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        分布式流體系結(jié)構(gòu)及其編程模型與資源管理*

        2015-02-02 01:21:55楊學軍徐新海
        國防科技大學學報 2015年6期
        關鍵詞:大數(shù)據(jù)

        李 鑫,楊學軍,徐新海

        (1.國防科技大學 計算機學院, 湖南 長沙 410073;

        2.國防科技大學 高性能計算國家重點實驗室, 湖南 長沙 410073;

        3.中國人民解放軍總參謀部第六十三研究所, 江蘇 南京 210007)

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        分布式流體系結(jié)構(gòu)及其編程模型與資源管理*

        李鑫1,2,3,楊學軍1,2,徐新海1,2

        (1.國防科技大學 計算機學院, 湖南 長沙410073;

        2.國防科技大學 高性能計算國家重點實驗室, 湖南 長沙410073;

        3.中國人民解放軍總參謀部第六十三研究所, 江蘇 南京210007)

        摘要:利用互聯(lián)網(wǎng)資源提供大數(shù)據(jù)計算服務面臨著資源異構(gòu)性、動態(tài)性與通信長延遲等方面的挑戰(zhàn),現(xiàn)有分布式計算模型仍存在一些不足。運用流計算模型提出分布式流體系結(jié)構(gòu),包括分布式流編程模型與資源管理等,能夠高效支持多種并行執(zhí)行模式。在10個CPU-GPU異構(gòu)結(jié)點上實現(xiàn)了原型系統(tǒng),仿真實驗驗證了7個不同的測試用例。實驗結(jié)果表明,與本地串行計算相比,分布式流體系結(jié)構(gòu)可以平均提高39倍計算性能,具有較大的應用潛力。

        關鍵詞:流體系結(jié)構(gòu);大數(shù)據(jù);編程模型;分布式計算

        近年來,“大數(shù)據(jù)”已經(jīng)成為國際社會普遍關注的熱點,在金融、軍事、電信等領域引起了人們的高度重視。大數(shù)據(jù)具有數(shù)據(jù)量大、種類繁多、處理速度快與價值密度低等4V特征。利用互聯(lián)網(wǎng)資源構(gòu)建面向大數(shù)據(jù)計算的運行環(huán)境具有較好的發(fā)展前景,這種方法不僅能降低計算成本與提高資源利用率,還能提供可擴展的計算能力,但是卻需要應對互聯(lián)網(wǎng)資源異構(gòu)性、動態(tài)性、通信長延遲與有限帶寬等挑戰(zhàn)。

        目前,主流的分布式計算模型仍然存在一些不足。云計算[1]主要基于虛擬化技術等提供彈性可擴展的快速服務部署能力,提供大數(shù)據(jù)架構(gòu)基礎設施的運行環(huán)境。Hadoop等主流大數(shù)據(jù)技術能應對多種應用場景,如MapReduce[2]模型等特別適合松耦合的大規(guī)模數(shù)據(jù)處理應用的批處理過程;Spark[3-4]等適合于機器學習等內(nèi)存迭代計算;Spark Streaming[5]等比較適合于數(shù)據(jù)規(guī)模龐大且不可預知或者實時動態(tài)產(chǎn)生的流式數(shù)據(jù)處理;Dremel[6]與Impala[7]等交互式處理技術主要是在數(shù)據(jù)量非常大的情況下提供實時或準實時的數(shù)據(jù)查詢分析能力;PowerGraph[8]等圖計算技術則是面向互聯(lián)網(wǎng)社交網(wǎng)絡等大規(guī)模圖相關的應用場景,它們主要支持非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)與半結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)的大規(guī)模處理,通常運行在數(shù)據(jù)中心較穩(wěn)定的大規(guī)模同構(gòu)資源上,但是在支持互聯(lián)網(wǎng)資源異構(gòu)性以及動態(tài)性上還存在一些不足。網(wǎng)格計算[9]采用類MPI編程模型,在支持動態(tài)負載均衡上還有待改進。P2P計算模型[10]提供的大數(shù)據(jù)處理方式較為簡單,計算任務并行性較好,通常處理流程較簡單。

