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        無氯仿提取小麥半籽粒DNA的方法

        2014-09-28 03:23:50劉永安潘彬榮岳高紅梅喜雪許立奎張宗宸周志輝
        湖南農業(yè)科學 2014年24期
        關鍵詞:條帶籽粒試劑

        劉永安,潘彬榮,岳高紅,梅喜雪,許立奎,張宗宸,周志輝

        (1. 浙南作物育種重點實驗室溫,浙江 溫州325006;2. 溫州市農業(yè)科學研究院,浙江 溫州325006)

        分子標記是研究小麥遺傳和育種的重要技術手段,既可以研究小麥種質資源的遺傳多樣性,又可以對農藝性狀進行輔助選擇,具有不受時間限制、針對性強、效率高等優(yōu)點。通常,用于分子標記的DNA 是從小麥的幼葉中提取的。在研究過程中,雖然可以隨時萌發(fā)種子獲取幼葉用以提取DNA,但小麥的生長受一定季節(jié)的限制。如果沒有溫室等設施,在不適宜小麥播種的季節(jié)進行分子標記輔助選擇,選擇出的目標植株將不能正常生長,甚至不能獲得種子,而這些設施正是一些基層科研單位所缺少的。而從遠離小麥胚的半粒種子中提取DNA 是解決該問題的有效途徑。從半粒種子中提取的DNA 用于分子標記,剩下的半粒種子可適時播種,不需借助溫室等設施。

        目前,小麥種子DNA 的提取已有較多報道[1-2]。在提取的過程中,通常會用到苯酚、氯仿、異戊醇等試劑。然而,氯仿受公安部門管制,購買時需要公安部門審批[3],對一些基層科研單位,購買氯仿不但相對困難,而且還比較費時。因此,研究嘗試探索一種不用氯仿的小麥籽粒DNA 提取的簡單方法,以便為基層科研單位進行小麥分子標記提供技術支持。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        以含有Pm21 基因的揚麥18 為研究對象,該材料從江蘇省里下河地區(qū)農業(yè)科學院引進。主要試驗試劑有Tris、濃鹽酸、EDTA、SDS、NaCl、乙醇、醋酸銨等,以上試劑均為分析純。

        1.2 試驗方法

        1.2.1 小麥幼葉DNA 提取 參考柴建芳等[4]的方法提取,但最后不加RNA 酶,該法提取的DNA 作為從籽粒提取DNA 的對照。

        1.2.2 有氯仿小麥籽粒DNA 提取 參考董建力等的方法進行提取,該法提取的DNA 作為無氯仿小麥籽粒提取DNA 的對照。

        1.2.3 無氯仿小麥籽粒DNA 提取 用刀片切取半粒小麥種子(有胚和無胚),置于1 張干凈稱量紙上,將稱量紙對折以便使小麥籽粒留于中間;用研棒將籽粒研碎,移于1.5 mL 離心管中;加入700 μL DNA 提取緩沖液(100 mmol/L Tris·HCl pH 8.0,50 mmol/L EDTA,500 mmol/L NaCl,2%SDS),65℃水浴約30 min,其間搖勻數次;冷卻至室溫,于4℃下13 000 rpm 離心15 min;取500 μL 上清液于一新的1.5 mL 離心管中,加入50 μL 10 mol/L 醋酸銨和1 mL 95%乙醇,上下顛倒7~8 次,于4℃下13 000 rpm 離心10 min;棄上清液,加入500 μL 70%乙醇,上下顛倒7~8 次,于4℃下13 000 rpm 離心2 min;棄上清液,于37℃恒溫箱中干燥1 h;加50 μL TE緩沖液溶解DNA。

        1.2.4 DNA 質量檢查 取2 μL DNA 樣品與1 μL 6×DNA Loading Buffer 混合,于1%瓊脂糖凝膠(含EB)上電泳15 min 檢查DNA 質量。

        1.2.5 PCR 檢測 用多重PCR 檢測揚麥18 的3個Wx蛋白亞基(Wx-A1、Wx-B1 和Wx-D1)基因和抗白粉病基因Pm21,其反應體系及擴增條件參考許立奎等[5]的方法,引物序列及預擴增條帶見表1。

        表1 引物序列及其預擴增片段

        2 結果與分析

        2.1 DNA 質量檢測

        由圖1 可知,3種提取方法都能得到DNA 條帶,但不同方法所取得的DNA 量有所不同,從葉片中提取的和用氯仿提取的DNA 濃度較高,沒有用氯仿提取的DNA 濃度較低。同時,有研究表明不同提取方法和小麥籽粒不同部位提取RNA 的濃度有顯著差異,從葉片中提取的和從有胚半粒小麥種子中提取的RNA 的濃度較高,從無胚半粒小麥種子提取RNA 的濃度較低。另外,從葉片中提取的RNA 片段較小,用有氯仿方法從有胚半粒種子提取的RNA 片段較大,而用無氯仿方法從有胚半粒種子提取RNA 片段呈現(xiàn)較為均勻的彌散狀態(tài)。

