汪麗升 裴詩恩 黃恩玲 吳賽青 劉詩詠 鐘愛國
摘 要: 基于量子化學(xué)理論的基組和方法, 對抗艾滋病藥物地達(dá)諾辛分子的紫外-可見吸收光譜,紅外吸收光譜, 核磁共振吸收氫和碳光譜等進(jìn)行了計算與標(biāo)注。自然原子軌道電荷和前線分子軌道圖模擬表明,雜環(huán)胺基官能團(tuán)上的氮和氫原子可能是其生理活性的反應(yīng)位。
關(guān) 鍵 詞:地達(dá)諾辛;密度泛函活性理論;電子吸收光譜
中圖分類號:TQ 624.3 文獻(xiàn)標(biāo)識碼: B 文章編號: 1671-0460(2015)09-2088-02
Abstract: Using density functional theory DFT/B3LYP/6-311+G(d, p) method and basis set on dideoxyinosine, electronic spectra of UV-Vis spectroscopy, IR spectroscopy and 1HNMR spectrum were theoretically simulated and identified. Natural charge calculations show that N and H atoms on heterocyclic amine may play the pharmacological activity center.
Key words: dideoxyinosine; density functional theory; electronic spectra
地達(dá)諾辛(Dideoxyinosine,C10H12N4O3)又稱去羥肌苷,為人免疫缺陷病毒(HIV) 復(fù)制抑制劑, 它能干擾和抑制病毒逆轉(zhuǎn)錄酶而阻止病毒的復(fù)制。由人工化學(xué)合成,1991年11月美國首次上市,為美國第二個被批準(zhǔn)用來治療HIV感染的藥物,但是市面上該新藥真假難辨[21-4]。本研究擬用量子化學(xué)理論方法, 對標(biāo)題分子(C10H12N4O3)的經(jīng)典分子-電子吸收光譜如UV-Vis,IR,Raman,1HNRM, 13CNMR以及藥理作用位等進(jìn)行了模擬和標(biāo)注,獲得滿意的結(jié)果[5]。
1 計算與方法
對地達(dá)諾辛分子(Dideoxyinosine,C10H12N4O3),采用量子化學(xué)理論方法在6-311+G(d,p)上, 進(jìn)行模擬(圖1)。在穩(wěn)定構(gòu)型基礎(chǔ)上,采用振動分析法, 于Gaussian 09W程序包完成光學(xué)性質(zhì)的模擬與標(biāo)注。
2 結(jié)果及討論
2.1 分子紫外-可見吸收光譜
在用上述程序建構(gòu)分子模型后,利用基態(tài)方法在6-311+G水平上進(jìn)行了結(jié)構(gòu)優(yōu)化。在獲得穩(wěn)定構(gòu)型后,采用不同方法:(1)TD-DFT下使用不同基組(包括STO-3G, 3-21G, 3-21+G, 6-31G, 6-31+G)在不同溶劑中進(jìn)行計算;(2)利用半經(jīng)驗方法ZINDO計算不同氣性溶劑中的紫外-可見光譜。通過比較兩種方法的計算結(jié)果,尋找最接近實驗數(shù)據(jù)的模擬與計算條件。最后基于TD DFT/B3LYP/6-311+G(d,p)基組和方法,計算分析發(fā)現(xiàn)(圖2), 標(biāo)題去羥基苷分子在450.0 nm (強(qiáng)吸收)處顯示了紫外吸收峰,可對應(yīng)于n→σ* 的躍遷。這與其實驗品標(biāo)準(zhǔn)圖譜顯示標(biāo)題分子在455.0 nm處有較強(qiáng)的分子電子紫外-可見吸收峰相吻合。
2.2 紅外吸收光譜
2.2量子化學(xué)理論模擬顯示(圖3), 地達(dá)諾辛分子指紋區(qū)峰(<500 cm-1)多而復(fù)雜,沒有強(qiáng)的特征性,可能源于單鍵碳-氧、碳-氮和碳-鹵素原子等的面內(nèi)伸縮-振動吸收及碳-氫、氧-氫等含氫基團(tuán)的面外彎曲-振動以及碳-碳骨架振動吸收產(chǎn)生。 紅外吸收光譜
量子化學(xué)理論模擬顯示(圖3), 地達(dá)諾辛分子指紋區(qū)峰(<500 cm-1)多而復(fù)雜,沒有強(qiáng)的特征性,可能源于單鍵碳-氧、碳-氮和碳-鹵素原子等的面內(nèi)伸縮-振動吸收及碳-氫、氧-氫等含氫基團(tuán)的面外彎曲-振動以及碳-碳骨架振動吸收產(chǎn)生。而在510 cm-1(弱,面內(nèi)彎曲振動),1 500 cm-1(弱,面外彎曲振動),2 250 cm-1(弱,甲基的C-H反對稱伸縮振動)以及5 500 cm-1 等處(對稱伸縮振動)分別顯示了其紅外吸收峰,譜圖中1 700 cm-1左右有一個強(qiáng)吸收峰,則可斷定分子中有羰基(-C=O)。這些峰與地達(dá)諾辛分子實驗圖譜在509 cm-1, 1 510 cm-1, 2 400 cm-1, 5 100 cm-1等處有吸收基本吻合。
2.3 拉曼吸收光譜
擬用量子化學(xué)的理論及方法,我們在對標(biāo)題分子進(jìn)行了分子構(gòu)型尋優(yōu)及振動分析,獲得了13個Raman吸收峰。圖 4是模擬的標(biāo)題分子去羥肌苷的拉曼散射譜特征峰,它主要位于510cm-1 , 2 340 cm-1,5 430 cm-1 范圍內(nèi)。如對比標(biāo)準(zhǔn)品的拉曼圖譜與模擬拉曼圖譜,我們認(rèn)為它們是基本吻合的。
2.4 核磁共振氫譜和碳譜吸收
理論模擬了標(biāo)題分子的氫核磁共振吸收譜圖(1HNMR,圖5(上),其主鏈CH(強(qiáng),8.12,2.76×10-6 ),支鏈CH(中,5.95, 2.76×10-6); 支鏈CH2(中,3.79,1.10×10-6); 支鏈CH2(弱,2.16,2.74×10-6);羥基氫(弱,2.0,2.0×10-6) 。這些峰較好地與其實驗氫值和碳譜(13CNMR,下)吻合起來,間接驗證了計算的準(zhǔn)確性。
2.5 藥理活性
表 1的模擬原子電荷顯示,藥物分子地達(dá)諾辛胺基氮(N9)的原子電荷值為最負(fù)(-0.343 e),其次為與胺基氮相連的碳原子(C8,-0.179 e); 原子電荷值最正的可能是胺基上的氫原子(H19, 0.165 e)。前線分子軌道圖(圖6)表明,雜環(huán)胺基原子(NH)可能是其發(fā)揮藥理活性的反應(yīng)位置。
4 結(jié) 論
對標(biāo)題新藥分子地達(dá)諾辛, 基于量子化學(xué)理論及方法,本文在6-311+G(d,p)水平上進(jìn)行了模擬和計算。對抗艾滋病新藥的5大吸收光譜比如UV-Vis,IR, 1HNMR ,13CNMR以及Raman等進(jìn)行了標(biāo)注和擬合,獲得了與其分子標(biāo)準(zhǔn)品光譜基本相合的較好結(jié)果。自然原子軌道電荷和前線軌道圖表明,雜環(huán)官能團(tuán)氮及氫原子(-NH)最有可能是該分子發(fā)揮其藥理(毒理)性的作用位點。
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