        近年來,流計算模型已經(jīng)成功應用在高性能計算、媒體類應用等領域[11-13],并取得了“天河”等廣泛而有影響力的應用成果[14-15]。流計算模型具有計算資源普適性、高度數(shù)據(jù)并行性、延遲計算綁定特性以及流水線并行性等特點,有很大的潛力應對上述互聯(lián)網(wǎng)多方面的挑戰(zhàn)。因此,李鑫等基于流計算模型首次提出了一種新型的分布式流體系結(jié)構(gòu)(Distributed Stream Architecture,DSA)以試圖解決互聯(lián)網(wǎng)環(huán)境下大數(shù)據(jù)計算模型的科學問題,并設計實現(xiàn)了分布式流體系結(jié)構(gòu)編程模型Brook#與資源管理。

        1分布式流體系結(jié)構(gòu)

        分布式流體系結(jié)構(gòu)首次將流處理思想引入分布式領域,擴展了傳統(tǒng)流計算模型的概念,將可用的軟硬件計算對象定義為Kernel(計算核心),同時將計算數(shù)據(jù)與控制狀態(tài)數(shù)據(jù)定義為Stream(流或數(shù)據(jù)流),其基本概念如下:

        控制數(shù)據(jù)流(ControlStream):控制計算流程的數(shù)據(jù)或狀態(tài)數(shù)據(jù);

        計算數(shù)據(jù)流(ComputeStream):封裝計算核心并行處理的數(shù)據(jù);

        軟計算核心(SoftKernel,SK):封裝計算核心程序信息的對象,其元信息包括軟件共享庫名稱、網(wǎng)絡位置等;

        硬計算核心(HardKernel,HK):封裝結(jié)點內(nèi)可用計算結(jié)點硬件資源信息的對象,其元信息包括網(wǎng)絡地址、處理器類型、線程數(shù)目等;

        應用計算核心(ApplicationKernel,AK):封裝應用程序中主程序代碼相關信息的對象,負責申請獲取資源,管理與監(jiān)控計算任務運行;

        客戶管理計算核心(Client Management Kernel,CMK):提供用戶查詢和請求服務的接口;

        資源管理計算核心(Resource Management Kernel,RMK):提供命令解釋器與執(zhí)行器的功能,負責向SMK注冊本地資源信息;

        服務管理計算核心(Service Management Kernel,SMK):提供應用服務等功能,負責維護服務(查詢、添加、刪除、更新等)、Kernel(HK,SK,AK與RMK)與用戶(CMK)的元信息,并負責調(diào)度軟硬件資源。

        如圖1所示,分布式流體系結(jié)構(gòu)的資源管理采用了主從架構(gòu),SMK負責統(tǒng)一維護資源元信息與資源調(diào)度,RMK負責命令解釋與執(zhí)行,CMK用于提交應用程序請求。運行一個完整的分布式流應用程序通常采用1個host結(jié)點用于管理執(zhí)行環(huán)境與多個device結(jié)點用于執(zhí)行計算核心程序。其中:host結(jié)點上運行主程序(AK),負責管理整個應用執(zhí)行流程;device結(jié)點上運行普通計算核心程序(SK)。AK與SK均由RMK負責啟動執(zhí)行。MPEG2編碼應用的復雜處理流程共包括1個AK與7個SK計算核心。

        圖1 分布式流體系結(jié)構(gòu)基本概念與MPEG2編碼應用Fig.1 Basic concepts of DSA and MPEG2 encoder application

        host結(jié)點上的RMK負責啟動一個線程來管理應用主程序(AK)。當該線程執(zhí)行到一個計算核心時,它會根據(jù)編譯指導命令劃分原計算任務為若干子任務并行執(zhí)行,創(chuàng)建管理該任務及其子任務的線程,并向SMK申請執(zhí)行該計算核心的軟硬件資源,通知計算結(jié)點RMK下載代碼與數(shù)據(jù),計算完畢后由主程序(AK)更新維護數(shù)據(jù)一致性。主程序(AK)如此推進計算過程直至完成整個任務。

