曹長(zhǎng)海，關(guān) 浩，高慧鵬，佟明友，喬 凱，王領(lǐng)民，張 全

（中國(guó)石油化工股份有限公司撫順石油化工研究院，生物燃料及生物化工重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 遼寧 撫順 113001）

產(chǎn)丁醇梭菌優(yōu)化改造的研究進(jìn)展

曹長(zhǎng)海，關(guān) 浩，高慧鵬，佟明友，喬 凱，王領(lǐng)民，張 全

（中國(guó)石油化工股份有限公司撫順石油化工研究院，生物燃料及生物化工重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 遼寧 撫順 113001）

由于化石燃料資源的緊缺，木質(zhì)纖維素生物質(zhì)發(fā)酵生產(chǎn)丁醇作為可再生能源的開(kāi)發(fā)備受各國(guó)的關(guān)注。然而，發(fā)酵生產(chǎn)丁醇的工業(yè)化進(jìn)程受限于丁醇產(chǎn)量、產(chǎn)率及比例低等原因。菌種改良無(wú)疑是從根本上解決這一問(wèn)題的重要策略。著重從理化誘變和基因工程兩個(gè)方面就近年來(lái)國(guó)內(nèi)外產(chǎn)丁醇梭菌改造的最新研究成果進(jìn)行了相關(guān)的評(píng)述，進(jìn)一步展望了菌種改造的發(fā)展方向。

丁醇；梭菌；理化誘變；基因工程

隨著化石燃料的不斷消耗以及各國(guó)未來(lái)對(duì)能源供給不足情況的加重，促使人類(lèi)尋求可再生的能源來(lái)代替不可再生的化石燃料。

目前認(rèn)為，木質(zhì)纖維素類(lèi)生物質(zhì)是世界上最豐富、最廉價(jià)的可再生能源［1］，使用木質(zhì)纖維素類(lèi)生物質(zhì)的微生物發(fā)酵生產(chǎn)乙醇/丁醇是解決能源問(wèn)題的重要途徑之一，因此，其作為重要的生物轉(zhuǎn)化技術(shù)逐漸再次受到人們的重視［2，3］，各國(guó)科研機(jī)構(gòu)和企業(yè)開(kāi)始重新關(guān)注生物發(fā)酵生產(chǎn)丁醇的研究。

與乙醇相比，乙醇丁醇的熱值、辛烷值與汽油相當(dāng)，蒸汽壓低，可與汽油任意比混溶，使用安全性能高；除此之外，丁醇不會(huì)腐蝕管道、不易吸水、便于管道運(yùn)輸［4］，這些優(yōu)點(diǎn)使丁醇成為了理想的燃油替代品。另外，丁醇也是一種重要的化工原料，廣泛用于各種塑料和橡膠制品的制造，丁醛、丁酸、丁胺和乳酸丁酯等化學(xué)品的合成。近年來(lái)，隨著下游產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，市場(chǎng)需求量直線上升，有數(shù)據(jù)顯示，2013年我國(guó)正丁醇的進(jìn)口量在40萬(wàn)t左右，成為世界上主要的丁醇進(jìn)口國(guó)家之一。

生物發(fā)酵生產(chǎn)丁醇的發(fā)酵產(chǎn)物為丁醇、丙酮、乙醇，比例為6：3：1。然而，受其生產(chǎn)成本的制約，發(fā)酵法與化工合成方法相比較仍缺乏競(jìng)爭(zhēng)力，主要原因有三：其一，由于丁醇對(duì)菌種的毒性，造成發(fā)酵液中丁醇的終濃度較低，目前未見(jiàn)丁醇產(chǎn)量超過(guò)20 g/L的相關(guān)報(bào)道；其二，丁醇體積占總?cè)軇┑?0%，造成后續(xù)溶劑的分離提純成本高；其三，發(fā)酵原料（碳源）成本相對(duì)較高。針對(duì)以上三個(gè)問(wèn)題，科研工作者提出了對(duì)應(yīng)的策略：改良菌種，提高丁醇耐受性和丁醇產(chǎn)量；改進(jìn)發(fā)酵工藝和溶劑分離工藝，降低發(fā)酵成本；以可再生、豐富廉價(jià)的木質(zhì)纖維素為原料水解制可發(fā)酵糖。其中菌種的改造最為根本，是發(fā)酵法生產(chǎn)丁醇工業(yè)化大規(guī)模生產(chǎn)最直接和最為關(guān)鍵的一步。

