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        大麻雄性基因連鎖AFLP分子標記的篩選及鑒定

        2015-01-06 02:40:30郭麗張海軍王明澤車野劉德泉陳井生劉德福于吉東吳耀坤
        中國麻業(yè)科學 2015年1期
        關鍵詞:凝膠電泳瓊脂糖大麻

        郭麗,張海軍,2,*,王明澤,車野,劉德泉,陳井生,劉德福,于吉東,吳耀坤

        (1.黑龍江省農業(yè)科學院大慶分院,黑龍江大慶163316; 2.吉林省種子管理總站,長春130062; 3.吉林大學植物科學學院,長春130062)

        大麻雄性基因連鎖AFLP分子標記的篩選及鑒定

        郭麗1,張海軍1,2,3*,王明澤1,車野1,劉德泉3,陳井生1,劉德福1,于吉東1,吳耀坤1

        (1.黑龍江省農業(yè)科學院大慶分院,黑龍江大慶163316; 2.吉林省種子管理總站,長春130062; 3.吉林大學植物科學學院,長春130062)

        為建立一種大麻早期性別篩選及鑒定方法,利用AFLP標記技術,篩選了64對EcoRI-NNN/MseI-NNN引物組合,對11個不同大麻品種雌、雄植株的混合DNA池進行了性別連鎖特異性條帶的篩選。結果表明,6對引物組合表現(xiàn)出多態(tài)性,其中,EcoRI-ACA/MseICTG在雄性DNA池中擴增出1條特異條帶,經(jīng)各品種單株DNA驗證,該條帶只在雄性單株穩(wěn)定出現(xiàn),回收、克隆、測序后獲得1條可用于大麻早期田間性別鑒定的734bp雄性特異條帶。

        大麻;雄性;AFLP;分子標記

        大麻(Cannabis sativaL.)是古老工藝加工型纖維作物,雌雄同株新品種選育是當前研究熱點[1]。大麻的性別分化受遺傳物質控制和環(huán)境因素雙重調控,即使培育出了雌雄同株大麻品種,性別也不穩(wěn)定,因此,亟待對大麻性別分化及分子遺傳機理進行深入研究[2]。國內外的研究學者已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了10多個雄性特異條帶[3-10]和3個雌性特異條帶[7],并開發(fā)了若干個穩(wěn)定的SCAR標記[4,6,9]。利用AFLP技術進行大麻品種鑒定及遺傳多樣性分析是可行的,其中,AFLP標記已經(jīng)開始應用于大麻的司法鑒定檢測工作[11-13]。本研究利用AFLP標記技術探究大麻性別連鎖特異標記,旨在提高大麻的雌雄同株率。

        1 材料與方法

        1.1 供試植物材料

        選用11個大麻品種:尤紗31、晉麻1號、云麻1~4號、皖大麻1~2號、慶麻001、慶麻003、肇州大麻。試驗材料2013年種植于大慶大麻試驗站紅旗泡試驗基地,隨機區(qū)組試驗設計,3次重復。

        1.2 供試試劑及儀器

        限制性內切酶、T4連接酶、Taq酶、接頭和引物等購自或合成于北京鼎國公司。MseI接頭: 5'-GACGATGAGTCCTGAG-3',3'-TACTCAGGACTCAT-5';EcoRI接頭:5'-CTCGTAGACTGCGTACC-3',3'-CATCTGACGCATGGTTAA-5'。MseI預擴引物:5'-GATGAGTCCTGAGTAA-3';EcoRI預擴引物:5'-GACTGCGTACCAATTC-3'。選擇性擴增引物:EcoRI-AAC、EcoRIAAG、EcoRI-ACA、EcoRI-ACT、EcoRI-ACC、EcoRI-ACG、EcoRI-AGC和EcoRI-AGG; MseI-CAA、MseI-CAC、MseI-CAG、MseI-CAT、MseI-CTA、MseI-CTC、MseI-CTG和MseI-CTT。FA-2004A型分析天平、低溫高速離心機、恒溫水浴鍋、核酸蛋白定量儀、電泳儀、PCR擴增儀、連接儀、垂直板電泳系統(tǒng)及凝膠成像系統(tǒng)等。

        1.3 基因組DNA提取及DNA池的構建

        待肉眼鑒定雌、雄植株后,雌雄株各隨機選取5株,每株取幼嫩葉片約500mg置于1.5 mL離心管,構成混合DNA池,液氮速凍后置于-20℃保存?zhèn)溆?。基因組DNA提取參照顧紅雅等[14]的SDS法,加以改良,在SDS裂解液中加入β-巰基乙醇(8μL/mL)和3%聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。試驗均采取3次生物學重復,提取的DNA置于TE緩沖液中,經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測后-20℃保存。

