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        基于遺傳算法的人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)多硝基化合物撞擊感度

        2016-05-08 08:18:26錢(qián)博文陳利平陳網(wǎng)樺
        含能材料 2016年7期
        關(guān)鍵詞:分子結(jié)構(gòu)描述符感度

        錢(qián)博文, 陳利平, 陳網(wǎng)樺

        (南京理工大學(xué)化工學(xué)院, 江蘇 南京 210094)

        1 引 言

        撞擊感度是衡量含能材料安全性能的一個(gè)重要參數(shù)[1],多硝基化合物在民用生產(chǎn)和軍事上應(yīng)用廣泛,因此獲得多硝基化合物的撞擊感度數(shù)據(jù)具有一定實(shí)用價(jià)值。由于實(shí)驗(yàn)測(cè)試費(fèi)時(shí)費(fèi)力,且測(cè)試結(jié)果易受環(huán)境、操作人員、設(shè)備等因素的影響,此外,對(duì)于正處于探索階段尚未合成出的物質(zhì)而言,也無(wú)法通過(guò)實(shí)驗(yàn)獲得測(cè)試值,因此有必要對(duì)理論預(yù)測(cè)撞擊感度的方法進(jìn)行研究。定量結(jié)構(gòu)-性質(zhì)相關(guān)性研究(Quantitative Structure Property Relationship,QSPR)是一種能根據(jù)分子結(jié)構(gòu)實(shí)現(xiàn)有機(jī)物理化性質(zhì)預(yù)測(cè)的有效方法,已廣泛應(yīng)用于有機(jī)物的各類(lèi)理化性質(zhì)及生物活性的預(yù)測(cè)中[2]。

        近年來(lái),國(guó)內(nèi)外學(xué)者已經(jīng)對(duì)撞擊感度與其分子結(jié)構(gòu)間的相關(guān)關(guān)系進(jìn)行了廣泛的探討。趙俊[3]等人對(duì)36種硝基化合物和33種硝胺化合物的撞擊感度和其分子特征量之間的關(guān)聯(lián)順序進(jìn)行了研究。王睿[4-5]等人應(yīng)用電性拓?fù)錉顟B(tài)指數(shù)對(duì)41種多硝基苯類(lèi)化合物和46種多硝基脂肪族化合物分別進(jìn)行了撞擊感度的定量構(gòu)效關(guān)系研究。葛素紅[6]等人計(jì)算并分析了18 種三硝基芳香族炸藥分子的原子化能以及原子化能與分子的電子結(jié)構(gòu)能的比值與撞擊感度的關(guān)聯(lián)關(guān)系。Guillaume Fayet[7]等人用最佳多元線(xiàn)性回歸(B-MLR)研究60個(gè)硝胺類(lèi)化合物的撞擊感度與Codessa計(jì)算所得64個(gè)分子描述符間的線(xiàn)性關(guān)系。N. R. Badders[8]等人研究了22個(gè)多硝基化合物的撞擊感度與6個(gè)量子化學(xué)參數(shù)間的相關(guān)性。這些研究只專(zhuān)注于特定種類(lèi)的樣本集,所用樣本較少,所得模型的適用范圍有很大的局限性。因此,也有學(xué)者針對(duì)較大樣本集對(duì)硝基化合物的撞擊感度進(jìn)行了進(jìn)一步研究。袁方強(qiáng)[9]等人根據(jù)分子內(nèi)氫鍵、分子結(jié)構(gòu)、對(duì)稱(chēng)性、氧平衡OB100、活性指數(shù)F、“擁擠性”等分子結(jié)構(gòu)參數(shù)與對(duì)156個(gè)硝基類(lèi)炸藥的撞擊感度進(jìn)行了研究。房偉[10]等人選取氧系數(shù)、對(duì)稱(chēng)性、—COOR、氧雜環(huán)、苯環(huán)、α-H、α-OH、α-CH、硝基(—NO2)、氨基(—NH2)等作分子結(jié)構(gòu)描述符,用多元線(xiàn)性回歸計(jì)算了123個(gè)硝基化合物的撞擊感度。而這些研究是憑借分子結(jié)構(gòu)與撞擊感度之間的定性關(guān)聯(lián),人為地發(fā)掘數(shù)個(gè)對(duì)撞擊感度有影響的結(jié)構(gòu)參數(shù),因此往往構(gòu)建的模型所用變量較多,或者可能存在選用參數(shù)不足以很好得表征研究的性質(zhì)的問(wèn)題。因此,有必要在較大樣本集條件下,從分子結(jié)構(gòu)角度出發(fā)對(duì)結(jié)構(gòu)參數(shù)進(jìn)行篩選,從而建立多硝基化合物撞擊感度和其分子結(jié)構(gòu)間的定量關(guān)系模型。

