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        基于MaxEnt和DIVA-GIS的白蠟枯梢病菌在中國的潛在適生區(qū)分析

        2015-01-10 02:12:02羅志萍潘緒斌李來梅
        湖南農(nóng)業(yè)科學 2015年10期
        關(guān)鍵詞:白蠟適生區(qū)病菌

        羅志萍,潘緒斌,王 聰,李來梅

        (1.湖南出入境檢驗檢疫局,湖南 長沙 410004;2.中國檢驗檢疫科學研究院,北京100176;3.湖南省微生物研究院,湖南 長沙 410009)

        基于MaxEnt和DIVA-GIS的白蠟枯梢病菌在中國的潛在適生區(qū)分析

        羅志萍1,潘緒斌2,王 聰2,李來梅3

        (1.湖南出入境檢驗檢疫局,湖南 長沙 410004;2.中國檢驗檢疫科學研究院,北京100176;3.湖南省微生物研究院,湖南 長沙 410009)

        為了開展危險性林木病害白蠟枯梢病的風險分析和檢疫工作,研究對白蠟枯梢病菌在中國的潛在適生區(qū)進行了預(yù)測。利用MaxEnt軟件和DIVA-GIS數(shù)據(jù)庫,選擇19個環(huán)境因子變量和2.5 min的空間分辨率,并對預(yù)測結(jié)果的可靠性進行ROC曲線法分析評價,同時采用Jackknife刀切法分析了各環(huán)境變量對預(yù)測結(jié)果的影響。結(jié)果表明:該病菌在我國局部地區(qū)有一定適生風險;根據(jù)得到的潛在適生區(qū)預(yù)測圖,白蠟枯梢病菌在中國的高度適生區(qū)有臺灣中部,中度適生區(qū)有西藏西南邊陲林區(qū)、湖北神農(nóng)架和宜昌三峽林區(qū)、湖南武陵山和張家界林區(qū)、廣東、廣西、重慶、貴州、江西、福建的局部等地;各環(huán)境因子貢獻率分析表明最冷季降水量對白蠟枯梢病菌的適生區(qū)分布影響最大,研究預(yù)測結(jié)果AUC值為0.932,表明預(yù)測結(jié)果可信度高。

        白蠟樹枯梢病;白蠟鞘孢菌(Chalara fraxinea);適生性分析;MaxEnt

        白蠟樹枯梢病是由白蠟鞘孢菌Chalara fraxinea(有性階段Hymenoscyphus pseudoalbidus)引起的危險性林木病害,主要靠繁殖材料和木材進行遠距離傳播。白蠟枯梢病在歐洲大陸擴散蔓延,使歐洲各國遭受了巨大的經(jīng)濟損失。2007年該病被歐洲和地中海區(qū)域植物保護組織(EPPO)秘書處列入EPPO有害生物預(yù)警名單。2012年該病害在英國迅速擴散,導致空前的林業(yè)疫情后,歐洲國家紛紛出臺禁令,禁止進口和境內(nèi)運輸白蠟樹種子、植株、樹木。據(jù)有關(guān)報道稱,只要有白蠟鞘孢菌寄主植物分布的地區(qū),該菌就能夠定殖。該菌潛在的寄主白蠟屬植物在中國分布約有20種以上,該菌一旦傳入我國,定殖風險很大。

        為了順利開展白蠟枯梢病菌風險分析工作,研究利用MaxEnt軟件和DIVA-GIS數(shù)據(jù)庫對該有害生物在中國的潛在適生區(qū)進行了科學預(yù)測。MaxEnt是利用最大熵模型(Maximum EntropyModel)通過已知物種分布地區(qū)和多種環(huán)境數(shù)據(jù)預(yù)測物種潛在分布范圍的一種軟件。該軟件是Phillips等以生態(tài)位理論為基礎(chǔ)提出來的,它可以用來分析驗證物種已有的分布數(shù)據(jù),同時也可分析預(yù)測該物種可能分布范圍,近年來多用于入侵物種和珍稀瀕危野生物種的分布預(yù)測研究[1-6]。

