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        16SrRNA測(cè)序法鑒定致皮下軟組織感染的毗鄰顆粒鏈菌一例

        2015-04-15 14:58:46衛(wèi)穎玨楊?;?/span>秦娟秀
        檢驗(yàn)醫(yī)學(xué) 2015年7期
        關(guān)鍵詞:革蘭平板測(cè)序

        衛(wèi)穎玨, 楊?;?, 秦娟秀

        (上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院,上海200001)

        顆粒鏈菌屬(Granulicatella)為兼性厭氧的革蘭陽(yáng)性球菌,是人口咽部、泌尿生殖道和腸道的正常菌群,機(jī)體免疫力低下時(shí)可引起感染性心內(nèi)膜炎、中耳炎和菌血癥等。我們近期從1例無(wú)肌性皮肌炎患者右上肢皮疹潰瘍中分離出1株毗鄰顆粒鏈菌(Granulicatella adiacens),現(xiàn)報(bào)道如下。

        一、病例資料

        患者男,64歲,因“確診無(wú)肌性皮肌炎3年”于2014年7月7日入住上海仁濟(jì)醫(yī)院風(fēng)濕科病房?;颊咧髟V自2010年10月開(kāi)始出現(xiàn)額部、面頰、鼻、頸背部、手指關(guān)節(jié)伸側(cè)紫紅色斑疹,無(wú)瘙癢,無(wú)關(guān)節(jié)腫痛,無(wú)肌力下降,無(wú)肌痛,上海華山醫(yī)院2011年1月查抗核抗體(antinuclear antibody,ANA)陽(yáng)性1∶3 200,抗 Ro52 陽(yáng)性(+++),抗干燥綜合征抗原A抗體、抗干燥綜合征抗原B抗體陰性,予強(qiáng)的松和羥氯喹治療,癥狀改善。之后患者病情反復(fù),仍有四肢及面部紅色斑疹?,F(xiàn)予以強(qiáng)的松 25 mg/d+羥氯喹 0.2/d、甲氨蝶呤10 mg/周治療,患者右上肢皮疹仍紅腫脹痛。

        查體:體溫 37℃,脈搏 84次/分,呼吸18次/分,血壓 17.3/9.3 kPa,右手背腫脹明顯。血常規(guī):白細(xì)胞7.2×109/L,中性粒細(xì)胞70.2%。右手背腫脹處潰瘍分泌物細(xì)菌涂片發(fā)現(xiàn)短鏈狀革蘭陽(yáng)性球菌,醫(yī)囑行分泌物培養(yǎng)。

        二、微生物學(xué)檢查及結(jié)果

        1.細(xì)菌培養(yǎng) 用無(wú)菌拭子采集患者右手背腫脹處潰瘍分泌物,接種血平板、麥康凱平板和巧克力平板(上海伊華醫(yī)學(xué)科技有限公司),35℃、5.5%CO2培養(yǎng)24h后,血平板上形成灰白色α溶血的細(xì)小菌落。其它平板上無(wú)細(xì)菌生長(zhǎng)。

        2.細(xì)菌鑒定 (1)染色鏡檢:將24h培養(yǎng)物涂片、革蘭染色,鏡下見(jiàn)卵圓形、成雙或短鏈狀排列的革蘭陰性球菌;再將48 h培養(yǎng)物涂片染色,鏡下見(jiàn)類似的革蘭陽(yáng)性球菌;(2)衛(wèi)星試驗(yàn):用金黃色葡萄球菌(ATCC 25923)做衛(wèi)星試驗(yàn),結(jié)果為陽(yáng)性;(3)上機(jī)鑒定:將24h培養(yǎng)物用法國(guó)生物梅里埃VITEK 2 Compact系統(tǒng)NH板條鑒定,結(jié)果為陰道加德納菌89%,生物編碼0237610010。

        3.16SrRNA基因測(cè)序 鑒于該菌革蘭染色陰陽(yáng)性不定,上機(jī)鑒定率不高且與實(shí)際所送標(biāo)本不符,故應(yīng)用16SrRNA基因測(cè)序法進(jìn)一步鑒定。采用天根生化試劑盒提取細(xì)菌DNA作為模板待用。參考引物序列如下:16S rRNA上游引物(F):5'-AGTTTGATCCTGGCTCAG-3',16S rRNA下游引物(R):5'-GGTTACCTT-GTTACGACTT-3'。PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系為:10×Buffer緩沖液2.5μL;dNTPMix 2μL;TaqDNA聚合酶0.5μL;DNA模板1μL;上下游引物各1μL;ddH2O 17μL;聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)擴(kuò)增條件為:94℃ 5 min;94℃ 30 s,57℃ 30 s,72℃90 s,32個(gè)循環(huán);72℃ 10 min。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳,紫外燈下觀察結(jié)果。將PCR產(chǎn)物送鉑尚生物技術(shù)(上海)有限公司測(cè)序,所得序列在NCBI上進(jìn)行比對(duì)。經(jīng)序列比對(duì)后,鑒定該菌為毗鄰顆粒鏈菌99%,GenBank序列號(hào)AY879299.1。