        2分布式流體系結(jié)構(gòu)編程模型Brook#

        2.1 基本概念

        Brook#在計算執(zhí)行過程中流與計算核心的并行度劃分為四種Kernel執(zhí)行模式,如圖2所示。

        圖2 Kernel并行執(zhí)行模式劃分圖Fig.2 Parallel execution modes of Kernel

        單個計算核心單個流(Single Kernel Single Stream,SKSS):即在一個計算結(jié)點上執(zhí)行一個Kernel計算核心任務,處理單一流,依靠開發(fā)結(jié)點內(nèi)處理器的并行性來提升計算能力;

        單個計算核心多個流(Single Kernel Multiple Streams,SKMS):即多個計算結(jié)點執(zhí)行相同的Kernel代碼以完成一個計算核心任務,并處理不同的流,通過空間并行(SKMS-S)或時間并行(SKMS-T)的方式提高性能;

        多個計算核心單個流(Multiple Kernels Single Stream,MKSS):即多個計算結(jié)點上執(zhí)行多個Kernel以流水線方式處理同一個流,通過時間并行的方式隱藏通信延遲,從而提高性能;

        多個計算核心多個流(Multiple Kernels Multiple Streams,MKMS):即多個計算結(jié)點上同時執(zhí)行不同的Kernel代碼且處理不同的流,包括空間并行性(MKMS-S)與時間并行性(MKMS-T)兩種并行方式。MKSS是MKMS的一種特例。

        2.2 編譯指導語句

        Brook#繼承了傳統(tǒng)流編程模型AMD ATI Stream SDK 1.4 Beta的Brook+編程模型全部語法規(guī)范,并開發(fā)擴充了具有分布式語義的語法元素。見表1,Brook#允許程序員使用編譯指導語句顯式的指明代碼區(qū)域Kernel執(zhí)行模式及相關屬性,采用C和C++標準提供的pragma機制,并提供三類形式:parallel_mode,distribute與barrier,同時無須關心資源異構(gòu)性、動態(tài)負載均衡等底層細節(jié)。

        表1 Brook#編譯指導語句表

        ①clause語法形式是in/out{streamName[(BLOCK/*(n),…), BLOCK/CYCLE(n)]}。

        2.2.1parallel_mode語句

        程序員可以使用兩個parallel_mode編譯指導語句包圍住代碼區(qū)域,并指明其單個或多個Kernel的并性執(zhí)行模式parallel_mode,即

        #pragma brs parallel_mode(n) start

        Kernel/Multiple Kernels

        #pragma brs parallel_mode finish

        其中,n表示子任務數(shù)。

        2.2.2distribute語句

        由于子任務映射到輸入流與輸出流上的數(shù)據(jù)在維度上可能是不同的,所以,每個子任務映射的數(shù)據(jù)劃分方式也可能不一樣。程序員需要根據(jù)經(jīng)驗與實際情況靈活配置流的劃分方式與任務映射方式,達到高效計算的目的,即

        #pragma brs distribute [clause, …]

        Kernel

        其中,clause的語法形式如表1中注釋①所示,它表示輸入輸出流的基本屬性,包括流輸入或輸出方向、流名稱、流劃分方式以及與子任務的映射方式。

        Brook#中流劃分方式包括塊分布(BLOCK)和缺省不劃分(*)兩種方式,其中,塊分布(BLOCK)是指將流按照指定的維度均勻劃分為n塊。子任務映射方式包括塊分布(BLOCK)與循環(huán)分布(CYCLE),其中塊分布(BLOCK)是指同一個數(shù)據(jù)塊映射到n個連續(xù)的子任務上,循環(huán)分布(CYCLE)則是將數(shù)據(jù)塊依次循環(huán)映射到下標遞增的子任務上。如圖3所示,假設輸入流的劃分方式為BLOCK(4),程序員指定啟動8個子任務并行執(zhí)行該計算核心。若流映射任務的方式為BLOCK(2),則第1個數(shù)據(jù)塊映射到子任務1與子任務2,說明這兩個子任務的計算都需要輸入流的第1個數(shù)據(jù)塊,依次類推。若流映射任務的方式為CYCLE,則說明子任務1與子任務5的計算需要第1個數(shù)據(jù)塊。數(shù)據(jù)塊映射子任務的方式是根據(jù)不同的程序執(zhí)行特點而靈活指定的,需要程序員了解應用程序的執(zhí)行特點來配置完成。