        圖1 小麥籽粒不同提取方法DNA 凝膠電泳圖譜

        2.2 多重PCR 檢測

        如圖2 所示,用各種方法提取的DNA 進行擴增,基本都能得到目標條帶Wx-D1(204 bp)、Wx-A1(265 bp)、Wx-B1(854 bp)和Pm21(1 400 bp),但其多重PCR 結果有明顯差異,主要表現(xiàn)在目標條帶Wx-D1(204 bp)和Pm21(1 400 bp)亮度的差異。從葉片中提取的DNA 擴增效果最好,各目標條帶都較亮;用氯仿提取的半粒種子DNA 擴增效果稍差,泳道2(有氯仿有胚半粒提取DNA)的Wx-D1(204 bp)條帶不明顯;沒有用氯仿提取的半粒種子的DNA 擴增效果也較差,從有胚和無胚半粒種子提取DNA 擴增的Pm21(1 400 bp)都較暗,這可能與模板DNA 濃度較低有關。

        圖2 不同DNA 樣品多重PCR 擴增結果凝膠電泳圖譜

        3 討論

        研究所用的無氯仿小麥籽粒DNA 提取方法,與以前的研究相比,所需試劑沒有氯仿,操作步驟少了“氯仿-異戊醇或苯酚-氯仿-異戊醇抽提”這一環(huán)節(jié),具有所需試驗試劑容易獲取、操作步驟簡單快捷等優(yōu)點。與傳統(tǒng)的氯仿提取方法相比,雖然該方法所得的DNA 濃度較低,但一樣可用作PCR 擴增模板。

        該研究用多重PCR 進行檢測,與一般PCR 相比,具有所需試劑少、通量高、經濟等優(yōu)點[9],但也存在對模板DNA 質量要求高、引物設計困難、不同擴增片段存在競爭等問題[10]。用無氯仿提取法所得到DNA 為模板,可擴增出所有目標條帶,說明該DNA 提取方法具有較好的實用性。不過,用該方法提取的DNA 為模板,所擴增出的Pm21(1 400 bp)條帶較暗,需增加上樣量或用聚丙稀酰胺凝膠電泳檢測,以得到更為理想的效果。因此,無氯仿小麥籽粒DNA 提取方法可在對DNA 質量要求不高以及氯仿無法及時得到時使用,尤其適合基層科研單位使用。

        [1]董建力,張增艷,王敬東,等.用于PCR分析的小麥種子DNA微量快速提取[J].種子,2007,26(5):10-12.

        [2]任 強,張增艷,黃 鵬.半粒小麥種子DNA提取的研究[J].甘肅農業(yè)大學學報,2010,45(4):59-62.

        [3]苗翠英,張 晶.論走私、販賣易制毒化學品案件的特點及防范對策[J].公安大學學報,2002,(1):92-96.

        [4]柴建芳,劉 旭,賈繼增.一種適于PCR擴增的小麥基因組DNA快速提取法[J].植物遺傳資源學報,2006,7(2):246-248.

        [5]許立奎,潘彬榮,岳高紅,等.抗白粉病糯性小麥的多重PCR分子鑒定技術[J].核農學報,2014,28(7):1203-1207.

        [6]Shariflou M R,Sharp P J.A polymorphicmicrosatellite in the 3’end of‘waxy’genes ofwheat,Triticum aestivum[J].Plant Breeding,1999,118(3):275-277.

        [7]劉迎春.小麥Wx基因的分子標記及其應用[D].南京:南京農業(yè)大學,2004.

        [8]Liu Z,Sun Q,Ni Z,et al.Development of SCAR markers linked to the Pm21 gene conferring resistance to powderymildew in common wheat[J].PlantBreeding,1999,118(3):215-219.

        [9]陳明潔,方 倜,柯 濤,等.多重PCR——一種高效快速的分子生物學技術[J].武漢理工大學學報,2005,27(10):33-36.

        [10]黃銀花,胡曉湘,徐慰倬,等.影響多重PCR擴增效果的因素[J].遺傳,2003,25(1):65-68.

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