已發(fā)現(xiàn)的限制酶種類眾多，Smith Ho和Nathans D于1973年提出了一個(gè)命名系統(tǒng)，已被學(xué)術(shù)界接受，其他名原則是根據(jù)分離出這種酶的細(xì)菌的分類學(xué)上的屬名，種名和菌株名來(lái)命名。限制性內(nèi)切酶的命名分別為宿主屬名第一個(gè)字母、種名頭兩個(gè)字母、菌株號(hào)、最后是菌株中分離出酶的序列號(hào)。前3個(gè)字母應(yīng)該斜體，首字母大寫(xiě)，序列號(hào)為羅馬數(shù)字。

舉例說(shuō)明：Alu I的得名為從中分離出的細(xì)菌屬名和種名為Arthrobacter luteus，分離得到的第一種酶。從細(xì)菌Bacillus amyloliquefuciens H菌株分離出來(lái)的第一種酶命名為BamHⅠ，從Haemophilus influenzae Rd菌株中分離出來(lái)的第三種酶的命名為HindⅢ。再如EcoRⅠ,其中E是屬名Escherichia的第一個(gè)字母，co是種名coli的頭2個(gè)字母，R為菌株號(hào)，序列號(hào)為Ⅰ型。