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        廣西優(yōu)質(zhì)黃皮種質(zhì)資源ISSR分子遺傳多樣性分析

        2015-09-09 07:06:52王惠君
        河北林業(yè)科技 2015年3期
        關(guān)鍵詞:資源

        王惠君 ,盧 誠 ,黎 明 ,陳 友

        (1.瓊州學(xué)院商學(xué)院,海南 三亞 572022;2.中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶生物技術(shù)研究所,海南 ???571101)

        早在90年代石健泉[1]、熊子成[2]對(duì)廣西黃皮種質(zhì)資源進(jìn)行過調(diào)查,之后的20a間對(duì)黃皮的研究大都在黃皮果的營養(yǎng)價(jià)值[3]、化學(xué)成分[4-5]、栽培技術(shù)[6-7]、開發(fā)利用[8]等方面。隨著當(dāng)代社會(huì)快速發(fā)展,原有的優(yōu)良黃皮種質(zhì)資源不能滿足于市場的需求,迫切需要對(duì)原有優(yōu)良黃皮品質(zhì)進(jìn)行改良,尤其是黃皮果果品品質(zhì)的儲(chǔ)運(yùn)方面缺陷成為黃皮產(chǎn)業(yè)的瓶頸,同時(shí)廣西各地黃皮資源的質(zhì)量性狀參差不齊[9-12],且果實(shí)口味各不相同,黃皮原材料將很難大規(guī)模開發(fā)利用。利用分子輔助育種方法用于發(fā)掘優(yōu)良品質(zhì)資源或改良有部分缺陷的優(yōu)良資源在現(xiàn)代栽培種植中就顯得具有緊迫性。分子遺傳多樣性方面的研究比較薄弱,綜合比較各類分子標(biāo)記的優(yōu)勢,本研究選用操作簡便具有較好的重復(fù)性且多態(tài)性較為豐富的ISSR[13-16]標(biāo)記技術(shù)做黃皮親緣關(guān)系和遺傳多樣性分析,為今后的品種選育和分子輔助改良育種提供一定的分類依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        24份黃皮種質(zhì),如表1所示。

        1.2 方法

        1.2.1 ISSR-PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系的建立

        基因組DNA采用實(shí)驗(yàn)室成熟的方法改良CTAB法[17]提取,通過正交實(shí)驗(yàn)方法對(duì)ISSR-PCR擴(kuò)增反應(yīng)進(jìn)行優(yōu)化后建立20μL反應(yīng)體系,其中ISSR引物為UBC公布的序列[14]。反應(yīng)體系如下:Taq酶量1.5U,DNA模板為50ng,引物濃度為 0.5μmol/L,dNTPs濃度為 0.3mmol/L,Mg2+濃度為2.0mmol/L,最后用超純水補(bǔ)充至20μL。擴(kuò)增反應(yīng)程序如下設(shè)置:預(yù)變性溫度/時(shí)間-94℃/5min;變性溫度/時(shí)間-94℃/35s;退火溫度/時(shí)間-50℃/60s;延伸溫度/時(shí)間-72℃/90s,37 個(gè)循環(huán),最后延伸-72℃(10min),擴(kuò)增產(chǎn)物將貯存于4℃條件下。

        表1 24份黃皮種質(zhì)信息

        1.2.2 數(shù)據(jù)的分析和處理

        呈現(xiàn)為顯性標(biāo)記的ISSR分子標(biāo)記,在數(shù)據(jù)分析時(shí)根據(jù)該分子標(biāo)記特點(diǎn)的遷移率及有無來統(tǒng)計(jì),無條帶統(tǒng)計(jì)為0,有條帶統(tǒng)計(jì)為1,強(qiáng)、弱條帶均統(tǒng)計(jì)為1,將數(shù)據(jù)以“0,1”輸入Excle 2003文檔中構(gòu)建矩陣數(shù)據(jù),統(tǒng)計(jì)出總帶數(shù)、多態(tài)性條帶數(shù)、各引物多態(tài)性比率。用生物學(xué)NTEDIT軟件將該矩陣數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為可用于聚類分析軟件NTSYS-PC分析的NTS矩陣數(shù)據(jù)格式,然后將計(jì)算得出的遺傳相似系數(shù)數(shù)據(jù)按照UPGMA方法進(jìn)行聚類分析,繪制出該物種的樹狀聚類圖。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 多態(tài)性分析