        為了實(shí)現(xiàn)上述目標(biāo),這里根據(jù)QSPR基本原理,采用遺傳算法[11](Genetic Algorithm,GA)對(duì)計(jì)算所得的描述符進(jìn)行篩選,分別建立多元線(xiàn)性回歸(MLR)模型和人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)[12](ANN)模型對(duì)149種多硝基化合物的撞擊感度定量構(gòu)效關(guān)系進(jìn)行研究,并進(jìn)行模型比較。

        2 樣本與方法

        2.1 試驗(yàn)樣本

        實(shí)驗(yàn)樣本的數(shù)量和準(zhǔn)確度直接影響撞擊模型的適用性和預(yù)測(cè)精度。這里選取了149種多硝基化合物的撞擊感度[13]作為實(shí)驗(yàn)樣本,其中包含47個(gè)芳香族類(lèi)化合物、70個(gè)脂肪族化合物以及32個(gè)硝胺類(lèi)化合物。按照4∶1的比例隨機(jī)選擇120種作為訓(xùn)練集用于建立QSPR模型,剩余的29種作為測(cè)試集用于對(duì)所建模型進(jìn)行外部評(píng)估。H50為2.5 kg落錘實(shí)驗(yàn)中測(cè)得的樣品爆炸幾率為50%時(shí)的落高,所涉及的149種多硝基化合物的撞擊感度實(shí)驗(yàn)值(lgH50)及QSPR計(jì)算得到的預(yù)測(cè)值見(jiàn)附表(附表可查閱本刊網(wǎng)站)。由于篇幅原因,表1只給出了部分多硝基化合物的撞擊感度實(shí)驗(yàn)值和預(yù)測(cè)值。

        2.2 研究方法

        首先,借助化學(xué)軟件HyperChem7.5[14]進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)的輸入。在采用分子力學(xué)MM+初步優(yōu)化的基礎(chǔ)上,采用量子化學(xué)半經(jīng)驗(yàn)方法PM3對(duì)分子結(jié)構(gòu)進(jìn)一步優(yōu)化以獲得能量低的穩(wěn)定構(gòu)型。所有計(jì)算均限制在Hartree-Fock能級(jí),采用Ploak-Ribiere方法直至均方根誤差梯度達(dá)到0.001 kJ/mol。然后將優(yōu)化的分子結(jié)構(gòu)導(dǎo)入Dragon2.1軟件[15],計(jì)算獲得1481種分子描述符,將近似常數(shù)或者相關(guān)系數(shù)大于0.95的描述符刪除,初步篩選獲得561個(gè)分子描述符。采用Material Studio 7.0軟件[16]實(shí)現(xiàn)遺傳算法對(duì)分子描述符進(jìn)行進(jìn)一步篩選。繼而分別采用MLR和ANN研究所得描述符與撞擊感度間的定量關(guān)系,多元線(xiàn)性回歸由SPSS軟件[17]實(shí)現(xiàn),人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)建模由MATLAB R2014a[18]實(shí)現(xiàn)。試驗(yàn)步驟流程如圖1所示。

        最終,將采用相關(guān)系數(shù)(R2)、均方根誤差(RMSE)和平均絕對(duì)誤差(MAE)等統(tǒng)計(jì)參數(shù)對(duì)所建立的模型性能進(jìn)行全面的評(píng)估,并采用Williams圖對(duì)模型的應(yīng)用域進(jìn)行分析。

