李天芝,于新友,沈志強(qiáng),2
(1.山東綠都生物科技有限公司,山東 濱州 256600;2.山東省濱州畜牧獸醫(yī)研究院,山東 濱州 256600)
豬肺炎支原體PCR快速檢測方法的建立和應(yīng)用
李天芝1,于新友1,沈志強(qiáng)1,2
(1.山東綠都生物科技有限公司,山東 濱州 256600;2.山東省濱州畜牧獸醫(yī)研究院,山東 濱州 256600)
根據(jù)豬肺炎支原體P36基因序列,設(shè)計(jì)1對(duì)引物,建立了豬肺炎支原體PCR診斷方法,該方法對(duì)豬肺炎支原體的擴(kuò)增結(jié)果為陽性,對(duì)照菌株擴(kuò)增結(jié)果均為陰性,對(duì)豬肺炎支原體檢測的靈敏性為1 pg總DNA量。并用建立的PCR診斷方法檢測52份豬肺炎支原體疑似病料,檢出陽性病例18份,以上結(jié)果表明該P(yáng)CR方法特異性強(qiáng)敏感性高、簡便、快速,可用于豬肺炎支原體疾病的診斷。
豬肺炎支原體;PCR;診斷
豬肺炎支原體(Mhp)可引起豬支原體肺炎(MPS),該病又叫豬霉形體肺炎或豬氣喘病,是豬的一種高發(fā)性、慢性呼吸道傳染病,主要臨床表現(xiàn)為咳嗽和氣喘,一年四季均可發(fā)病,但以冬、春寒冷季節(jié)較常見,各種日齡豬均可發(fā)病,但死亡率低,病豬生長緩慢,飼料利用率低,給世界各國養(yǎng)豬業(yè)造成了重大的經(jīng)濟(jì)損失[1-2]。豬肺炎支原體傳統(tǒng)的檢測方法主要有病原分離[3]、核酸探針[4]、間接血凝試驗(yàn)[5]和ELISA[6]等方法這些方法有的操作繁瑣,診斷時(shí)間長,結(jié)果重復(fù)性不好,有的難以檢測出微量病毒,不適宜疾病早期診斷,本研究設(shè)計(jì)了針對(duì)豬肺炎支原體P36基因的引物,優(yōu)化PCR反應(yīng)體系,建立檢測了豬肺炎支原體的PCR檢測方法,并用該方法對(duì)所采集的病料進(jìn)行檢測分析。
1.1 菌種和病料
豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌由本實(shí)驗(yàn)室分離、保存。病料采自山東省各地豬場臨床診斷為豬支原體肺炎的豬肺臟。
1.2 主要試劑及儀器
pMD18-T載 體、Premix Taq、DL2000 Marker購自寶生物工程(大連)有限公司,多功能DNA純化回收試劑盒、高純質(zhì)粒小量制備試劑盒、細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒均購自北京百泰克生物技術(shù)有限公司,PCR儀購自BIO-RAD公司。
1.3 引物設(shè)計(jì)與合成
參照GenBank發(fā)表的Mhp P36(X67286) 基 因 序 列, 用Primer primer5.0軟件設(shè)計(jì)1對(duì)引物,P1:5'-G ATTAGTGTCTCCCGTTAT-3',P2:5'- TCACCCATCACGTAGGCC -3'。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
1.4 PCR模板制備
參照百泰克細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒說明書,提取豬肺炎支原體基因組DNA,并提取其他幾種細(xì)菌的DNA作為模板。
1.5 豬肺炎支原體P36基因的PCR擴(kuò)增及條件優(yōu)化
以基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系為25 μL,對(duì)各擴(kuò)增條件進(jìn)行優(yōu)化,包括退火溫度(45~55 ℃梯度溫度,每2 ℃為1個(gè)梯度)、引物濃度(0.1~1.1 μmol/L,每0.2 μmol/ L為1個(gè)梯度)等,最終確定的擴(kuò)增程序?yàn)?5 ℃預(yù)變性5 min,然后進(jìn)入95 ℃30 s、51 ℃ 30 s、72 ℃30 min循環(huán),共30個(gè)循環(huán),最后72 ℃延伸10 min。取5 μL產(chǎn)物,1.5%瓊脂糖凝膠電泳,EB染色,紫外成像。
1.6 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測及鑒定
首先取擴(kuò)增產(chǎn)物5 μL在1.5%的瓊脂糖凝膠上電泳,利用凝膠成像系統(tǒng)掃描進(jìn)行初步鑒定。然后用DNA凝膠回收試劑盒回收目的片段。將目的片段與pMD18-T克隆載體于4 ℃過夜連接,轉(zhuǎn)化感受態(tài)菌株DH5α。挑取單個(gè)的轉(zhuǎn)化菌落,加LB溶液培養(yǎng)18 h后用質(zhì)粒提取試劑盒抽提質(zhì)粒DNA用PCR方法進(jìn)行鑒定,將陽性克隆送上海生工生物工程股份有限公司進(jìn)行測序鑒定。將測序結(jié)果與參照的豬肺炎支原體P36基因序列同源性比較。
1.7 特異性試驗(yàn)
分別提取豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌的DNA,用已建立的方法進(jìn)行擴(kuò)增。
1.8 敏感性測定