        該實(shí)驗(yàn)從96個(gè)引物中,篩選出18個(gè)多態(tài)性豐富、重復(fù)性好的ISSR引物對(duì)所收集的24份黃皮優(yōu)質(zhì)種質(zhì)資源的基因組DNA進(jìn)行多態(tài)性檢測。結(jié)果如下:共擴(kuò)增出的條帶172條,其中多態(tài)性條帶105條,多態(tài)性比率為61.0%。各引物平均能夠擴(kuò)增出9.56條多態(tài)性條帶,擴(kuò)增位點(diǎn)最少的引物是GXHP-8,其位點(diǎn)數(shù)為6,其中擴(kuò)增位點(diǎn)最多的引物是GXHP-6,其位點(diǎn)數(shù)為17。實(shí)驗(yàn)表明所供黃皮實(shí)驗(yàn)材料多態(tài)性豐富。18條ISSR引物產(chǎn)生的多態(tài)性條帶詳見表2、圖 1。

        表2 18條ISSR-PCR引物擴(kuò)增結(jié)果

        圖1 GXHP-3引物對(duì)24份優(yōu)質(zhì)黃皮品種ISSR-PCR擴(kuò)增結(jié)果

        2.2 聚類分析

        通過所選ISSR-PCR引物組合擴(kuò)增所得到的帶紋結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)后轉(zhuǎn)換并獲得172個(gè)標(biāo)記的矩陣數(shù)據(jù)。將用構(gòu)建的矩陣數(shù)據(jù)導(dǎo)入NTSYS-PC軟件計(jì)算得到24份黃皮優(yōu)良品種種質(zhì)材料相關(guān)的遺傳相似系數(shù)(GS)詳情見表3。參照UPGMA聚類分析方法計(jì)算出所測定材料的親緣關(guān)系圖譜(如圖2所示)。24份優(yōu)質(zhì)黃皮品種間的遺傳相似系數(shù)取值范圍在0.660~1.000區(qū)間。南寧無核(1)、欽州無核(12)、玉林無核(7)、防城港無核(24)、河池?zé)o核(18)品種間相似度較高,遺傳相似系數(shù)在0.961以上。其中欽州無核(12)和南寧無核(1)之間的遺傳相似系數(shù)為1.000。山黃皮品種與其他品種間的遺傳相似性系數(shù)最小為0.660。以上數(shù)據(jù)可以說明,所搜集的24份優(yōu)質(zhì)黃皮種質(zhì)之間的親緣關(guān)系除了山黃皮外其他各品種的親緣關(guān)系相對(duì)較近。當(dāng)遺傳相似系數(shù)為0.718時(shí)將黃皮優(yōu)質(zhì)品種資源分為3個(gè)大的群體,各個(gè)大的群體又包含不同的品種。其中第I大群體包括了4品種,由獨(dú)核、無核、水晶、牛奶組成;在第II大群體里由大圓頭、卵形、雞心形3個(gè)品種。在第III群僅有山黃皮1個(gè)品種。