        4.診斷與治療 由于該菌表型鑒定困難,至患者出院時(shí)細(xì)菌鑒定的最終結(jié)果仍未報(bào)告,也未做藥物敏感性試驗(yàn)[可根據(jù)美國(guó)臨床實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì)(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)MM45-A2標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行藥物敏感性試驗(yàn)]。臨床醫(yī)生經(jīng)驗(yàn)性地先后給予左氧氟沙星、異煙肼、美羅培南和多西環(huán)素治療,患者出院時(shí)右手背皮下軟組織感染有所好轉(zhuǎn),但仍有腫脹。

        三、討論

        1961年FRENKEL等[1]將一種在其它細(xì)菌菌落周?chē)省靶l(wèi)星現(xiàn)象”生長(zhǎng)的草綠色鏈球菌定義為營(yíng)養(yǎng)變異鏈球菌(nutritionally variant Streptococcus,NVS)。2000年 COLLINS 等[2]應(yīng)用16SrRNA基因序列研究將NVS重新分為顆粒鏈菌屬和乏養(yǎng)菌屬(Abiotrophia),其中顆粒鏈菌屬包括毗鄰顆粒鏈菌、挑剔顆粒鏈菌(Granulicatella elegans)、小須鯨顆粒鏈菌(Granulicatella balaenopterae)和副毗鄰顆粒鏈菌(Granulicatella para-adiacens)。

        顆粒鏈菌屬對(duì)營(yíng)養(yǎng)要求挑剔,通常只能在含有L-半胱氨酸或吡哆辛的培養(yǎng)基上生長(zhǎng)。一般認(rèn)為“吡哆辛依賴試驗(yàn)”和“衛(wèi)星現(xiàn)象”是關(guān)鍵的手工鑒定方法。目前多應(yīng)用自動(dòng)化系統(tǒng)來(lái)鑒定該菌屬。VITEK 2 Compact系統(tǒng)是新一代的全自動(dòng)快速微生物鑒定智能分析系統(tǒng),該系統(tǒng)的GP板條菌種庫(kù)中有該菌屬。但由于該菌屬革蘭染色的不確定性,選用正確的板條上機(jī)顯得尤為重要。

        16SrRNA基因測(cè)序法相比其它細(xì)菌表型鑒定方法具有高效、準(zhǔn)確、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)。隨著基因組學(xué)的迅猛發(fā)展,細(xì)菌16S rRNA間隔區(qū)序列數(shù)據(jù)庫(kù)不斷擴(kuò)大,使該技術(shù)已成為細(xì)菌分類學(xué)中最重要的方法[3]。2014年KOH等[4]先用VITEK 2 Compact系統(tǒng),再用16S rRNA基因測(cè)序來(lái)驗(yàn)證的方法鑒定出3株毗鄰顆粒鏈菌。因需特殊儀器并外送測(cè)序等原因,該技術(shù)目前還不作為常規(guī)的鑒定方法,多用于對(duì)全自動(dòng)鑒定系統(tǒng)的驗(yàn)證或科學(xué)研究。

        臨床治療顆粒鏈菌屬所致感染較為困難[5],可能是其對(duì)一些抗菌藥物耐藥。表型鑒定的低檢出率和耗時(shí)過(guò)長(zhǎng)也增加了診斷及治療的難度。本例患者長(zhǎng)期服用免疫抑制劑,屬該菌的易感人群。由于報(bào)告滯后,臨床醫(yī)生先后用了4種抗菌藥物,效果均一般。

        對(duì)于臨床微生物檢驗(yàn)工作者而言,盡早地檢出顆粒鏈菌將有助于臨床及時(shí)診斷和治療。普通培養(yǎng)基上生長(zhǎng)不良的鏈球菌,要想到是NVS的可能,加做衛(wèi)星試驗(yàn),對(duì)鑒定有幫助。有條件的實(shí)驗(yàn)室可應(yīng)用16S rRNA基因測(cè)序技術(shù)來(lái)幫助鑒定,防止漏檢和誤檢。

        [1]FRENKEL A,HIRSCH W.Spontaneous development of L forms of streptococci requiring secretions of other bacteria or sulphydryl compounds for normal growth[J].Nature,1961,191:728-730.

        [2]COLLINSMD,LAWSON PA.The genus Abiotrophia(Kawamura etal.)is not monophyletic:proposal of Granulicatella gen. nov., Granulicatella adiacens comb.nov.,Granulicatella elegans comb.nov.and Granulicatella balaenopterae comb.nov.[J].Int J Syst Evol Microbiol,2000,50(Pt 1):365-369.

        [3]龍?chǎng)?,陳存?16SrRNA測(cè)序在細(xì)菌鑒定中的應(yīng)用[J].北京工商大學(xué)學(xué)報(bào):自然科學(xué)版,2006,24(5):10-12.

        [4]KOH YR, YI J, KIM HH, etal. Discrepant satellitism for identification of Granulicatella adiacens isolates[J].Ann Lab Med,2014,34(2):174-176.

        [5]BROUQUI P,RAOULT D.Endocarditis due to rare and fastidious bacteria[J].Clin Microbiol Rev,2001,14(1):177-207.

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