20世紀(jì)90年代初，在冷戰(zhàn)終結(jié)、亞太國家關(guān)系緩和、經(jīng)濟(jì)發(fā)展成為主基調(diào)的大背景下，中國與東南亞國家和東盟的關(guān)系發(fā)展步入快車道。1990年中國與新加坡建交、同印度尼西亞復(fù)交，1992年中國成為東盟的磋商伙伴。

在開創(chuàng)和維護(hù)周邊穩(wěn)定政策的驅(qū)動(dòng)下，中國對東盟確立了增信釋疑和全面開展合作的政策。這期間圍繞南沙群島存在的爭議是中國與東南亞國家討論最多的問題之一。中國一向堅(jiān)持對南沙群島擁有無可爭辯的主權(quán)，但是，考慮到維護(hù)與東南亞國家關(guān)系穩(wěn)定的現(xiàn)實(shí)需要，中方沿用了對東海釣魚島爭端采取的方針，一方面堅(jiān)持主權(quán)立場，另一方面向東盟國家提出“擱置爭議、共同開發(fā)”的主張， 避免爭議干擾周邊穩(wěn)定與合作的大局。

1994年中國與越南雙邊關(guān)系實(shí)現(xiàn)正?；?。1995年，隨著越南、緬甸、老撾、柬埔寨正式加入東盟，東盟擴(kuò)大為10國。1996年，中國成為東盟全面對話伙伴國。在隨后的亞太金融危機(jī)中，中國負(fù)責(zé)任的態(tài)度贏得了東盟國家的廣泛贊譽(yù)，雙方關(guān)系迅速走近。1997年在馬來西亞吉隆坡舉行首次中國—東盟領(lǐng)導(dǎo)人非正式會(huì)議，雙方確立建設(shè)“面向21世紀(jì)的睦鄰互信伙伴關(guān)系”。

在此期間，中國與東盟關(guān)系的快速發(fā)展基本掩蓋了南海局勢的起伏波動(dòng)，但有關(guān)爭議仍不時(shí)凸顯。

一是相關(guān)國家啟動(dòng)了新一波的占島與油氣開發(fā)行動(dòng)。進(jìn)入上世紀(jì)90年代，越南又進(jìn)占5個(gè)南沙島礁，使其實(shí)控南沙島礁總數(shù)達(dá)到29個(gè)。到1994年3月，越南在南沙、西沙海域非法劃出的石油招標(biāo)區(qū)塊已達(dá)120多個(gè)，覆蓋了南沙、西沙大部海域。馬來西亞1999年侵占了榆亞暗沙、簸箕礁，并瘋狂開發(fā)南沙附近的油氣和漁業(yè)資源。馬在南沙海域鉆井?dāng)?shù)量占東南亞爭端國鉆井總數(shù)的一半以上，而上世紀(jì)90年代馬執(zhí)法力量在南沙海域驅(qū)趕、抓扣中國漁民漁船的次數(shù)也最多。

二是菲律賓在中國的美濟(jì)礁、黃巖島和仁愛礁等島礁進(jìn)行了多次挑釁行動(dòng)。

針對中國1994年在美濟(jì)礁建設(shè)漁民避風(fēng)設(shè)施，菲律賓反應(yīng)激烈，1995年3月底出動(dòng)海軍，把中國在五方礁、仙娥礁、信義礁、半月礁和仁愛礁等南沙島礁上設(shè)立的測量標(biāo)志炸毀，甚至派出海軍巡邏艇，在空軍飛機(jī)的支援下，突然襲擊了?？吭诎朐陆父浇?艘中國漁船，拘留了船上62名漁民。5月13日，菲律賓軍方將爭議升級，派船機(jī)試圖強(qiáng)闖美濟(jì)礁，與中國附近海域的“漁政34號”船進(jìn)行了8個(gè)多小時(shí)的對峙。而中國堅(jiān)持修建完相關(guān)設(shè)施。

1997年4月底，菲律賓海軍登上黃巖島，炸毀中國主權(quán)碑，插上菲國旗，中國海監(jiān)船一度與菲律賓軍艦形成對峙。此后數(shù)年間，菲多次驅(qū)逐、逮捕甚至槍擊航經(jīng)黃巖島海域的中國漁民。

1999年5月9日，菲律賓海軍將一艘舷號為57的坦克登陸艦“馬德雷山脈”號開入仁愛礁，以船底漏水?dāng)R淺需要修理為由停留在礁上，此后一直以定期輪換方式駐守人員，再未離開。中方進(jìn)行了反復(fù)嚴(yán)正的外交交涉。同年11月3日，菲海軍又如法炮制，派出另一艘淘汰軍艦，以機(jī)艙進(jìn)水為由在黃巖島潟湖東南入口處北側(cè)實(shí)施坐灘。此次中方不可能再相信菲方謊言，施加了強(qiáng)大外交壓力。菲時(shí)任總統(tǒng)艾斯特拉達(dá)下達(dá)命令，菲軍方11月29日將坐灘軍艦拖回到碼頭。

在此期間，中國政府著眼于管控、穩(wěn)定局勢，維護(hù)中國與東盟關(guān)系大局，對菲、越、馬等國進(jìn)行了堅(jiān)持不懈的外交努力，特別是與菲律賓進(jìn)行了多輪磋商，推動(dòng)局勢走向緩和。1999年3月，中菲關(guān)于在南海建立信任措施工作小組首次會(huì)議在馬尼拉舉行。此后，雙方又舉行多次磋商， 同意保持克制，不采取可能導(dǎo)致事態(tài)擴(kuò)大化的行動(dòng)。