        3 討論

        在I群體中包含獨(dú)核、無核、水晶、牛奶4個(gè)品種。在遺傳相似系數(shù)為0.96時(shí),來源于5個(gè)不同地方的無核黃皮聚合在一起,其中來源于欽州無核和南寧無核黃皮GS系數(shù)為1.000。欽州無核在廣西栽培最多,極有可能南寧無核是從欽州引種的。當(dāng)遺傳相似系數(shù)為0.931時(shí),無核與獨(dú)核品種聚合在一起,說明這兩個(gè)品種遺傳背景較為相似,間接說明無核很有可能是獨(dú)核的一個(gè)變種。要想確定這兩個(gè)品種的具體關(guān)系還要做進(jìn)一步的研究。當(dāng)遺傳相似系數(shù)為0.828時(shí)獨(dú)核和無核與水晶聚合在一起,說明獨(dú)核、無核與水晶的遺傳背景較近;當(dāng)遺傳相似系數(shù)為0.795時(shí),獨(dú)核、無核、水晶與牛奶聚合在一起。其中同一品種牛奶黃皮品種由于來源不同,遺傳相似系數(shù)較遠(yuǎn),很有可能是由地域阻隔等外界因素的影響對(duì)遺傳背景產(chǎn)生的變異。在II群體中包含有大圓頭、卵形和雞心黃皮3個(gè)品種。雖然有地域上的差異,但是從整體上看都是以相同品種的黃皮首先聚合在一起。其中只有一個(gè)雞心黃皮品種有交叉,在遺傳相似性系數(shù)為0.836時(shí)河池雞心(20)與卵形、大圓頭黃皮聚合在一起,當(dāng)遺傳系數(shù)為0.782時(shí)河池雞心(20)、卵形、大圓頭與南寧雞心(5)和玉林雞心(10)聚合在一起。在進(jìn)化地位上推斷,很有可能卵形和大圓頭是由雞心品種進(jìn)化而來。要想明確具體進(jìn)化情況要做進(jìn)一步的研究。在III群只有山黃皮一個(gè)品種,在南寧山黃皮(6)和梧州山黃皮(18)遺傳相似系數(shù)在0.893時(shí)才聚合,同時(shí)也可以說明由于山黃皮屬于小眾水果,有的山黃皮資源屬于半野生狀態(tài),由于地域的阻隔,遺傳基因交流也相對(duì)較少。山黃皮與黃皮屬于同一個(gè)屬但不同種,在聚類分析的數(shù)據(jù)結(jié)果中山黃皮與其他各類黃皮的遺傳相似性系數(shù)為0.660,相似性相對(duì)較小,這一結(jié)果與傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)標(biāo)記分類相吻合,也為山黃皮與黃皮的親緣關(guān)系提供了科學(xué)的技術(shù)支持。由于山黃皮與黃皮的遺傳的差異性相對(duì)較大,因而山黃皮可以作為優(yōu)質(zhì)黃皮品種改良的潛在基因庫。

        表3 24份黃皮優(yōu)質(zhì)品種種質(zhì)間遺傳相似性數(shù)據(jù)

        圖2 基于ISSR標(biāo)記的24份品種材料的UPGAME聚類分析圖譜

        品種遺傳改良的各種方法中,作為最為原始的人工雜交方法是最為有效的。如果遺傳背景較為復(fù)雜的條件下,憑借傳統(tǒng)的方法如形態(tài)學(xué)標(biāo)記、生化標(biāo)記、細(xì)胞標(biāo)記等方法還余存較多的爭議,無法判斷兩兩品種之間的遺傳背景現(xiàn)狀。因而傳統(tǒng)遺傳改良育種方法帶有盲目性。為了解各個(gè)品種之間的親緣關(guān)系,我們可以采取分子標(biāo)記的方法,快速的對(duì)所提供的優(yōu)良品種在分子水平進(jìn)行分析各品種之間的親緣關(guān)系。利用親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的品種間進(jìn)行遺傳改良育種,為今后更有目標(biāo)、有預(yù)見的引種和育種,進(jìn)而縮短育種年限和提高育種效率提供理論依據(jù),同時(shí)也可為所研究品種間的親緣關(guān)系和進(jìn)化地位提供佐證。在此試驗(yàn)中選擇的廣西各地主要推廣的8個(gè)優(yōu)質(zhì)黃皮品種種質(zhì)資源進(jìn)行分析,從所得的聚類分析結(jié)果上與傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)分類方法大致相同。

        4 結(jié)論

        在96個(gè)的ISSR-PCR引物中篩選出18個(gè)具有重復(fù)性和多態(tài)性較好引物,對(duì)24份優(yōu)質(zhì)推廣黃皮品種種質(zhì)資源材料進(jìn)行ISSR分子標(biāo)記技術(shù)分析,共獲得172個(gè)位點(diǎn),其中的105個(gè)是具有多態(tài)性的,多態(tài)性比率為61.0%。在遺傳相似性系數(shù)為0.718時(shí)將24份黃皮品種種質(zhì)資源分為3個(gè)大群。該試驗(yàn)結(jié)果不僅在黃皮形態(tài)學(xué)上分類鑒定提供了佐證,也為優(yōu)質(zhì)黃皮品種間的親緣關(guān)系給予初步鑒定,為優(yōu)質(zhì)黃皮品種種質(zhì)資源的開發(fā)研究領(lǐng)域提供新的方法。

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