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        銅綠假單胞菌norB基因的克隆及表達(dá)

        2015-12-28 05:42:22
        化學(xué)與生物工程 2015年6期
        關(guān)鍵詞:生物

        (福建農(nóng)林大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,福建福州350002)

        隨著經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展,活性氮污染日益突出,嚴(yán)重影響人們的日常生活?;钚缘獫B透范圍較廣,不僅包括人們所熟知的水體中的NO-3-N、NO-2-N 和NH+4-N,而且包括大氣中的氮氧化物(NOx),如NO、N2O、N2O3等。我國(guó)排放的NOx主要來(lái)源于燃煤,以NO為主,約占95%以上。

        目前,各國(guó)對(duì)活性氮污染的治理進(jìn)行了深入研究,生物脫氮由于成本低及二次污染小而備受關(guān)注,已開(kāi)發(fā)出諸多脫氮工藝,如同步硝化反硝化[1]、序批式反應(yīng)器[2]、全程自養(yǎng)脫氮[3]、厭氧氨氧化[4]、高活性氨氮去除反應(yīng)器[5]等,但處理的對(duì)象主要是水體中的活性氮,對(duì)大氣中NOx的生物脫氮工藝研究相對(duì)薄弱。生物過(guò)濾系統(tǒng)[6-11]是針對(duì)NOx的生物脫氮工藝,目前還在實(shí)驗(yàn)室模擬階段,尚未有工業(yè)化應(yīng)用的實(shí)例,其原因主要有兩點(diǎn):(1)大氣中的NOx以氣體形式存在,要進(jìn)行生物脫氮必先經(jīng)過(guò)吸附、溶解等過(guò)程,但NOx的溶解性較差,尤其是NO 幾乎不溶于水;(2)生物過(guò)濾系統(tǒng)中形成的生物膜成分復(fù)雜且受環(huán)境影響較大,因而隨著外部環(huán)境的變化,生物膜的微生物種類及其活性也發(fā)生變化,導(dǎo)致NOx去除效率波動(dòng)較大。

        活性氮的去除主要是通過(guò)細(xì)菌的反硝化作用,即在相關(guān)還原酶的作用下,把NO-3最終還原成N2:NO-3→NO-2→NO→N2O→N2。NO 作為中間代謝產(chǎn)物,對(duì)細(xì)胞具有很大毒性,不會(huì)在細(xì)胞中積累,產(chǎn)生后會(huì)被迅速還原。而此過(guò)程由對(duì)NO 具有很高親和力的一氧化氮還原酶(Nor)完成,它催化2分子NO 形成1分子N2O[12]??紤]到NO 的處理難度,為提高NO 的可溶性,作者在此將目的基因norB克隆至表達(dá)載體并構(gòu)建基因工程菌,使之有效表達(dá)Nor催化亞單位NorB,提高對(duì)NO 的捕獲能力,從而提高NOx的去除效率。

        1 實(shí)驗(yàn)

        1.1 材料

        銅綠假單胞菌B136-33,華南理工大學(xué)亢春喜博士惠贈(zèng);克隆菌DH5α、表達(dá)菌BL21、質(zhì)粒pET-28a,自行保存;PCR 及相關(guān)酶切試劑,TaKaRa公司;基因組DNA 提取試劑盒、質(zhì)粒提取試劑盒、瓊脂糖凝膠DNA 回收試劑盒,北京全式金生物技術(shù)有限公司;SDS-PAGE相關(guān)試劑,Omega公司。

        1.2 方法

        1.2.1 引物設(shè)計(jì)

        利用軟件Primer premier 5.0,根據(jù)GenBank 公布的銅綠假單胞菌B136-33norB基因序列及pET-28a上的多克隆位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物。上游引物:5′-CG-GAATTCATGATGTCGCCCAATGGCTC-3′(下劃線部分為EcoRⅠ酶切位點(diǎn));下游引物:5′-CCCAAGCTTTCAGGCGGCCGCCTTGCCGC-3′(下劃線部分為HindⅢ酶切位點(diǎn))。上海生工生物工程有限公司負(fù)責(zé)引物合成。