        1.4 AFLP分析

        參照Vos等[15]的方法,略作調整。分步法酶切體系:100ngDNA 5.0μL、10×TangoTm Buffer 4μL、100U/μL EcoRI 0.5μL,100U/μL MseI 0.5μL,ddH2O補齊20μL。37℃3h,65℃0.5h,80℃20min,冷凍2min,-20℃保存,取5.0μL檢測。連接體系:酶切產(chǎn)物20μL、MseI接頭2.0μL、EcoRI接頭2.0μL、T4連接酶1.0μL、10×T4連接酶Buffer 4.0μL,ddH2O補齊40μL。恒溫16℃置于連接儀中過夜。預擴增體系:連接產(chǎn)物稀釋10倍(5μL)、10×PCR緩沖液2.0μL、MseI引物1.0μL、EcoRI引物1.0μL、Taq酶0.25μL,ddH2O補齊20μL;PCR程序: 94℃2min,94℃20s,56℃30s,20個循環(huán)后60℃30min。選擇性擴增體系:預擴產(chǎn)物稀釋50倍(5.0μL)、10×PCR緩沖液2.0μL、dNTP 1.6μL、Taq酶0.25μL、MseI、EcoRI選擴引物各0.5μL,ddH2O補齊20μL。選擇性擴增用梯度PCR,條件:94℃2min;94℃30s,65℃1min,72℃1min,12個循環(huán),每循環(huán)降0.7℃;94℃30s,56℃1min,72℃1min,23個循環(huán),4℃保存。

        1.5 AFLP擴增產(chǎn)物的聚丙烯酰胺凝膠電泳及銀染

        聚丙烯酰胺凝膠電泳及銀染參照王英[16]的方法。選擇性擴增產(chǎn)物在6%的變性聚丙烯酰胺凝膠(丙烯酰胺28.5g,N-N-亞甲基雙丙烯酰胺1.5g,10×TBE 25mL,尿素210.2g,終體積500mL)中電泳分離,電泳緩沖液1×TBE,60W預電泳30min后,擴增產(chǎn)物加入等將擴增產(chǎn)物加入等體積的上樣緩沖液(98%甲酰胺,10mmoL/L EDTA,0.25%溴酚藍),95℃變性5min后,立即轉移至冰浴中冷卻,每個樣品取8μL上樣,60W電泳2.5h。電泳結束后分開平板和凹板,進行PCR擴增產(chǎn)物銀染,自然干燥保存。

        1.6 特異片段的回收、克隆及測序

        用Omega公司回收試劑盒切膠回收特異條帶,以回收產(chǎn)物為模板,MseI-NNN/EcoRINNN為引物進行PCR再擴增,瓊脂糖凝膠電泳檢測。將擴增片段與特異條帶大小一致片段與pMD18-T載體連接,16℃連接儀中反應過夜,連接產(chǎn)物轉化大腸桿菌,將提取的重組質粒進行雙酶切鑒定,37℃下酶切反應4.0h,瓊脂糖凝膠電泳檢測是否含目的片段。將PCR鑒定呈陽性的單克隆質粒測序,NCBI比對。

        2 結果與分析

        2.1 提取的大麻基因組DNA瓊脂糖電泳結果

        經(jīng)紫外分光光度計測定,提取基因組DNA的A260/A280值在1.643~1.975之間,都比較接近于1.8,說明DNA樣品純度較好,酚類、多糖、蛋白質及色素等雜質去除較干凈,適宜AFLP后續(xù)操作。2.2引物的篩選結果

        64對選擇性引物對11個大麻品種雌、雄植株混合DNA池進行性別連鎖特異性條帶篩選,部分聚丙烯酰胺凝膠電泳結果如圖2,其中多態(tài)性組合6對:MseI-ACG/EcoRI-CTT、MseIAGC/EcoRI-CAC、MseI-ACA/EcoRI-CTG、MseI-ACC/EcoRI-CTG、MseI-ACT/EcoRI -CTA、MseI-AGC/EcoRI-CTA。雌雄單株DNA PCR驗證結果表明,MseI-ACA/EcoRICTG組合雄性連鎖,初步鑒定為雄性基因連鎖AFLP標記。

        圖1 部分引物組合在雌、雄性DNA池中的擴增結果Fig.1PAGE electrophoresis of some pairs of AFLP markers in male and female DNA pools

        圖2 引物組合MseI-ACA/EcoRI-CTG在11個大麻品種中的聚丙烯酰胺凝膠電泳擴增結果Fig.2 PAGE electrophoresis of MseI-ACA/EcoRI-CTG amplification in eleven individuals of Cannabis sativa L.

        2.3 特異條帶的回收、克隆及測序結果

        回收引物組合MseI-ACA/EcoRI-CTG的特異條帶,PCR擴增后瓊脂糖凝膠電泳檢測,獲得1條雄性特異條帶(如圖3),與pMD18-T載體連接,將連接產(chǎn)物轉化大腸桿菌,提取重組質粒進行雙酶切鑒定,陽性克隆里含有目的片段。測序結果表明,所獲得的大麻雄性連鎖AFLP片段大小為734bp。

        圖3 特異條帶再擴增的瓊脂糖凝膠電泳結果Fig.3 Agarose gel electrophoresis of reamplification product of male-linked AFLP marker

        3 結論

        本研究利用AFLP分子標記技術,篩選出6對多態(tài)性引物,EcoRI-ACA/MseI-CTG在雄性DNA池中擴增出1條734bp雄性特異條帶,經(jīng)各品種雌、雄單株驗證,該條帶只可在雄性單株中穩(wěn)定出現(xiàn),該標記可用于大麻早期田間性別鑒定。

        [1]陳美霞,祁建民,劉偉,等.麻類作物分子育種的研究現(xiàn)狀與展望[J].福建農業(yè)學報,2002,27(7):780-786.

