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        微量熱泳動技術(shù)原理及其在研究生物分子互作方面的應(yīng)用

        2015-10-27 01:25:06艾秋實(shí)曹向宇趙芊牛亞利4宋水山
        生物技術(shù)通報 2015年6期
        關(guān)鍵詞:位點(diǎn)蛋白質(zhì)熒光

        艾秋實(shí)曹向宇趙芊牛亞利,4宋水山

        (1. 河北省科學(xué)院生物研究所,石家莊 050081;2. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,保定 071001;3.河北省主要農(nóng)作物病害微生物控制工程技術(shù)研究中心,石家莊 050081;4.河北工業(yè)大學(xué)化工學(xué)院,天津 300130)

        微量熱泳動技術(shù)原理及其在研究生物分子互作方面的應(yīng)用

        艾秋實(shí)1,2,3曹向宇1,3趙芊1,3牛亞利1,3,4宋水山1,3

        (1. 河北省科學(xué)院生物研究所,石家莊 050081;2. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,保定 071001;3.河北省主要農(nóng)作物病害微生物控制工程技術(shù)研究中心,石家莊 050081;4.河北工業(yè)大學(xué)化工學(xué)院,天津 300130)

        微量熱泳動(MST)技術(shù)是近年來興起的一項(xiàng)用于研究生物分子間互作的新技術(shù)。其檢測是基于熱泳動現(xiàn)象,即分子在溫度梯度中的定向運(yùn)動及由此引起分子性質(zhì)的變化,如分子大小、電荷和水化層及構(gòu)象等。該方法把精確的熒光檢測與靈敏的熱泳動相結(jié)合,從而提供了一個靈敏的、快速的精確分析生物分子間互作的檢測方法。就MST的工作原理和檢測過程及其在生物學(xué)研究中的應(yīng)用作以綜述。

        微量熱泳動;互作分析;結(jié)合性研究;生物分子間互作

        研究生物分子的相互作用,對于探明生物體信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路及調(diào)控機(jī)制、生理生化代謝途徑具有重要意義。在生命科學(xué)研究中,人們經(jīng)常利用熒光分子追蹤和分析分子間的相互作用。這是因?yàn)闊晒庀嚓P(guān)技術(shù)在研究生物學(xué)過程中起到了極其重要的作用[1]。多種顯微技術(shù)可對細(xì)胞內(nèi)的熒光分子進(jìn)行觀察,而且在體外實(shí)驗(yàn)中也可應(yīng)用熒光分子。無論是檢測結(jié)合常數(shù)和酶活,還是研究蛋白質(zhì)折疊的熱力學(xué)機(jī)制都能使用熒光分子相關(guān)技術(shù)對生物分子運(yùn)動過程的生物物理學(xué)參數(shù)進(jìn)行測定。在過去幾十年中,熒光技術(shù)作為一種體外檢測方法幫助人們認(rèn)識了生物分子諸多方面的功能。這是由于熒光技術(shù)具有應(yīng)用廣泛、特異性好、靈敏度高的優(yōu)點(diǎn)[2]。

        利用熒光技術(shù)分析生物分子間互作,主要依靠檢測系統(tǒng)的性能、熒光猝滅機(jī)理、熒光光譜[3]、異向性或福斯特(Foerster)共振能量轉(zhuǎn)移來分析某個反應(yīng)的平衡常數(shù)。然而,這些技術(shù)還存在一定的局限性,如需要依賴分子的大小,結(jié)合時分子大小的變化和熒光團(tuán)相互作用時相對位置等參數(shù)[4]。另外,這些技術(shù)具有樣品用量大,實(shí)驗(yàn)步驟繁瑣,數(shù)據(jù)分析不精確等缺點(diǎn)。

        基于熒光檢測技術(shù)的優(yōu)勢,微量熱泳動(microscale thermophoresis,MST)技術(shù)將熒光檢測與熱泳動現(xiàn)象相結(jié)合,提供了一個高效、精確、靈敏的檢測方法。MST檢測通常需要用熒光標(biāo)記蛋白,配體則不需要標(biāo)記。在溫度梯度中,熒光標(biāo)記蛋白與配體發(fā)生熱泳動,導(dǎo)致反應(yīng)體系中熒光分布發(fā)生變化。MST就是通過檢測溫度梯度場中,分子熱泳動引起的熒光分布變化來分析分子間相互作用。