東盟高度關(guān)注南海局勢，也與中國進(jìn)行了多輪磋商。各方還進(jìn)行過專題1.5軌閉門對話，就領(lǐng)土爭議和海域劃界進(jìn)行深入探討，中國大陸和臺灣都參加，其中一個(gè)重要共識就是，南沙爭議錯(cuò)綜復(fù)雜，解決難度大，但應(yīng)該堅(jiān)持和平談判解決，中方提出的“擱置爭議”是最可行的選擇；并且認(rèn)識到，在島礁領(lǐng)土主權(quán)爭議解決之前，海域劃界難以推進(jìn)，保持模糊是明智的選擇，同時(shí)應(yīng)該鼓勵(lì)推進(jìn) “共同開發(fā)”。這些討論為日后中國與東盟尋求共識提供了基礎(chǔ)。1998年東盟峰會(huì)通過了旨在推進(jìn)東盟一體化的“河內(nèi)行動(dòng)計(jì)劃”，其中提出要“推動(dòng)在爭端當(dāng)事方之間建立‘南海地區(qū)行為準(zhǔn)則”。 出于增信釋疑和睦鄰友好的考慮，中方原則上同意與東盟就“行為準(zhǔn)則”進(jìn)行磋商。

2000年3月15日，中國與東盟在泰國舉行非正式磋商，交換了各自起草的“準(zhǔn)則”文本。由于各方在約束效力方面有較大分歧，中越對涉及范圍也爭執(zhí)不下，“準(zhǔn)則”的制訂并不順利，后來的數(shù)次磋商均未取得明顯進(jìn)展。

2002年7月，在文萊斯里巴加灣市第35屆東盟外長會(huì)上，馬來西亞為了打破僵局，提議以一個(gè)妥協(xié)、非約束性的“宣言”取代“準(zhǔn)則”，得到東盟外長會(huì)接納，會(huì)后發(fā)表的聯(lián)合聲明表示，東盟將與中國保持密切合作，為達(dá)成“宣言”而努力。此后數(shù)月間，中國與東盟進(jìn)行了密集的溝通和協(xié)商，達(dá)成了《南海各方行為宣言》（DOC）。是年11月4日，由時(shí)任中國副外長王毅與東盟十國外長在柬埔寨金邊第八屆東盟峰會(huì)期間共同簽署。

《南海各方行為宣言》（以下簡稱《宣言》）共有十條內(nèi)容，主要是確認(rèn)促進(jìn)南海地區(qū)和平、友好與和諧的環(huán)境，承諾根據(jù)公認(rèn)的國際法原則，包括1982年《聯(lián)合國海洋法公約》，由直接有關(guān)的主權(quán)國家通過友好磋商和談判，以和平方式解決領(lǐng)土和管轄權(quán)爭議，而不訴諸武力或以武力相威脅；承諾在南海的航行及飛越自由；承諾保持自我克制，不采取使?fàn)幾h復(fù)雜化、擴(kuò)大化和影響和平與穩(wěn)定的行動(dòng)，包括不在現(xiàn)無人居住的島、礁、灘、沙或其他自然構(gòu)造上采取居住的行動(dòng)，并以建設(shè)性的方式處理分歧；同意在各方協(xié)商一致的基礎(chǔ)上，朝最終達(dá)成制定南海行為準(zhǔn)則的目標(biāo)而努力。各方磋商《宣言》的焦點(diǎn)是南沙島礁歸屬爭議，主要是著眼于防止島礁爭議失控，防止新的占島、控島行為。

值得注意的是，各方在《宣言》臨近簽署時(shí)在爭議地區(qū)稱謂問題上出現(xiàn)困難。東盟多數(shù)國家習(xí)慣使用英文“SPRATLY ISLANDS”（“斯普拉特利群島”）指代南沙群島，但不反對中方自行使用中文“南沙群島”和英文“NANSHA ISLANDS”。越南堅(jiān)持使用“黃沙、長沙群島”（即中國西沙、南沙群島）稱謂，而中國從未承認(rèn)西沙群島存在爭議，《宣言》討論也不涉及西沙群島，中方不能接受越方無理要求。但在各方持久僵持不下的情況下，為了顧全大局，中方同意在《宣言》中使用了“南海各方”“南海的航行及飛越自由”“南海行為準(zhǔn)則”等籠統(tǒng)表述，對于島礁爭端也只是泛泛表述為“不在現(xiàn)無人居住的島、礁、灘、沙或其他自然構(gòu)造上采取居住的行動(dòng)”，沒有具體到南沙群島?！缎浴窞槟仙碃幾h降溫和地區(qū)穩(wěn)定做出重要貢獻(xiàn)。但“宣言”涵蓋范圍稱謂上的模糊化處理為南沙爭議泛化為南海爭議埋下伏筆，在后來的年月里，“島爭”與“海爭”的概念更加混淆，在其他因素的推動(dòng)之下，局部的南沙島礁和附近海域劃界之爭存在進(jìn)一步向全面的南海爭議擴(kuò)展的風(fēng)險(xiǎn)。

冷戰(zhàn)結(jié)束初期，美國在南海的政策是不對各方領(lǐng)土要求的合法性做出判斷，只是強(qiáng)調(diào)用和平手段解決領(lǐng)土糾紛，同時(shí)關(guān)注南海的航行自由。在當(dāng)時(shí)的全球安全格局中，由于中美關(guān)系的改善和臺海兩岸關(guān)系的緩和，亞洲不構(gòu)成美國關(guān)注重點(diǎn)。南沙偶然發(fā)生的爭端也沒有改變美國在主權(quán)問題上不選邊的立場，美方強(qiáng)調(diào)的是各方以和平手段解決領(lǐng)土爭端。