        圖3 流劃分方式與子任務映射方式示例Fig.3 Example of data division method and sub-tasks mapping method for analyzing input streams

        2.2.3barrier語句

        程序員可以使用barrier指定程序執(zhí)行的同步點,實現(xiàn)對單個或多個Kernel的同步操作,以確保該同步點之前所有Kernel或指定Kernel必須執(zhí)行完畢后才能繼續(xù)執(zhí)行程序,即

        ProgramCode

        2.3 Brook#編譯器運行時

        分布式流體系結(jié)構(gòu)編譯器運行時的整體組織結(jié)構(gòu)示意圖如圖4所示。當RMK接收到啟動應用程序AK計算核心(host主程序)的請求后,RMK會創(chuàng)建執(zhí)行線程(executor thread)負責執(zhí)行AK程序,并調(diào)用編譯器運行時庫執(zhí)行已經(jīng)被翻譯成具有指定Brook#語義的多線程代碼序列。執(zhí)行線程負責創(chuàng)建任務工作線程(worker thread)與子任務工作線程(subworker thread)用于管理每個計算核心任務及其子任務的執(zhí)行流程,與遠程計算結(jié)點RMK進行交互,如流與代碼的下載與發(fā)送、任務啟動等。遠程device結(jié)點上RMK接收到啟動任務請求后,創(chuàng)建執(zhí)行線程(SK代碼)啟動子任務,調(diào)用本地設備(CPU或GPU等)的Kernel函數(shù)代碼進行計算,一旦結(jié)束就通知host結(jié)點上本任務工作線程(AK程序)更新全局列表信息,以保證數(shù)據(jù)一致性。

        圖4 編譯器Brook#運行時整體組織結(jié)構(gòu)示例Fig.4 Example of entire organization   struture of Brook# runtime

        圖4中分布式流程序包括matsum與matmul兩個計算核心,并分別被劃分為4個子任務與2個子任務,并采用MKMS-T執(zhí)行模式以流水線并行的方式執(zhí)行。因此,編譯器運行時在host結(jié)點上創(chuàng)建了1個executor thread、2個worker thread與6個subworker thread以及在device結(jié)點上創(chuàng)建了6個subworker thread。

        3分布式流體系結(jié)構(gòu)資源管理

        分布式流體系結(jié)構(gòu)資源管理主要包括SMK,RMK,CMK,AK,SK等組件,如圖5所示,其采用了主從架構(gòu)以適應大規(guī)模資源的管理,具有良好的可擴展性,支持多任務獨立運行。

        SMK負責維護結(jié)點資源元信息,包括對硬件、軟件、服務以及用戶等元信息的查詢、添加、刪除、更新等操作。如圖5所示,RMK與CMK啟動后主動注冊到SMK上,包括本地可用硬件信息,用戶則將作業(yè)的計算核心代碼(AK與SK)以及數(shù)據(jù)上傳到資源結(jié)點并注冊到SMK。此外,SMK還負責管理作業(yè)的生命周期過程,對資源請求進行合理的資源調(diào)度,以實現(xiàn)不同作業(yè)的安全隔離運行。

        RMK資源管理計算核心負責解釋與執(zhí)行請求的消息命令,是本地結(jié)點的資源管理器與任務執(zhí)行器,管理本地可用硬件資源、作業(yè)文件資源與數(shù)據(jù)資源,并提供資源請求服務,同時管理與監(jiān)控本地計算任務,周期性地向SMK匯報并更新本結(jié)點運行狀態(tài)。

        CMK客戶管理計算核心提供客戶端的功能,一般部署在用戶結(jié)點上,負責將程序代碼(AK或SK)以及數(shù)據(jù)提交到資源結(jié)點上,并將應用程序或作業(yè)注冊到SMK,請求查詢作業(yè)運行狀態(tài),并從資源結(jié)點上接收結(jié)果數(shù)據(jù)。