        1 MST基本介紹

        1.1 基本原理

        熱泳動現(xiàn)象由 Ludwig首次闡釋,指在溫度梯度下分子的定向運(yùn)動[5]。2010年,Wienken 等[6]首次報道了利用MST技術(shù)研究蛋白質(zhì)及小分子在生物溶液中的相互作用,此項(xiàng)技術(shù)的興起是研究生物分子間互作領(lǐng)域的一場革命。MST檢測設(shè)備由Nano Temper公司發(fā)明,其工作原理是生物分子在毛細(xì)管中發(fā)生熱泳動現(xiàn)象,導(dǎo)致發(fā)生相互作用的生物分子的水化層、分子大小、電荷等分子性質(zhì)發(fā)生改變,進(jìn)而引起反應(yīng)體系中熒光分布的變化,以檢測相互作用的生物分子間的親和性。

        MST生物物理學(xué)背景已經(jīng)有了廣泛的報道[7-10]。反應(yīng)體系中的溫度變化(ΔT)可導(dǎo)致溫度升高區(qū)域中粒子數(shù)量減少。通過索雷特(Soret)系數(shù)對熱泳動進(jìn)行定量分析 ST:Chot/Ccold=exp(-STΔT)。熱泳動的減弱是由于分子與溶劑交界面相互作用導(dǎo)致的。在緩沖液不變的情況下,熱泳動可分析分子的大小、電荷和溶劑熵值。如蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物的熱泳動是有顯著差異的,復(fù)合物形成后會引起分子大小、電荷和溶劑能量的改變。即使結(jié)合后不能顯著改變蛋白大小、電荷,MST仍可通過檢測溶劑熵值的變化來檢測結(jié)合是否發(fā)生[10]。MST除了能精確檢測生物分子間相互作用,計算解離常數(shù)(Kds),還能得到有關(guān)生物分子互作的其他參數(shù)。

        1.2 性能優(yōu)勢

        長期以來,測定生物分子間的結(jié)合情況一般使用生物化學(xué)的方法。因其能直接呈現(xiàn)檢測結(jié)果,而且操作簡單、成本低。常用的生物化學(xué)方法包括,用于檢測蛋白與核酸相互作用的凝膠遷移實(shí)驗(yàn)(electrophoretic mobility shift assay,EMSA),以及基于抗體的檢測技術(shù),如酶聯(lián)免疫(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)[11,12]。盡管這些檢測方法應(yīng)用廣泛,但很難對結(jié)合情況進(jìn)行精確分析[13]。

        生物物理學(xué)的方法可對生物分子的結(jié)合情況進(jìn)行定量研究。然而目前應(yīng)用較多的一些檢測方法也存在著局限性。如等溫滴定量熱法(isothermal titration calorimetry,ITC)雖然無需標(biāo)記和固定樣品,但其靈敏度較低,且需要較多的待測樣品產(chǎn)生明顯的熱信號用于檢測,這就加大了樣品制備的難度[14]。動態(tài)光散射法(dynamic light scattering,DLS)也是免標(biāo)記、免固定樣品的方法,但其檢測依靠未結(jié)合組分與結(jié)合復(fù)合體之間水動力半徑(rH)的明顯差異,這限制了檢測的范圍[15]。熒光偏振技術(shù)(flourscence polarization,F(xiàn)P)盡管無需固定樣品,但其適用性和靈敏性受熒光染料的壽命、熒光標(biāo)記配體的大小以及配體結(jié)合后分子質(zhì)量變化的影響。該方法使用的熒光染料為熒光素,其壽命短,分子量普遍大于0.3 kD,這會影響配體的結(jié)合運(yùn)動[16,17]。表面等離子體共振(surface plasmon resonance,SPR)法靈敏度高,可實(shí)時獲取檢測數(shù)據(jù)。但其需要將樣品固定,這會影響結(jié)合分子的動力學(xué)特性進(jìn)而影響結(jié)合反應(yīng)發(fā)生[18]。而MST技術(shù)則避免了上述實(shí)驗(yàn)技術(shù)的不足。

        MST能對微升(μL)級的溶液進(jìn)行檢測,這不完全取決于待測分子的大小變化和物理特性[6,9,19]。MST的檢測主要基于生物分子水化層的改變,所以比其他的熒光技術(shù)應(yīng)用范圍廣[7,8]。因此,MST不會像FP技術(shù)那樣,需要改變待測分子的大小和質(zhì)量,同時避免了DLS受制于結(jié)合組分的分子質(zhì)量比。另外,MST不用固定樣品,且樣品用量極少,這是ITC、SPR等非熒光檢測法所不具備的優(yōu)勢。而且細(xì)胞質(zhì)、細(xì)胞裂解液等復(fù)雜生物溶液可作為MST檢測的反應(yīng)體系[6,10]。