豬肺炎支原體的基因組DNA后定量,然后10倍梯度稀釋提取的細(xì)菌基因組DNA使其分別相當(dāng)于含有100 ngDNA、10 ngDNA、1 ngDNA、100 pgDNA、10 pgDNA、1 pgDNA、0.1 pgDNA的含量,分別進(jìn)行PCR檢測,確定其敏感性。
1.9 重復(fù)性試驗(yàn)
用建立的PCR檢測方法,對(duì)豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌DNA,重復(fù)檢測3次,以驗(yàn)證本方法的重復(fù)性和穩(wěn)定性。
1.10 臨床樣品的檢測
對(duì)52份豬肺炎支原體疑似病料,用本試驗(yàn)優(yōu)化建立的PCR反應(yīng)體系進(jìn)行檢測,對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物全部進(jìn)行測序鑒定,并利用生物學(xué)軟件BLAST進(jìn)行序列分析。
2.1 擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測
PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)過1.5%瓊脂糖凝膠電泳,擴(kuò)增產(chǎn)物在351 bp處可見特異性DNA擴(kuò)增條帶,與預(yù)期大小相符(圖1)。測序結(jié)果顯示擴(kuò)增的序列與參照的豬肺炎支原體P36基因(X67286)的同源性為100%。
2.2 特異性試驗(yàn)
利用所設(shè)計(jì)的引物及所確定的最佳反應(yīng)條件分別對(duì)豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌的DNA進(jìn)行PCR檢測。結(jié)果7菌株中只有豬肺炎支原體能擴(kuò)增出相應(yīng)的片段,大小分351 bp(預(yù)期的為351 bp),而其他均未擴(kuò)增出相應(yīng)的片段(圖2)。說明本研究建立的方法特異性好。
圖1 豬肺炎支原體擴(kuò)增結(jié)果
圖2 特異性試驗(yàn)
圖3 敏感性試驗(yàn)
2.3 敏感性試驗(yàn)
取5μL PCR產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳分析,分別在約351 bp附近出現(xiàn)特異性條帶,與預(yù)期產(chǎn)物大小相符。從結(jié)果可以看出,該P(yáng)CR檢測靈敏度可以達(dá)到1 pgDNA(圖3)。
2.4 重復(fù)性試驗(yàn)
經(jīng)過3次重復(fù)操作,結(jié)果一致,說明建立的方法是穩(wěn)定、可靠的。
2.5 檢測方法的應(yīng)用
用本試驗(yàn)優(yōu)化建立的PCR方法對(duì)52份豬肺炎支原體疑似病料進(jìn)行檢測,4 h內(nèi)可出結(jié)果,檢出陽性病例18份,陽性率為34.6%。
本實(shí)驗(yàn)參照Genbank中豬肺炎支原體P36基因序列,在其高度保守區(qū)設(shè)計(jì)1對(duì)特異性引物,建立了豬肺炎支原體PCR診斷方法。通過對(duì)豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌的擴(kuò)增表明,本試驗(yàn)所建立的PCR檢測方法特異性高,敏感性試驗(yàn)結(jié)果表明,該P(yáng)CR檢測豬肺炎支原體靈敏度可以達(dá)到1 pgDNA。
國內(nèi)外有關(guān)豬肺炎支原體臨床病例方面的報(bào)道較多,而病原菌檢測方法的報(bào)道卻很少。由于該病傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)室檢測方法(病原分離與生化鑒定等)繁雜費(fèi)時(shí),且檢出率較低。本實(shí)驗(yàn)優(yōu)化條件建立的豬肺炎支原體PCR檢測方法,直接從病料提取細(xì)菌DNA,不需要進(jìn)行病原菌的分離培養(yǎng),進(jìn)行PCR擴(kuò)增,即可判斷是否患有豬肺炎支原體感染,該方法具有檢測速度快、特異性強(qiáng)、敏感性高等優(yōu)點(diǎn)。對(duì)52份臨床疑似病料進(jìn)行檢測,4 h內(nèi)可出結(jié)果,檢出陽性病例18份,檢出率為34.6%;用傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)室檢測方法耗時(shí)數(shù)天,說明PCR方法較傳統(tǒng)方法有檢測速度快,靈敏度高的優(yōu)點(diǎn),能對(duì)該病進(jìn)行有效診斷。本試驗(yàn)建立的豬肺炎支原體PCR檢測方法可用于該病的快速診斷與流行病學(xué)調(diào)查。
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2015-08-07)
山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系生豬產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目(SDAIT-06-011-14)
李天芝(1985-),女,漢族,助理研究員,碩士,主要從事動(dòng)物傳染病診斷技術(shù)研究。