        圖1 QSPR研究步驟流程圖

        Fig.1 The flow chart of the QSPR research steps

        3 結(jié)果與討論

        3.1 GA篩選結(jié)果

        基于Accelrys公司的Material Studio 7.0軟件,采用遺傳算法(GA)對(duì)561個(gè)分子描述符進(jìn)行篩選。設(shè)置方程式的初始長(zhǎng)度6,最大方程式長(zhǎng)度為10,種群數(shù)為50,最大代數(shù)為500,變異概率為0.1。選用Friedman提出的擬合缺失分?jǐn)?shù)(Lack-Of-Fit,LOF)作為其適應(yīng)度函數(shù),比例控制LOF的平滑參數(shù)α為0.5。在遺傳過(guò)程中,選擇在整個(gè)種群中出現(xiàn)次數(shù)最多的變量為適應(yīng)度函數(shù)的最優(yōu)解。最終確定的6個(gè)分子描述符的名稱(chēng)、類(lèi)型和定義見(jiàn)表2。

        表1部分多硝基化合物的撞擊感度值(lgH50)

        Table 1 Impact sensitivity values of part of polynitro compounds (lgH50)

        No.compoundexperimentvalueGA?MLRpredictedval?uedeviationGA?ANNpredictedval?uedeviation11?methoxy?3,5?dichloro?2,4,6?trinitrobenzene1.8751.873 0.0021.896-0.02121,3,5?triamino?2,4,6?trinitrobenzene2.6902.498 0.1922.5870.10332,4,6?trinitrophloroglucinol1.4312.100 -0.6691.473-0.04243,3′?dihydroxy?2,2′,4,4′,6,6′?hexanitrobiphenyl1.6021.774 -0.1721.619-0.01752,4,6?Trinitrobenzylchloride1.6431.899 -0.2561.682-0.03962,4,6?Trinitrobenzylalcohol1.7162.149 -0.4331.797-0.08171?hydroxyethyl?2,4,6?trinitrobenzene1.8332.291 -0.4581.835-0.00282,4,6?Trinitrobenzoicacid2.0371.911 0.1262.0370.00091?ethoxy?2,4,6?trinitrobenzene2.2792.367 -0.0882.2130.06610hexanitrobenzene1.0790.822 0.2571.0780.001112′,2′,2′?trinitroethyl?2,4,6?trinitrobenzoate1.3801.410 -0.0301.3210.059

        表2 GA篩選出的描述符

        Table 2 Descriptors obtained by genetic algorithm

        descriptortypedefinitionIC1topologicaldescriptorsinformationcontentindex(neighborhoodsymmetryof1order)ATS1e2DautocorrelationsBroto?Moreauautocorrelationofatopologicalstructure?lag1/weightedbyatomicSandersonelectro?negativitiesMATS1e2DautocorrelationsMoreauautocorrelation?lag1/weightedbyatomicSandersonelectronegativitiesRDF050vRDFdescriptorsradialdistributionfunction?5.0/weightedbyatomicvanderWaalsvolumesRTuGETAWAYdescriptorsRtotalindex/unweightedR6m+GETAWAYdescriptorsRmaximalautocorrelationoflag6/weightedbyatomicmasses

        3.2 GA-MLR模型的建立

        首先,運(yùn)用MLR研究GA篩選出的描述符和129種多硝基化合物撞擊感度之間可能存在的線(xiàn)性關(guān)系。基于訓(xùn)練集所建立的撞擊感度多元線(xiàn)性回歸模型如下:

        lgH50= 16.268-0.285×IC1-10.656×ATS1e-

        1.578×MATS1e+0.031×RDF050v-

        0.037×RTu+0.326×R6m+

        SD=0.200,F(xiàn)=110.514,P<0.001

        (1)