        1 數(shù)據(jù)采集和整理

        1.1 數(shù)據(jù)來源

        1.1.1白蠟枯梢病菌分布發(fā)生數(shù)據(jù)通過查閱國內(nèi)外公開發(fā)表的文獻和國外官方網(wǎng)站信息[7-15],獲得白蠟枯梢病菌分布為害地區(qū)的大致信息。目前,在EPPO地區(qū)已經(jīng)鑒定發(fā)現(xiàn)C. fraxinea的國家有奧地利、比利時、捷克、芬蘭、法國、德國、匈牙利、意大利、立陶宛、荷蘭、挪威、波蘭、羅馬尼亞、俄國(加里寧格勒)、斯洛伐克、斯洛文尼亞、瑞典、英國。此外,觀察到該病害癥狀的國家有丹麥、愛沙尼亞、拉脫維亞、瑞士。亞州地區(qū),韓國曾有該病發(fā)生的報道。非洲、美洲和大洋洲均無發(fā)生記錄。將這些已有的分布信息盡可能轉(zhuǎn)換為經(jīng)緯度數(shù)據(jù)進行保存。分別用該有害生物的Ash Dieback、Chalara fraxinea和Hymenoscyphus pseudoalbidus等名稱作為關(guān)鍵詞,在全球生物多樣性信息網(wǎng)絡(luò)(GBIF)和國際農(nóng)業(yè)與生物科學中心(CABI)中進行搜索、對比和下載已有的分布記錄數(shù)據(jù),保存為Excel文件。經(jīng)過篩選甄別和轉(zhuǎn)換整理,最終獲得白蠟枯梢病有關(guān)的分布記錄(具體到經(jīng)緯度)1 812條。將這些數(shù)據(jù)按照MaxEnt軟件分析的要求轉(zhuǎn)換為csv格式文件保存。csv格式文件中每條記錄包含3個字段,分別為物種名、經(jīng)度和緯度,各字段間用逗號分隔。

        1.1.2環(huán)境和地圖數(shù)據(jù)采用WORLD-CLIMATE下載背景環(huán)境數(shù)據(jù),含19個環(huán)境因子變量,選擇2.5 min的空間分辨率。將氣候環(huán)境數(shù)據(jù)保存為獨立數(shù)據(jù)文件。在DIVA-GIS網(wǎng)站系統(tǒng)下載并處理最新的地理信息數(shù)據(jù)。

        1.2 數(shù)據(jù)處理

        MaxEnt軟件需要在Java環(huán)境中運行。將整理好的環(huán)境數(shù)據(jù)和物種分布數(shù)據(jù)導入MaxEnt軟件,選擇適當變量因子和參數(shù),運行軟件,繪制出ASCII格式的白蠟枯梢病菌的世界預(yù)測分布圖,并對預(yù)測結(jié)果的可靠性進行分析評價,用Jackknife刀切法分析各個變量對預(yù)測結(jié)果的貢獻率,進而確定影響物種分布的關(guān)鍵環(huán)境因子。將世界預(yù)測分布圖與DIVA-GIS中的中國地圖疊加切割處理,則得到白蠟枯梢病菌在中國的適生區(qū)預(yù)測圖。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 預(yù)測結(jié)果

        在DIVA-GIS軟件中加入MaxEnt運行得出的預(yù)測結(jié)果,將該柵格數(shù)據(jù)進行分類處理。按照適生指數(shù)P從低到高,將適生區(qū)依次分為4個等級,P<0.1為非適生區(qū),0.1≤P<0.3為低度適生區(qū),0.3≤P≤0.5為中度適生區(qū),P>0.5為高度適生區(qū)。最終生成白蠟枯梢病菌潛在的世界分布圖和中國潛在分布圖,分別見圖1和圖2。

        從圖1中可以看出,預(yù)測結(jié)果與目前歐洲大面積發(fā)生白蠟枯梢病菌的現(xiàn)狀相符,同時還預(yù)測了該菌在世界范圍內(nèi)潛在的適生區(qū)。

        由圖2可知,白蠟枯梢病菌在我國局部地區(qū)有一定適生風險。在我國發(fā)生潛在地區(qū)中,高度適生區(qū)有臺灣中部;中度適生區(qū)有位于喜馬拉雅山南坡的西藏西南邊陲林區(qū)(毗鄰尼泊爾)、湖北神農(nóng)架和宜昌三峽林區(qū)、湖南武陵山和張家界林區(qū)、廣東、廣西、重慶、貴州、江西、福建的局部地區(qū);低度適生區(qū)有西藏東部、云南、四川、甘肅、陜西、安徽、浙江、福建、湖南局部、湖北局部;非適生地區(qū)有新疆、內(nèi)蒙、青海、華北、東北地區(qū)。

        圖1 MaxEnt預(yù)測白蠟枯梢病菌世界潛在分布

        圖2 MaxEnt預(yù)測白蠟枯梢病菌中國潛在分布

        2.2 影響白蠟枯梢病菌適生的主要環(huán)境因子

        各環(huán)境變量對預(yù)測結(jié)果的Jackknife刀切法分析和貢獻率分別見圖3和表1。從表1和圖3中可以看出,對白蠟枯梢病菌預(yù)測結(jié)果影響較大的環(huán)境因子有bio 19、bio 15、bio 7和bio 8,分別代表最冷季降水量、降雨量變化方差、年溫變化范圍和最濕季平均氣溫。其中,最冷季降水量對預(yù)測結(jié)果的貢獻率最大,該氣候因子對白蠟枯梢病菌的適生區(qū)分布影響最大。