        根據(jù)檢測器不同MST檢測設(shè)備分為Monolith NT.115/Monolith.NT115Pico和 Monolith NT.LabelFree。使用Monolith NT.115/Monolith.NT115Pico型號檢測時需要對其中一個待測分子進(jìn)行熒光標(biāo)記。Monolith NT.LabelFree的出現(xiàn)為研究生物分子互作提供了一個完全免標(biāo)記的檢測方法[20],這是因?yàn)樗軝z測到蛋白質(zhì)自身所含芳香類氨基酸發(fā)出的內(nèi)源熒光。另外Monolith NT.Automated結(jié)合了上述兩種類型檢測器的特性,所以具備高通量篩選的能力。

        綜上所述,MST與其他方法相比具有以下幾方面優(yōu)點(diǎn):(1)可在多種生物溶液中進(jìn)行檢測;(2)實(shí)時獲取檢測數(shù)據(jù);(3)靈敏度極高;(4)樣品處理簡單;(5)檢測時間短;(6)待測樣品用量極少。

        1.3 解離常數(shù)的計算

        Kds是通過MST測得的重要參數(shù)。Kds是反應(yīng)分子間親和力的重要指標(biāo)。它被定義為:

        Kds:解離常數(shù);[A]free:游離態(tài)A組分濃度;[B]free:游離態(tài)B組分濃度;[AB]:A與B結(jié)合后形成的復(fù)合體濃度。

        但兩個結(jié)合組分的游離態(tài)濃度無法測得。所以,以它們的總濃度替代。它們的總濃度分別被定義為:[A]=[A]free+[AB]和[B]=[B]free+[AB]

        因此Kds被定義為:

        下面將A定義為滴定組分,即配體。B定義為與A結(jié)合的另一組分,即受體。其濃度保持不變,熒光值可被儀器讀出。由此解出B的結(jié)合率(FB)即可求得Kds。FB為:

        MST設(shè)備給出的Fnorm是關(guān)于FB的線性函數(shù),因此由上述等式可得出Fnorm[21]。

        2 MST檢測過程

        除了使用Monolith NT.LabelFree外,MST檢測要對其中一個互作分子進(jìn)行熒光標(biāo)記且濃度不變,而非熒光標(biāo)記的分子進(jìn)行倍比稀釋,根據(jù)儀器的規(guī)格最多可做15個濃度梯度。因此MST檢測主要涉及熒光標(biāo)簽選擇,結(jié)合配體的倍比稀釋和毛細(xì)管3方面的問題。MST的檢測過程,如圖1所示。

        2.1 熒光標(biāo)簽

        除Monolith NT.LabelFree型外,MST的激發(fā)光波長處于可見光范圍內(nèi),所以要對待測分子進(jìn)行熒光標(biāo)記才能檢測其熱泳動現(xiàn)象,如熒光標(biāo)簽、融合熒光蛋白。生物分子存在結(jié)合標(biāo)簽位點(diǎn),它的結(jié)合并不影響熱泳動的產(chǎn)生。此外,隨機(jī)結(jié)合的標(biāo)簽有利于MST的檢測。因?yàn)樵诮Y(jié)合過程中能降低單個標(biāo)簽的局部效應(yīng)。熒光物質(zhì)與目的分子偶聯(lián)需要特定的pH值,大部分蛋白質(zhì)都可適應(yīng)這一條件。除了蛋白質(zhì),其他生物分子也可利用熒光標(biāo)簽進(jìn)行相互作用的研究。

        熒光標(biāo)記法要針對目標(biāo)蛋白選擇特定的熒光標(biāo)簽。在體外表達(dá)系統(tǒng)中,可將嘌呤毒素?zé)晒鈭F(tuán)與C端結(jié)合[23],也可與攜帶熒光染料的非天然氨基酸結(jié)合[24],或是結(jié)合后對其進(jìn)行特殊修飾[25]。另外,細(xì)胞裂解液中可直接使用重組蛋白,如綠色熒光蛋白(green fluorescent protein,GFP),或是針對特定染料的結(jié)合位點(diǎn)選用肽段序列標(biāo)簽。

