《生態(tài)環(huán)境學報》的各項學術質量指標都較高

據《中國學術期刊（光盤版）》電子雜志社有限公司、中國科學文獻計量評價研究中心2015年10月發(fā)布的《中國學術期刊影響因子年報（自然科學與工程技術·2015版）》，《生態(tài)環(huán)境學報》2014年的影響因子為1.92，總被引頻次為12106。影響因子之學科排序為7/69，影響力指數之學科排序為5/69（即在環(huán)境科學技術類69種期刊中的排序分別為第7位、第5位）。5年影響因子為2.667。基金論文比為0.99（即99%）。2014年Web全篇下載量為21.35萬次。

另據中國科學技術信息研究所2015年10月發(fā)布的《2015版中國期刊引證報告（核心版）》，《生態(tài)環(huán)境學報》2014年的核心影響因子為1.062（即在2383種中國科技核心期刊中統(tǒng)計的數據）、核心總被引頻次為4789次，核心他引率0.94。影響因子、被引頻次在生態(tài)學類（2013年新分出的一類）7種核心期刊中分別列第3和第4位，在全國2383種核心期刊中分別列第189和59位。