利于年輕人發(fā)揮創(chuàng)造性,希望能夠借韓春雨的事例,呼吁中國科學(xué)界做出體制上、文化上的突破,鼓勵年輕人冒頭創(chuàng)新,這也符合國家號召創(chuàng)新的政策。

        哈佛大學(xué)分子與細(xì)胞生物系

        副研究員 段昕

        韓的工作把系統(tǒng)進一步優(yōu)化,而且使得短介導(dǎo)DNA的準(zhǔn)確性和識別長度有了重大突破。

        我們希望看到的是更多的不同基因靶點,不同組織細(xì)胞亞型,不同的發(fā)育階段,不同的物種和不同的遞送手段(delivery method)的數(shù)據(jù)。以張鋒為代表的MIT-Broad Institute的同仁在過去五年間對于CRISPR-Cas9的改進和實驗應(yīng)用方面做出了舉世矚目的貢獻。希望NgAgo的故事會是一樣的精彩激烈。這會是一場國際競賽。祝中國韓好運!

        而這說明幾點:

        第一,許多生物研究資源(比如NCBI包括pubmed,PDB,引物數(shù)據(jù)庫,測序,常用載體,蛋白純化方法)無論是MIT也好還是河北科大也好,都是可以獲取的,只要你有心有想法(當(dāng)然需要大型儀器和經(jīng)費支撐的基因組學(xué)和結(jié)構(gòu)生物學(xué)另說);

        第二, 踏實勤奮其實是好的科研必要條件,現(xiàn)行科研體制(美國是鼻祖,中國學(xué)自美國)有些浮夸和浮躁,更像商業(yè)運營;

        第三,也是我今天跟同學(xué)討論的,你所在的機構(gòu)越好(比如broad或者RU這種神級機構(gòu)),但作為年輕獨立PI你所付出的許多努力是在維持在這些院所的生存。我跟同學(xué)開玩笑說,你在哈佛醫(yī)學(xué)院能當(dāng)一個正教授所需具備的能力可以去一個小國家當(dāng)總統(tǒng)了,但你把這些努力用在別的地方,可能回報率更高,而不是只維系了一個在哈佛的教授頭銜。

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