        該模型有較高的相關(guān)系數(shù)和交互驗(yàn)證系數(shù),均方根誤差和標(biāo)準(zhǔn)偏差均較小,表明該模型是可靠的。模型的F檢驗(yàn)值遠(yuǎn)大于F理論(95%置信度)=2.198,因此可以認(rèn)為該回歸方程及所選變量的影響均是顯著的。表3所示是模型的顯著性檢驗(yàn)結(jié)果,標(biāo)準(zhǔn)系數(shù)可以確定不同分子描述符對(duì)模型的影響程度。從表3可以看出,6個(gè)描述符對(duì)撞擊感度的影響大小排序?yàn)锳TS1e>MATS1e>RTu>RDF050v>IC1>R6m+,所有描述符與撞擊感度lgH50均呈負(fù)相關(guān)性。

        表3 GA-MLR模型系數(shù)檢驗(yàn)結(jié)果

        Table 3 Test results of the coefficients of GA-MLR model

        descriptorregressioncoefficientstandarderrorstandardizedcoefficient t?valueconstant16.2680.700 -23.252IC1-0.2850.080-0.157-3.567ATS1e-10.6560.477-0.933-22.355MATS1e-1.5780.191-0.402-8.252RDF050v0.0310.006-0.2515.554RTu?0.0370.005-0.366-7.785R6m+0.3260.139-0.0952.349

        表4 GA-MLR、GA-ANN撞擊感度預(yù)測(cè)模型的主要性能參數(shù)

        Table 4 Main performance parameters of GA-MLR model and GA-ANN model

        parametermodelGA?MLRGA?ANNR20.8540.974RMSE0.1950.071MAE0.1570.051R2EXE0.7900.740RMSEEXT0.2150.248MAEEXT0.1830.197MAPE/%11.127.98Q2LOO0.8080.975Q2F10.7960.746Q2F20.7910.740Q2F30.7310.666

        訓(xùn)練集和測(cè)試集撞擊感度預(yù)測(cè)值與實(shí)驗(yàn)值的比較及殘差分布分別見(jiàn)圖2和圖3。如圖2所示,所有的數(shù)據(jù)點(diǎn)均隨機(jī)分布在對(duì)角線(xiàn)附近,表明此線(xiàn)性模型具有一定的預(yù)測(cè)能力,但是模型的精度不高,預(yù)測(cè)結(jié)果不是很好。由此猜測(cè),多硝基類(lèi)化合物的撞擊感度和分子結(jié)構(gòu)間可能存在非線(xiàn)性關(guān)系,因此將嘗試建立GA-ANN非線(xiàn)性模型進(jìn)行研究。而由圖3可知,模型的預(yù)測(cè)殘差均勻且隨機(jī)分布于基準(zhǔn)線(xiàn)的兩側(cè)。由此可以認(rèn)為,GA-MLR模型在建立過(guò)程中未產(chǎn)生系統(tǒng)誤差。

        圖2 GA-MLR模型所得撞擊感度的預(yù)測(cè)值與實(shí)驗(yàn)值的比較

        Fig.2 Comparison of the predicted values of impact sensitivity obtained by GA-MLR model and the experimental ones

        圖3 GA-MLR模型撞擊感度預(yù)測(cè)值和殘差的關(guān)系圖

        Fig.3 Relation of the predicted values of impact sensitivity obtained by GA-MLR model and the residual

        3.3 GA-ANN模型的建立

        在用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)研究化學(xué)結(jié)構(gòu)性質(zhì)的領(lǐng)域,三層反向傳播的前饋神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用最為廣泛。理論上已經(jīng)證明:具有偏差和至少一個(gè)S型隱含層加上一個(gè)線(xiàn)性輸出層的網(wǎng)絡(luò),能夠逼近任何有理函數(shù)[12]。因此,這里建立包含輸入層、輸出層和一層輸隱含層的三層BP人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)用于非線(xiàn)性模型研究。BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建在MATLAB R2014a環(huán)境中實(shí)現(xiàn),經(jīng)過(guò)多次訓(xùn)練試驗(yàn),最終確定6-8-1的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的精度最好。具體參數(shù)設(shè)定如下:輸入層節(jié)點(diǎn)數(shù)為6,隱含層節(jié)點(diǎn)數(shù)為8,輸出層節(jié)點(diǎn)數(shù)為1,選擇最小訓(xùn)練速率0.1,最大迭代次數(shù)為1000,隱含層激活轉(zhuǎn)移函數(shù)采用雙曲正切S型函數(shù)tansig,輸出層激活轉(zhuǎn)移函數(shù)采用線(xiàn)性函數(shù)purelin,訓(xùn)練函數(shù)采用trainlm,網(wǎng)絡(luò)學(xué)習(xí)函數(shù)采用帶動(dòng)量項(xiàng)的BP學(xué)習(xí)規(guī)則learngdm。

