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全基因測序確定囊性纖維化患者之間膿腫分枝桿菌傳播的研究：回顧性隊列分析

Bryant JM, Grogono DM, Greaves D, et al. Whole-genome sequencing to identify transmission ofMycobacteriumabscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet， 2013，381(9877): 1551-1560.

背景和目的 越來越多的肺囊性纖維化患者感染膿腫分枝桿菌，引起進(jìn)行性的肺破壞，治療難度非常大，此類患者如何感染膿腫分枝桿菌的機(jī)制尚不明確，越來越多的證據(jù)表明可能存在患者之間的傳播，本研究的目是為了明確肺囊性纖維化患者感染膿腫分枝桿菌的機(jī)制。方法 收集2007至2011年英國劍橋派普沃斯肺部感染成人囊性纖維化中心診治的31位患者，通過持續(xù)分離獲得168株膿腫分枝桿菌菌株，對菌株進(jìn)行全基因測序及抗菌藥物敏感試驗。同時對環(huán)境中的非結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行培養(yǎng)檢測，用流行病學(xué)數(shù)據(jù)及網(wǎng)絡(luò)比對分析明確是否存在院內(nèi)或者院外的交叉感染。結(jié)果 31例囊性纖維化合并膿腫分枝桿菌的患者中有13例位感染了膿腫分枝桿菌膿腫亞種(M.abscessussubspabscessus)，15位感染了massiliense亞種(M.abscessussubspmassiliense)，2例感染bolletii亞種(M.abscessussubspbolletii)，還有1例既感染膿腫亞種又感染massiliense亞種統(tǒng)計分析時被排除。用菌株全基因測序分析來確定菌株之間是否存在親緣關(guān)系。結(jié)果表明兩個膿腫分枝桿菌massiliense 亞種菌群導(dǎo)致了11例患者之間的集體發(fā)病，證明這11例患者之間存在相互傳染。這11例患者分離到的菌株基因測序近乎完全相同，基因的堿基差異小于10對，與對照組膿腫亞種和bolletii亞種患者分離到的單獨感染的菌株比較，其基因多形性方面存在顯著差異，強(qiáng)烈提示massiliense亞種患者之間的傳染。這11例患者集體發(fā)病發(fā)期間進(jìn)行了多次的廣泛環(huán)境(供水系統(tǒng)，淋浴噴頭，洗碗機(jī)，氣管鏡，水塘，醫(yī)院內(nèi)河流等)檢測并沒有培養(yǎng)出非結(jié)核分枝桿菌，PCR檢測也是陰性，說明這些集體發(fā)病的患者感染的菌株并非來自環(huán)境。被膿腫分枝桿菌massiliense亞種傳染的患者分離到的菌株其基因突變與傳染源菌株相同，而一些未接受過長期氨基糖苷類及大環(huán)內(nèi)酯類藥物治療的患者分離到的菌株對氨基糖苷類及大環(huán)內(nèi)酯類高度耐藥，更進(jìn)一步支持患者之間的互相傳染。雖然傳播的確切途徑尚不明確，但本研究的流行病學(xué)分析表明可能是間接傳染，例如通過污染物(頭發(fā)、衣物、床單等)或者通過氣溶膠(在肺功能測試時使用)產(chǎn)生過程中傳播。結(jié)論 囊性纖維化患者之間存在膿腫分枝桿菌massiliense亞種的互相傳播，為制定新的非結(jié)核分枝桿菌肺病控制策略提供了依據(jù)。

同濟(jì)大學(xué)附屬上海市肺科醫(yī)院結(jié)核病臨床研究中心

上海市結(jié)核病(肺)重點實驗室(200433)

桂徐蔚 編譯 沙巍 審校

(本文編輯：范永德)

10.3969/j.issn.1000-6621.2015.03.022

2015-01-26)