        熒光標(biāo)簽提供了一種高靈敏的檢測方法,可用于納摩(nmol)水平的檢測。該方法能檢測復(fù)雜液體環(huán)境中帶有不同標(biāo)簽的混合分子。然而熒光標(biāo)簽可能會影響分子間的結(jié)合,像G蛋白偶聯(lián)受體等膜蛋白對于修飾比較敏感。所以在選擇熒光標(biāo)簽時,要考慮被標(biāo)記生物分子的性質(zhì),核酸、蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與性質(zhì)不同,它們需要的熒光標(biāo)簽也不同。通過使用Monolith NT.LabelFree型儀器可解決此問題,該儀器在紫外條件下檢測蛋白質(zhì)自身含有的芳香類氨基酸發(fā)射的熒光,如酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸。

        選擇熒光源時,要考慮MST檢測時所用緩沖液的性質(zhì),使得緩沖液的背景熒光值在熒光團(tuán)特定波長下產(chǎn)生盡可能小的信噪比。因此,在細(xì)胞裂解物或血清等復(fù)雜生物溶液中必須采用熒光標(biāo)簽,因?yàn)樯锶芤汉休^高濃度的蛋白質(zhì)會產(chǎn)生較高的紫外熒光值。

        圖1 MST檢測過程[22]

        2.2 倍比稀釋

        一般初始熒光強(qiáng)度是恒定的,除非熒光團(tuán)接近結(jié)合位點(diǎn)或出現(xiàn)表面吸附和聚集情況。為驗(yàn)證這些情況是否對檢測產(chǎn)生影響,應(yīng)用去垢劑或小牛血清蛋白(BSA)等作為陰性對照。因?yàn)榈鞍踪|(zhì)紫外范圍內(nèi)背景熒光值是不容忽視的,所以免標(biāo)記的MST檢測應(yīng)設(shè)置陰性對照,以扣除本底信號的干擾。通過倍比稀釋的方法,將不同濃度的非熒光標(biāo)記反應(yīng)物與固定濃度的熒光標(biāo)記反應(yīng)物混合。前者的最低濃度為游離狀態(tài)下儀器能檢測到其熱泳動的發(fā)生,最高濃度要高于預(yù)期的Kds,以及與熒光標(biāo)記反應(yīng)物完全結(jié)合時所需的濃度。通常認(rèn)為最高濃度是Kds的20倍左右。

        2.3 毛細(xì)管

        將待測樣品通過毛細(xì)管現(xiàn)象吸到不同的毛細(xì)管中。4 μL樣品就能滿足測試的需要。MST實(shí)驗(yàn)所用毛細(xì)管的內(nèi)徑差距不會大于1 μm,以確保每根毛細(xì)管中產(chǎn)生一致的溫度梯度,因此毛細(xì)管內(nèi)表面對實(shí)驗(yàn)檢測結(jié)果至關(guān)重要。毛細(xì)管外層的厚度也影響著溫度梯度及總體溫度的增加,它的熱傳導(dǎo)性決定了遠(yuǎn)離紅外線(IR-laser)照射區(qū)域的熱傳導(dǎo)效率。標(biāo)準(zhǔn)MST毛細(xì)管(nanotemper technologies)的內(nèi)表面是高度均勻的,其背景信號很低。對于非特異吸附在毛細(xì)管表面的反應(yīng)物,MST設(shè)備能輕易的檢測到,或利用BSA作為陰性對照以避免非特異吸附對實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。例如,對小分子物質(zhì)檢測時,可利用BSA作為對照實(shí)驗(yàn)以排除小分子的非特異結(jié)合。毛細(xì)管內(nèi)表面也可進(jìn)行親水或疏水處理。

        3 MST在生物分子互作研究中的應(yīng)用

        近些年,MST已經(jīng)成功的應(yīng)用在研究生物分子間互作領(lǐng)域,主要包括寡聚核苷酸間的互作、蛋白質(zhì)與DNA的互作、蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的互作、蛋白質(zhì)與小分子間的互作,以及蛋白質(zhì)與脂質(zhì)體的互作。

        3.1 寡核苷酸相互作用的研究

        適配體(aptamer)是體外篩選的能與特定目標(biāo)分子結(jié)合的核苷酸序列,它與適配體-目標(biāo)結(jié)合物產(chǎn)生的熱泳動現(xiàn)象具有顯著差異。Baaske等[26]利用Cy5染料標(biāo)記核苷酸序列,定量分析凝血酶適配體與凝血酶的結(jié)合情況。他們發(fā)現(xiàn)在不同緩沖液中,適配體與目標(biāo)物的親和性存在差異,在10%和50%血清中測得的結(jié)合常數(shù)與其他緩沖液中測得的不同,由此表明MST可對血清這樣復(fù)雜的生物溶液進(jìn)行檢測,其檢測的靈敏度和特異性不受血清中其他組分的影響。他們還分析了ATP適配體在不同緩沖液中與AMP和ATP的結(jié)合情況。