        模型的預(yù)測(cè)結(jié)果見(jiàn)附表,相關(guān)模型性能參數(shù)見(jiàn)表4。計(jì)算得到,該模型的相關(guān)系數(shù)為0.974,交叉驗(yàn)證系數(shù)為0.975,訓(xùn)練集和測(cè)試集的均方根誤差分別為0.071和0.248,平均絕對(duì)誤差分別為0.051和0.197。從相關(guān)系數(shù)、交互驗(yàn)證系數(shù)和均方根誤差來(lái)看,GA-ANN模型的精度明顯高于GA-MLR模型。

        如圖4所示,所有多硝基化合物撞擊感度預(yù)測(cè)值和實(shí)驗(yàn)值的比較均未偏離對(duì)角線(xiàn)很遠(yuǎn),整體基本緊挨對(duì)角線(xiàn),這說(shuō)明該模型比MLR建立的模型精度高。圖5給出了GA-ANN模型的殘差圖,預(yù)測(cè)殘差均勻且隨機(jī)分布于基準(zhǔn)線(xiàn),該模型在建立過(guò)程中未產(chǎn)生系統(tǒng)誤差。

        圖4 GA-ANN模型所得撞擊感度預(yù)測(cè)值與實(shí)驗(yàn)值的比較

        Fig.4 Comparison of the predicted values of impact sensitivity obtained by GA-ANN model and the experimental ones

        圖5 GA-ANN模型撞擊感度預(yù)測(cè)值和殘差的關(guān)系圖

        Fig.5 Relation of the predicted values of impact sensitivity obtained by GA-ANN model and the residual

        3.4 模型比較

        這里采用Williams圖[19]進(jìn)一步分析比較兩個(gè)模型的應(yīng)用域。橫坐標(biāo)為臂比值,縱坐標(biāo)為標(biāo)準(zhǔn)殘差。標(biāo)準(zhǔn)殘差落在(-3,+3)以外的化合物,認(rèn)為其實(shí)驗(yàn)值是離群點(diǎn); 當(dāng)化合物的臂比值hi大于警戒值h*時(shí),認(rèn)為該物質(zhì)顯著影響模型的回歸效果[14]。臂比值的計(jì)算式如下:

        (2)

        警戒值h*的表達(dá)式如下:

        h*=3×(m+1)/n

        (3)

        式中,m為建立模型所用變量的個(gè)數(shù)。

        如圖6、圖7所示的Williams圖中,GA-MLR模型和GA-ANN模型分別有2個(gè)物質(zhì)和5個(gè)物質(zhì)的標(biāo)準(zhǔn)殘差落在了基準(zhǔn)線(xiàn)以外,其相應(yīng)的化合物和撞擊感度值見(jiàn)表5和表6。

        觀察表5、表6發(fā)現(xiàn),出現(xiàn)異常值的物質(zhì)其撞擊感度的預(yù)測(cè)殘差均較大,這表明,建模所用的參數(shù)沒(méi)能很好的表征其撞擊感度。已有研究表明[20],除了分子結(jié)構(gòu)外,含能材料的感度還與炸藥晶體特性密切相關(guān),如顆粒內(nèi)部空洞的微觀結(jié)構(gòu)、顆粒表面缺陷、顆粒大小及分布、顆粒形狀和表面光滑度對(duì)感度影響非常顯著。因此,僅用分子結(jié)構(gòu)參數(shù)來(lái)表征撞擊感度還不夠完善。而2′,2′-二硝基丙基-2,4,6-三硝基苯甲酸酯的標(biāo)準(zhǔn)殘差在兩個(gè)模型中同時(shí)出現(xiàn)異常,可認(rèn)為主要原因是其實(shí)驗(yàn)值數(shù)據(jù)本身不夠準(zhǔn)確。在表7中,六硝基苯的臂比值超出了警戒值,這表明,六硝基苯顯著影響了模型的回歸效果,可以認(rèn)為其結(jié)構(gòu)相對(duì)于整個(gè)樣本集而言是比較特殊的。