        1.2.2norB基因的擴(kuò)增

        以試劑盒提取的基因組DNA 為模板擴(kuò)增norB片段。PCR 程序:94 ℃預(yù)變性5min;94 ℃變性45s,55 ℃退火45s,72 ℃延伸90s,30個(gè)循環(huán);72 ℃延伸10min。1%瓊脂糖凝膠電泳后,分析PCR 產(chǎn)物。

        1.2.3 質(zhì)粒pET-28a-norB及表達(dá)菌株BL21-pET-28anorB的構(gòu)建

        將質(zhì)粒pET-28a及回收的norB基因片段進(jìn)行雙酶切(EcoRⅠ、HindⅢ),T4DNA 連接酶連接構(gòu)建質(zhì)粒pET-28a-norB,化學(xué)轉(zhuǎn)化至克隆菌DH5α,以卡那霉素抗性平板篩選成功的轉(zhuǎn)化子。然后將轉(zhuǎn)化子接至含卡那霉素的LB 液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)后,逐步經(jīng)過(guò)菌液PCR、質(zhì)粒PCR、雙酶切及測(cè)序等鑒定程序,再把測(cè)序正確的轉(zhuǎn)化子的質(zhì)粒pET-28a-norB化學(xué)轉(zhuǎn)化至表達(dá)菌BL21,以卡那霉素抗性平板篩選轉(zhuǎn)化成功的BL21-pET-28a-norB,挑選單菌落,37 ℃培養(yǎng)12h后,菌種加入15%的甘油于-80 ℃保存。

        1.2.4 目的蛋白分子量的鑒定

        將BL21-pET-28a-norB在LB 液體培養(yǎng)基中以250r·min-1、37 ℃培養(yǎng)約3h,至A600約為1.0時(shí)加入IPTG 誘導(dǎo)norB的表達(dá)。IPTG 誘導(dǎo)濃度為0.5 mmol·L-1、1mmol·L-1,誘導(dǎo)時(shí)間1.5h,誘導(dǎo)溫度37 ℃。對(duì)誘導(dǎo)后的菌液處理后,進(jìn)行SDS-PAGE(電壓100V,30min;電壓120V,3h)電泳,考馬斯亮藍(lán)染色,脫色后分析目的蛋白質(zhì)的分子量。

        1.2.5 葡萄糖對(duì)norB基因表達(dá)的影響

        為抑制本底表達(dá),在LB液體培養(yǎng)基中加入1%的葡萄糖,按1.2.4方法進(jìn)行SDS-PAGE電泳。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 norB 基因的擴(kuò)增

        norB基因的PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果見(jiàn)圖1a。

        圖1 PCR 產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳圖譜Fig.1 Agarose gel electrophorogram of PCR products

        由圖1a可知,目的條帶在瓊脂糖凝膠電泳圖譜中的位置與GenBank公布的norB基因大?。? 401bp)基本相符。

        2.2 重組質(zhì)粒pET-28a-norB 的構(gòu)建及鑒定

        從卡那霉素抗性平板上隨機(jī)挑選出10株陽(yáng)性克隆菌DH5α-pET-28a-norB,接至LB 液體培養(yǎng)基增菌后,依次進(jìn)行菌液PCR(圖1b)、質(zhì)粒PCR(圖1c),結(jié)果發(fā)現(xiàn),只有菌株7 為陽(yáng)性克隆菌DH5α-pET-28anorB(圖1b)。對(duì)菌株7中的重組質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切后,再經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳(圖1d),結(jié)果與預(yù)期完全相符(共2 個(gè)片段,大片段約5 300bp,小片段約1 400 bp)。隨后,對(duì)重組質(zhì)粒測(cè)序,并通過(guò)BLAST 分析,結(jié)果見(jiàn)圖2。

        圖2中灰色背景序列分別為酶切位點(diǎn)EcoRⅠ和HindⅢ,波浪線序列分別為起始密碼子和終止密碼子,2個(gè)密碼子之間即為目的片段norB基因的序列,與GenBank公布序列一致,說(shuō)明重組質(zhì)粒pET-28anorB構(gòu)建成功。