        2.3 預(yù)測結(jié)果的評價

        預(yù)測結(jié)果可靠性ROC曲線評價見圖4。在ROC曲線圖中,橫坐標為假陽性率,縱坐標為靈敏度,曲線下面積為評價預(yù)測結(jié)果可靠性的AUC值,AUC取值范圍為0~1,值越大說明環(huán)境變量因子與該物種地理分布相關(guān)性越大,預(yù)測效果也越好。AUC值在0.5~0.7之間,認為預(yù)測結(jié)果可靠性低;AUC值在0.7~0.9之間,認為預(yù)測結(jié)果可靠性中等;AUC值在0.9以上則視為預(yù)測結(jié)果可靠性高。由圖4可知,該研究預(yù)測的白蠟枯梢病菌適生區(qū)AUC值為0.932,該預(yù)測結(jié)果高度可靠。

        表1 環(huán)境因子變量對白蠟枯梢病菌適生區(qū)預(yù)測結(jié)果的貢獻率

        圖3 白蠟枯梢病菌MaxEnt預(yù)測結(jié)果Jackknife刀切分析

        圖4 白蠟枯梢病菌MaxEnt預(yù)測結(jié)果的AUC精度評價

        3 討 論

        從預(yù)測結(jié)果來看,白蠟枯梢病菌主要在我國南方的原始森林地區(qū)有分布定植風險,應(yīng)當引起監(jiān)管和檢疫決策部門的警惕。

        理論上,用足夠全面的物種現(xiàn)有分布數(shù)據(jù)和詳盡的環(huán)境數(shù)據(jù)進行該物種的潛在適生區(qū)預(yù)測是科學可靠的。目前可用的預(yù)測軟件很多,但MaxEnt軟件利用生態(tài)位最大熵原理設(shè)計運算模式,綜合考慮了物種與復(fù)雜環(huán)境的關(guān)聯(lián)關(guān)系,得出的預(yù)測數(shù)據(jù)相較于其他分析軟件更科學更可靠,更適合植物病原菌的分布預(yù)測。但其前提條件是必須有充分詳盡的數(shù)據(jù)資料做支撐,需要盡可能多地搜集物種現(xiàn)有分布數(shù)據(jù)。前期數(shù)據(jù)搜集和整理工作的質(zhì)量直接影響到預(yù)測結(jié)果的可靠性。

        入侵生物適生區(qū)的預(yù)測工作是植物檢疫有害生物風險分析工作的基礎(chǔ),準確可靠的預(yù)測結(jié)果可以給國際農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易檢疫準入談判提供科學依據(jù)和技術(shù)支撐,也可以為農(nóng)業(yè)部門的有害生物預(yù)防和監(jiān)測工作提供指導,我國應(yīng)該加強該項技術(shù)工作的開展。

        [1] 車 樂,曹 博,白成科,等. 基于MaxEnt 和ArcGIS對太白米的潛在分布預(yù)測及適宜性評價[J]. 生態(tài)學雜志,2014,33(6):1623-1628.

        [2] 朱耿平,劉國卿,卜文俊,等. 生態(tài)位模型的基本原理及其在生物多樣性保護中的應(yīng)用[J]. 生物多樣性,2013,21(1):90-98.

        [3] 郝朝運,譚樂和,范 睿,等. 利用最大熵模型預(yù)測藥用植物海南蒟的潛在地理布局[J].熱帶作物學報,2011,32(8):1561-1566.

        [4] 王 穎,章桂明,楊偉東,等. 基于MaxEnt的大豆南北方莖潰瘍病菌在中國適生區(qū)的預(yù)測[J]. 植物檢疫,2009,(4):14-17.

        [5] 陳 晨,陳 娟,胡白石,等. 梨火疫病菌在中國的潛在分布及入侵風險分析[J]. 中國農(nóng)業(yè)科學,2007,40(5):940-947.

        [6] 王運生,謝丙炎,萬方浩,等. Roc曲線分析在評價入侵物種分布模型中的應(yīng)用[J]. 生物多樣性,2007,15(4):365-372.

        [7] Kowalski T. Chalara fraxinea sp. nov. associated with dieback of ash (Fraxinus excelsior) in Poland[J]. Forest Pathology,2006,36:264-270.

        [8] European Plant Protection Organization (EPPO). Chalara fraxinea, Ash Dieback. (2007-3)[ EB/OL]. http://www.eppo.org/QUARANTINE/Alert_List/fungi/Chalara_fraxinea.htm,2012-11-06.