        將所建的兩個(gè)模型與幾種已有的多硝基化合物撞擊感度QSPR模型進(jìn)行比較,相關(guān)統(tǒng)計(jì)參數(shù)見(jiàn)表8。

        圖6 GA-MLR撞擊感度模型的Williams圖

        Fig.6 Williams plot of GA-MLR model for impact sensitivity

        圖7 GA-ANN撞擊感度模型的Williams圖

        Fig.7 Williams plot of GA-ANN model for impact sensitivity

        表5根據(jù)殘差判定的GA-MLR模型中的異常值

        Table 5 Outliers of GA-MLR model determined according to the residual

        compoundstandardizedresidualexperimentalvaluepredictedvalueresidualerror2,4,6?trinitrophloroglucinol-3.1681.4312.100-0.6692′,2′?dinitropropyl?2,4,6?trinitrobenzoate3.1662.3301.8330.497

        表6根據(jù)殘差判定的GA-ANN模型中的異常值

        Table 6 Outliers of GA-ANN model determined according to the residual

        compoundstandardizedresidualexperimentalvaluepredictedvalueresidualerror2′,2′?dinitropropyl?2,4,6?trinitrobenzoate4.6112.3301.7180.612trinitroethyl?bis?(trinitroethoxy)?acetate-3.6190.7781.237-0.459N?(2?propyl)?trinitroacetamide-3.1492.0492.447-0.398bis?(2,2,2?trinitroethyl)?succinate3.7111.4770.9820.495bis?(2,2?dinitropropyl)?carbonate4.0392.4771.9400.537

        表7根據(jù)臂比值判定的撞擊感度預(yù)測(cè)模型中的異常值

        Table 7 Outliers of predicted model of impact sensitivity determined according to the arm ratio

        compoundh?hexperimentalvaluepredictedvalueresidualerrorhexanitrobenzene0.1750.2321.0791.0780.001

        表8所建模型與已有模型的比較

        Table 8 Comparison between the established models with the existing models

        authormodeldatasetR2Q2LOORMSEEXTthispaperGA?MLR1490.8540.8080.215GA?ANN(6?8?1)1490.9740.9750.248Nefati[21](1995)ANN(13?2?1)2040.7940.7950.257WangRui[22](2008)MLR1560.7710.5930.251ANN(16?12?1)1560.816-0.247GuillaumeFayet[23](2012)MLR1610.8160.7930.230

        本文建模采用的是由GA篩選獲得分子描述符,因此能更系統(tǒng)全面地表征所研究的性質(zhì),且模型中涉及的變量個(gè)數(shù)遠(yuǎn)少于已有模型。比較各模型的相關(guān)系數(shù)、交互驗(yàn)證系數(shù)和外部驗(yàn)證的均方根誤差,可以認(rèn)為這里獲得的GA-MLR模型和GA-ANN模型明顯優(yōu)于已有模型。

        4 結(jié) 論

        (1)運(yùn)用遺傳算法篩選出6個(gè)分子描述符,分別構(gòu)建了149種多硝基化合物撞擊感度的GA-MLR 模型和 GA-ANN 模型,結(jié)果表明兩個(gè)模型均是穩(wěn)定可靠的;

        (2)所得GA-ANN模型明顯優(yōu)于GA-MLR模型,說(shuō)明多硝基化合物的撞擊感度與分子結(jié)構(gòu)間存在較強(qiáng)的非線(xiàn)性關(guān)系,且兩個(gè)模型的預(yù)測(cè)精度均高于已有的QSPR模型;

        (3)由于落錘實(shí)驗(yàn)受諸如晶體特性、環(huán)境等其他因素的影響,因此所建的兩個(gè)模型雖然具有一定的預(yù)測(cè)能力,但是預(yù)測(cè)效果仍有繼續(xù)完善的空間。

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