        分子穩(wěn)定性和構(gòu)象是生物分子重要的測量參數(shù)。Wienken等[27]通過測定核酸的熱泳動,精確檢測核酸的熔化相變和分解時構(gòu)象變化。利用MST分析了單核苷酸的多態(tài)性、DNA修飾、DNA發(fā)卡結(jié)構(gòu)和雙鏈小RNA的構(gòu)象。他們把MST測得的結(jié)果與紫外吸收光譜法測得的結(jié)果進(jìn)行比較發(fā)現(xiàn),利用兩種方法測得的結(jié)果一致,證實(shí)了MST在核酸分析方面的可靠性。

        3.2 蛋白質(zhì)與核酸相互作用的研究

        病毒非結(jié)構(gòu)蛋白NSP5是構(gòu)成病毒質(zhì)的主要成分。Martin等[28]證實(shí)鐵硫簇在NSP5與ssRNA結(jié)合過程中發(fā)揮作用。用Cy-3標(biāo)記ssRNA與野生型NSP5或缺少鐵硫簇的NSP5 C171A C174反應(yīng),以測得Kds。MST結(jié)果顯示,野生型NSP5有兩個結(jié)合位點(diǎn)可以結(jié)合ssRNA,且兩個結(jié)合位點(diǎn)的親和性不同。而NSP5 C171A C174只具有親和性較高的結(jié)合位點(diǎn)。

        轉(zhuǎn)錄因子PU.1在造血系統(tǒng)發(fā)揮重要作用,在分化過程中PU.1的結(jié)合形式會發(fā)生明顯的改變。轉(zhuǎn)錄因子能夠識別并結(jié)合到基因組特定DNA序列。Pham等[29]通過體內(nèi)外結(jié)合實(shí)驗(yàn)和生物信息技術(shù)研究表明,PU.1選擇它的結(jié)合位點(diǎn)主要依靠與目的序列的親和性。他們利用MST技術(shù)檢測了75個Cy-3標(biāo)記的DNA模體序列與體外表達(dá)PU.1的Kds發(fā)現(xiàn),每個模體log-odds scores與Kds成反比,認(rèn)為logodds scores能夠反應(yīng)模體序列的親和力。

        3.3 蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用的研究

        泛素化信號被一整套泛素受體識別,Keren-Kaplan等[30]發(fā)現(xiàn)了一個可能與泛素結(jié)合的結(jié)構(gòu)域ALIX-V。首先通過pull-down實(shí)驗(yàn)證實(shí)ALIX-V與泛素具有較強(qiáng)的親和性,但SPR測得的Kds約為2 200 μmol/L,不能印證pull-down實(shí)驗(yàn)的結(jié)論。利用MST技術(shù)測得Kds約為119 μmol/L,這一結(jié)果與多數(shù)泛素結(jié)合結(jié)構(gòu)域特征相符。他們推測SPR與MST結(jié)果出現(xiàn)分歧的原因可能是泛素引起ALIX-V發(fā)生齊聚反應(yīng),SPR實(shí)驗(yàn)需要把ALIX-V固定,而MST實(shí)驗(yàn)并不需要將其固定。他們又通過MST實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證了其推測。

        線粒體熱休克蛋白Hsp70的分子伴侶 Ssq1在鐵硫蛋白成熟過程中起著至關(guān)重要的作用。Ssq1與支架蛋白Isu1結(jié)合,以促進(jìn)新合成的鐵硫簇從Isu1上解離,同時Ssq1轉(zhuǎn)移到目標(biāo)載脂蛋白上。Uzarska等[31]證實(shí)Ssq1也可與硫醇谷氧還蛋白5(Grx5)結(jié)合,但是結(jié)合位點(diǎn)與Isu1不同。在MST實(shí)驗(yàn)中使用Kit Red標(biāo)記Grx5與Ssq1進(jìn)行反應(yīng),計算出Grx5的親和常數(shù)。