丁醇發(fā)酵工業(yè)中的菌種一般是梭狀芽孢桿菌屬(Clostridium)，可以分為 4類(lèi)：丙酮丁醇梭菌(Clostridium acetobutylicum)、拜氏梭菌(Clostridium beijerinckii)、糖乙酸多丁醇梭菌(Clostridium saccharoperbutylacetonicum)及糖丁酸梭狀芽孢菌(Clostridium Saccharobutylicum)。其中，丙酮丁醇梭菌和拜氏梭菌是國(guó)內(nèi)外科研工作者研究最為深入、應(yīng)用最為廣泛的兩種菌種，近年來(lái)大部分菌種的改造研究也是基于這兩種菌種展開(kāi)的。本文從理化誘變、基因工程兩方面入手，就近年來(lái)國(guó)內(nèi)外產(chǎn)丁醇梭菌菌種改造的最新研究成果進(jìn)行了相關(guān)的評(píng)述，并對(duì)未來(lái)的發(fā)展方向提出了展望。

1 理化誘變

1.1 紫外-化學(xué)誘變篩選

紫外誘變是一種使用較早、應(yīng)用廣泛、操作簡(jiǎn)單的誘變方法，誘變最為合適的波長(zhǎng)為254 nm。紫外線可以促使DNA與蛋白質(zhì)的交聯(lián)，胞嘧啶和尿嘧啶之間的共價(jià)連接，從而引起雙聯(lián)結(jié)構(gòu)的扭曲變形，阻礙堿基間的正常配對(duì)，從而引起突變。化學(xué)誘變是指利用化學(xué)誘變劑對(duì)菌株進(jìn)行處理，致使其遺傳物質(zhì)的改變，如DNA的斷裂、缺失、修補(bǔ)，或者造成DNA復(fù)制的紊亂及DNA交聯(lián)引起的遺傳失效等，常用的化學(xué)誘變劑有烷化劑、核酸堿基類(lèi)似物、亞硝酸、氯化鋰、疊氮化鈉等。在實(shí)際的誘變操作中通常為兩種誘變方法的復(fù)合使用，彌補(bǔ)由于單因子誘變出現(xiàn)的“熱點(diǎn)”飽和現(xiàn)象，減少無(wú)增變效應(yīng)［5］，從而獲得較高的正突變概率，進(jìn)一步提高菌種產(chǎn)丁醇的效率。

張麗麗等［6］以Clostridium beijerinckii NCIMB 8052為原始菌株，利用紫外誘變和高丁醇環(huán)境馴化相結(jié)合的方法，獲得一株耐丁醇的高產(chǎn)突變株Clostridium beijerinckii ZL01，與原始菌株8052相比，ZL01對(duì)丁醇初始濃度的耐受能力從10g/L提高到11 g/L, 5 L發(fā)酵罐分批發(fā)酵的丁醇產(chǎn)量從10.34 g/L增加為15.01 g/L，提高了45.16%，溶劑總產(chǎn)量從12.87 g/L增加到19.55 g/L，提高了49.01%。毛紹名等［7］利用紫外線-氯化鋰復(fù)合誘變技術(shù)對(duì)原始菌株Clostridium acetobutylicum DSM 1731進(jìn)行了誘變，獲得一株丁醇耐受性和丁醇產(chǎn)量顯著提高的突變菌株M6，與原始菌株1731相比，M6發(fā)酵丁醇的最高產(chǎn)量達(dá)到了16.01 g/L，產(chǎn)量提高了30.4%，溶劑總產(chǎn)量為20.84 g/L，產(chǎn)量提高了21.3%。

