20世紀(jì)50年代中期，菲律賓和當(dāng)時的南越開始在南沙搞一些動作。1956年菲律賓航海家克洛馬宣布在南沙群島海域航行過程中“發(fā)現(xiàn)”“許多島嶼”，并將它們定性為“自由地”，菲律賓政府遂據(jù)此認(rèn)為這些島嶼屬菲，企圖搶占部分南沙島礁。而菲政府對臺灣當(dāng)局的南沙主權(quán)立場是知曉的，曾欲派官員赴臺灣協(xié)商南沙島礁歸屬問題。 1962年起，南越陸續(xù)占領(lǐng)了南子島、敦謙沙洲、鴻庥島、景宏島、南威島、安波沙洲，遭到了海峽兩岸的強烈反對和抗議。

更大規(guī)模的侵占浪潮發(fā)生在20世紀(jì)70、80年代。這與南沙附近海域油氣資源的發(fā)現(xiàn)，以及《聯(lián)合國海洋法公約》的談判與簽署有很大關(guān)系。20世紀(jì)60年代末，美國及聯(lián)合國多個調(diào)查機構(gòu)宣稱，在南海大陸架上發(fā)現(xiàn)豐富油氣資源；而200海里專屬經(jīng)濟區(qū)則是《聯(lián)合國海洋法公約》的最大制度創(chuàng)建之一。

在巨大資源前景的誘惑刺激下，越南、菲律賓、馬來西亞紛紛伺機在南沙奪島占礁。

當(dāng)時的越南北方政權(quán)原本明確承認(rèn)了中國對南海諸島的主權(quán)，但南北統(tǒng)一大勢確立后，北越隨即改變了立場與政策， 1975年先是以“解放”為名，占據(jù)了曾經(jīng)被南越當(dāng)局侵占的南沙群島6個島礁，后又陸續(xù)搶占了染青沙洲、萬安灘等18個島礁。1988年3月14日，越南還在赤瓜礁附近與中方爆發(fā)了海上沖突。

菲律賓陸續(xù)占據(jù)了費信島、中業(yè)島等8個南沙島礁，馬來西亞則侵占了彈丸礁、南海礁和光星仔礁。

這些國家都大幅調(diào)整了在南沙群島等問題上的原有立場，以制訂國內(nèi)涉海法律、發(fā)表政治聲明等方式，紛紛正式提出對南沙群島的主權(quán)訴求，并且開始對南沙周邊的海域提出權(quán)益要求。

此段時期，美國通過外交詢問、申請測量、通報航行飛越計劃等方式，顯示了其承認(rèn)中國對南沙群島主權(quán)的立場，臺灣當(dāng)局還曾在南沙有關(guān)島礁上接待過美國軍事人員。對于菲律賓、越南等國在南沙奪島占礁的瘋狂舉動，美國長期未有明確態(tài)度，但曾多次向臺灣當(dāng)局咨詢過對這些島礁主權(quán)歸屬問題的意見。美國的政策困境是，雖然基于道義和國際法理應(yīng)承認(rèn)中國對這些島礁的主權(quán)，但另一方面由于反共和推進亞太戰(zhàn)略的考慮，美國又不情愿讓中國大陸占有這些島礁，更不愿因此損害與菲律賓等盟友的關(guān)系。

而中國長期以來只有太平島在臺灣當(dāng)局占領(lǐng)之下，中國大陸在20世紀(jì)80年代末開始控制并駐守較小的六個島礁，1994年在美濟礁上建筑了漁船避風(fēng)設(shè)施。