        3.4 蛋白質(zhì)與小分子互作的研究

        小分子物質(zhì)可競爭單結(jié)構(gòu)域酶的活化位點(diǎn),抑制其蛋白功能,還可干擾兩個含單結(jié)構(gòu)域酶的相互作用。tRNA-鳥嘌呤轉(zhuǎn)糖基酶(TGT)只有形成二聚體才能發(fā)揮作用,因此通過小分子物質(zhì)抑制TGT形成二聚體是治療志賀桿菌病的新思路。為阻止TGT形成二聚體,Immekus等[32]根據(jù)TGT的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)設(shè)計了不同類型的配體。利用MST技術(shù)檢測Alexa Fluor 647標(biāo)記的TGT與不同配體間的Kds。并通過[8-3H]鳥嘌呤動力學(xué)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了所測得Kds。

        G-蛋白介導(dǎo)的Rho鳥苷酸交換因子(GEF)-Rho GTPase信號軸參與人類的病理過程,它也是一個潛在的治療位點(diǎn)。Shang等[33]對能夠嵌入LARG(參與RhoA激活并受G蛋白調(diào)節(jié)的Rho GEF)的DH-PH結(jié)構(gòu)域的化學(xué)物進(jìn)行了篩選,并通過生化實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)以Y16為代表的一類化學(xué)抑制劑能夠特異的阻止LARG與RhoA結(jié)合。通過MST技術(shù)檢測Y16與Alexa Fluor 647標(biāo)記的LARG作用時的 Kds,表明Y16能與LARG特異性結(jié)合。他們還用LARG不同位點(diǎn)的突變體與Y16反應(yīng),進(jìn)一步明確了Y16與LARG的結(jié)合位點(diǎn)。

        N-?;呓z氨酸內(nèi)酯(AHLs)是革蘭氏陰性細(xì)菌分泌的一類群體感應(yīng)信號,并能影響植物體內(nèi)多條信號通路[34]。因此尋找植物體內(nèi)AHLs受體對進(jìn)一步研究植物如何感應(yīng)AHLs至關(guān)重要。本實(shí)驗(yàn)室利用MST技術(shù)驗(yàn)證擬南芥體內(nèi)可能的AHLs受體G蛋白偶聯(lián)受體2(GCR2)是否作為某種AHLs的受體,即用Kit Red標(biāo)記GCR2并與不同的AHLs分子進(jìn)行結(jié)合實(shí)驗(yàn)(未發(fā)表)。

        3.5 蛋白質(zhì)與脂質(zhì)體互作的研究

        突觸囊泡蛋白Synaptotagmin-1是神經(jīng)元胞吐作用中重要的Ca2+感受器,它同時與Ca2+和帶陰離子的磷脂酰肌醇4,5-二磷酸(PIP2)結(jié)合。但三者間的協(xié)同作用還并不十分清楚。Van Den Bogaart等[35]利用MST技術(shù)分析了PIP2和Ca2+與Synaptotagmin-1的結(jié)合情況。用Alexa Fluor 488標(biāo)記Synaptotagmin-1及其突變體發(fā)現(xiàn),PIP2與C2B結(jié)構(gòu)域保守區(qū)域結(jié)合。當(dāng)有較高濃度的PIP2存在時可以顯著提高Ca2+與C2AB的親和性。由此證明,在神經(jīng)遞質(zhì)釋放過程中,Ca2+、synaptotagmin-1和PIP2之間的相互作用十分緊密。

        4 結(jié)語

        研究生物分子間互作,對于明確生物信號轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制,生物分子的結(jié)構(gòu)與功能等方面尤為重要。但如何證明兩個生物分子結(jié)合一直是生物學(xué)研究領(lǐng)域的重點(diǎn)和難點(diǎn),一般需要用多個實(shí)驗(yàn)共同驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的真實(shí)性、可靠性。MST技術(shù)的出現(xiàn)為研究生物分子間互作提供了一個新的方法。目前,MST與pull-down、液閃實(shí)驗(yàn)等技術(shù)相結(jié)合,豐富了研究生物分子間互作的檢測方法,提高了檢測效率。除了上述提到的優(yōu)勢外,MST還具有儀器維護(hù)及運(yùn)行費(fèi)用較低,儀器體積小等優(yōu)點(diǎn)。但目前,MST的應(yīng)用還有一定的局限性,其一、儀器價格昂貴;其二、不能直接確定結(jié)合的具體位點(diǎn),只能通過使用該生物分子的突變體等方法加以確定。MST技術(shù)通過進(jìn)一步的發(fā)展,一定會在細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、小分子配體篩選、分子靶向治療、醫(yī)藥研發(fā)等研究領(lǐng)域中發(fā)揮越來越大的作用。

        [1] Ha T, Tinnefeld P. Photophysics of fluorescent probes for singlemolecule biophysics and super-resolution imaging[J]. Annu Rev Phys Chem, 2012, 63:595-617.