1.2 高能脈沖電子束

高能脈沖電子束(high energy pulsed electron , HEPE)具有極高的輻射劑量率，輻射對(duì)生物材料的量劑高達(dá) 1010Gy/s，能使水輻解產(chǎn)生更多的羥基自由基，從而對(duì)DNA產(chǎn)生顯著的氧化損傷，造成難以修復(fù)的 DNA雙鏈斷裂，獲得較多的突變菌株［8］。付玉潔等［9］以Clostridium acetobutylicum CICC 8012為出發(fā)菌株，采用HEPE對(duì)其進(jìn)行輻射誘變，再用含丁醇的固體培養(yǎng)基對(duì)誘變菌株進(jìn)行脅迫，經(jīng)過(guò)多次誘變和篩選，獲得誘變株S10，其丁醇產(chǎn)量為8.32 g/L, 較出發(fā)菌株產(chǎn)量提高了10%。

1.3 等離子體

常 壓 室 溫等 離子 (atmospheric and room temperature plasma, ARTP)是近年來(lái)發(fā)展起來(lái)的一種等離子體源，它基于射頻大氣壓輝光放電 (radio frequency atmospheric-pressure glow discharge, RF APGD)，能夠在大氣壓下產(chǎn)生溫度在25～40 ℃之間具有高活性離子濃度的等離子體射流，這些活性離子包括處于激發(fā)態(tài)的氦原子、氧原子、氮原子、OH自由基等。這些活性粒子作用于微生物時(shí)，能夠改變微生物細(xì)胞壁/膜的結(jié)構(gòu)及通透性，并引起基因損傷，進(jìn)而使微生物基因序列及其代謝網(wǎng)絡(luò)發(fā)生顯著變化，最終導(dǎo)致微生物產(chǎn)生突變［10］。Guo等［11］利用APGD技術(shù)對(duì)菌株 Clostridium beijerinckii NCIMB 8052進(jìn)行處理，獲得誘變菌株Clostridium beijerinckii NCIMB ATR124，在以葡萄糖為碳源的發(fā)酵中，丁醇的產(chǎn)量為10.4 g/L、丙酮產(chǎn)量為3.1 g/L、乙醇產(chǎn)量為0.2 g/L，丁醇產(chǎn)量占溶劑總產(chǎn)量的76%，與原始菌株相比提高了7%。此外，該菌株利用木糖/阿拉伯糖為碳源發(fā)酵產(chǎn)溶劑的量與單純以葡萄糖為碳源發(fā)酵產(chǎn)溶劑的量相當(dāng)。Li等［12］同樣利用 ARTP對(duì)菌株Clostridium acetobutylicum PW 12進(jìn)行處理，獲得丁醇耐受性好，產(chǎn)量高的誘變菌株 ART18，當(dāng)以木薯淀粉為碳源的發(fā)酵中，丁醇的產(chǎn)量為(11.3±0.5)g/L，比PW12的產(chǎn)量提高了31%，通過(guò)優(yōu)化木薯淀粉的濃度、發(fā)酵pH以及維生素的添加等因素，丁醇的最高產(chǎn)量可以達(dá)到(15.8±0.8) g/L。

2 基因工程

丙酮丁醇梭菌具有復(fù)雜的代謝途徑，能生成乙酸、丁酸、乙醇、丙酮、丁醇等多種代謝產(chǎn)物，其代謝途徑如圖1所示［13］。2001年N?lling等完成了Clostridium acetobutylicum ATCC 824的測(cè)序［14］。2007年，美國(guó)能源部聯(lián)合基因組研究所完成了Clostridium beijerinckii NCIMB 8052的測(cè)序［15］。由此，丁醇產(chǎn)生菌的基因工程取得了很大的成效。通過(guò)基因的過(guò)表達(dá)、基因敲除、基因重組以及原生質(zhì)融合等方法，整合優(yōu)勢(shì)性狀，增加菌種丁醇耐受性、增強(qiáng)丁醇代謝途徑，阻斷乙酸、丁酸及丙酮的代謝通路，從而提高丁醇的產(chǎn)量和比例。

圖1 丙酮丁醇梭菌代謝途徑[19]Fig.1 Metabolic pathway in Clostridium acetobutylicum[19]

2.1 基因的過(guò)表達(dá)