        AK應用計算核心是封裝了作業(yè)主程序代碼信息的對象,負責每個應用程序的具體任務執(zhí)行過程,并采用了一種中間列表法的方式來維護數(shù)據(jù)一致性。AK會維護記錄輸入輸出流結(jié)點信息的KernelList與記錄最近更新流的Kernel名的StreamList。當主程序執(zhí)行線程(AK)執(zhí)行到一個計算核心時,AK會主動向SMK申請資源分配給子任務,通過StreamList查詢更新輸入流的Kernel名,并在KernelList中查找其所在的結(jié)點信息,將這些信息發(fā)送給計算結(jié)點,通知RMK啟動計算并監(jiān)控任務狀態(tài)。當任務完畢后,AK 更新KernelList中輸出流的結(jié)點信息和StreamList中對應流的Kernel名,從而維護數(shù)據(jù)一致性。

        圖5 分布式流體系結(jié)構(gòu)資源管理架構(gòu)Fig.5 Framework of resource management of distributed stream architecture

        4實驗驗證

        整個實驗評估過程是在10個結(jié)點組成的互連網(wǎng)絡(千兆以太網(wǎng))上完成的,每個結(jié)點由1個六核Intel Xeon X5670與1個AMD Radeon HD 4870×2 GPU組成,操作系統(tǒng)為64位Red Hat Enterprise Linux 5.4,內(nèi)存容量為24GB。

        選取7個典型測試用例(輸入規(guī)模,用例來源),包括MatrixMul(16 384×16 384矩陣規(guī)模,AMD)、Blackscholes(30 000 000個期權,PARSEC)、BinomialOption(8 192 000個期權,AMD)、N-Body(499 968個體,AMD)、MRI-Q(64組Large數(shù)據(jù),Parboil)、CP(100 000個原子,Parboil)與MatrixMulAdd(16 384×16 384矩陣規(guī)模,AMD),并采用Brook#將其移植到分布式流體系結(jié)構(gòu)原型系統(tǒng)上,分別簡記為MM,BL,BO,NB,MQ,CP與MMA,均采用單精度浮點數(shù)。

        實驗采用的基準時間是本地1個CPU程序版本的串行執(zhí)行時間,實驗的對比程序設置了三組測試。第一組測試使用本地1個GPU的程序版本(LOCAL-1G),第二組與第三組測試都使用移植到分布式流計算體系結(jié)構(gòu)上遠程運行的程序版本,其中,第二組測試采用多GPU程序版本(DSA-G),第三組測試使用多CPU程序版本(DSA-C)或混合使用多CPU與多GPU的程序版本(DSA-C/G)。通過對比各組程序相對基準程序時間的加速比來評估在互聯(lián)網(wǎng)模擬通信延遲與有限帶寬等環(huán)境下分布式流體系結(jié)構(gòu)的有效性。結(jié)點內(nèi)的通信方法主要是基于PCIE協(xié)議與GPU等設備進行數(shù)據(jù)傳輸,結(jié)點間的通信方法是基于TCP/IP協(xié)議進行互聯(lián)網(wǎng)模擬通信,其中,國際互聯(lián)網(wǎng)延時采用Internet Traffic Report網(wǎng)站統(tǒng)計的2015年五大洲延遲時間平均值100ms,國際互聯(lián)網(wǎng)帶寬采用Speedtest網(wǎng)站在2013年186個國家與地區(qū)測量帶寬的30天移動平均值13.98Mbps。

        實驗結(jié)果如圖6與圖7所示, 圖6顯示了三組測試相對本地1個CPU的加速比實驗結(jié)果,圖7顯示了第二組與第三組測試中測試用例通信時間、計算時間和其他時間開銷與通信開銷的歸一化時間統(tǒng)計情況。

        第二組測試中的DSA-C或DSA-C/G版本平均加速比達到39倍,第三組測試中的DSA-G版本平均加速比達到58倍,分布式流體系結(jié)構(gòu)可以支持模擬互聯(lián)網(wǎng)環(huán)境下測試用例的運行,能夠利用異構(gòu)資源與并行計算來提升性能,其中,第三組測試中的MMA采用了MKMS-T與SKMS-S執(zhí)行模式的DSA-C/G版本,其余測試用例都采用了SKMS-S執(zhí)行模式的DSA-C或DSA-C/G版本,以挖掘程序潛在的線程級并行性與任務級并行性。

        圖6 相對本地1個CPU執(zhí)行時間的加速比實驗結(jié)果Fig.6 Speedups of experimental results over execution time of a local CPU