        [2] Geddes CD, Lakowicz JR. Reviews in fluorescence[M]. Springer,2011, XII.

        [3] Maiti S, Haupts U, Webb WW. Fluorescence correlation spectroscopy:diagnostics f o r sp a rse molecules[J]. Proc Natl Acad Sci USA, 1997, 94(22):11753-11757.

        [4] Masi A, Cicchi R, Carloni A, et al. Optical methods in the study of protein-proteinintera c tions[J]. Adv Exp Med Biol, 2010, 674:33-42.

        [5] Ludwig C. Diffusion zwischen ungleich erw?rmten Orten gleich zusammengesetzter L?s u n g en[J]. Sitzungsber Akad Wiss Wien Math-Naturwiss, 1856, 20:539.

        [6] Wienken CJ, Baaske P, Rothbauer U, et al. Protein-binding assays in biological liquids u sing microscale thermophoresis[J]. Nat Commun, 2010, 1:100.

        [7] Duhr S, Braun D. Thermophoretic depletion follows Boltzmann distribution[J]. Phys R ev L ett, 2006, 96(16):168301.

        [8] Duhr S, Braun D. Why molecules move along a temperature gradient[J]. Proc Natl A cad Sci USA, 2006, 103(52):19678-19682.

        [9] Jerabek-Willemsen M, Wienken CJ, Braun D, et al. Molecular interaction stu dies using m icroscale thermophoresis[J]. Assay Drug Dev Technol, 2011, 9(4):342-353.

        [10] Seidel SA, Dijkman PM, Lea WA, et al. Microscale thermophoresis quantifies bi o mol e cular interactions under previously challenging conditions[J]. Methods, 2013, 59(3):301-315.

        [11] Garner MM, Revzin A. A gel electrophoresis method for quantifying the binding of proteins to specific DNA regions:application to components of the Escherichia coli lactose operon regulatory system[J]. Nucleic Acids Res, 1981, 9(13):3047-3060.

        [12] Engvall E, Perlmann P. Enzyme-linked immunosorbent assay(ELISA). Quantitative assay of immunoglobulin G[J]. Immunochemistry, 1971, 8(9):871-874.

        [13] Hellman LM, Fried MG. Electrophoretic mobility shift assay(EMSA)for detecting protein-nucleic acid interactions[J]. NatProtoc, 2007, 2(8):1849-1861.

        [14] Fujime S, Ishiwata S. Dynamic study of F-actin by quasielastic scattering of laser light[J]. J Mol Biol, 1971, 62(1):251-265.

        [15] Hanlon AD, Larkin MI, Reddick RM. Free-solution, labelfree protein-protein interactions characterized by dynamic light scattering[J]. Biophys J, 2010, 98(2):297-304.

        [16] Dandliker WB, Feigen GA. Quantification of the antigen-antibody reaction by the polarization of fluorescence[J]. Biochem Biophys Res Commun, 1961, 5:299-304.

        [17] Lea WA, Simeonov A. Fluorescence polarization assays in small molecule screening[J]. Expert Opin Drug Discov, 2011, 6(1):17-32.

        [18] Baksh MM, Kussrow AK, Mileni M, et al. Label-free quantification of membrane-ligand interactions using backscattering interferometry[J]. Nat Biotechnol, 2011, 29(4):357-360.

        [19] Zillner K, Jerabek-Willemsen M, Duhr S, et al. Microscale thermophoresis as a sensitive method to quantify protein:nucleic acid interactions in solution[J]. Methods Mol B i ol, 2012, 815:241-252.

        [20] Seidel SA, Wienken CJ, Geissler S, et al. Label-free microscale thermophoresis discrim i nates sites and affinity of protein-ligand binding[J]. Angew Chem Int Ed Engl, 2012, 51(42):10656-10659.

        [21] Seidel SA, Dijkman PM, Lea WA, et al. Microscale thermophoresis quantifies biomolecular interactions under previously challenging conditions[J]. Methods, 2013, 59(3):301-315.

        [22] Jerabek-Willemsen M, Andr T, Wanner R, et al. MicroScale Thermophoresis:I nteraction a nalysis and beyond[J]. Journal of Molecular Structure, 2014, 1077:101-113.

        [23] Kawahashi Y, Doi N, Takashima H, et al. In vitro protein microarrays for detecti n g prote i n-protein interactions:application of a new method for fluorescence labeling of protei n s[J]. Pro teomics,2003, 3(7):1236-1243.