丙酮丁醇梭菌的溶劑耐受性與很多伴侶基因有關(guān)，如groESL、dnaKJ等。Mann等［16］過(guò)表達(dá)了groESL、grpE及htpG，顯著提高了丙酮丁醇梭菌的丁醇耐受性，野生菌株在體積分?jǐn)?shù) 2%的丁醇中存活無(wú)法超過(guò) 2h，而基因過(guò)表達(dá)過(guò)的菌株在同樣條件下仍有45%存活。丁醇產(chǎn)生途徑上的關(guān)鍵酶有AdhE及Bdh A/B，通過(guò)提高兩者的表達(dá)水平，可以提高丁醇的產(chǎn)量。方雪等［17］構(gòu)建了質(zhì)粒pTAEE，其中的adhE基因以單交換的方式整合到轉(zhuǎn)化子基因組中，增強(qiáng)了adhE的表達(dá)，得到的重組菌T4發(fā)酵丁醇得率為41.6%，比野生菌株提高了69%。

2.2 基因敲除

基因敲除是自上世紀(jì) 80年代末發(fā)展起來(lái)的一種新型分子生物學(xué)技術(shù)，通過(guò)一定的途徑使機(jī)體特定的基因失活或者缺失［18］，從而達(dá)到對(duì)生物遺傳物質(zhì)有目的性的改造，在發(fā)酵工業(yè)微生物菌種改良種發(fā)揮著重要的作用。理論上講，敲除乙酸支路的Pta、Ack基因，丁酸支路的Buk、Ptb基因以及丙酮支路的Adc、CtfA/CtfB基因均可以使代謝流更多的轉(zhuǎn)向乙酰輔酶A、丁酰輔酶A和乙酰乙酰輔酶A, 從而增強(qiáng)丁醇的代謝流，提高丁醇的產(chǎn)量［19,20］另外，敲除其他的基因同樣可以達(dá)到提高丁醇產(chǎn)量的目的，Xu等［21］將菌株 Clostridium acetobutylicum ATCC 55025中的 cac3319組氨酸激酶敲除后得到突變菌株Clostridium acetobutylicum JB200，丁醇的產(chǎn)量由(12.6±1.3)g/L增加到了(18.2±0.2)g/L，相比原始菌株提高了44.4%。

2.3 基因重組

與傳統(tǒng)的育種相比，基因重組是一種通過(guò)DNA重組的方式將優(yōu)勢(shì)多母體(multi-partental)基因雜交的方法，是一種較為有效的、向理想表型菌株進(jìn)化的途徑［22］。Gao等［23］以Clostridium acetobutylicum CICC 8012為出發(fā)菌株，經(jīng)過(guò)兩輪基因重組獲得優(yōu)勢(shì)菌株F2-GA，發(fā)酵72 h，丁醇/丙酮/乙醇總?cè)軇┑漠a(chǎn)量達(dá)到了22.21 g/L，與出發(fā)菌株相比，產(chǎn)量提高了34.53%。

原生質(zhì)體融合(protoplast fusion)是基因重組的另一種方式，即通過(guò)一定的理化條件，使遺傳性狀不同的兩個(gè)細(xì)胞的遺傳物質(zhì)以原生質(zhì)體的方式進(jìn)行融合，從而獲得具有雙親遺傳性狀的穩(wěn)定重組子的過(guò)程。原生質(zhì)融合技術(shù)可以在種間、屬間及科之間構(gòu)建出新型的菌株。張延平等［24］以 Clostridium acetobutylicum SMB1 (CGMCC No. 2287)為出發(fā)菌株，采用化學(xué)誘變和原生質(zhì)體融合交替進(jìn)行的方法，獲得對(duì)產(chǎn)物有較高耐受性的突變菌株 DGF4，其對(duì)丁醇的耐受性可以達(dá)到 19 g/L，丁醇產(chǎn)量為 10.43 g/L。劉力強(qiáng)等［25］將Clostridium acetobutylicum ATCC 824菌種的原生質(zhì)體融合得到突變菌株Clostridium acetobutylicum p1147（CGMCC No: 3686 )，該菌株可以將發(fā)酵產(chǎn)物中的丙酮轉(zhuǎn)化為異丙醇，產(chǎn)生出含有丁醇、乙醇、異丙醇的混合醇，總混合醇產(chǎn)量可達(dá)16 g/L。