        [2]Welsh J,McClelland M.Finger printing genomes using PCR with arbitrary primers[J].Nucleic Acids Res,1990,18,7213 -7218.

        [3]Sakamoto K,Shimomura K,Komeda Y,et al.A male-associated DNA sequence in a dioecious plantCannabis sativaL.[J].Plant Cell Physiol,1995,36(8):1549-1554.

        [4]Mandolino G,Carboni A,F(xiàn)orapani S,et al.Identification of DNA markers linked to the male sex in dioecious hemp(Cannabis sativaL.)[J].Theor Appl Genet,1999,98(1):86-92.

        [5]Mandolino G,Carboni A,Bagatta M,et al.Occurrence and frequency of putatively Y chromosome linked DNA markers inCannabis satlivaL.[J].Euphytica,2002,126(2):211-218.

        [6]陳其軍,韓玉珍,傅永福,等.大麻性別的RAPD和SCAR分子標記[J].植物生理學報,2001,27(2):173-178.

        [7]Flachowsky H,Schumann E,Weber W E,et al.Application of AFLP for the detection of sex-specific markers in hemp[J].Plant Breed,2001,120(4):305-309.

        [8]Peil A,F(xiàn)lachowsky H,Schumann E,et al.Sex-linked AFLP markers indicate a pseudoautosomal region in hemp(Cannabis sativaL.)[J].Theor Appl Genet,2003,107(1):102-109.

        [9]Moliterni V M C,Cattivelli L,Ranalli P,et al.The sexual differentiation ofCannabis sativaL.:A morphological and molecular study[J].Euphytica,2004,140(1-2):95-106.

        [10]呂佳淑,趙立寧,臧鞏固,等.大麻性別相關AFLP分子標記篩選[J].湖南農業(yè)大學學報(自然科學版),2010,36 (2):123-127.

        [11]Shannon L,George D W.Genetic variation in hemp and marijuana(Cannabis sativaL.)according to amplified fragment length polymorphiams[J].Journal of Forensic Sciences,2006,51(2):371-375.

        [12]路帆,程寶文,李虹,等.AFLP技術鑒別罌粟、虞美人和大麻種屬差異的初步研究[J].中國法醫(yī)學雜志,2008,23(3):157-160.

        [13]郭佳,裴黎,彭建雄,等.利用AFLP檢測大麻遺傳多樣性[J].中國法醫(yī)學,2008,24(5):330-332.

        [14]顧紅雅,瞿禮嘉,明小天,等.植物基因與分子操作[M].北京:北京大學出版社,1995,19.

        [15]Vos P.,Hogers R.,Bleeker M.,et al.AFLP:a new technique for DNA fingerprinting[J].Nucleic Acids Res,1995,23: 4407-4414.

        [16]王英.大豆生育期結構性狀的遺傳分析及相關基因的分子標記[D].北京:中國農業(yè)科學院,2008.

        Screening and Identification of AFLP Markers Linked to Male Gene in Cannabis sativa L.

        GUO Li1,ZHANG Hai-jun1,2,3*,WANG Ming-ze1,CHE Ye1,LIU De-quan3,CHEN Jing-sheng1,LIU De-fu1,YU Ji-dong1,WU Yao-kun1
        (1.Daqing Branches of Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences,Daqing 163316,China; 2.Seed Management Station of Jilin Province,Changchun 130062,China; 3.College of Plant Science,Jilin University,Changchun 130062,China)

        64 pairs of AFLP primer combinations of 8 pairs of EcoRI-NNN and MseI-NNN primers were used to find the polymorphisms between mixed DNA pools ofCannabis sativaL.varieties.Six pairs of sixty-four primer combinations showed polymorphism between male and female DNA pools.700bp specific fragments were amplified in the primer combination of EcoRI-ACA and MseI-CTG in male DNA pool.This marker was testified with individual DNA of 11 varieties,and the fragment could only be amplified in male plants.The male-specific fragment of 734bp was recovered,cloned and sequenced.

        Cannabis sativaL.;male;AFLP(Amplified fragment length polymorphism);molecular marker

        S563.3

        A

        1671-3532(2015)01-0005-04

        2014-09-05

        國家麻類產(chǎn)業(yè)技術體系項目(CARS-19-S04);黑龍江省農業(yè)科技創(chuàng)新工程重點(青年基金項目)(2012QN002)

        郭麗(1981-),女,助理研究員,從事亞麻、大麻等經(jīng)濟作物新品種選育工作。E-mail:guoli1981W@sina.com。

        *通訊作者:張海軍(1986-),男,農藝師,從事新品種選育和技術推廣工作。E-mail:zhanghaijun.234@163.com。

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