        [24] Hohsaka T, Abe R, Shiraga K, et al. Incorporation of fluorescently labeled nonnat u ral am i no acids into proteins in an E. coli in vitro translation system[J]. Nucleic Acids Res S uppl, 2003(3):271-272.

        [25] Serwa R, Wilkening I, Del Signore G, et al. Chemoselective Staudinger-phosphitereaction of azides for the phosphorylation of proteins[J]. Angew Chem Int Ed Engl, 2009, 48(44):8234-8239.

        [26] Baaske P, Wienken CJ, Reineck P, et al. Optical thermophoresis for quantifying t he buff e r dependence of aptamer binding[J]. Angew Chem Int Ed Engl, 2010, 49(12):2238-2241.

        [27] Wienken CJ, Baaske P, Duhr S, et al. Thermophoretic melting curves quantify theconfor mation and stability of RNA and DNA[J]. Nucleic Acids Res, 2011, 39(8):e52.

        [28] Martin D, Charpilienne A, Parent A, et al. The rotavirus nonstructural protein NSP5 coor d inates a[2Fe-2S]iron-sulfur cluster that modulates interaction to RNA[J]. FASEB J, 2013,27(3):1074-1083.

        [29] Pham TH, Minderjahn J, Schmidl C, et al. Mechanisms of in vivo binding site selectionof the hematopoietic master transcription factor PU. 1[J]. Nucleic Acids Res, 2013, 41(13):6391-6402.

        [30] Keren-Kaplan T, Attali I, Estrin M, et al. Structure-based in silico identification of ubiquitin-binding domains provides insights into the ALIX-V:ubiquitin complex and retrovirus budding[J]. EMBO J, 2013, 32(4):538-551.

        [31] Uzarska MA, Dutkiewicz R, Freibert SA, et al. The mitochondrial Hsp70 ch a perone Ss q 1 facilitates Fe/S cluster transfer from Isu1 to Grx5 by complex formation[J]. Mol Biol Cell, 2013, 24(12):1830-1841.

        [32] Immekus F, Barandun LJ, Betz M, et al. Launching spiking ligands into a prote i n-proteininterface:a promising strategy to destabilize and break interface formation in a tRN A modify in g enzyme[J]. ACS Chem Biol, 2013, 8(6):1163-1178.

        [33] Shang X, Marchioni F, Evelyn CR, et al. Small-molecule inhibitors targeting G-p rotein-co upled Rho guanine nucleotide exchange factors[J]. Proc Natl Acad Sci USA, 2013, 110(8):3155-3160.

        [34] 宋水山. N-?;呓z氨酸內(nèi)酯介導(dǎo)的細(xì)菌與其真核寄主之間的信息交流[J]. 中國細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報, 2010(2):331-335.

        [35] Van Den Bogaart G, Meyenberg K, Diederichsen U, et al. Phosphatidylinos i t ol 4, 5-bisph o sphate increases Ca2+affinity of synaptotagmin-1 by 40-fold[J]. Journal of Bio l o gical Chemistry,2012, 287(20):16447-16453.

        (責(zé)任編輯 狄艷紅)

        Principle and Application of Microscale Thermophoresis in Studies of Biomolecular Interactions

        Ai Qiushi1,2,3Cao Xiangyu1,3Zhao Qian1,3Niu Yali1,3,4Song Shuishan1,3
        (1. Biology Institute,Hebei Academy of Sciences,Shijiazhuang 050081;2. College of Life Sciences,Agricultural University of Hebei,Baoding 071001;3. Hebei Engineering and Technology Center of Microbiological Control on Main Crop Disease,Shijiazhuang 050081;4. College of Chemistry and Engineering,Hebei University of Technology,Tianjin 300130)

        Microscale Thermophoresis(MST)is a new technique to study biomolecular interactions in recent years. It is based on thermophoresis, i.e., the directional movements of molecules in a temperature gradient, which results in subsequent changes of molecular properties such as sizes, charges, hydration shell and conformation. MST combines the precise fluorescence detection and sensitive thermophoresis and provides a sensitive, fast and precise detection technique to analyze biomolecular interactions. Wor king principle, detection process and application of MST in biology researches are reviewed here.

        microscale thermophoresis;interaction analysis;binding studies;biomolecular interaction

        10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.06.010

        2014-08-21

        國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31270880)

        艾秋實(shí),男,碩士研究生,研究方向:植物抗逆機(jī)理;E-mail:yingyangtt@163.com

        宋水山,男,博士,研究員,研究方向:細(xì)胞信號傳導(dǎo);E-mail:shuishans@hotmail.com

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