2.4 工程菌的構(gòu)建

工程菌是用基因工程的方法，使外源基因得到高效表達(dá)的菌類(lèi)細(xì)胞株，常見(jiàn)的有大腸桿菌、酵母菌等。在工程菌中克隆并表達(dá)丙酮丁醇梭菌的丁醇合成途徑的關(guān)鍵酶基因，從而構(gòu)建丁醇合成途徑，并通過(guò)優(yōu)化代謝途徑，增強(qiáng)丁醇的代謝流。張艷等［26］克隆Clostridium acetobutylicum ATCC 824丁醇合成途徑關(guān)鍵酶基因thil、adhE2和BSC operon，構(gòu)建產(chǎn)丁醇的工程大腸桿菌，在微好氧和厭氧條件下，該菌發(fā)酵丁醇的最大產(chǎn)量約為84 mg/L。Steen等［27］在釀酒酵母中表達(dá)了Clostridium beijerinckii的3-羥基丁酸?；o酶A脫氫酶和釀酒酵母及大腸桿菌的乙酰乙酰輔酶A轉(zhuǎn)移酶，該菌發(fā)酵丁醇的產(chǎn)量為2.5 mg/L。

3 展 望

從某種意義上講，細(xì)菌是世界上進(jìn)化最為完美的物種之一，任何人為的改造對(duì)其本身來(lái)講都是一種“負(fù)影響”，菌種改造過(guò)程中會(huì)出現(xiàn)正突變率低、定向性差等問(wèn)題，導(dǎo)致現(xiàn)有技術(shù)對(duì)菌種的改造無(wú)法使丁醇等溶劑的產(chǎn)量有大幅度的提升，但是不可否認(rèn)，產(chǎn)丁醇菌種改造依舊是實(shí)現(xiàn)發(fā)酵法生產(chǎn)丁醇工業(yè)化的根本途徑。菌種改造應(yīng)該遵循提高丁醇產(chǎn)量和比例的原則，國(guó)內(nèi)外科研工作者在這兩方面開(kāi)展了大量的研究，取得了一定的成果，并應(yīng)用于丁醇的實(shí)際生產(chǎn)中。除菌種的改良外，從自然界中分離篩選優(yōu)良性狀的菌種［28］，開(kāi)發(fā)先進(jìn)的發(fā)酵工藝［29］和分離工藝［30］也是提升生物發(fā)酵法競(jìng)爭(zhēng)力的有利手段。相信，隨著丁醇改造技術(shù)及其他工藝研究的進(jìn)一步發(fā)展，發(fā)酵丁醇產(chǎn)量上的桎梏終究會(huì)被突破，發(fā)酵法生產(chǎn)丁醇工業(yè)化終究會(huì)實(shí)現(xiàn)。

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Research Progress in Optimization and Improvement of Butanol-producing Clostridia Strain

CAO Chang-hai, GUAN Hao, GAO Hui-peng, TONG Ming-you, QIAO Kai, WANG Ling-ming, ZHANG Quan
（Key Laboratory of Biofuels and Biochemical Engineering, Fushun Research Institute of Petroleum and Petrochemicals, SINOPEC, Liaoning Fushun 113001，China）

Butanol produced from lignocellulose biomass by fermentation, as a kind of renewable energy has been focused and studied widely in the world as a result of the shortage of fossil fuel. However, the industrialization process of fermentation for producing butanol is limited by yield, productivity and low proportion of biobutanol. Strain improvement is fundamental and important strategy to solve the problem. In this paper, the latest processes of clostridia strain improvement was emphatically summarized from the two aspects of physicochemical mutagenesis and genetic engineering, and the development direction of strain improvement in future was prospected.

Butanol; Clostridia strain; Physicochemical mutagenesis; Genetic engineering

Q 819

A

1671-0460（2015）08-2014-04

中國(guó)石油化工集團(tuán)公司資助項(xiàng)目，項(xiàng)目號(hào)：213105。

2015-06-25

曹長(zhǎng)海（1983-），男，山東章丘人，工程師，博士學(xué)位，2013年畢業(yè)于中國(guó)石油大學(xué)（華東）化學(xué)工程與技術(shù)專(zhuān)業(yè)，研究方向：纖維素酶、發(fā)酵工程、生物能源。E-mail：caochanghai.fshy@sinopec.com，電話：024-56389412。

張全（1977-），男，高級(jí)工程師，碩士學(xué)位，研究方向：纖維素酶、發(fā)酵工程、生物能源。E-mail：zhangquang.fshy@sinopec.com，電話：024-56389412。