        [9] UK: Forestry Commission. Chalara dieback of ash (Chalara fraxinea) [EB/OL]. http://www.forestry.gov.uk/chalara,2012-12-25.

        [10] UK: Forestry Commission. The Plant Health (Forestry) (Amendment) Order 2012[EB/OL]. http://www.legislation.gov.uk/uksi/2012/2707/pdfs/ uksi_20122707_en.pdf/$FILE/uksi_20122707_en.pdf,2012-12-26.

        [11] Commonwealth Agricultural Bureau International (CABI). Hymenoscyphus albidus[EB/OL]. http://www.cabi.org/cpc/,2012-12-27.

        [12] UK: Forest Research. Rapid assessment of the need for a detailed Pest Risk Analysis for Chalara fraxinea[EB/OL]. http://www.fera.defra.gov. uk/plants/plantHealth/pestsDiseases/documents/chalaraFraxinea.pdf,2012-11-06.

        [13] Irish Government News Service(IGNS). Chalara disease found in young ash trees[EB/OL]. http://www.merrionstreet.ie/index.php/2012/10/ chalara-disease-found-in-young-ash-trees/?cat=12,2012-12-12.

        [14] Chalara ash dieback symptoms[EB/OL]. http://www.forestry.gov.uk/ forestry/INFD-92AHUK,2014-09-24.

        [15] Timmermann V,B?rja I,Hietala A M,et al. Ash dieback: pathogen spread and diurnal patterns of ascospore dispersal, with special emphasis on Norway[J]. EPPO/OEPP Bulletin,2011,41(1):14-20.

        (責任編輯:成 平)

        《湖南農(nóng)業(yè)科學》網(wǎng)上投稿系統(tǒng)開通公告

        為適應(yīng)期刊數(shù)字化出版和方便作者投稿,《湖南農(nóng)業(yè)科學》對原網(wǎng)站和投稿系統(tǒng)進行了改版,并于2015年9月25日正式對外試運行,網(wǎng)址:Http://www.hnnykx.com 。 網(wǎng)上投稿系統(tǒng)的啟用不僅有利于作者投稿、查詢、在線修改稿件信息,而且方便專家審稿,縮短審稿周期和數(shù)字化出版周期。在《湖南農(nóng)業(yè)科學》網(wǎng)上投稿系統(tǒng)試運行期間,仍保留原有的投稿方式,投稿郵箱:hnnykx@vip.163.com。如有任何問題和建議,請及時向本刊編輯部垂詢和反饋。聯(lián)系電話:0731-84691322,0731-84693060。感謝大家對《湖南農(nóng)業(yè)科學》的支持與幫助!

        湖南農(nóng)業(yè)科學雜志社

        2015年9月

        Potential Distribution of Chalara fraxinea in China Predicted by MaxEnt and DIVA-GIS

        LUO Zhi-ping1,PAN Xu-bin2,WANG Cong2,LI Lai-mei3
        (1. Hunan Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau, Changsha 410004, PRC; 2. China Academy of Inspection and Quarantine, Beijing 100176, PRC; 3. Hunan Microbiology Institute , Changsha 410009, PRC)

        For the risk analysis of the disease ash dieback, this study predicted potential distribution regions in China of the fungusChalara fraxineaby using MaxEnt software and DIVA-GIS database. 19 environmental factors and 2.5 min spatial resolution were selected, and the ROC curve and Jackknife analysis method were used to evaluate the reliability of prediction results and the infuence of environmental variables on the prediction results, respectively. The results showed that C.fraxineacould distribute in some areas in China. According to the research fgure, the middle of Taiwan was the highly suitable area, and moderately suitable areas included those forest regions located in southwest Tibet, Hubei Shennongjia and Yichang Three Gorges, Hunan Wuling Mountain and Zhangjiajie, as well as some parts of Guangdong, Guangxi, Chongqing, Guizhou, Jiangxi, Fujian etc. The precipitation in the coldest quarter was the most important environmental factor which could infuence the potential distribution of C.fraxinea. The AUC value of the predication results was 0.932, which indicated that the results were highly reliable.

        ash dieback;Chalara fraxinea; potential distribution analysis; predication; MaxEnt

        S41-30

        :A

        :1006-060X(2015)10-0083-05

        10.16498/j.cnki.hnnykx.2015.10.025

        2015-09-12

        國家質(zhì)檢總局科技計劃項目(2014JK015)

        羅志萍(1972-),女,青海貴德縣人,高級農(nóng)藝師,主要從事進出境植物檢疫和外來有害生物風險分析工作。

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