        圖7 測試用例通信時間、計算時間以及其他時間的歸一化實驗結(jié)果Fig.7 Normalized experimental results of communication time, computing time and other time of benchmarks

        基于多GPU的DSA-G或DSA-C/G版本的加速效果并不比LOCAL-1G版本顯著,這是由互聯(lián)網(wǎng)中通信問題的復雜性等造成的。從實驗結(jié)果看,DSA-G或DSA-C/G由于是遠程運行的應用程序,在互聯(lián)網(wǎng)模擬環(huán)境有限帶寬和長延遲等情況下,計算過程必然帶來不可忽視的通信開銷,使得通信開銷成為影響性能的因素。因此,這使得加速效果不如本地LOCAL-1G版本。

        如圖6所示,7個典型測試用例在三組測試上的結(jié)果表現(xiàn)出三類特點:

        1)一般情況下,應用加速比呈現(xiàn)下降趨勢,如MM,NB,CP與MMA。其中,MM,NB與MMA加速比下降得較快。這是由于分布式環(huán)境引入了大量不可忽視的通信與控制開銷,其中通信開銷平均達到82%,顯著增加了執(zhí)行時間,這使得并行計算方式帶來的性能提升不足以補償通信開銷造成的性能損失,從而造成加速比下降。

        2)加速比呈上升趨勢,如BL與BO。其中,BL的DSA-G與DSA-C/G加速比分別增長了3.2倍與4.8倍,BO的DSA版本與本地GPU版本具有相當?shù)募铀俦取km然通信帶來較大開銷,但在這些應用中引入的通信開銷與計算開銷相當,圖7中BL的通信開銷比例平均達到50%,異構(gòu)資源強大的并行計算能力使得加速比保持上升。雖然BO通信開銷比例較高,但是相對其他測試組并不大,因此,使得加速比保持緩慢上升。

        3)MQ加速比在DSA-G版本中上升,但在DSA-C版本中下降。這是由于前者利用GPU并行計算能力帶來的性能優(yōu)勢能夠補償通信開銷造成的損失,而DSA-C版本則不足以補償這些性能損失,增大的程序控制開銷也影響了性能,造成加速比下降。

        由此可見,在分布式流體系結(jié)構(gòu)中應用程序的計算開銷、通信開銷與控制開銷之間的優(yōu)化對于程序運行性能有至關重要的影響。

        5結(jié)論

        分布式流體系結(jié)構(gòu)能夠較好地適應互聯(lián)網(wǎng)資源特點,提供高效的分布式編程模型與資源管理,支持多種計算核心并行執(zhí)行模式,而無須關心資源異構(gòu)性、動態(tài)資源綁定等細節(jié),具有較大的大數(shù)據(jù)計算應用潛力。

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        http://journal.nudt.edu.cn

        Programming model and resource management of distributed stream architecture

        LIXin1,2,3,YANGXuejun1,2,XUXinhai1,2

        (1. College of Computer, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China;

        2. State Key Laboratory of High Performance Computing, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China;

        3. The 63rd Research Institute of PLA General Staff Headquarters, Nanjing 210007, China)

        Abstract:While providing big data computing services using Internet resources, there remains a big challenge to researchers, including heterogeneity of Internet resources, dynamics of Internet resources and long latency of Internet communication. Current influent distributed computing models still have some shortage. A novel distributed stream computing model was proposed based on the traditional stream computing model, including the distributed stream programming model and resource management can efficiently support multiple parallel execution modes. The prototype system implemented on the 10 CPU-GPU heterogeneous nodes. Seven different benchmarks used in the simulation experiment. The experimental result shows that the distributed stream architecture can achieve the speedup of at least on average over the local serial computing, with significant potential for applications.

        Key words:stream architecture; big data; programming model; distributed computing

        中圖分類號:TP338.8

        文獻標志碼:A

        文章編號:1001-2486(2015)06-110-06

        作者簡介:李鑫(1984—),男,安徽安慶人,博士研究生,E-mail:xinli@nudt.edu.cn;楊學軍(通信作者),男,教授,博士,博士生導師,E-mail:xjyang@nudt.edu.cn

        基金項目:國家自然科學基金資助項目(61221491,61303071)

        收稿日期:*2015-09-06

        doi:10.11887/j.cn.201506021

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