        2.3 目的蛋白NorB分子量的鑒定

        按norB基因的氨基酸序列推測(cè),目的蛋白NorB的理論分子量約為52kDa,然而,眾多研究結(jié)果表明,NorB在SDS-PAGE 中的表觀分子量約為37~38 kDa,而由圖3可知,目的蛋白(箭頭所示)的遷移位置在40kDa附近,與NorB的表觀分子量基本相符。

        圖2 重組質(zhì)粒pET-28a-norB 測(cè)序結(jié)果Fig.2 Sequence of recombinant plasmid pET-28a-norB

        圖3 NorB的SDS-PAGE電泳圖譜Fig.3 SDS-PAGE Electrophorogram of NorB

        2.4 葡萄糖對(duì)norB 表達(dá)的影響

        由于未加入IPTG 的重組質(zhì)粒亦表達(dá)了NorB(圖3條帶1),推測(cè)可能存在本底表達(dá)現(xiàn)象。為驗(yàn)證此現(xiàn)象,在LB液體培養(yǎng)基中加入1%的葡萄糖,再誘導(dǎo)表達(dá),進(jìn)行SDS-PAGE分析,結(jié)果見(jiàn)圖4。

        由圖4可看出,葡萄糖的加入抑制了本底表達(dá),即加入IPTG 后,在40kDa附近出現(xiàn)了目的蛋白。

        2.5 討論

        (1)大氣中NOx的治理是一個(gè)技術(shù)難題,其中一個(gè)重要原因就是NO 難溶于水。為提高去除效率,增大NO 可溶性就成為了一種必要手段,如Fe(Ⅱ)-EDTA 對(duì)NO 具有很好的吸收能力,但Fe(Ⅱ)-EDTA 易被氧化成Fe(Ⅲ)-EDTA,從而不能結(jié)合NO[13],致使NO 去除率下降。為再生Fe(Ⅱ)-EDTA,Li等[14]在系統(tǒng)中加入了大腸桿菌FR-2(鐵還原細(xì)菌),并深入研究了Fe(Ⅱ)-EDTA 對(duì)Fe(Ⅲ)-EDTA 生物還原的影響。此外,從生物學(xué)角度,NO 的去除要依靠Nor的作用,Nor對(duì)NO 具有非常高的親和力,能迅速“捕捉”NO,本實(shí)驗(yàn)通過(guò)PCR 擴(kuò)增、基因克隆、表達(dá)載體構(gòu)建等,有效地表達(dá)出了Nor催化亞單位NorB,為提高NO 的去除效率奠定了理論基礎(chǔ)。

        圖4 加入1%葡萄糖后的NorB的SDS-PAGE電泳圖譜Fig.4 SDS-PAGE Electrophorogram of NorB supplemented with 1%glucose

        (2)細(xì)菌Nor為膜結(jié)合蛋白,含有2 個(gè)亞單位,NorC和NorB,分別由基因norC和norB編碼。NorC分子量相對(duì)較小,為膜結(jié)合細(xì)胞色素c;NorB 分子量相對(duì)較大,為催化部位,由12 條跨膜α-螺旋構(gòu)成[15],具有極強(qiáng)的疏水性,對(duì)表達(dá)極為不利。本實(shí)驗(yàn)也證實(shí),與其它生物脫氮中的還原酶(如亞硝酸還原酶[16])的表達(dá)量相比,NorB 的表達(dá)量較低(圖3、4)。然而,考慮到Nor對(duì)NO 的極高親和力,即使NorB 的表達(dá)量不高,也仍然對(duì)NO 的去除具有積極的意義。

        3 結(jié)論

        為使norB基因得到有效表達(dá),利用分子生物學(xué)技術(shù)將銅綠假單胞菌B136-33的norB基因克隆至表達(dá)載體pET-28a 上,并構(gòu)建基因工程菌,高效表達(dá)NorB,提高對(duì)NO 的捕獲能力,從而提高NOx的去除效率。

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